除此之外就是草擬詔敕的人選問題，雖然說是由內閣負責草擬詔敕，但是實際上閣臣們機務繁忙，哪有功夫來負責這些詔敕的草擬，實際負責草擬這些詔敕的主要是翰林院，之前內閣和翰林院不分彼此，這麼做自無不可。
但是現在朱載坖既然要把內閣從翰林院中獨立出來，而且內閣作為處理機務的部門，肯定是要嚴加守備的，內閣不能夠再像之前那樣隨意征調翰林院的人到內閣草擬詔敕了，這個問題也需要解決。
這個問題朱載坖認為還是好解決的，朱載坖說道：“朕聞前宋有翰林學士知製誥，亦可以從翰林院選拔詞臣，入直內閣，仍加翰林學士知製誥，內閣上行走，專司詔敕之事。”
這些詔敕之事，本就不應該是內閣大學士的主業，應該由翰林學士負責，內閣大學士隻是負責審核即可，但是由於內閣事涉機要，為了保密，所以從翰林院選擇詞臣，以翰林學士知製誥入直內閣。
解決了此事之後，就是獻替可否，這就是內閣就國家事務的各方麵向皇帝提供谘詢，發表意見，也就是內閣的商機密，承顧問的職能，這是內閣從一開始就有的職能，閣臣們希望的就是能夠加強密揭和密疏的保密性，內閣遇有不宜公開建言之事，便可書密揭進呈皇帝，但是內閣的密揭和密疏要嚴格保密，尤其是不能泄露給外廷科道。
對於這點朱載坖予以答應，內閣密揭和密疏都由司禮監太監直接收取傳遞，由皇帝本人親自批答傳閱，保證消息不外傳。
確定了內閣執掌之後，就是內閣的屬官以及下屬衙門了，之前內閣是沒有什麼屬官和下屬衙門的，內閣所需要的人員，大多直接從翰林院還有其他衙門抽調，內閣之前也僅有兩個真正的下屬機構，就是製敕房和誥敕房。
製敕房負責製敕、詔旨、誥命、冊表、寶文、玉牒、講章、碑額及題奏揭帖等項，一應機密文書，及王府敕底簿。
誥敕房負責文官誥敕及翻譯、敕旨、並四夷來文揭帖、兵部紀功勘合底簿等項。
現在僅僅依靠這些衙門，顯然是不能維持內閣的正常運轉的，朱載坖再和閣臣們商量之後，認為內閣應該增加中書科，負責管理中書舍人，這些中書舍人主要負責內閣的文書整理收發，協助閣臣辦公，還有閣架庫，負責儲存各種文書檔案，還有承發等各色衙門都要重新設立。
朱載坖都予以答應，閣臣們還有一個重要的問題，就是內閣閣臣們的選任問題，之前雖然有所謂非翰林不入內閣者的說法，但是畢竟是潛規則，對於選任閣臣，到底應該是怎麼一個標準，一直沒有一個標準，閣臣們希望朱載坖趁這次的機會，將內閣選任閣臣的標準也一道予以確定。
朱載坖詢問道：“諸位對於閣臣選任有什麼看法？”
李春芳說道：“陛下，此事宜付之公論，召閣部大臣一道商討之後再作結論。”
朱載坖說道：“卿等為朕之近臣，可先言之。”
內閣輔臣們於是闡述了自己的看法，對於內閣輔臣的選任，主要從品級和出身兩個方麵來加以選擇，從品級來說，不能太低，能夠被推薦為閣臣候選人的，必須是三品及以上的官員，主要包括六部尚書、侍郎，都察院左右都禦史、大理寺卿、通政使等人。
其次就是學曆要求，閣臣們認為，內閣輔臣必須是科舉正途出身，也就是說必須是進士，翰林出身者可以優先，但是禁止舉人和吏員出身的人擔任內閣輔臣，這點朱載坖還是認同的，進士科還是要有所優待的，不過朱載坖還加上了一條，就是製科出身也可以成為內閣輔臣。
這令輔臣們很詫異，因為大明沒有製科，也從未開過製科，朱載坖的意思就是以後開製科了，朱載坖對閣臣們說道：“製科以擇不世出之才也，此前代之美政也。朕亦深羨之，日後擇機開設，以為軍國之用。”
既然朱載坖決意要開製科，閣臣們也隻得答應下來。商量完了這些這些事情，還有一件大事，就是要將此事上奏，徹底公之於眾，朱載坖責成內閣條陳上疏。
第二天內閣就是上疏朱載坖，這次是內閣全體閣臣以內閣名義向朱載坖上疏的，疏名為：乞定製以全內閣執掌疏，請求朱載坖厘清內閣執掌，理順朝廷各部院衙門之間的關係。
朱載坖禦批道：“所奏甚是，下閣臣諸臣會商。”
內閣的奏疏被朱載坖下達之後，當即引起了在京的官員們的激烈討論，各級官員的奏疏一下子淹沒了朱載坖的案頭，他們紛紛發表自己的意見，不少人認為確實是應該厘清內閣的執掌了，但是也有人認為祖製已經將內閣的執掌說明了，內閣不過就是備皇帝顧問的機構，朱載坖重新厘清所謂內閣的執掌，是否會造成違背祖訓，使得內閣成為事實上的宰輔機關。
對於這些言論，朱載坖以上諭的形式替內閣做了解答，朱載坖認為，內閣始終是皇帝的顧問機關，而不是前代的宰輔，這點是始終不變的，大明沒有所謂的宰相，也不會設立宰相。這是重八哥的祖訓，朱載坖不敢不遵。內閣與六部各司其職，內閣負責協助皇帝處理政務，六部負責行政，各不相關，內閣無權乾涉六部行政，就不能稱之為宰相。
對於朱載坖的這通上諭，最高興的六部尚書們，以吏部尚書楊博為首的部臣們當即向朱載坖上疏，認為朱載坖的上諭是恪守祖宗之法度，昭示萬代之美政也。
朱載坖命令以吏部、禮部為首，會同都察院和其他各部院衙門，商定內閣則例，擇期舉行朝議，經朱載坖批準之後，通行天下。
朱載坖命令由吏部、禮部來擬定內閣則例，限製內閣權力的意思已經是非常明顯了。
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