在建立完善的軍事教育之後，就是對於現有的武官和朝廷的軍事指揮體製予以調整了，之前在朱載坖的主持下，對於大明官軍建立了兩套指揮體係，第一套是對於鎮協官軍的水師的，由練兵軍務處予以指揮，包括總理水師衙門等，有關於鎮協官軍的指揮、調度，都是通過練兵軍務處來負責實施的。
而第二套指揮體係就是兵部、五軍都督府所領導，對於地方各都司衛所的官軍進行管理的指揮體係。
朱載坖首先對於鎮協官軍的指揮、管理體製進行了改革，和張居正之前所擔心的一樣，朱載坖一樣認為現在總兵、提督的權力過重，基本上對於指揮是一言堂，這點顯然不是朱載坖所需要的，隨著大明官軍的火器化程度逐漸提升，對於官軍來說，所需要的技術水平也就更高了，尤其是炮兵等兵種，需要軍官們有良好的計算能力，而且後勤的重要性也上升了。
還有各軍兵種之間的配合，平時對於士卒訓練的監察等等，這些事情，總兵、提督等不可能一人就乾了，所以相應的專業軍官和官軍的內設機構也要加以組建。
官軍的主要作戰單位是鎮，鎮也是官軍遂行攻防的基本單位，所以說朱載坖的改革方向也主要是從鎮開始的，在每鎮設立三個下屬機構，其一，參謀司，其下有軍務、作訓、機要、通訊、情報、偵察等下設機構，主要負責官軍的日常訓練、調度、作戰計劃的製定與執行；其二，後勤司，負責官軍的後勤保障，軍糧、軍餉以及軍器、甲胄、裝備、彈藥的發放、儲存、運輸和計劃；其三，鎮撫司，主要負責整肅軍紀，訓練監察，對於士卒的教育，反間防諜，對於各級軍官的監察等。
這些專門機構負責協助總兵、副將、參將等官軍高級將領們處理軍務和軍隊日常事務，實現軍隊的專業化，同時這些機構的主官等由朝廷任命，即便是總兵、提督等大將，也隻有建議權，而沒有決定權，尤其是鎮撫司，負責監視各級將校，整肅軍紀，執行軍法，直接對皇帝負責，鎮撫司的急遞直接通過錦衣親軍的呈遞給皇帝，加強朝廷對於邊鎮的控製。
同時也要通過後勤對於邊鎮大軍予以控製，在新的體製之下，後勤司負責官軍的後勤事務，每季度向練兵軍務處和所在地總督彙報官軍的糧秣、彈藥、軍器等消耗情況，總督等大員也要隨時檢查官軍的戰備情況，朝廷也會責成衛尉寺對於官軍的糧餉、彈藥、軍器儲備情況予以掌握，尤其是軍器和彈藥的儲備，既要保證官軍的日常訓練和作戰，也要保證不能對朝廷構成威脅，這點是很關鍵的。
除了對於鎮協官軍進行改革之外，都司衛所也是朝廷的的重點改革方向，首先就是五軍都督府，作為衛所的最高管理機構，分領在京除親軍指揮使司外的各衛所和在外各都司衛所。本來權力是很大的，但是在土木之變後，兵部逐漸侵奪五軍都督府的權力，在朱載坖即位之後，五軍都督府的權力得以加強，但是仍舊受到兵部極大的製約。
朱載坖首先要調整的是五軍都督的管轄範圍，最開始五軍都督府分領各都司是不按地域劃分的，但是後來發現這樣確實是不便，所以不久就調整為以地域為主體的隸屬關係。大致是後軍都督府———華北各都司、行都司、左軍都督府———華東／東北各都司、右軍都督府———西部各都司、前軍都督府———華南／華中各都司、中軍都督府———河南／徐州以南杭州灣以北各都司和留守司，除左軍都督府轄區被中軍都督府下南京以東各衛所切斷外，其它都督府所轄都司的地域性很強。
但是這樣的調整朱載坖仍然認為不夠完善，首先是各都督府和各都司距離太過於遙遠，都督府根本無從掌握各都司、行都司、留守司的實際情況，朝廷將五軍都督府全都留在京師，固然是便於朝廷直接掌握軍隊，但是也是使得各都督府和分領的都司衛所之間極為陌生，根本無從了解實際情況。
所以朱載坖決定，調整五軍都督府的建製，要設立行都督府或者都督府分司，派遣到所管理分領的各都司的地麵上去，直接管理所轄各都司衛所，朱載坖在和臣子們商量之後，決定設立行五軍都督府，各行都督府以右都督為長官，分駐轄區，對各都司實施就地管理，左都督仍舊駐京師。不僅僅要設立行五軍都督府，還要以地域為劃分，將各都司、行都司、留守司等歸都督府管理，加強朝廷對於衛所的管理。
按照地域劃分，行中軍都督府駐開封，管轄京師不屬於親軍諸衛的各衛所，和中都留守司，河南都司、山東都司，再析分原湖廣都司為湖南都司和湖北都司，還有興都留守司。
行前軍都督府駐節大寧，管轄遼東都司、吉林都司、大寧都司、山西都司、萬全都司、寧夏都司。
行左軍都督府駐節西安府，管轄山西都司、甘肅都司、青海各衛所、四川都司、貴州都司。
行右軍都督府駐節杭州府，管轄浙江都司、福建都司、福建行都司、南直隸各衛所和南京不屬於親軍諸衛的各衛所。
行後軍都督府駐節廣州府，管轄廣東都司、廣西都司、雲南都司、緬甸都司。
各行都督府主要主要負責對所管轄各都司衛所予以監察，督促他們切實屯墾戍邊，同時保障脫產士卒的軍事訓練，對於他們的軍事訓練予以考核，對於發現的不稱職的衛所軍官，行都督府右都督可以直接行文在京師的都督府，予以罷黜或者進行題參。
同時作為動員機構，掌握軍餘子弟的數量，世襲軍官受訓考核之後的分配等事務，都要由行都督府負責管理。
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