對於張居正的這個看法，朱載坖也不得不承認，朝廷當中支持淮鹽的官員，確實是以鹽課作為主要的理由，但是朱載坖很清楚，強行支持淮鹽，不但不能使得朝廷的鹽稅收入有保障，反而會使得朝廷和地方，主要是廣東、江西兩省之間的矛盾越發的激化。
實際上由於朝廷在淮粵之爭中持支持兩淮運司的態度，為了挽回損失，粵、贛兩地官商掀起一浪接一浪的抗爭浪潮，甚至有人挺而走險，以走私活動相威脅。朱載坖問道：“張師傅，行淮鹽和行廣鹽，於朝廷的鹽課，差距多大？”
這個問題其實龐尚鵬早就算過了，一旦在整個贛南行廣鹽的話，大概廣鹽會增加三十一萬引的銷量，而每引淮鹽和廣鹽在解入太倉鹽課上的差距大概在五到六錢之間，龐尚鵬認為在整個南贛行廣鹽，使得朝廷名義上的鹽稅損失是一十七萬餘元，這個數字確實是不小。
但是朱載坖並不是這麼看的，首先由於私鹽的橫行，使得現在淮鹽在贛南基本上是沒有什麼銷路的，也就是說朝廷根本無法再贛南收取到本應有的鹽稅，但是行廣鹽之後，朝廷還是能夠從廣鹽之中抽分到一部分鹽稅的，所以實際上對於朝廷來說，行廣鹽之後，實際鹽稅反而是增加的。
而且朱載坖認為要改變朝廷和地方的鹽稅分配模式，增加朝廷對於其他鹽運司的課稅比例，保障朝廷的鹽稅收入。
之前戶部和總理鹽政衙門對於粵淮之爭也做了評價，戶部認為，繼續維持淮鹽在贛南銷售，是以完國課而消積引，所執議者，鹽法也！而贛南撫按官員欲將整個贛南行銷廣鹽，則是出於“以便小民而濟兵銅”的考慮，故所執議者，地方之利也。
在贛南行銷淮鹽有利於“完國課”，是朝廷利益之所在。贛南行銷廣鹽則有利於一粵、贛兩省“便小民”及“濟兵銅”，是地方利益之所在。戶部認為，兩邊的利益都需要平衡。
朱載坖認為，要調整朝廷和地方的財政收支，不僅僅是地方的收入，還有地方的開支，也都要予以厘清，之前的大明朝廷，那是相當的不做人，畢竟沒有建立起地方財政，而且在收錢的時候是都想收歸太倉，用錢的事情都想推給地方，這也就導致了地方和朝廷的財政矛盾，地方官府為了保證官府的正常運作，要麼隻能夠向百姓攤派，要麼就要和朝廷爭奪財政權，導致朝廷和地方官府之間矛盾重重。
朱載坖即位以來，在財政上實行的最大的改革，就是預算決算製，建立了地方財政，但是有關地方和朝廷的收入開支分配問題，還沒有能夠完全厘清，朱載坖認為，要借此次的整理鹽政，厘清朝廷和地方的財政關係。
朱載坖認為，海關、鈔關、鹽政這是屬於朝廷完全擁有的財政，與地方無涉，一分一厘都要解運太倉或者由朝廷命令支用，在商稅、田賦、徭役折銀等賦稅上，朝廷和地方實施分稅製，即留存起運製度，同時對於朝廷的官軍，朱載坖的軍餉，朱載坖也做了決定，官軍必須吃皇糧，也就是官軍的軍費、軍器、軍糧、食鹽、被裝等全部由朝廷保障，減輕地方官府的負擔。
當然，巡檢司等地方武裝仍舊由地方負責保障，受地方官府和朝廷的雙重指揮，地方州縣正印可以命令轄區內的巡檢司士卒，而朝廷設立的巡檢參將、遊擊等則是負責一定區域內的治安維護，，朱載坖要求張居正詳細的擬定朝廷和地方的權責，並且形成製度，昭告天下，朝廷和地方都要明確權責，這樣在大計的時候，才好明確責任，施以獎懲。
而在張居正和朱載坖商量這些事情的時候，內閣其他閣臣們也在積極的行動起來，張居正給他們所分派的任務，其用意是什麼，他們都很清楚，朱載坖對於最近的事情肯定是極為不滿的，所以才在張居正回閣理事之後命令張居正處理此事，可見朱載坖是極為不滿的，一旦朱載坖真的爆發的話，大家都沒有好果子吃。
所以閣臣們趕緊滅火的滅火，商議的商議，除了給自己的小弟們傳話之外，閣臣們之間也在相互商量起來，首先就是餘有丁和申時行的商量，因為他們一個負責兩浙運司，另一一個負責兩淮運司，這兩個運司都是大明鹽政中極為重要的運司，為朝廷貢獻了大筆的鹽稅。
而對於這兩個運司來說，行鹽上的紛爭也是不小的，兩浙運司和兩淮運司的爭端，主要是在蘇鬆常鎮和徽州府，這裡是大明的經濟重心，人口稠密，所需要的食鹽自然是極為大量的，這裡擁有廣闊的市場，而正好又處在兩淮和兩浙兩大運司之間，為了爭奪這片鹽區，兩淮和兩浙運司的口水仗打了大幾十年了。
從地理和人文上來說，蘇州、常州、鎮江、徽州、和江西的廣信這五府，由於和兩浙運司距離近，一向被兩浙運司視為禁臠，但是對於兩淮運司來說，也將這些地方視為自己的行鹽地，兩浙要在這五府行浙鹽，兩淮要行淮鹽，雙方的矛盾是極為尖銳的。
申時行和餘有丁於是開始商量此事，其實申時行本就是蘇州人，他很清楚，由於蘇州府和嘉興府地理相連，蘇州府一向是食浙鹽而非淮鹽的，所以申時行和餘有丁經過商量之後，蘇州、常州、鎮江三府，歸兩浙運司，徽州、廣信兩府，歸兩淮運司，但是由於徽州食浙鹽的時間久，允許浙鹽在徽州府額派四萬引浙鹽，但是浙鹽不準進江西。
而對於申時行來說，解決了和兩浙運司的爭端之後，兩淮運司的麻煩還沒有完呢。作為大明行鹽最廣的運司，兩淮運司所麵臨的問題是很多的，申時行必須一個一個的解決。
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