朱載坖召見申時行等人，同時還有太子朱翊釴，朱載坖的想法很簡單，就是令太子領銜此事，朱載坖說道：“民為邦本，本固邦寧，固民必先富民，而富民必先興農，所以朕才在京畿興修水利，卿等當體朕意！”
申時行、徐貞明等人趕緊領旨，朱載坖接著說道：“雖然朝廷現在對於此事已經定下了方略，但是朕想，這些士紳們必不甘心，所以朕覺得以太子總領其事，卿等襄讚，有阻撓者，置之重典，以正國法。”
朱載坖雖然已經通過各種手段擺平了勳臣、皇親外戚和太監，但是大量的士紳們未必就可肯甘心，這點無論是朱載坖還是申時行等人都很清楚的，無論朝廷采取什麼方式，總會有人反對的，朱載坖對於反抗朝廷政策的，一向就是恩威並施，對於可以拉攏的，予以施恩拉攏，而對於冥頑不靈的，朱載坖就隻能予以嚴懲了。
這次朱載坖讓太子總領其事，一來是給申時行、徐貞明等人撐腰，申時行等人本就是太子講官，現在又有太子總領其事，那就想要對抗朝廷方略的人就得掂量一下輕重的，同時也是鍛煉朱翊釴，為政不僅要有深謀遠慮，更要有殺伐果斷，該處理就處理，這點正是現在朱翊釴所欠缺的。
隨後朱載坖下達詔書，任命徐貞明為工部右侍郎兼司農寺丞、督理北直隸屯田水利事宜，鑄給關防印信，同時太子朱翊釴總理京畿水利屯田賜天子劍，北直隸地方官府通力配合，有需要的直接向朱載坖奏報即可。
朱載坖這次是完全放權給朱翊釴，讓他自己決斷應該怎麼辦。而經略朝鮮倭國兵部尚書徐渭也向朱載坖奏請，現在氣候轉暖，各項準備工作也已經完成了，官軍已經在朝鮮囤積軍糧三十五萬石，可以出兵，徐渭等奏請朱載坖發兵佐渡島。
朱載坖予以批準，遣皇次子朱翊鈞、定國公徐文壁等祭告太廟，欽天監卜定吉日，正式出兵，朱載坖親送大軍出征。
欽天監擇定的吉日是隆慶十二年四月初十日，朱載坖著皮弁服，在錦衣校尉、府軍前衛帶刀官和羽林左右衛親軍的護衛下，於宣武門命將出征。
朱載坖於當日分遣重臣，以太牢祭告天地、山川、祖宗、社稷，大軍於宣武門外肅立，武英殿大學士張四維宣讀詔書。
張四維開讀道，奉天承運皇帝詔曰：朕受天明命，總理山河十有二年矣！幸賴祖宗遺德，臣工用命，海宇安寧，烽煙不舉，四夷賓服，邊鄙和樂。
然倭國世居東海，久不恭順，興師襲擾，非有一日也。皇考英明睿斷，挫其奸謀；念太祖不征之訓，體黎庶轉運之苦，未加撻伐，示以仁德，欲彼天良未泯，尚存一息良善，則兵戈不用，舟楫不興，知海澨山陬，皆我赤子，苟非元惡，普欲包荒，皇考仁德之至，古今罕有。
及至朕躬，承皇考之餘威，宣諭再三，示以恩德，望其知皇考之苦心，各守疆界，庶幾保全此身，何乃怙惡不悛，一至於此？我大明仁恩浩蕩，恭順者無困不援；義武奮揚，跳梁者雖強必戮。朕有施仁之心，亦有用兵之斷。
況爾倭國，屢犯天朝；逮自先朝，虐我生民，任意鴟張，專行詭計，釁開自彼，公論昭然。嘗以兵戈犯境，至於孝陵震動，南都受驚；倭人渝盟尋釁，無理已極，勢難再以姑容。仁至義儘，何以複加！況聖人有言：王道複古，尊王攘夷；十世之仇，尤可複也！彼自為不祥，驚擾陵寢，罪莫大焉！朕為子孫，何其可忍？
而倭人景虎，素稱恭順，奉表內附，以乞王化。適遭困厄，豈宜坐視，若使弱者不扶，誰其懷德？強者逃罰，誰其畏威？況東方為肩臂之藩，則此賊亦門庭之寇，遏沮定亂，在予一人。豈能養癰遺患，至於後世？
遂大召群臣，論之再三，同聲一氣，皆言必征！朝堂之臣求戰於前，邊鄙之將請兵於後，群情激奮，朕何敢違？雖欲赦彼，則公論不可；縱不得已，而惡貫滿盈。人神共憤，斷不可恕。
遂饗之宗廟，卜之再三，命將出師，躬行天討！
兵部尚書徐渭，洞悉戎韜，久曆波濤，可依前製加太子少保、經略朝鮮倭國等處軍務事，專製閫外，緝凶鎮暴。右軍都督府右都督吳惟忠，老成宿將，元戎純臣，可依前製加征東將軍，提督備倭軍務事總兵官，其餘總協各將，各正名號，以備征討。
於戲！朕爰興師旅，以正封疆。拯溺救焚，聿從於民望；執信獲醜，即震於皇威。凡爾眾多，宜體茲意。諸將必獲元凶，檻送京師；以泄人神之憤，以正國法之威，朕何惜茅土之賞？
而倭國或有良人，當知天理，昔輔果絕親於智氏，而蒙全宗之福，微子去殷，項伯歸漢，皆受茅土之慶。此前世之明驗也。若其執迷不悟，將助亂人，不式王命，戮及妻孥，罔有攸赦。款塞及時，一身可贖；天兵到日，百口何辭。慎用早思，毋貽後悔。
朕申大義於天下，明法紀於諸國，天地古今，惟一君臣；尊卑高下，豈容淩越？華夷雖限，而來王之化不分內外；風氣雖殊，而朝宗之歸自同遐邇。順則綏之以德，先施雨露之恩；逆則討之以威，聊代風雷之用。故今爰整乾戈，正天朝之名分；大彰殺伐，警小醜之跳梁。
番邦屬夷，當體朕心；各守封疆，以安王化。若奸謀敗露，身膏草野，首懸都門，悔之何及？欽此。
張四維宣讀完聖旨之後，兵部尚書經略朝鮮倭國徐渭和征東將軍吳惟忠領受聖旨及天子劍、節鉞印信等物，朱載坖命皇太子朱翊釴和皇子朱翊鈞奉酒以壯行色，徐渭和吳惟忠飲過之後，再次向朱載坖跪拜說道：“臣等謹領聖命，躬行天討，以振國威，以彰國法！”
朱載坖這才沉聲說道：“出征！”錦衣校尉大聲重複朱載坖的命令三次，號炮響起，徐渭、吳惟忠及三軍將士再次拜謝朱載坖後這才開拔。
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