不僅是這些州縣官吏，對於朝廷的督撫、布按以及各道、府等地方大員，一樣也要予以嚴管，首先就是督撫衙門的屬官、吏員問題，原本督撫隻是臨時欽差性質，事畢即還，巡撫、總督等地方大員，並沒有固定的屬官，而是往往從地方官府或者布按二司中抽調屬官和吏員到督撫衙門中辦差，使得本就缺乏官吏的地方官府官吏更少。
而這些督撫大員們出鎮地方，往往建立幕府，幕府又可以指文武高官出征時搭建的營帳或者巡撫地方時的衙署。“幕府”之中的長官，被稱為“幕主”，而輔佐“幕主”的人，則有“幕官”和“幕賓”兩類人。
所謂的幕官，簡而言之就是將官們公署之中的屬吏，本身就歸屬於朝廷正式的官僚係統，一般是從轄區內的各級官府中抽調而來的。
而除了這些人之外，就是大明的所謂幕賓，也就是督撫官員們自己私人聘請的類似師爺性質的人，幕賓和幕官的不同之處在於，幕官雖然也聽命於幕主，但幕官是由朝廷分給的屬吏，名列官籍，身份為官；幕賓則是由幕主私人聘請的輔佐人員，身份為客，不食朝廷俸祿，一切待遇均由幕主給支，兩者合稱就是我們常說的幕僚。
原本這種製度從唐宋以來確實有存在，大明的這些督撫大員也經常開幕府，廣請幕賓，王守仁擔任督撫的時候就曾經說過：“凡薦賢於朝，與自己用人又自不同，自己用人，權度在我，故雖小人而有才者，亦可以器使。”
大明的這些官員的，一旦出鎮，往往都要聘請大明的幕賓為自己的服務，很典型的代表就是胡宗憲，他在擔任浙直總督的時候，就大量的聘請幕賓，為他服務，為了養活這些幕賓，胡宗憲也耗費了不少銀子，所以當年彈劾胡宗憲為總督銀山並非空穴來風。
大明的這種幕賓製度雖然是沿襲自前代，但是大明初年時，朝廷為各級地方行政公署都設有幕屬官，這一類幕職並非由長官自己征辟，而是朝廷負責銓選，使得幕屬官一方麵配合長官工作的同時起到了監督長官的作用。隨著時間的推移，情況逐漸發生了變化，雖然公署有幕職，但是有司並不器重他們，反而自己聘請幕賓治事，或者將具體事務托付給胥吏，後來新任的總督、巡撫等封疆大吏，朝廷並不配給屬吏，因此這些督撫也有自己聘請賓客輔佐。
到正統年間，這種事情已經是非常普遍了，朝廷大臣出征之時就可以自主征辟文士，正式出現了幕賓一職。如文人周鼎因為生病棄官歸家，而金忠討伐福建盜賊的時候就將其征辟至幕府，讓周鼎為自己出謀劃策。
而且現在這種幕僚在大明非常之風行，從州縣官員的師爺，到京師部院重臣們，往往都豢養門客幕賓，現在幕賓在各級衙門中都有存在，上至內閣大臣，大太監，下到六科給事中，各類衙門，各色官員聘請幕賓蔚然成風。而這些所謂的幕賓，在實際上大多是乾些什麼呢？
據朱載坖通過廠衛了解的信息，這些幕賓們主要從事的就是四種工作，一是負責幕主奏章公文的處理，不少幕賓經常給幕主當槍手，比如胡宗憲名下著名的軍事著作《籌海圖編》，實際上的作者是胡宗憲手下的幕賓鄭若曾，還有如徐渭在胡宗憲手下負責奏章公文五年，記文可百篇。
二是以備顧問，當參謀，這一點就很符合大家印象中的謀士形象了，當然了，參謀之事也是幕主負責事務以及朝廷政務，俞大猷在帶兵打仗之時就曾聘請王陽明弟子顏鈞為“軍師”出謀劃策。
三是處理民政，我們上文說道明中期以後各級官署都有開幕府聘請幕賓的風尚，這其中聘請賓客最多的就是各地知縣，由於現在官員們長於經史，不通政務，官員行政能力亦是逐漸下降，不理民事，為了擺脫這些日常政務的打擾，基本上每個知縣都會聘請幕賓為自己處理民政。
四是幫閒，所謂幫閒就是當幕主赴縉紳宴請的時候，在一旁獻藝，詩詞歌賦、琴棋書畫等等，給自己幕主臉上增光添彩，以上四項便是幕賓所負責的主要事務。
很大程度上，這些幕賓是在代行朝廷官員的職能，這是朱載坖所決不能允許的，現在這些幕賓價碼可不便宜，據廠衛的調查，幕主需要幕賓輔佐軍政民生上的繁雜瑣事，而幕賓則需要幕主提供的傭金養家糊口，幕賓每年收入多者可達二三百兩，少者也要三十兩。
這種所謂幕賓製度給朝廷帶來了極大的危害，在朱載坖看來，這種所謂的幕賓製度不僅使得官員的行政能力下降，而且還容易因此滋生腐敗，對於這些官員們來說，他們的俸祿顯然是不足以支付聘請幕賓的費用的，他們要維持官員的排場，要有相對富足的生活，還要豢養不止一個的幕賓，對於這些官員們來說，他們除了去貪墨之外，沒有彆的來錢的路子。
而對於這些所謂的幕賓們來說，有一些確實是有抱負有理想，因為各種原因不能通過朝廷的科舉，但是絕大部分的所謂幕賓從事這一行的主要原因都是為了銀子，他們往往利用這種為官員擔任幕賓的身份，假借官員的名義，獲取錢財，這就會導致大明的吏治更加腐敗。
所以這種情況是朱載坖所不能允許的，現在這種所謂幕賓的風氣越來越蔓延開來，太監們也不能免俗，不少地位極高的大太監也會延請幕賓，比如著名的大太監劉瑾就曾聘請落榜生員張文冕為自己的幕賓，對於這種情況，朱載坖認為要嚴厲予以禁止。
事實上大明初年的官吏更加缺少，但是這些官員們一樣能夠將地方治理的井井有條的，如況鐘在擔任蘇州知府的時候，內署不延幕客，一切奏疏、榜諭、讞案，皆公所親裁。一樣能夠將蘇州治理的很好，這是行政能力的問題。