對於這個問題，朱載坖親自召集重臣們一道商討，主要的目的有兩個，第一點就是解決各級衙門，尤其是督撫衙門的屬官、吏員問題，第二個就是禁止各級官員私自聘用所謂幕賓、師爺等人，並且讓他們越俎代庖處理政務，這是朱載坖所決不允許的。
對於第一個的問題，朱載坖首先就和重臣們商量起來了，增加官員和吏員，這點也被重臣們所接受了，現在各地的督撫衙門確實是沒有一定之規，往往都是隨心所欲的配置官員、吏員，甚至直接讓他們所聘請的幕賓來代行朝廷命官的職權，這點是不能容忍的。
之前由於時常要用兵，所以對於這些督撫們有些放任了，現在趁這個相對比較安寧的時候，朝廷對於督撫衙署的編製要予以重新擬定，將佐貳官、幕府官、屬吏等予以配齊，儘可能的減少這些所謂幕賓的生存空間。
對於州縣正印的師爺，也要堅決予以禁絕，朱載坖認為，身為朝廷命官，代天子牧民是職份所係，如果連這個都做不到，怎麼配吃這份俸祿，穿這身官服的？雖然之前各級官員聘請師爺、幕賓等確實是有一定的道理，但是在朝廷配齊了各級官員之後，這種事情就不能夠容忍了。
所以朱載坖和重臣們商定，以三年為期，補齊各級衙門的編製，同時逐步從衙門中將這些所謂的師爺、幕賓全部予以清除，同時提升大明官員的行政能力。
首先就是先確定各級衙門的執掌和編製，之前已經對於州縣的編製做了一定程度的調整，現在就是對於地方的監司進項調整了，朱載坖首先是和重臣們確定了地方應該有哪些監司。
大明原來的省一級設立布政使司、按察使司和都指揮使司三司，其中布按二司是朝廷控製地方的主要監司，但是現在朱載坖在地方還有大理寺分司等衙門，負責處理司法等事項。
朱載坖先命吏部將現在布政司的架構予以介紹，大明現在的一個布政使司，除了主官左右布政使之外，還有左右參政數員，從三品；左右參議數員，從四品。參政、參議分司諸道：督糧道一般一人，主要負責征收田賦、督冊道則人員不限，設立情況依據本布政司情況而定、分守道人數亦不限，主要負責向各府、直隸州傳達、催辦布政司的公事。
經曆司：經曆一人，從六品；都事一人，從七品。
照磨所：照磨一人，從八品；檢校一人，正九品。
理問所：理問一人，從六品；副理問一人，從七品；提控案牘一人。
司獄司：司獄一人，從九品。
庫大使一人，從九品；副使一人。
倉大使一人，從九品；副使一人。
雜造局、軍器局、寶泉局、織染局大使各一人，從九品；副使各一人。
以上就是一個布政使司現在有官員數量，朱載坖和重臣們商量之後認為，現在的布政使司已經不再具備司法功能了，地方的司法由大理寺分司、按察使司所負責，所以布政使司內的理問所和司獄司可以撤銷，將其移送給按察使司，布政使司不再承擔司法職責。
而布政使司的主要職責是管理民政、財政、土地、戶籍、錢糧、官員考核、溝通督撫與府縣，而這次對於布政使司的改革，就是要使得布政使司能夠回歸到主業來。
對於各道，要予以合並，除了督糧道仍舊保留，並且按照每個布政使司的實際情況予以設置之外，將分守道和督冊道合並，負責清丈田畝，核實黃冊，同時傳達政令。
而布政使司本衙，最重要的事情是民政和錢糧，所以在布政使司下設課稅、常平、藩庫、預算、道路、水利、礦冶等司，分司管理一省的各項事務，而左布政使為長官，右布政使協助左布政使管理相關的各司，同時提高司的品級，將各司主官升為從四品的布政司參議，司下設各案，負責具體事務的管理，案有主事，為正六品，負責具體事務的管理，根據實際情況設置官員和吏員。
布政使司的主要職責就是督促府州縣按時按量征繳賦稅，核實黃冊數據，清丈田畝，打擊土地兼並，編製通省預算，負責存儲留存錢糧，起運應該交解戶部錢糧，對於府州縣官員有關民政、賦稅事項予以考核，上陳吏部，負責組織本省內部的道路等基礎設施的建設，對於下去的礦冶、工商等賦稅的征收。
除了布政使司之外，就是按察使司，作為朝廷在地方的治安、監察、司法機關，按察使司的職能是很明確的，就是糾官邪，戢奸暴，平訟獄，雪冤抑，以振揚風範而澄清吏治。
按察使司的架構也比之布政使司要簡單一些，按察使司有按察使、副使，掌一省刑名按劾之事，兼具司法和監察職能。按察使一人正三品，按察司副使一人正四品。下設僉事，正五品，員數無定。副使、僉事，分道巡察。其兵備、提學、巡海、清軍，驛傳、屯田等事，各設專職人員，亦用僉事等名義。
除了按察使之外，副使正四品，僉事正五品。副使、僉事為按察使之佐貳，助理按察使處理司務。此外，也被遣差分道按察，人主一道。除副使、僉事外，按察使還有經曆、知事、照磨、檢校、司獄等屬官。
而按察使司的屬官有按察使屬官有經曆司經曆秩正七品、知事秩正八品，照磨所照磨秩正九品，司獄司司獄秩從九品，各一人。知事掌勘察刑名。司獄掌檢察係囚。
朱載坖改革之後，除了原本的按察使司衙門之外，按察使的權力被得以加重了，按察副使專領一省巡檢，下設巡檢參將和省內的各巡檢司，負責治安、人口管理、戶帖的登記等等事務，同時還有大理寺分司予以製衡司法權。按察使司下麵最重要的道就是兵備道了。