翌日渡江，停泊燕子磯。四月三十日，聞訊福王到達的南京諸臣都前來叩見。
當時朱由崧穿著角巾葛衣，“舊枕敝裘，孑影空囊”，十分落魄。
他在答兵部勸進之書時說：“國母（鄒妃）尚無消息，支身避難，宮眷未攜一人。初意欲避難浙東僻地，迎立決不敢當。”
當群臣行禮時，他“皆以手扶，待茶款語，極其寬和”，並竭力推辭群臣勸進，說：“封疆大計，唯仗眾先生主持。”
經過三推三讓，朱由崧勉強接受勸進，於五月初一日從南京西南的三山門處離船登岸，在諸臣簇擁下先乘轎由南京城外直至孝陵門前，祭告明太祖，其後又特地祭拜懿文太子朱標。
隨後，他從正陽門進入南京城，直至東華門入皇城，下馬步行通過皇極殿，參拜奉先殿，之後走出西華門，離開皇城，進入行宮（內守備府），接受文武百官的覲見。
他傳令大臣上殿共商戰守之策，史可法上殿後說：“王當素服郊次，發師討罪，示天下以必報仇之義。”
朱由崧隻說“是”，但沒有具體答複。接著徐弘基及內守備等各有所奏，朱由崧仍是傾耳靜聽默不作聲，於是宣布退朝，次日再次接見群臣。
當天，南京群臣決定朱由崧先以監國名義上台，然後登基，於是上第一道勸進表，朱由崧表示隻同意監國，第二道勸進表上來時，朱由崧堅持隻監國。
翌日，朱由崧行監國告天大禮，並宣布初六日為崇禎帝發喪。
五月十一日，群臣上第三道勸進表，朱由崧正式接受，擇日登基。
五月十五日，朱由崧即皇帝位於南京武英殿，改元弘光。
他在登極詔中痛斥“潢池盜弄”，發誓複仇，同時頒二十五款新政，包括減免錢糧，整頓漕糧，激勵墾屯等項內容，不過隻字未提當時已入據北京、真正能威脅南明的滿清政權。
朱由崧求助於三鎮軍閥擁立，對以後的局勢變化產生了重大影響。
最直接的作用即是使他自己得償心願，順利地登上了至尊的寶座。
而間接影響，則是江北諸鎮以“天子恩人”，“從龍元勳”自居，南京從皇帝到重臣再沒有人可以控製這支飛揚跋扈的軍隊。
從此開了南明軍閥勳鎮勢力尾大不掉的濫觴。
其實，高傑與黃得功、劉良佐等都是出自行伍的悍勇匹夫，其部下各懷心事，卻不乏良將猛士。
倘若朱由崧稍有他祖上明太祖、明成祖的權謀閱曆，隻要駕馭得當，完全可以在仰仗三鎮擁立之時，施加手段影響，使三鎮為己所用。
可惜，朱由崧繼承了乃父的心寬體胖，卻沒有繼承乃祖的雄才武略。
求助於三鎮而得帝位，已算得上是他的超常發揮，想做皇帝心切，一開始就高開了價錢，自貶了身價。
三鎮也看清了朱由崧乃是阿鬥，從此對他的權威再也不屑一顧。
朱由崧在執政期間，沉湎於酒色之中，掌握朝廷實權的馬士英、阮大铖等人也是醉生夢死，利用手中的權力鬻官肥家。
阮大铖公然以行賄作為理財妙方，弘光朝廷剛剛建立便露出亡國之象的政以賄成，**已極，由此可見一斑。
順治二年（弘光元年，1645年）三月初一，有自稱崇禎太子朱慈烺者至南京，朱由崧命令將其關入兵馬司監獄，後命百官審北來太子於午門外，終裁斷為偽太子王之明。
寧南侯左良玉乃舉兵於武昌，稱奉太子密詔，以“救太子、誅士英”為名順流而下，進逼南京。
