張居正陳述完了自己的意見，小心的觀察著朱載坖的反應，對於張居正的這些意見，朱載坖認為有部分是可取之處的，如從進士、舉人當中選拔願意學習法律、算學的，經過培訓合格之後在分到相應的衙門任職，朱載坖認為這個辦法是很好的。
對於對於在明法、明算兩科大規模增加儒學內容，朱載坖認為要有所商榷，朱載坖認為朝廷選拔明法、明算科，首先就是要選取相應的人才，對於這兩科來說，專業能力是最重要，過分強調儒學素質對於這兩科來說就不太重要了，所以朱載坖認為，張居正所提出的以儒學定去留，以科名定等次的辦法似乎有些不妥。
朱載坖認為，既然是考試明法、明算兩科，那麼考試的科目就是明法、明算，但是儒學底子確實是要有的，朱載坖認為在明法、明算兩科考試之前，由禮部組織一次考試，專門考察這些應試生員的儒學水平，但是考試的難度不必過大，達到秀才的水平即可，在通過禮部和翰林院的考試之後，才能參加明法、明算兩科的考試，這樣以保證明法、明算兩科的應試舉子有一定的儒學底子。
但是在兩科的具體選取中，惟本科的成績作為參考，這點也得到了張居正的認同，畢竟朝廷現在所需要是專業人才，他們隻需要具備基本的儒學底子就行了，真正重要的是他們的專業能力，這點張居正也是認同的。
但是君臣分歧最大的一點就在於明法、明算兩科出身的官員是否應該設置上限的問題，朱載坖認為他們本就在法司和相關衙門中工作，沒有特旨是不能調入其他衙門，也不能夠擔任州縣正印的，他們的上限本來就不可能太高，朱載坖還不了解這幫官員們嗎？
即便是朱載坖搞了十多年的三途並進，一大批的吏員也通過考選成為官員了，但是看看現在，整個大明又有多少正印官和京官是吏員或者舉人出身呢？舉人出身的官員現在已經算日子好過的了，因為大量吏員出身的官員進入官場之後，成為了官場的底層，而原本官場的底層舉人的地位反而是有所提升，現在的底層肯定是吏員出身的官員們，其次是舉人，然後自然是進士們。
朱載坖提拔海瑞以舉人出身擔任左都禦史，執掌天下風憲之後，舉人出身的官員處境有所改善了，一些考績優良的舉人官員被吏部所舉薦提拔，現在舉人出身的官員擔任州縣正印、按察副使、兵備道、布政司參議、督糧道等地方要職和京官、科道官的已經並不鮮見了。
但是吏員出身的官員現在連州縣正印都很少，這一方麵是因為吏員出身的官員起點太低，吏員經過考選之後，出身從九品下，然後再經過考滿升遷，從從九品升遷到能夠擔任州縣正印的七品，就需要不短的時間，再加上吏部本能的認為這些從吏員出身的官員奸猾，往往都是先安排進士、舉人出身的官員，最後才輪得到這些吏員出身的官員，所以絕大部分的吏員出身的官員，仍舊是擔任主簿、縣丞、巡檢等佐貳官、雜職官、首領官等。
朱載坖很清楚，一旦朱載坖對於明法、明算兩科出身的官員設置所謂的官品上限，以這些文官的尿性，他們肯定會對這些明法、明算科出身的官員予以最嚴厲的控製，到時候不要說張居正建議的四品，他們能夠擔任六品官都算是僥天之幸了，要知道，無論怎麼說，吏部可是始終掌握在這些進士出身的官員們手中的。
所以朱載坖認為不能夠設置所謂的四品上限，對於這些明法、明算科出身的館驛，比照舉人升遷、考成即可，同時也不能把他們長期限製在法司、戶部等有限的衙門中，這樣會導致他們在這些衙門中抱團，反而影響朝廷的行政，做大朋黨勢力，朱載坖認為，要建立合適的流動機製，明法科、明算科出身的官員，一樣也可以向其他官員一樣的升遷，轉任，隻要考績優良，就應當予以升遷。
當然，明法、明算科出身的官員，必須首先分配到相關的衙門中去，必須在本衙門考績優良，考滿升遷到七品之後，才能夠向其他衙門的調動，同時調動往其他衙門，不能直接擔任正印官，必須從佐貳官做起，防止舞弊。
朱載坖對張居正說道：“張師傅，明法、明算科出身，不過九品，就算弱冠入仕，從正九品，逐級遷轉，從八品、正八品、從七品、正七品，也需要是四次遷轉，大明官員三歲一考，就是十二年，從七品到四品，六次遷轉，到四品時，已經五十了，又有幾人能夠遷轉至四品以上呢？何況哪能每考必遷，若真是能夠每考必遷的話，那也確實是不世出的人才了，朕看這樣的人，不過是刑部尚書還是都禦史都是做得的。”
所以朱載坖認為，完全沒有必要對這些明法、明算科出身的官員予以設置官品的限製，朝廷對於吏員都尚且沒有設置限製，何必對於這些明算、明法出身的官員予以設置限製呢？這是完全不合情理的，朱載坖認為沒有必要，而且從現實情況來說，由於他們出身的低微，他們很難能夠遷轉到高位，這點其實朱載坖和張居正都很清楚。
偶爾能夠有一兩個天才遷轉到四品以上，不是能夠激勵天下的士子報考明法、明算科嗎？同時朱載坖還要求嚴厲考成，嚴格官員的遷轉，從前元以來，官製混亂，官品貶值，朱載坖認為要從自己這裡糾正這個問題了，唐宋之時，三品為高官，一二品等閒不授的，到了大明這裡，三品官多如牛毛，不甚值錢，朱載坖認為要珍惜官品，嚴格考成，以免官品冗濫，朝廷上下權責不清，要對大明的所以衙門、職務重新厘清職務，賦予官品。