憤怒的兩晉南北朝！
404年3月5日，滯留在建康的楚國宰相王謐，果真是個識時務的俊傑，發現桓玄已經靠不住了，立刻轉投劉裕的懷抱，率先提出推舉劉裕為京畿衛戍總司令。
劉裕心裡暗爽，但當然要表示拒絕了，這樣才能顯示謙遜的品質，不但堅決拒絕，還反過來任命王謐為高級谘詢官、宰相、京畿衛戍總司令，主管朝廷機要。
王謐也謙讓了一番，但謙遜的美名一定要留給劉裕，所以坦然接受了任命，然後推舉劉裕使持節、揚徐兗豫青冀幽並八州軍區司令長官、徐州督導官，然後按照劉裕的意思，擢升劉毅為青州督導官，何無忌為琅邪郡長，孟昶為建康市長，劉道規為義昌郡長。
戰爭暫告平息，新政府組建完畢，接下來就到劉穆之大顯身手的時候了。
劉裕剛進京時，除了軍事，其他大事小事全都交給劉穆之處理，劉穆之藝高人膽大，本著來者不拒的心態，倉卒之間進行裁決批示，全都處理得井然有序，輕重緩急分析得極為透徹，劉裕對此十分滿意，也覺分外驚喜，畢竟他自己是個文盲，許多事情都沒有能力完成，從此把劉穆之當作最親密的必腹，一切行動都先征求他的意見，劉穆之也竭儘忠心，沒有任何隱藏，兩人漸漸形成了石勒張賓、苻堅王猛一類的組合，為南朝的開啟奠定了基礎。
東晉末年的政治法律已經非常鬆弛，紀律破壞嚴重，根本沒有人遵守，豪門強族橫行無忌，人民窮苦屈辱，哭訴無路，再加上司馬元顯把政令當作兒戲，更加一團混亂，到了桓玄改朝換代，雖然開始也想進行整頓，但他沒有過硬的才能，也沒有得力的助手，一番折騰之後，各種規章多如牛毛，官民無所適從，局麵更顯混亂。
劉穆之主政之後，針對這一環境現狀，有針對性地一一矯正，不貪圖立刻生效，而是采用層層剝繭的辦法，逐步扭轉國家的頹勢，劉裕又習慣以身作則，先用嚴刑竣法管束內外，再落實到各行各業，各門各部，文武官員全都謹慎小心地在職工作，不滿十天，建康風俗大改，民間全都歡慶鼓舞。
公事基本確定，劉裕的私事也漸漸拋了出來。
實際上在劉裕進京之後，一係的動作就已經表露了自己的私心，王謐固然是望風使舵的好手，但能在兵變之後還受重用，很大程度上是因為昔日的一番經曆。
劉裕剛出道時，名望既小，官位又低，性格還輕浮狡獪，品行不端，社會上層人士都不肯與他來往，隻有王謐對他另眼相看，認為他不同尋常，日後定有大出息，還不時幫助他脫離困境。
劉裕曾與刁逵一起賭博，賭輸了沒錢還債，刁逵就把劉裕綁到拴馬樁上，要挾劉裕的家人定期送錢來，不然就要劉裕好看。
王謐聽說之後，立刻出麵責備刁逵不應這麼過份，還替劉裕把債都還清了。
如此種種，以劉裕的性格固然是忘不了王謐的恩惠的。
刁逵更讓他印象深刻。
恩可以不報，仇必須了斷。
勤王軍起事之初，諸葛長民前往豫州耽誤了日期，因而不能及時發動，事情也由此泄露，時任豫州督導官的刁逵，下令逮捕了諸葛長民，裝進囚車，押解送往建康。
半道上，桓玄出逃的消息在國內傳得沸沸揚揚，押解囚車的衛士於是放了諸葛長民，重新回曆陽，刁逵則被迫放棄城池逃亡，後被部下生擒，送到建康。
劉裕看著一身狼狽的刁逵，心裡說不出來的清爽，把刁逵一家男女老幼全都綁到石城斬首，為了證明自己不是心狠手辣的人，特彆寬恕了宮廷顧問官刁聘，但不久便以謀反的名義將其處死。
刁逵的舊部提前把刁逵的侄子刁雍，藏了起來，秘密送到後秦所轄的洛陽，終於逃掉一劫，姚興任命刁雍為太子助理官，等到後秦亡國之後，又投奔北魏，一生頗多功績，最後也得以善終，算是彌補刁家的遺憾了。
