朱載坖的這個想法，得到了五軍都督府的支持，五軍都督府現在沒有權力，除了兵部對於五軍都督府的權力侵奪之外，五軍都督府對於在外的都司衛所缺乏有效的監督管理也是一個重要的問題，這次朱載坖就要解決這個問題，用行都督府加強對於地方都司衛所的管理。
行都督府主要負責對於衛所軍籍、人員、脫產軍士訓練等方麵的監察，同時應當襲職的衛所軍官由行都督府集中起來送兩京各相應的軍事學院，還有各衛所衛學的管理，除了將這些衛所世襲軍官送軍事學院進行培訓之外，還要從衛學中考選軍事學院學員，凡士卒子弟，照太祖朝舊例，年滿八歲就要送各衛所衛學中學習，在衛學中學習之後，可以參加朝廷科舉，也可以參加各軍事學院的考選，要專門給普通士卒子弟留出相應的名額，而行都督府則負責對於這些考生的初選，並且負責將合格的考生送兩京軍事學院參加考試。
同時各軍事學院畢業的學員，也要由各行都督府和都督府來進行分配，首先就是由各行都督府查明所轄各都督府所缺員額，然後上陳都督府，由都督府和兵部一道確定各都司衛所分配的軍官數量。
按照朱載坖的要求，首先就是要滿足各沿邊沿海都司和各都司的脫產士卒的軍官需求，還有鎮協官軍的基層軍官，也都要從這裡來，而初級軍事學院所教授的也主要是帶兵練兵的辦法，同時以軍官自身的軍事素質作為主要的培訓方向，受訓的各科學員要在學院全麵掌握本兵種的各項技能和訓練方法，考核的時候也以軍事素養為主。
由於炮兵等學科需要學員有一定的算學功底，所以還要想方設法的在衛學中增加算學的老師，培養炮兵軍官。
行都督府的主要職能就在於對於各都司衛所進行監察，不管是衛所士卒的屯田還是脫產士卒的訓練等事項，都是各行都督府的主要監察對象，尤其是對於衛所軍屯籽粒的征收，轉運等項目，都是行都督府的重點，按照朱載坖的詔令，軍屯、民田統一科則，降低軍屯籽粒的征收。
同時各都司衛所要對於軍屯要進行清丈，朱載坖之前一直沒有清丈，就是因為這其中所牽涉的利益實在是錯綜複雜，即便朱載坖是皇帝，要想觸碰這個利益團體也是要非常小心謹慎的，所以朱載坖為此是做了充分的準備之後才決定對於軍屯進行整理。
而且這次對於軍屯的清丈和以往是不同的，作為對於士卒們的優待，朱載坖之前就頒布了詔令，鎮協官軍士卒可以免征五十畝，而衛所脫產士卒免征三十畝，但是實際情況是很多地方根本無法落實，大量的軍屯都被侵占了，所以朱載坖這次清丈田畝，首先就是要兌現自己的承諾。
朱載坖命令各都司衛所在清丈軍屯的時候，首先要將鎮協官軍和衛所脫產士卒的免稅土地予以保障，兌現朱載坖有關優待士卒的詔書，先將官軍士卒予以安撫下來，朱載坖很清楚，隻有將他們安撫下來，才能夠保證軍屯的清丈能夠順利進行。
然後就是對於軍屯實有數字和衛所軍籍同步清丈，衛所有多少士卒、軍餘子弟，由多少屯田，應該征收多少籽粒，都要弄明白，搞清楚，軍屯中還要一個比較麻煩的事情，就是民佃屯田，之前由於衛所軍士逃亡，大量的軍屯土地撂荒，當時為了保障軍屯籽粒的征收，朝廷允許各衛所講自己麾下的軍屯土地租佃給民間的百姓，也就是所謂的民佃屯田。
以山西都司為例，民佃屯牧等地總額為1987頃72畝1分。其中，屯地1512頃28畝5分，牛具地475頃43畝6分，每年要向朝廷繳納屯糧4171石7鬥6升5合，牛具銀472元5錢5分1厘。而整個山西都司的總屯田數量是頃，民佃屯田約占二十分之一，這還是因為山西都司是在九邊重鎮，士卒逃亡相對比較少，而在南方的衛所，民佃屯田就更多，看似民佃屯田是補充軍屯的措施，但是實際上是一種對於軍屯的變相侵占。
地方豪強與便與衛所官員相勾結，大量請佃屯田，實際上成為地主，然後再把請佃到手的屯田轉租給貧苦佃戶，強迫佃戶交納數倍於軍屯籽粒的地租，從而坐收租利，大發橫財。更有甚者，他們與衛所以及屯倉的官員狼狽為奸，弄虛作假，冒名頂替，逃納屯糧。享軍之產，無軍之糧。而這些逃納的屯糧，最後又由衛所軍官們巧立名目，全部轉嫁到了在冊的屯田軍戶名下，因而極大地加重了在冊屯田軍戶的負擔。
原大理少卿林希元在世宗朝就曾經上疏陳述過此事：“甘於佃耕人田指地主之田），不肯承種官田指衛所屯田）。”
而這些地方豪強和與都司衛所官員相互勾結，將原本屬於朝廷，並且應當分配給士卒們耕種的軍屯土地，逐漸轉化為可以繼承和買賣的“私田”的。軍屯失額，直接導致了衛所的崩潰，這點朱載坖是很清楚，朱載坖要做的就是將土地分配給衛所軍士，朱載坖很明白，朝廷想要有一支強大的官軍，士卒就必須有良好的待遇，這點是很清楚的。
朱載坖對在場的重臣們說道：“古人言天下雖安，忘戰必危。今承平日久，武備廢弛，文吏鉗製將弁，不啻奴隸。夫平日既不能養其精銳之氣，臨敵何以責其折衝之勇？衛所係天下之安，朝廷之重，豈可輕視？”
朱載坖要求對於衛所軍官和軍屯同時動手，清丈田畝，同時要求各州縣和衛所詳細界定軍屯與民田的範圍，重申軍屯土地不能買賣的性質，要求各級衛所軍官限期將自己所侵占的土地吐出來，否則的話等到被朝廷查出來，必加以嚴懲。朱載坖的詔書下達之後，立即引起了極大的反響。
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