對於這些地方勢力之間的鬥爭，張居正是洞若觀火的，他對於朱載坖說道：“陛下，地方之爭，各為地方用情，誠非以此為爭端也。”
對於地方之間的這些爭執，朝廷本來是應該站在公允的角度去處理，但是現在兩淮鹽商的種種行為，使得朝廷必須要重視了，通過對主管鹽政的中央大員施加影響、從而左右鹽業政策的製定，是兩淮集團屢試不爽的策略之一。張居正認為這種事情是要極力杜絕的。
張居正對朱載坖說道：“陛下，昔日葉淇之事，能不為戒乎？淇淮安人，鹽商皆其親識。因為淇曰‘商人赴邊納糧，價少而有遠涉之虞;在運司納銀，價多而得易辦之利。因而變易鹽法，使邊儲大匱，此皆當年之戒也！”
張居正說的這點確實是值得商榷的事情，對於朝廷來說，兩淮鹽商的勢力過強，絕非好事，以葉淇所謂的改革為例，葉淇在奏疏中說得冠冕堂皇，美其名曰“上下交利”，但其實質就是為兩淮鹽商服務。通過葉淇改革，兩淮鹽商不僅避免了開中納糧製度下的“遠涉之虞”，而且一舉取代素有邊境優勢的山陝鹽商，成為大明現在勢力最為雄厚的商幫。
同樣的事情在淮粵之爭中也經常出現，嘉靖三十七年，馬森擔任江西巡撫的時候，強行推動在江西行淮鹽，淮商又曾上言兩淮巡鹽禦史朱炳如，要求將江西袁州、吉安二府定為兩淮行鹽區。同時被要求收複的，還有河東鹽銷區的南陽府和陳州。朱炳如對淮商的要求一一滿足。兩淮鹽商善於使用朝廷為他們謀取利益。
朱載坖冷笑一聲說道：“這朝廷似乎不是大明的朝廷了，倒像是淮商的朝廷了！”
朱載坖對於這種行為肯定是不能容忍的，這種公然利用朝廷來為鄉黨謀取利益的行為，將會極大的損害朝廷的威信，同時使得地方和朝廷離心，所以朱載坖堅決不能容忍這種行為，他問道：“葉淇可有贈諡等？”
朱載坖認為，應當警告一下這些商人們了，否則他們不清楚到底誰才是大小王了，張居正也確實不太清楚葉淇的身後事，朱載坖於是遣人去翰林院詢問，很快翰林院就回奏朱載坖，葉淇以戶部尚書致仕之後，弘治十四年去世，贈太子太保，李東陽為其撰墓誌銘。
朱載坖於是下旨道：“葉淇變開中之製，令淮商以銀代粟，鹽課驟增至百萬，悉輸之運司，邊儲由此蕭然矣。此遺禍後世之舉，豈可贈官？著奪去葉淇一應追贈，追奪出身以來文字，禁毀一應違禁之物。”
朱載坖的這個旨意，對於葉淇的懲處已經是極為嚴厲了，不僅將一應身後恤典都予以剝奪，甚至追奪出身以來文字，還要禁毀違禁之物，也就是當年按照官員品級為其營造的墓穴、墓誌銘等，都要一並予以毀禁，朱載坖這個時候采取這個行動的原因是很簡單的，就是為了給兩淮鹽商們提提醒，讓他們明白大明是誰說了算。
除此之外，張居正還提出了一個建議，就是重新厘定朝廷各地方的鹽稅分配比例，其實在之前的行鹽地域爭端之中，朝廷大多支持兩淮運司，除了兩淮鹽商在朝廷上下有豐富的人脈之外，也和朝廷的利益有直接的關係，這就是張居正所提到的第二對矛盾，也就是朝廷和地方的利益矛盾。
之所以朝廷在之外的鹽區爭端中，一向采取支持兩淮運司的態度，根本原因是為了維護朝廷的鹽稅收入，廣鹽和淮鹽的鹽區之爭，更加深刻的反映了朝廷和與粵贛地方官府之間的矛盾衝突與利益分割。朝廷利益與粵、贛兩省地方利益之間的分割，在很大程度上取決於贛南地區淮鹽與廣鹽銷售市場的相互消長。
這主要是因為淮、粵兩大鹽銷區不僅在食鹽課稅上相差懸殊，而且在朝廷財政收入中所占的地位有著明顯的差異。作為大明第一大鹽區的兩淮鹽區，其歲辦鹽引數額位居所有鹽區之首，鹽稅更是遠超其鹽引比例，這就意味著兩淮年均繳納太倉的餘鹽銀在總數中所占的比重，不僅高居所有鹽區之首，而且遠遠高於其引額的比重。
對於朝廷來說，銷售一引淮鹽所獲得鹽課，是遠遠高於廣鹽、解鹽、靈鹽還有其他各鹽運司的，也就是說，對於朝廷來說，淮鹽所帶來的利益是最大的，所以很多時候，為了朝廷的鹽課收入，朝廷都會選擇支持淮鹽，但是地方明顯是傾向於本地或者相鄰的鹽運司的。
還是以淮粵之爭為例，廣鹽約占全國鹽引總數的二十分之一，但是其向朝廷上繳的鹽課僅僅隻有一萬一千餘元，還不到朝廷鹽課總收入百分之一，廣東鹽銷區年均上繳太倉的鹽課銀在總數中所占的比重，明顯低於其引額的比重。兩淮與廣東食鹽課稅在朝廷財政中所占的比重相差如此懸殊，除了與食鹽產銷量有關之外，還在於二者上交朝廷的鹽課數額占其鹽課總額比例的差異。
兩淮運司的鹽課所得全部解納太倉，而廣東運司的鹽課收入則有相當一部分留作本省之用。廣鹽入銷贛南地區以後，南安、贛州二府鹽稅收入中除去交納太倉的部分，其餘也歸廣東省支配。而吉安、袁州、臨江三府的鹽稅，則部分解納太倉，部分留作贛南軍費開支。
所以從某種意義上來說，兩淮鹽銷區上交太倉鹽課數額的多少，在很大程度上決定了朝廷鹽課收入水平的高低。兩淮鹽銷區的利益就是朝廷的利益。所以，不管是朝廷、戶部還是鹽政衙門都竭力維護淮鹽行銷區的食鹽運銷。但朝廷保護淮鹽行銷的舉措，難以避免地構成對入贛廣鹽的限製，從而客觀上侵害了廣東與贛南方麵的既得利益。也就形成了朝廷和地方的矛盾。
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