但是對於內地的兵防，到底應該采取什麼樣的形式，卻是大臣們爭論的要點，主要問題就是在內地應該部署什麼樣的官軍，現在大明的官軍已經實施了兩種體製，即鎮協官軍和衛所官軍，鎮協官軍主要是在九邊、京營、親軍諸衛、水師和沿邊，是全脫產的官軍，不管是武器裝備還是訓練水平和戰鬥力都是官軍中最強的，而衛所官軍不是全脫產的，隻有部分士卒按照比例脫產，在武器裝備、訓練水平上是遠遠不如鎮協官軍的。
但是衛所官軍相對便宜，首先是衛所有軍屯，在朱載坖降低了軍屯籽粒，清丈軍屯土地之後，大明衛所的軍屯得到了保障，現在衛所軍屯的籽粒有地方官府負責征收，足夠保障二分脫產士卒的軍糧，而衛所官軍的軍餉，雖然也編入軍費預算之中，但是主要是算在地方留存錢糧中的，對於朝廷財政的影響不大，除了沿邊各省的衛所官軍需要朝廷資助之外，其餘各省衛所官軍的軍餉都是由地方承擔的。
所以戶部尚書王國光等人認為，內地畢竟不同於邊鎮，軍事壓力沒有那麼大，沒有必要配置鎮協官軍，還是應該以衛所官軍為主，畢竟這是祖製，衛所兵的戰鬥力是差了一點，但是又不是要他們去打北虜南倭，安靖地方足夠了，王國光認為，把鎮協官軍的總員額壓縮到六十萬以下，節省朝廷的開支。
對於戶部的這個意見，遭到了以戚繼光為首的參讚軍務大臣的反對，他們認為，朝廷是要減少在九邊部署的鎮協官軍數量，但是並不意味著朝廷大幅度壓縮官軍編製，現在朝廷並不安定，東北的土蠻、西部的青藏和西域，西南的土司，還有倭國、西夷、南洋等各個方向上大明都要保持一定的兵力，裁減官軍的話，會導致大明無法守衛現在疆土，所以他們堅決反對裁減官軍員額。
而且戚繼光還指出，內地也必須要有一支精銳之師，才能夠保證朝廷對地方的控製，雖然地方的流寇、土匪等，看似戰鬥力不強，但是流寇善於運動，土匪往往都盤踞在地勢險要的地方，對於地方來說，要剿滅這些人，僅僅依靠衛所官軍和巡檢司是不夠的，他們疏於訓練，缺乏武器裝備，戰鬥意誌不強，往往被他們擊敗，徒耗錢糧，而在地方維持一支規模不大但是訓練有素的精乾之師，就能夠消弭禍患於萌芽之間，這才是最省錢的辦法。
王國光作為戶部尚書，還是堅持認為現在軍費開支浩大，要裁減官軍數量，用衛所官軍部分替代鎮協官軍，減少軍費開支。
朱載坖並沒有立即發表意見，而是問道：“張師傅，申學士怎麼看此事？”
張居正並沒有就軍額問題發表意見，而是提出一個更加尖銳的問題，張居正說道：“陛下，地方之兵加增，何以保朝廷之權？”
作為首輔，張居正看待問題肯定是要更加全麵的，而張居正現在看到的這個問題，確實是無法回避的，朱載坖要求加強內地的兵防，以安定內地，那麼朝廷部署在內地軍隊數量肯定是會增加的，這樣會不會導致外重內輕的局麵，這是張居正這個首輔要首先考慮的事情。
對於張居正所提出來的這個問題，由於太過於敏感，無論是戚繼光還是王國光都不敢輕易開口，什麼叫外重內輕，如果再往嚴重點說，就是藩鎮之禍了，這點作為皇帝，肯定是極為忌諱的，見臣子們都不說話，朱載坖直接問道：“王本兵有什麼說的嗎？”
作為兵部尚書的王崇古，被朱載坖直接點名了之後，不得不站出來說道：“元翁所慮，確實是要重視的，然當年趙韓王所言，可以鑒之。”
在座的都是飽讀經史的人，自然知道王崇古所說的是什麼意思，當年宋太祖陳橋兵變之後，也深感憂慮，為此雪夜密訪趙普，欲為國家建長久之策，而趙普的回答就很簡單了，趙普答道：“陛下言及此，天地人神之福也。此非它故，方鎮太重，君弱臣強而已。今欲治之，惟稍奪其權，製其錢糧，收其精兵，則天下自安矣。”
兩宋基本上就按照趙普的這個規劃進行的，對於地方予以嚴厲控製，所以朱熹就說過：“本朝鑒五代藩鎮之弊，遂儘奪藩鎮之權。兵也收了，財也收了，賞罰刑政，一切收了，州郡遂日就困弱。”
王崇古的意思很簡單，要製衡地方，就可以按照趙普的這個辦法來，但是朱載坖並不這麼認為，現在的大明，對於地方的控製還是很嚴密的，朱載坖並不擔心地方出現藩鎮這樣的事情，但是張居正所擔憂的也不得不防。
對於地方，尤其是內地的兵防，朱載坖是認同戚繼光的意見的，與其如維持一支龐大但是羸弱的官軍，不如維持已經規模不大，但是相對精乾的官軍，將禍患消弭於未起之時，但是這支官軍必須牢牢掌握在朝廷手中，杜絕地方勢力的做大，這點也確實是必須要考慮的。
朱載坖思慮再三之後，對諸位重臣們問道：“如宋之更戍法，斟酌損益，以為今用，可乎？”
朱載坖所提到的更戍法，也是趙普的傑作，所謂更戍法，就是以禁軍分駐京師與外郡，內外輪換，定期回駐京師，故稱更戍法，但將領不隨之調動，使“兵無常帥，帥無常師”。更戍禁軍冠以駐泊、屯駐、就糧等名目。通常出戍京東、京西、河北、河東、陝西、江南、淮南、兩浙、荊湖、川峽、廣東等地屯駐，以三年為期輪換。
明麵上的理由是使軍隊習山川勞苦，但是實際上的目的是防止將領擁兵自重，更戍法在這個方麵是很成功的，但是卻造成宋軍兵不知將，將不識兵，戰鬥力降低，這點朱載坖又不能夠接受，所以朱載坖認為，要在兩宋更戍法的基礎上，改革地方的兵防，既加強地方的實力，又不能夠造成藩鎮。
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