恩怨分明固然是不錯的，但總歸有個度，劉裕顯然是越界了，刁逵是名門之門，世代忠良，雖然逼債的手段略顯不堪，但賭場大抵如此，沒什麼好說的，罪不至屠滅滿門。
劉裕一生的汙點不多，但這件事顯然就是個不小的汙點，而且他之後生的兒子們，也都繼承了他這個心狠手辣的基因，終於釀成了多個人間慘劇。
這是後話，劉裕如何能想到他死後的事情，甚至生前的問題都難以清楚預知。
但有一點是劉裕十分確定的，那就是儘快消滅桓玄。
桓玄抵達尋陽後，江州督導官郭昶之供應其軍用輜重，補充兵力，局麵還能勉強維持。
3月14日，桓玄挾持安帝司馬德宗一同西上，勤王軍西征兵團統帥劉毅，率何無忌、劉道規等各軍，西上追擊，桓玄讓龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓，聯合郭昶之，一同防守在湓口。
半道上桓玄沒一門心思投入到文學創作上，根本沒有時間與部屬討論戰術安排，撰寫的《起居注》，全部是敘述討伐叛徒劉裕的戰史，並不時強調自己的戰略戰術有多完美，隻是各軍不能遵守，才被擊敗，寫完之後讓人四處傳播。
這期間，劉裕聲稱接到了司馬德宗的密詔，讓武陵王司馬遵，代行皇帝職權，管理文武百官，加授高級谘詢官、最高統帥，大赦天下，但桓玄一族不在此列。
4月2日，東晉武陵王司馬遵，搬到太子宮居住，接受朝廷及民間的最高禮敬，任免文武官員的人事命令稱為製書，普通的行政命令稱為令書，任命司馬休之為荊益梁寧秦雍六州軍區司令，兼荊州督導官。
既有代理皇帝，玉璽的下落就成了大問題。
桓玄當初接受禪讓時，是王謐親自把司馬德宗攜帶在身上的玉璽解下，如今城中官民全都認為王謐罪大惡極，應該誅殺，劉裕多次出麵為他保全，不久在一次早會上，青州督導官劉毅偶爾問起玉璽在哪裡，王謐大為恐懼，散會之後立刻逃到曲阿，還是劉裕上書武陵王司馬遵，把他接了回來，恢複其宰相官位。
王謐的運氣是當真不錯，但桓玄的好運氣可是用儘了。
4月3日，桓玄挾持司馬德宗一起到江陵，荊州督導官桓石康迎接，桓玄重新部署文武官員，讓卞範之擔任政府副行政長官。
自從建康潰敗，狼狽西奔之後，桓玄的威望直接下降，擔心命令不被貫徹，於是用更加嚴厲的刑法來建立聲威，結果聲威沒建成，反而惹得大家一肚子氣。
殷仲文勸他非常時期還是寬厚點，桓玄怒道“將領們作戰不力，上天也不幫忙，現在形勢何其艱難，所以才回到楚國故都，以期找回國運，而一些彆有用心的肖小之輩，竟然發出奇怪的議論，不用激烈的手段，予以無情的製裁，還要姑息養奸不成！”
殷仲文隻得保持沉默，心裡罵這孫子真不是個東西。
當時荊州、江州各郡的郡長，聽說桓玄向西撤退，不時有人上疏致以問候，祝福皇上起居平安，但桓玄認為受到了羞辱，一律不接受，而讓他們重遞奏章，把措辭改為“恭賀皇上喬遷新都”。
楚國本已淪落到了逆風的位置，但桓玄還這麼矯情，終於讓部屬親信們都心懷怨恨，不久便爆發禍患。
桓氏族人因為利益休戚相關，所以還是很拚命的。
桓玄的侄子桓歆引導氐民族部落酋長楊秋，攻擊曆陽，東晉豫州督導官魏詠之，率諸葛長民、劉敬宣、劉鐘等人，共同迎擊，大破氐軍，並斬了楊秋。
敗仗都吃習慣了，桓玄也沒表現得怎麼樣，接著任命武衛將軍庾稚祖、江夏郡長桓道恭，率數千人增援龍驤將軍何澹之，加強湓口的防禦。
本章完