對於按察使司和大理寺分司的關係，這個也是這次官製大調整的重要問題之一，因為在地方，實際上有三個承擔的司法職能的機關，首先當然是按察使司，其次是大理寺分司，還有就是巡按禦史，他們之間的關係和他們和府州縣司法官員的關係都必須要厘清，否則的話就會產生互相推諉塞責的事情。
原本朝廷為了限製地方權力，對於按察使司的司法權力限製的很死，按察使雖然掌管全省的刑名案件，其審理權限僅僅限於徒刑以下(包括徒刑)的案件，徒刑以上的案件必須報到刑部審理。就是怕地方官員濫用刑罰，也是朝廷慎刑思想的體現。
對於這種慎刑思想，朱載坖當然也是予以認同的，但是這樣一來，刑部的壓力就非常之大了，大明這麼大，各種案件最後都要上奏刑部和大理寺複核，顯然是不可能的，所以朱載坖認為將部分案件下放給按察使司和大理寺分司，減輕刑部和大理寺的壓力，同時提高效率，使得刑部和大理寺能夠專注於重大案件和死刑的複核。
朱載坖認為，流刑以下的案件，按察使司審結之後，將人犯及卷宗移送大理寺分司複審，如果大理寺分司複審無誤，即可生效，若大理寺分司複審之後仍然認為有疑點的案子，應該將其上奏刑部、大理寺處理。
同時對於死刑的複核，在按察使司上奏刑部之後，大理寺分司也要提審嫌犯，單獨製作相關卷宗，與巡按禦史一道會審，將大理寺分司複核的情況單獨上奏大理寺，以供大理寺在複核的時候參考。
還有一個重要的問題就是要理順地方官府和按察司的隸屬關係、權責劃分，朱載坖在和重臣們商量之後認為，縣尉作為朝廷的基層司法官員，他們主要負責輕微案件和地方的民事糾紛的處理，如杖刑的判決等，縣尉可以立即判決並且執行，徒刑縣尉可以判決，但是必須要報請州府推官複審之後，報按察使司複核，但是徒刑以上，就不是縣尉能夠處理的了。
徒刑以上，縣尉無權處理，隻能收集證據、口供等，上呈州府，由推官負責審斷，尤其是涉及到人命重案，必須由州府一審之後，上報按察使司和大理寺分司二審才行，同時州縣推官也主要接受按察使司的管理，而不是正印官的管理，目的就是逐漸剝奪正印官的司法權，將司法權歸屬於法司而非地方官府，州縣正印專注於行政。
而按察使司最重要的職能就是統帥一省的巡檢司和管理戶帖，統計人口，這是朝廷賦予按察使司的重要權力，朱載坖很清楚，按察使司在地方的重要職能是維護治安，而治安的維護主要就是通過各個巡檢司來完成的，對於盜匪的緝捕、剿滅，是按察使司的重要職能，負責巡檢司的按察副使要負責對於一省的盜匪剿滅、戶帖登記、巡檢司的訓練，同時和地方官府協調，對於大股的流寇，與地方官府、衛所一道予以撲滅。
對於按察使司下設的各道，也要予以統一，將清軍和整飭兵備合二為一，稱整飭兵備清軍道，負責轄區內部的清軍、緝捕逃兵、核實軍籍、檢查軍儲、軍器等事項。
還有就是驛傳道，負責整頓轄區內部的驛站，保障朝廷的文書轉遞，除此之外，重要的就是總督、巡撫衙署的官吏配置，之前這兩個職務都是欽差性質，總督、巡撫衙門都沒有一定之規，完全是隨心所欲的設置，巡撫衙門未設佐貳官，日常事務由六房書吏及幕友處理，正式編製僅巡撫一人。
之前很多督撫也強調：“官府衙門不能不用吏役，外官衙門不能不兼用幕賓，得其人可收指臂之助，非其人遂成切身之害。”
但是當過多年督撫的右都禦史楊繼盛直接指出這種情況的弊端，他說道：“陛下，吏役之設，各衙門不能不用，但官用之以任使，百姓畏之如虎狼，且此等人數既多，平日更可倚仗官勢朋比為奸，無弊不滋，無惡不作。”
這些部院重臣們大多都有督撫經曆，對於總督、巡撫衙門的設置還是有一些經驗的，雖然總督、巡撫衙門的架構大多和督撫們的習慣有關，但是還是有一定之規可循的，首先就是人員，督撫衙門中主要有三種人，其一是督撫延聘的幕客，有的充當參謀顧問，有的分管各項具體工作，是衙門中高級辦事人員；其二是胥吏，胥吏是衙門中負責辦理某項事務或辦理文書的書吏；其三是衙役，這是衙門中低級的專司拘提奔走的人員。
其次就是內設部門的設置，這點上各督撫衙門都是大同小異的，督撫衙門的辦事機構一般設有吏、戶、禮、兵、刑、工六房，分房辦事。這樣，上可與朝廷的六部相對，下可通過布政使、按察使等機構統轄指揮各府、州、縣的各項事務。
吏房負責統轄所屬官吏的考課及候選官員等事項；戶房統管每年賦稅、丁差、雜課等項；禮房經管春秋二季祭祀、考試、學校、慶賀等項事務；兵房經管門房、民壯、驛遞、夫馬等事；刑房統管人命、盜逃、詞訟、保甲等重大司法工作；工房管修造和置辦各種軍需等。各房均雇傭胥吏若乾名，負責辦理日常各項事務。
還有督撫的中軍副將一員，負責統帥撫標營和督標營，文武巡捕各一人。文巡捕負責充當高級文職官員謁見總督的禮賓員；武巡捕負責充當高級武官謁見總督的禮賓員，並負責維護衙署內部之正常秩序。設監印委員一人，專管典守鈐蓋總督關防。設收呈委員一人，負責收受所屬文武官員及民人百姓的呈詞。
這些基本上就是督撫衙門的架構了，朱載坖認為，要予以正規化，就是用朝廷的官吏來替代這些所謂的幕賓、胥吏、書辦等，使得督撫衙門成為一個正常的大明衙門。