在朱載坖點用了兩名閣臣之後，朝廷之上的這些波瀾才算是安定下來，進入了正常的程序中，雖然現在申時行作為後起之秀，風頭很勁，但是大家也都看出來了，張居正在朱載坖的心目中地位仍舊是不可撼動的，在可以預見的時間內，張居正的地位是不可撼動的，申時行要想取代張居正，時間還早著呢。
朝廷回歸正軌之後，朱載坖首先要求新任吏部尚書楊巍將大明內外官吏進行統計，同時對於大明的督撫轄區進行重新規劃，按照之前朝廷的規劃，大明共有順天、南直、遼東、山西、陝西、延綏、四川、雲南、貴州、緬甸、廣西、廣東、福建、浙江、江西、湖南、湖北、山東一共十八名巡撫。
除了巡撫之外，還有薊遼、宣大、三邊、中南、兩廣、湖廣、浙直、河道八名總督，除了河道總督是專司黃河水利之外，剩餘的都是有固定轄區的總督，對於這些督撫的轄區和職權，朱載坖認為要加以細化，確定各自的轄區，執掌，而對於這些督撫們轄區，朱載坖首先提出來的就是南直巡撫和浙直總督。
事實上早就有官員提出過此事，朝廷在南直隸的統治機構過於繁瑣，從督師南京大學士到浙直總督然後是南直隸巡撫，朝廷在南直隸所設立的督撫過於密集，有些時候對於朝廷的管理並不方便。
歸根到底，還是南直隸太過於廣大了，設巡撫不好管理，設總督似乎又不太夠格，之前為了軍務的方便，將南直和浙江劃到一起管理，但是這兩省都是事務及其繁雜的地方，浙直總督權柄過重，所以屢有興廢，朱載坖這次在和內閣、吏部商量之後，決定罷浙直總督和南直隸巡撫。
對於南直隸，朝廷將其劃分為兩個巡撫管理，一是鳳陽巡撫，駐節中都鳳陽府，轄鳳陽府、廬州府、安慶府、太平府、池州府、寧國府、徽州府和直隸滁州、和州、廣德州。
二是蘇鬆巡撫，駐節蘇州府，轄應天府、鎮江府、淮安府、揚州府、常州府、蘇州府、鬆江府和直隸太倉州、上海州、徐州。
蘇鬆巡撫和鳳陽巡撫直接對督師南京大學士負責，受其管理，這樣簡化朝廷在南直隸的統治層級，裁減多餘官署和不必要的行政層級，同時由於現在大明海上貿易發達，浙江和福建的地位相對上升，為了加強朝廷對於閩浙兩地的控製，經略夷洲，朱載坖決定設立閩浙總督，以右都禦史兼兵部尚書總督福建、浙江、夷洲等處地方提督水陸軍務、糧餉、管理河道。
經過梳理之後，朝廷在東南理順了行政層級，最高的軍政官員自然是督師南京大學士，這是朝廷設置在東南的最高軍政長官，是內閣的外差，直接負責朝廷在東南的一應戰守之策，是朝廷的方麵大員。
在督師南京大學士之下，就是總督、巡撫等方麵之臣和朝廷的專門重臣了，對督師南京大學士負責有閩浙總督、提督操江都禦史、東南發運使、鳳陽巡撫、蘇鬆巡撫、浙江巡撫、福建巡撫，當然和這些高級文官一道調整的還有朝廷在此地的兵防軍事係統。
朱載坖在和練兵軍務處、五軍都督府、兵部商量之後，重新調整了朝廷在整個東南的兵防體係，按照新調整的東南兵防體係，朝廷在東南共設立中都留守司、南都留守司、浙江都司、福建都司四個都司級衙門，負責整個東南的衛所及班操京軍的管理。
而在東南的鎮協官軍，則是由南京守備所統帥的南京京營、蘇鬆鎮總兵、鳳陽鎮總兵、浙江鎮總兵、福建鎮總兵、提督操江軍務、東海水師、蘇鬆鎮水師、浙江鎮水師、福建朕水師所組成，朝廷在東南一共有最高的軍官則是南京守備，負責整個東南的兵防。
在南京守備之下，則是四位提督，提督操江軍務總兵官，負責江防和水路運輸；提督東海水師軍務事總兵官，負責東海的遠洋防衛；提督南直水路軍務事總兵官，下轄蘇鬆鎮總兵、鳳陽鎮總兵和蘇鬆水師總兵，負責整個南直隸的水陸防衛；提督閩浙水陸軍務事總兵官，下轄浙江鎮總兵、浙江水師總兵、福建鎮總兵、福建水師總兵，負責整個閩浙的水陸防衛。
除了在東南理順朝廷的行政和兵防體係之外，張居正還奏請對於西南，緬甸等地的行政、兵防體係予以調整，因為這些地方土司、蠻夷眾多，再加上緬甸是新開辟的疆土，張居正認為，要重新調整緬甸、雲南、貴州的行政與兵防體係，以適應形勢的變化。
雲南、貴州土司眾多，地形複雜，為了日後朝廷的改土歸流能夠順利實施，應當設立雲貴總督，專門負責彈壓土司，改土歸流之事，將雲南從中南總督的轄區中剝離開來。
而中南總督的轄區調整為緬甸布政使司、暹羅、占城、安南都統司、滿剌加國、滿剌加外府，主要負責經略整個中南半島和與兩廣總督一道經略南洋和安南，這樣的話，雲貴總督成為內地，主要負責土司和改土歸流的相關事宜，中南總督則是邊鎮，負責管理緬甸和大明在中南半島上的這些屬官、外府等，成為大明經略南洋的重要據點。
除此之外，由於河套已經收複，為了鞏固朝廷在河套的控製，決定設立寧夏巡撫，專門負責朝廷在寧夏諸衛和河套地區的屯田、兵防等事情，使得寧夏成為朝廷日後西征的重要支點。
對於總督、巡撫以及相應的兵防體係予以重新調整之後，朱載坖命令在整個大明實施大規模的普查，這次的普查主要針對的是官府，朱載坖和內閣要求各督撫、提督、總兵以及州縣官員，對於大明所有官吏、書手、皂吏和官軍士卒予以統計，得知朝廷現在有多少官吏、多少士卒。
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