夏四月，湘王朱柏無以自明，**而死，齊王朱榑、代王朱桂因罪廢為庶人；六月，岷王朱楩有罪，廢為庶人，流放漳州。
在建文削藩的過程中，朱棣也為起兵造反做了充分的準備，建文元年（1399年）六月己酉，燕山左護衛千戶倪諒將朱棣密謀兵變的消息上報，朝廷下詔逮捕燕王府官僚，旗校於諒等人因此被誅殺，而北平都指揮張信則背叛朝廷，投降了朱棣。
建文元年秋七月（1399年8月），燕王朱棣誓師抗命，下諭將士，打著“清君側”旗號起兵“靖難”,史稱“靖難之役”。
建文朝廷和燕王之間開始了一場持續三年的軍事對峙。
靖難之初，燕王尚不占兵力上的優勢。他的軍隊隻有十萬人；除了他的封地北京之外他也沒有能夠控製任何其他領土。
南京的建文朝廷有一支三倍於燕王軍隊的常備軍，擁有全國的經濟，並且已經廢除了幾個藩國，朝鮮國王李芳遠都公開表示支持朱允炆打燕王。
但燕王的領導能力、高素質的軍隊卻非朱允炆可比。
隨著戰爭時間的延長，朝廷指揮不當、兵力孱弱、內部鬆懈的缺點嚴重影響了戰局。
直至節節敗退，許多將領投降了燕王。
建文四年（1402年）五月二十日，朱棣率師抵達長江北岸的南京龍江驛，朱允炆無力抵抗，隻得下罪己詔，並派慶成郡主（慶陽公主）與朱棣談判，以割地為條件要求停戰議和，但沒有成功。
同時，朱允炆頒布勤王詔書，下令天下勤王：“朕奉皇祖寶命，嗣奉上下神隻，燕人不道，擅動乾戈，虐害萬姓，屢興大兵致討。近者諸將失律，寇兵侵淮，意在渡江犯闕，已敕大將軍率師控遏，務在掃除，爾四方都司、布政司、按察使及諸府衛文武之臣，聞國有急，各思奮其忠勇，率慕義之士、壯勇之人，赴闕勤王，以平寇難，以成大功，以扶持宗社。嗚呼！朕不德而致寇，固不足言，然我臣子其肯棄朕而不顧乎？各儘乃心，以平其難，則封賞之典，論功而行，朕無所吝。故茲詔諭，其體至懷！”
六月十三日，朱棣抵達金川門下。
穀王朱橞與曹國公李景隆開金川門迎降，京師遂破。
燕兵進京，在燕王軍隊抵達後的一場混戰中，南京城內的皇宮大院起了火。
當火勢撲滅後在灰燼中發現了幾具燒焦了的殘骸，已經不能辨認，據太監說它們是皇帝、皇後和他的長子朱文奎的屍體。朱棣登位後，處死忠於建文的諸臣，史稱“壬午殉難”。
在財政方麵，建文朝廷也製定了一些新措施，以減輕前朝某些過重的稅收。
其中最重要的是減少了江南的過度的土地稅，尤其是減少了富庶的蘇州和鬆江這兩個府的土地重稅。
這些減稅措施是繼續了洪武朝即已開始的減免政策，但是它們大大超過了以前的辦法。富庶而人口稠密的江南地區自王朝開國以來就被課以重稅，從而使這裡提供了主要的財源。
原來的稅款意在實行懲戒。
1380年4月洪武帝曾下令減稅20%，但是即便如此，這裡的土地稅仍然過於沉重。
例如在1393年，僅蘇州一地就得全年交納281萬石糧米，這就是帝國2940萬石全部土地賦稅的9.5%。這樣是太不平等了：蘇州僅占帝國登記在冊的耕地的1/88。
由於這樣過重的苛索，當地人民往往不能交足規定的稅額，特彆在凶荒年代更是如此；他們拋荒了土地，變成了遊民，從而更加加重了納稅居民的負擔，同時也減少了每年的稅收。
1400年初，朱允炆因有人申訴直隸地區。
他下令按每畝地收一石糧的統一標準在這些府裡收土地稅。
洪武帝曾經禁止蘇州或鬆江人氏被任命為戶部尚書，借此防範出身於這些富庶州府的人們把持財政，偏私家鄉，從而犧牲了國庫的利益，現在朱允炆也解除了這種禁令。
很可疑的是，這些新措施是否得到了貫徹；到了1400年，建文朝廷已經深深地卷入了和燕王對陣的軍事行動之中。
另外一項財政改革是限製佛、道二教寺觀所能擁有的免稅土地的數量。
這項政策是特彆針對佛、道僧侶們在江南富庶州府的情況而發的，因為在洪武帝的庇護下僧道們都攫奪了大量的肥田沃土，從而變成了有權有勢的地主。
他們的財富激起了人們的不滿，因為宗教界的僧侶職事們不僅享有免除土地賦稅和徭役的權利，甚至還把不法負擔強加給當地居民，即占用他們的土地，強迫他們給自己服勞役。
朝中的官員上了兩份奏疏，請求限製佛教和道教的土地占有數量。
建文帝一改朱元璋重武輕文的傾向，優容文士，提高其品級。
同時“銳意複古”，甚至要實行井田製，對官名、宮名、殿名等仿《周禮》頻繁更改，徒增紛擾。
朱標死後藍玉一案，誅一公、十三侯、二伯，牽連被殺一萬五千多人，除耿炳文、郭英等人外，“元功宿將，相繼儘矣。”。
朱元璋為能確保皇孫順利繼位，在後期用實戰訓練出一批新生代優秀將領，既保嫡集團，如：瞿能、平安、盛庸、卜萬、莊德、鐵鉉、徐輝祖、李堅、梅殷、吳高、何福、周興、劉真、張文傑、房寬、宋晟、錢忠，盧震軍、景誠、朱勝、徐祥、陳用、陳亨、周鶚、關忠、王才、耿成、陳玉等人。
相比靖難集團中的燕府將領，建文麾下可謂名將雲集。
然相較元功宿將，這些將領雖然有較高的軍事素養，但在軍中資曆稍低且不能服眾。
這些將領建文要麼棄之不用，要麼勢窮降燕，少數堅定保嫡且戰功卓著者也因統帥失律而戰死。
在靖難過程中隨著南京方麵將領的不斷投降，燕方將領越打越多。
《明史》記載朱棣起兵奪位後在永樂時期時期謹慎修邊，自宣府至山西都修建了戰壕："然帝於邊備甚謹，自宣府迤西迄山西，緣邊皆峻垣深濠，烽堠相接。"
而在建文時期，同樣也進行修邊，考古者發現今明長城之北有一條未完工的比現明長城更靠北的明長城，這條遺跡分布從開平、興和向陰山河北方向延伸的大同鎮大邊長城，有的學者考證是建文時期修建，後被永樂廢棄。
朱允炆即位後，崇尚儒家仁政之說，一改朱元璋嚴政苛刑，“專欲以仁政化民”。
改定律例，力糾洪武年間冤案、錯案，使其統治期間的囚犯較之洪武年間減少2/3。
免除各地拖欠租稅，賑災濟民。
令官府為民間賣子為奴者贖身。
限製僧道占田數量，餘田均與平民。
建文帝采取的這些措施，緩和了社會矛盾，對社會的安定產生了積極作用，一時政通人和。
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