黃得功、阮大铖率兵禦之，南明發生內訌。正值此時，清兵在豫王多鐸率領下大舉南下，攻陷歸德、潁州、太和、泗州、徐州等地，渡淮河，兵臨揚州城下。
四月，清兵圍攻江北重鎮揚州，史可法急忙向朝廷求援，但卻因為鎮將們個個擁兵自重、意圖觀望，最終揚州淪陷，史可法殉難。
五月初八，清兵自瓜洲渡江，鎮江巡撫楊文驄逃奔蘇州，靖虜伯鄭鴻逵逃入東海，總兵蔣雲台投降。
五月初十，朱由崧傳旨放歸所選淑女，當天午夜尤召梨園入宮演劇。
翌日淩晨二漏時，朱由崧率內官四五十人騎馬出通濟門，莫知所蹤。
天亮後百官入朝，見宮女、內臣、優伶雜遝逃奔西華門外，方知朱由崧已出逃。
南京城內大嘩，馬士英攜鄒太後出奔，市民救北來太子出獄，扶其入宮，在武英殿即位。
順治二年（弘光元年，1645年）五月十二日，朱由崧至太平府，以按察院為行宮，尋即移駕蕪湖，投奔江北四鎮之一的蕪湖守將靖國公黃得功，他尚對京城變故一無所知。
當知道自己的“天子門生”是張皇失措，棄都而來時。
內心不勝感慨，但仍然決定以死報國，對這位新君效忠到底。
順治二年（弘光元年，1645年），清兵攻打重鎮揚州，史可法率城中百姓抵禦清兵，清兵圍困揚州，損失慘重。
史可法急忙向朝廷求援，朱由崧卻沒理他，最終因寡不敵眾，揚州淪陷，接著清兵直逼南京，明軍守軍彈儘糧絕，眼看南京就要淪陷，正在與愛妃飲酒作樂的朱由崧急忙進宮召集大臣商議，那些平時隻會阿諛奉承的奸臣一句話也沒說。
順治二年（弘光元年，1645年）五月十五日，清兵進入南京，魏國公徐文爵、保國公朱國弼、靈璧侯湯國祚、定遠侯鄧文鬱，及尚書錢謙益、大臣趙之龍、大學士王鐸、都禦史唐世濟等人剃發降清。
清兵攻克南京後，多鐸命降將劉良佐帶清兵追擊弘光帝。
眾叛親離的朱由崧隻好和愛妃逃到蕪湖，清兵追來，朱由崧隻好與清兵作戰。
明軍支架不住，五月二十二日，總兵田雄、馬得功、丘鉞、張傑、黃名、陳獻策衝上禦舟，劫持弘光帝，將其獻給清兵。
豫王多鐸命去鎖鏈，以紅繩捆綁。
五月二十五日，朱由崧乘無幔小轎入南京聚寶門，頭蒙緇素帕，身衣藍布袍，以油扇掩麵，兩妃乘驢隨後，夾路百姓唾罵，有投瓦礫者。
多鐸在靈璧侯府設宴，命朱由崧居於北來太子之下。
宴罷，拘弘光帝於江寧縣署。
順治二年（弘光元年，1645年）閏六月，隆武帝朱聿鍵即位於福州，遙上朱由崧尊號為聖安皇帝。
當年九月，朱由崧與皇太後鄒氏、潞王朱常淓等人被押送至北京，安置居住。
清太醫院節日時饋宴，朱由崧酣飲極樂。
順治三年（隆武二年，1646年）四月九日，有人向攝政王多爾袞進言，稱在京居住的故明衡王、荊王欲起兵反清。
五月，弘光帝與潞王朱常淓、荊王朱慈煃、德王朱由櫟、衡王朱由棷和“太子”王之明等十七人被斬首於菜市口（一說朱由崧以弓弦勒斃），年僅四十歲。
朱由崧王妃黃氏之弟黃鹽梅購得棺木，與黃妃合葬於河南孟津縣東山頭村。
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