張居正當然是聞弦歌而知雅意，明白了朱載坖的意圖，朱載坖從即位以來，對於大明朝廷的內外官製進行了重大的調整，但是大多是因事而設，如因為開海，設立海關總署衙門和相應的分司、緝私水師等部門，為了整頓鹽政，而設立總理鹽政衙門等，包括在地方設立的一係列官署，如巡檢司，在縣增設縣尉等，比較零碎散亂。
而在製度層麵上，朱載坖並沒有將之形成律令，將其固定下來，因為當時的朱載坖還沒有時間在處理這些事情，現在朱載坖好不容易空出手來整頓大明的內政，自然是要將各種改革措施加以確定，以詔令的形式予以公布，而其中的重中之重就是官製，朱載坖所以首先要做的就是對於大明官製的重新厘定。
而在這一輪的新政措施中，朱載坖主要是要厘定大明的地方官製，以加強朝廷對於地方的控製，太祖朝所製定的官製已經無法保證朝廷能夠有效的控製地方，朱載坖為什麼之前要屢屢興起大獄，打擊地方勢力，歸根到底就是地方官府不得力，現在朝廷的力量已經足夠了，朱載坖當然要做的就是加強地方官府的力量。
所以朱載坖命令張居正先和相關的部院衙門商量之後，形成奏疏，向朱載坖奏報之後再行定奪。
而同時，朱載坖正式下達詔書，於下一科開設明法、明算，每科取二百人，同時命令禮部製定詳細的規程，用以確定考試的程序，朱載坖的詔書下達之後，果不其然的引起了激烈的討論。
大量的官員向朱載坖上疏，認為不應當開設明法、明算兩科，他們的主要論點都兩個，第一是這兩科是末業，和儒家治國的大道相比，這些都是歪門邪道，朝廷是用禮儀綱常治國，而不是用律法治國，所以經義自然重於律義。禮儀為本，刑法為助，在唐宋，明法科最為下科，然必責之兼經，是古者先德後刑之意也。禮之所去，刑之所取，律法隻能作為鞏固政權的工具，而不能淩駕儒家經典之上居於首位，否則就是本末倒置。
對於這種觀點，刑部尚書洪朝選、左都禦史海瑞等人都上疏予以批駁，他們認為禮儀綱常固然是朝廷的治國之本，但是法度刑殺也絕不可放鬆，雖然有大臣引用董仲舒的論述稱：“夫萬民之從利也，如水之走下，不以教化堤防之，不能止也。是故教化立而奸邪皆止者，其堤防完也；教化廢而奸邪並出，刑罰不能勝者，其堤防壞也。古之王者明於此，是故南麵而治天下，莫不以教化為大務；立太學以教於國，設庠序以化於邑，漸民以仁，摩民以誼，節民以禮，故其刑罰甚輕而禁不犯者，教化行而習俗美也。”
但是很多有實際地方行政經驗的官員們是很清楚的，在實際的行政中，教化固然是重要的，但是朝廷的法令和其帶來懲罰後果才是能夠威懾這些不法之徒的重要手段，所以連東閣大學士申時行都上疏稱：“聖人有言，道之以政，齊之以刑，民免而無恥；道之以德，齊之以禮，有恥且格，此法之用也。故禮不可廢，法不可懈也！如法不嚴，奸私之臣愈眾，而暴亂之徒愈勝，不亡何待？出禮入刑，隆禮重法，此先聖治國之道也！”
禮部尚書徐學謨也上疏稱：“治國有二機,刑德是也。王者尚其德而布其刑,霸者刑德並湊,強國先其刑而後德。夫刑德者,化之所由興也。德者,養善而進闕者也；刑者,懲惡而禁後者也。故德化之崇者至於賞,刑罰之甚者至於誅。以其不可偏廢也！”
至於明算的用途，不管是戶部尚書王國光還是總督倉場兼司農寺卿張學顏，都將算學的作用說的很清楚，朝廷的用兵行政、物資調度等，方方麵麵都離不開算學，所以現在啊算學對於大明來說是很重要的。
至於他們提出了第二個論點，自然是關於取士太多，容易造成冗官，對朝廷財政造成沉重的負擔，影響大明的行政效率，部分官員們認為，太祖所製定的官製，能夠一直沿用，說明還是有其可取之處了，太祖當年也隻用這麼多官員，就足以治天下了，而現在朝廷的官員數倍於太祖時，仍舊不能治理好天下，並非官員數量不夠，而是不能用太祖之法，他們希望朱載坖恢複太祖之法，罷無益之政，使得民風淳樸之後，天下自然就好治理了。
對於這些言論，朱載坖全當狗叫，直接留中不發，朱載坖很清楚，這些人並非是不知道大明現在情況是什麼樣的，而是睜著眼睛說瞎話罷了，對於這種情況朱載坖也是很清楚的，這種人你搭理他都是浪費時間。
既然他們動不動就拿冗官說事，朱載坖趁機命令吏部和都察院統計天下的官員，看看大明的官員到底有多少人，他們再乾些什麼事情，是否是真的如他們所說大明現在也有冗官的情況。
同時朱載坖還專門下詔，製定官員致仕的辦法，按照品級規定官員致仕的年齡，同時也要規定各種特殊情況，如軍務、特旨等情況。
朱載坖同時下令吏部整理編製，因為現在的州縣設置都是洪武、永樂時設定的，當時規定定糧二十萬石以上為上府，以下為中府，十萬石以下為下府；縣則以十萬石以下為上縣，六萬石以下為中縣，三萬石以下為下縣。現在大明的情況變得更加複雜了。
朱載坖命令內閣領導吏部、戶部、兵部、刑部和都察院與地方督撫們一道，按照衝、繁、疲、難等考察項目，重新對天下的州縣予以劃分，根據每個府州縣所麵臨的不同情況，分彆確定官府的編製，做到縣有定員、事無虛應，既要保證朝廷對於地方的有利控製，又要儘可能的不造成冗官。