張居正自己就是出身於衛所軍籍，對於這些事情是極為了解的，朝廷不止一次的清丈軍屯，但是效果並不好，大家都很清楚，想恢複軍屯舊額，就必須反擊衛所軍官和地方豪強的侵占行為，清出這些被侵占的屯地。從宣德以來，朝廷多次的清丈軍屯，試圖解決這個問題，但是實際上的成效是不大的，軍屯和籽粒日漸減少。
朝廷之前清丈的辦法通常是根據原來的軍屯土地魚鱗冊，丈量土地，清出被隱占和侵吞的屯地或者荒地，交給原來的屯軍耕種，或另招餘丁補種。但是這種辦法效果並不好，清丈措施在實行過程中，往往會遭到衛所軍官和地方豪強頑強的抵製和阻撓，最明顯的例子就是正德時期，當時掌權的太監劉瑾也準備清丈軍屯，這些衛所軍官當即予以反抗，義州、遼東、寧夏等地接連發生兵變，最終導致了劉瑾的垮台。
而張居正則指出了一個重要的問題，原本應該支持朝廷清丈軍屯的士卒們其實對於朝廷的清丈軍屯並不在意，這些衛所士卒們也不積極配合。因為清丈屯地不過是把士卒們進一步束縛在軍屯土地上進行奴役和剝削。況且清出的軍屯土地又不是士卒們的私產，因而他們“得田入手，潛複興賣”，“終不能禁軍之貧者以田帖為貨也”，朝廷實際清丈的目的非常之有限。
現在朝廷的軍屯籽粒從永樂、宣德時期最高峰一千萬石，到現在不過二百多萬石，朝廷損失了大量的稅糧，這點確實要值得重視的，經常巡視九邊的官員們也向朱載坖指出，現在軍屯的狀態是膏腴之地奪占於官家,瘠薄之田荒蕪棄為穢萊,有有軍無餘丁者,有有軍餘而無力不能耕者，軍屯荒蕪，不一而足。
現在軍屯的狀況確實是非常之差，但是張居正和張四維向朱載坖上疏想要說明一個問題，就是朝廷清丈軍屯的目的是什麼，這點是很重要的，朱載坖認為，清丈軍屯的目的是為了充實衛所，保證朝廷的官軍始終有充足的兵員，還有軍屯所產生的籽粒，也就是軍屯的賦稅，也是衛所官軍軍費的重要補充。
朱載坖也很清楚，必須要對軍屯的製度予以改革，不僅僅是在軍屯的賦稅上，對於軍屯的整個製度也要予以變更，朱載坖很清楚，原本的那種製度無法執行下去，朱載坖於是召集各部院重臣們一道商量有關軍屯的改革辦法，按照洪武三十五年所製定的規矩,規定每軍受田一份即五十畝，交納正糧十二石,儲存於本衛屯倉,由本軍自支。另納餘糧六石為本衛所軍官俸糧。永樂時在此基礎上製定了屯田官軍賞罰條例,規定每軍除每年應交納的正餘糧外,生產糧食多的衛所有賞賜,生產不足的要罰軍官的俸祿。
對於這種製度，首先就是科則太重，對於軍屯來說，是民田科則的數倍，軍戶們很難承擔，所以朱載坖采取的辦法是軍田民田統一科則，不準額外加征，之前為了防止衛所軍官在征收賦稅的時候欺壓軍戶，曾經命令由地方州縣征收賦稅之後支給衛所，但是五軍都督府認為這樣不便，請求仍舊由衛所自己征收籽粒。
對於軍屯，各個都司雖然都在減少，但是其減少的原因是各不相同的，對於腹地的都司尤其是兩京和東南等地的都司來說，主要存在的問題是軍屯田地的被侵占，因為這些地方承平日久，沒有戰事，人口滋生，土地緊張，可供開墾的土地都被開墾殆儘了，不管是地方豪強還是衛所軍官，都大肆兼並軍屯，而且因為軍屯的土地，衛所和地方的經常打口水仗。
張居正等人僅僅舉出一例，在英宗朝時，直隸蘇州衛奏：本衛軍士原辟屯田一十四頃，比因他役未及耕種，而常熟縣民人據之以為己有，請仍給軍屯種為便。事下行在戶部覆奏以為，軍既他役，不當複給以田，請仍令民佃，而租稅如屯田例征收，詔從之。
蘇州衛之前在常熟屯墾了一些土地，後來軍士調走之後，這些百姓就將軍屯的土地予以侵占耕種，而地方官府為了這些土地就和衛所開始扯皮，但是實際上君臣都很清楚，一般的百姓是沒有侵占軍屯土地的膽量的，而且即便就是這些百姓們偷偷的種了衛所的土地，地方官府會為了他們和衛所撕破臉嗎？顯然是不可能的，這些所謂常熟縣的民人，實際上就是當地的豪強，他們買通地方官府，強行霸占軍屯。
這種事情在大明是非常之常見的，到底是民占軍田還是軍奪民田，其實有時候朝廷自己也說不清楚，但是現在文貴武賤，朝廷在處理此事的時候，自然是偏向於地方官府的，衛所往往處於弱勢，這點是很明確的。
但是這些地方確實是地狹人稠，要是強行恢複當年的軍屯的話，就會使得百姓無地可種，所以無論是內閣還是戶部，都向朱載坖陳述在這些地方進行清丈田畝可能造成的動蕩，這些地方本就不太適合軍屯，朝廷在清丈的時候，以維持現狀為主，不能要求恢複到之前的屯田的數額。
對於這個要求，朱載坖是同意的，但是這些衛所軍士，也要有生計啊，在清丈之後，要明確這些屯田屬於朝廷，不能買賣，給現在耕種的軍戶發給憑證，防止這些屯田被侵占了。
還有就是衛所倉儲的問題，原本衛所是有倉儲的，專門用於收儲軍屯籽粒的，但是宣宗是規定：“宜通行天下司、府、州、縣原有倉分者，以衛所倉並屬之；原無倉分者，就以衛所倉改易其名隸之。惟遼東、甘肅、寧夏、萬全，沿海衛所無府州縣者，仍舊衛所。”
這樣使得腹地的衛所倉儲被取消，隻能依靠地方州縣，導致衛所和州縣的矛盾更加尖銳。
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