內閣原本是屬於翰林院的下設機構，翰林院不過正五品的衙門。內閣學士之所以能夠成為現在的百官之首，是從仁宗時代開始的，仁宗時內閣學士以尚書銜入掌機務，遂成定例，內閣的地位就此大幅度提高。
而到了嘉靖時期，閣臣們更是兼領師傅保等官，地位更加尊崇，六部尚書和都禦史無法和閣臣相比。
朱載坖對閣臣們說道：“內閣乃朕之股肱，佐朕以治天下也，地位不得不尊崇，否則何以領袖群臣？故朕以為，內閣應為從一品衙門，位在六部、都察院之上。”
朱載坖認為內閣的地位必須尊崇，因為內閣是協助皇帝處理政務的，不再是翰林院的下屬單位，在品級上要壓其他部院衙門一頭，六部和都察院是正二品，內閣就是應該是從一品的衙門，也是大明現在品級最高的衙門，通過這種方式，朱載坖要確定內閣的地位。
對於朱載坖的這個看法，閣臣們認為還是可以接受的，畢竟定內閣為從一品衙門其實就是對嘉靖以來傳統的尊重罷了，雖然之前內閣衙門並沒有品級，但是內閣大學士加三公三孤等官，實際級彆也都在正一品和從一品，朱載坖將內閣衙門的品級定在從一品，無論是內閣輔臣還是滿朝臣子應該都是能夠接受的。
接下來就是內閣的執掌了，這是涉及到權力的事情，無論是朱載坖還是輔臣們都是很重視的，比起衙門的品級，這個才是最重要的。
朱載坖認為，內閣最重要的職能就是票擬批答，也就是內閣顧問之臣的體現，為皇帝的決策提供建議，也就是所謂代王言，這也是現在內閣最重要的權力，對於這點，朱載坖和閣臣們都是沒有任何意見的，因為票擬實行以來，極大的減輕了皇帝的工作量。
國朝初年的時候，重八哥祖宗舊規，禦門聽政，凡各衙門奏事，俱是玉音親答，以見政令出自主上，臣下不敢預也。饒是以重八哥這樣的勞模，也深感吃不消，要是沒有內閣擬票，這些奏疏憑借朱載坖本人來處理的話恐怕累死朱載坖也處理不完。
閣臣們對票擬的建議主要在於批紅和擬票的機製問題，按照道理，閣票送至皇帝後應由皇帝親覽親批後再下發，不能假手他人，但是實際上憲宗、孝宗、武宗時都有司禮監太監代皇帝批紅的情形，尤其是武宗時，由於皇帝怠惰，凡每日奏文書,自禦筆批數本外,皆眾太監分批。遵照閣中票來字樣,用朱筆楷書批之。
閣臣們認為應當禁絕此事，不能假手太監，批紅大權必須由皇帝本人行使，凡是由司禮監太監代批的，內閣都有權將其封駁。
朱載坖並沒有同意這個建議，朱載坖現在不能將司禮監完全排除在權力核心之外，朱載坖還需要司禮監的幫助才行。同時，人總是有怠惰的時候，即便是嘉靖、朱載坖，也都有代批的時候，隻不過嘉靖、朱載坖的代批是皇帝口授，司禮監太監批紅，皇帝看過之後再用印。
朱載坖認為，代批要分為兩種情況，如果是司禮監不經皇帝口授就代批，這種批紅，是不合法的，內閣可以將其封還，但是經由皇帝口授，司禮監太監批紅的這種情況，就應該予以執行，當然，為了區彆兩種批紅，朱載坖和閣臣們約定，凡是代批票擬，都要加蓋皇帝的私印，如朱載坖本人的私印就是舜齋，因為嘉靖的號是堯齋。
凡是沒有加蓋朱載坖私印的代批，一律視為違法，內閣立即予以封還。
而接下來就是擬票的方式問題，本來之前內閣采用的是集議製，閣臣雖有輕重之分，卻沒有首次的區彆，閣臣之間的差距不是很大，票擬由閣臣共同商議而定。但是從張璁開始，內閣首輔的權威日重，票擬逐漸成為首輔的特權，尤其是嚴嵩、夏言兩位，更是專票，票擬之權由其專斷，次輔甚至沒有參與的權力。
徐階、李春芳相對比較溫和，還能夠將票擬的權力分出去一部分，其他閣臣也算稍微有一些權力了，但是這些依靠首輔性格的票擬製度，還是太不靠譜了，要知道，後麵還有一個張太嶽等著呢，這位在專票這個事情，絲毫不遜色於嚴嵩、夏言，所以，無論是朱載坖還是閣臣們，都認為應該製定一個製度，規範票擬。
其實就是規範首輔、次輔還有其餘閣臣之間的權力關係。朱載坖認為，首輔應當要有足夠的權威，才能領袖群臣，但是其他閣臣們也需要有一定的權力，以防首輔專權，出現權臣。
朱載坖的辦法是分票製，即章疏到達內閣後由中書舍人分發給直閣大學士分彆進行票擬，每名閣臣分彆負責一方麵的事務，然後由首輔次輔審核，這樣一來，首輔擁有審核大權，足以領袖群臣，而閣臣們也擁有足夠的權力來製衡首輔，對於首輔次輔的決定有不滿的，可以直接以密疏上奏皇帝，陳述自己的意見，奏請聖裁。
對於朱載坖的這個安排，閣臣們表示滿意，實行分票製既可以保證首輔的權威，也可以在內閣形成製衡之勢。
除了票擬批答之外，內閣還有草擬詔敕和獻替可否，草擬詔敕其實沒有什麼說的，現在也基本上是內閣領導翰林院做的，但是其中有一個內閣重要的權力，就是封還執奏的權力，內閣希望以條例的形式予以承認，所謂封還執奏，就是對於皇帝下達的上諭，內閣如果認為有不妥之處，可以封還上諭。
在大明有這個權力的隻是內閣和六科，但是六科的封駁權是有明確法律保障的，但是內閣的封駁權就是很朦朧的，內閣希望通過法令的形式予以承認，朱載坖答應了這個意見，給予內閣以封駁執奏的權力，並且規定皇帝不能因為封駁而加罪於閣臣、科臣。
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