而且朱載坖沒有想到的，最先鬨起來的不是各地方都司的衛所軍官，而是在京師的這些所謂帶俸武官，他們紛紛聚集起來，向都察院、五軍都督府、兵部陳情，他們認為自己的祖先為太祖流過血，為成祖扛過槍，他們的祖先在開國和靖難當中已經把所有的苦都吃了，再說了，武官世襲是大明的國策，也是朝廷激勵軍功的重要手段，曆代先帝都是這麼乾的，你朱載坖說不乾就不乾了，這麼得了？
大量的帶俸武官聚集起來鬨事，不光在京師，南京也聚集了很多的帶俸武官，尤其是錦衣親軍的帶俸武官極其眾多，他們就一個要求，既然現在朝廷要裁剪帶俸武官的俸祿，他們就要求朝廷給他們安排差遣，尤其是錦衣親軍的帶俸官，數量十分之龐大。
這些人現在聚集在錦衣親軍都指揮使司衙門外麵，要陸繹給他們安排差遣，搞得陸繹也很無奈，因為這錦衣親軍中的帶俸官，不少是皇親國戚或者勳臣旁支，還有就是前朝重臣的子弟，他們往往被加恩為錦衣親軍帶俸官，現在在京各衛所中，尤其以錦衣親軍中的帶俸官非常之多。
原本按照大明祖製，軍有定數，官有定額，並世代承襲，以保萬世之穩定。然而事與願違，不久因軍功升授，納粟恩蔭等原因，武官數量漸多，出現了官多額少的情況，故定額之外者，列為帶俸武官，不得掌管衛事，與見任官相區彆。這種現象在京衛、錦衣親軍中最為常見，這些帶俸官的吵鬨，已經嚴重影響了兩京錦衣親軍辦差了，這些人天天穿著飛魚服在街上溜達，搞的京師人心惶惶的。
陸繹向朱載坖奏報此事，請求處理這些人，朱載坖當然不會慣著這些人，當即召見了兵部尚書徐渭、總督京營兼提督巡捕定國公徐文壁、協理京營戎政趙錦和衛尉寺卿溫純等人，要求他們和陸繹一道緝捕這些鬨事的帶俸官，將他們革去職務，有世職的，連同世職一道革去，絕不寬宥。
同時對於現在見任軍官和帶俸軍官的矛盾，朱載坖也要做一些調整，這些帶俸官雖然聚眾鬨事，但是他們提出的一些問題也確實是要解決的，因為在武官的世襲中，見任的子孫就可以一直見任，而帶俸的武官子子孫孫一直帶俸，這顯然也不太合理。
對於這個問題，兵部尚書徐渭也說道：“陛下，武臣廉能謀勇者少，貪汙酷暴者多，近以簡選之例行頗知警厲。然而掌印理事者後或放肆而妄為，其帶俸差操者後欲遷善而無路，又有新襲職者亦欲治事而無由。乞定三年五年一行簡選，量為進退，以昭示勸懲。”
徐渭也就此事向朱載坖上疏說明此事，帶俸的軍官們也不是都是飯桶，這點朱載坖也是清楚，現在這些帶俸武官們鬨得沸沸揚揚的，朱載坖作為皇帝也必須要予以處理，朱載坖在和重臣們商量了之後，決定采取一些措施處理這個問題，對於年齡已經較大的帶俸武官，通過考試的形式，選拔這些帶俸武官中有才能的人，分派到五軍都督府和各地的行都督府，負責對於各都司衛所進行監察，也可以派遣到各都司衛所中的任職，但是朱載坖也明確規定，不允許無故不去，但是朝廷安排差遣又無故不去的，一律連同世職予以革除。
對於年齡在三十以下，願意從軍管事的，全部選送到各軍事學院培訓之後，經考核合格後分派到官軍各部中任職，同時對於京操班軍和各都司脫產士卒們，也要固定編製，安排軍官予以管理指揮。
同時對於現在各都司衛所的武官，應當予以革退的，也要堅決予以革退，朱載坖命令兵部和五軍都督府對於現在各都司衛所的軍官予以考核，對於貪贓、老病的軍官，令其帶俸，將位置騰出來，同時明確以上諭的形式告知這些現在見任的衛所軍官，他們能否留任，和清丈軍屯的成果是緊密相關的，要是現在見任官在清丈田畝中不得力，由各都司或者行都督府指名題參，予以罷黜。
除此之外，還有一個重要的群體也必須要處理，就是捐納出身的軍官，之前朝廷在財政匱乏的時候，往往賣官鬻爵，而帶俸衛所武官往往又是賣官鬻爵的重點，因為在一些臣子們看來，賣這種帶俸武官對於朝廷來說危害最小，也導致武官官缺極為便宜。
按照嘉靖年間的規定：“凡舍餘軍民人等願輸粟者，赴山陝缺糧所在上納，百戶二百石、副千戶二百五十石、正千戶三百石、指揮僉事倍百戶、指揮同知倍副千戶、指揮使倍正千戶，從巡撫官定以衛分帶俸閒住，其有官者每百石升一級，止終本身。”
六百石就可以買一個指揮使，大明的衛所官缺，便宜的令人發指，朱載坖即位之後就徹底禁止了所有形式的賣官鬻爵，但是對於之前的，朱載坖也不能予以革除，不過這些左都禦史楊繼盛上疏說了一個問題：“在之前曆朝，軍民官吏最多輸豆四千石以上者授以指揮，曆俸不過十六七年，所得之祿就已經遠遠超過當初所納糧價。若令其世襲或任事，在有功者看來極不公平，他們認為自己是以累世忘軀而獲此官，彼以輸豆而亦獲此官，朝廷如同將其軀命同於菽粟，恐人人無所勸勉，起端雖微弊流甚大。”
楊繼盛請求清理這些捐納而來的衛所軍官，朱載坖也認為朝廷讓他們吃了二十年的俸祿了，對於他們來說也算是回本了，朱載坖命令天下各都司衛所講所以捐納而來的軍官集中起來，送各行都督府考核，凡是才力不及者，予以罷黜，若是能夠通過考核的，降兩級留用，同時還要清理在京衛所的見任官，上報五軍都督府和兵部予以處理。
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