在朱載坖督促下，京衛都指揮使司、中軍都督府還有兵部和相關的衛所對於在京的帶俸軍官進行清理，經過統計彙總之後，由兵部尚書徐渭上奏朱載坖。
徐渭向朱載坖上疏稱：“奉詔查得在京各衛武職官員，帶俸等項數多。有一衛二千餘名，有一衛千五百餘名者，通計不下三萬餘員。每歲所需錢糧以百萬計，糜耗錢糧，莫此為甚。臣聞戰備攻守，士卒當前。但使主將得人，不必多官給擾，況其間多有老病怯弱、騎射生疏之人。既無差調，又無掌管，徒建虛名，以支實俸，積歲彌年，何日為了。”
朱載坖攬奏之後極為震驚，當即禦批道：“京師之地，帶俸之官以三萬計，徒耗錢糧事小，貽誤軍機勢大，著該部與相關衙門嚴格查訪，照前詔分彆論處。”
除了京師的帶俸官之後，帶俸官數量最多的就是九邊，因為這裡靠近北虜，之前是大明戰事頻仍的地方，衛所的見任官管事管反而風險極大，帶俸官反而可以安安穩穩的領俸祿，所以在九邊也有數量很多的帶俸官，他們名為帶俸差操，但由於不承擔軍事責任，遊手好閒者多，成為真正的帶俸官，隻吃俸祿，不乾事情。有些見任官甚至貪圖享受，不惜請人控告自己，以被貶為帶俸官。
薊遼總督淩雲翼也向朝廷奏報：“查得遼東鐵嶺廣寧諸衛切近虜境軍職多缺，而帶俸差操者甚眾，蓋在職則有提督、分巡、分守之責，失機誤事輒得重罪。而帶俸差操則食祿優遊似為得計。是以諸衛軍職或故為詿誤請人告訐，一入贓罪即遂所謀。將恐帶俸差操者愈多，而缺人廢事愈甚。”
朱載坖當即大怒，朝廷以高官厚祿豢養官軍，就是為了用命疆場，征討不臣的，結果他們反倒利用起朝廷的製度，為自己謀取利益，巡按遼東禦史和遼東清軍禦史也向朱載坖奏報：“奈何現任官員與其情熟，以帶俸為安閒，種田為當然，差操為虛文。所以輕法而玩之也。”
九邊的這些衛所軍官，以帶俸為美差，不願承擔責任，朱載坖對於這些人不會給什麼好臉色，當即下詔：“嚴賞功之格，重比試之令，使官不可輕得。其巳官者軍政治事，乃支全俸，額視職掌而止，帶俸者十三給之。若仍有玩法輕忽，以帶俸為得計者，與世職一道革去。祖宗百戰得官，而自不惜之，朕必不輕縱！”
也不怪朱載坖對於這些人極為憤怒，從朱載坖即位以來，連這些世襲的勳臣們都辦差乾活，英國公張元功都親自上陣，多次跟隨戚繼光出戰，這些世襲的公侯尚且要為朝廷出力，這些衛所軍官反而每天拿著俸祿，悠遊度日，成何體統？
朱載坖很清楚，這種所謂的帶俸官製度容納了大量多餘的武官，或為毫無軍事能力之人包括納粟軍職、老弱篤疾等，或是作惡多端、屢次犯罪本應罷黜為民者，武官冗濫問題現在已經到了必須要解決的地步了，朱載坖下旨給兵部、五軍都督府和京衛都指揮使司還要南京兵部和南京五軍都督府，首先對於兩京的帶俸武官予以處理，將兩京的冗官先予以處理掉。
同時各都司衛所查照編製，將本衛所缺官員和帶俸官的詳細情況全部上奏於五軍都督府，對於年齡較大的帶俸官，直接革去，命令其子弟赴兩京軍事學院學習考核之後再予以安排差遣。
對於兩京的帶俸武官，經過考選之後，發大寧、緬甸、吉林、寧夏等缺官都司任職，不準推諉塞責，敢有抗拒命令者，即行與其世職一道革除，永不敘用，若情願革去本身都其健壯子弟襲職的，經考選後加一級任用，原官仍給十分之三俸祿。
現在的情況就是兩個極端，一方麵新組建的各個都司極端缺乏軍官，因為這些官員們都認為這些地方蠻荒多事，不願前往，但是另一方麵大量的帶俸官在兩京和內地衛所，飽食終日，無所事事，朱載坖當然不能放任他們就這麼繼續無限製的浪費朝廷的俸祿，要充實各邊疆衛所，保證邊疆衛所有足夠的軍官履行職務。
按照朝廷的規定，一衛有指揮使一人，負責總覽軍政事務，為一衛之長官，還有指揮同知、指揮僉事數人，分彆負責屯田、訓練、軍器、巡捕治安等事項，同時還要衛鎮撫等職官，負責維持軍紀，執行軍法，但是現在緬甸都司和其他新組建的都司都普遍缺乏軍官，朱載坖命令將這些帶俸軍官考核之後發往各新組建衛所任職。
同時對於之前捐納得官的衛所軍官，大規模予以革除，他們吃了朝廷這麼多年的俸祿，也早就回本了，朱載坖不會再養著他們了，對於不稱職的衛所軍官要堅決予以革除，對於犯罪的衛所軍官，要一律革除世職，不能夠犯罪之後還繼續承襲，那國法何用？軍法何用？
朱載坖命令衛尉寺參照刑部所製定的大明律例集解，專門製定大明軍律集解，乾犯軍法者，照例予以懲處。除此之外，就是對於軍屯清丈，按照大明之前的數據，朝廷軍屯最多的時候應該啊是九十七萬頃，之前隆慶十年清丈的時候，天下各內外衛所的軍屯總數是六十一萬餘頃，比之巔峰時期，已經減少了三分之一，而更加厲害的是軍屯籽粒的減少，原本太祖皇帝實行衛所製度的意義是減少養兵開支。
在大明初年，衛所籽粒還是能夠支撐衛所軍餉的，但是現在不僅軍屯大量減少，軍屯籽粒也急劇縮水，現在的軍屯籽粒，僅僅相當於大明初年的五分之一。
對於朱載坖要求清丈軍屯的詔令，首輔張居正向朱載坖上疏稱：“今糧日以欠，軍日以耗，雖履畝丈量不可清，懸厲禁而不可革也。時有清理屯田之議，則無賴又得因以為利，而豪巧猾者又從而陰陽其間。公舉私收，肩摩踵接，斷墨未乾，侵冒如故。”
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