對於朱載坖來說，這次廣西的叛亂確實是給朱載坖敲響了警鐘，一直以來，朱載坖對於安南是不重視的，雖然朱載坖早就有收拾安南的計劃，但是應當怎麼收拾，朱載坖之前並沒有認真的想過，朱載坖認為以大明現在的國力軍力，收拾一個小小的安南，易如反掌，大明連北虜都收拾的服服帖帖的，一個小小的安南算什麼。
但是現在廣西所發生的事情對於朱載坖來說是極大的衝擊，安南和大明，就力量對比來說，肯定是不成比例的，不過安南的地理、氣候等情況，對於大明來說是極為痛苦的，大明要想征討安南，絕非易事，而且對於朝廷來說，現在的當務之急是收拾廣西的叛亂，這次廣西叛亂的規模之大，是朱載坖所沒有想到的。
對於此事朱載坖認為在京師實在是不能有效的了解的實際情況，朱載坖決定南巡，親自赴南京，就近指揮，同時朱載坖明發上諭，請群臣上疏討論平定安南之策，朱載坖明確的將此事列入朝廷的大事中，未來數年，朝廷的大事就是征討安南。
同時，麵對安南的挑釁，朱載坖認為大明也必須有所反應，要不然黎朝的日子也未免過得太舒服了，因為朝廷從倭國調集浪人前來，也是需要時間的，現在朝廷要立即讓安南感到痛，才能夠使他們知道大明力量，朱載坖命令中南總督李贄，迅速整頓兵馬，向占城等地增派官軍，威懾安南，同時保護大明的糧食產地。
朱載坖也明發上諭，明年巡視南京，同時命令中軍都督府的京操班軍明年赴南京京操，同時下達詔命令太子監國，朱載坖和莒國公戚繼光一道，在京營和親軍諸衛的護衛下，前往南京。
在朝廷官員們也紛紛上疏陳述征討安南的策略，其實無論是前宋征討安南還是成祖是征討安南，對於中原來說，威脅最大的不是安南軍隊，而是安南惡劣的氣候和環境，大量的非戰鬥減員時代當時的朝廷實在是難以承擔，朱載坖也認同此事，所以朱載坖也要求翰林醫官院要研製相應的藥物，同時速派醫生和藥物前往廣西，為官軍診療，減少官軍的非戰鬥減員。
對於朱載坖的南巡，群臣們雖然有意見，但是也不敢多激烈的上疏，但是太子卻不太同意，原因也很簡單，一旦朱載坖南巡，太子監國，所處理的政務肯定是比現在還大，朱翊釴向朱載坖請求自己代天巡狩，朱載坖予以了拒絕，朱載坖南巡主要是為了解決廣西的事情，而不是遊山玩水的，當然，朱翊釴的負擔太重，也確實是朱載坖要考慮的問題，朱載坖與朱翊釴商量之後，決定朱翊釴隻要負責北方諸省的奏疏，南方的奏疏由朱載坖自己處理。
同時開始調動援兵支援廣西，由於廣西的地形和氣候，朱載坖決定主要從雲南和福建等地抽調援兵，支援廣西的作戰，朱載坖同時嚴令各部官軍，要聽從號令，不得有誤，之前廣西巡撫巡撫廣西都禦史石星上疏請求朱載坖調動北方邊軍馳援廣西，令朱載坖極為憤怒，廣西九邊萬裡之遙，而且北方士卒並不一定能夠適應南方的環境，這不是瞎出主意嗎？朱載坖當即以上諭予以駁斥。
朱載坖在上諭中說道：“朕惟祖宗隨處設立衛所，自足以防禦賊寇，保障居民，要在方略何如耳，豈必調軍他處哉？況朝廷簡任重臣，以濟鎮守、總兵之不及。今爾在彼，徒口虛文，全無實效。及觀此舉，尤見其才識無異於眾，何以副朝廷委任？其仍照前救，會合廣西官軍、士兵、民壯剿賊。如違，重罪不宥。”
朱載坖對於石星有些不放心，這兄弟有些誌大才疏，朱載坖命令兵部、吏部會推知兵臣子，以保證廣西的戰事，要選調知兵的臣子赴廣西主持此事，朱載坖已經準備調換人選了。
同時也需要選擇擅長在南方作戰的將領，前往主持戰事，朱載坖詢問兵部：“劉綎何在？”
之前劉顯去世，劉綎辭官守製，現在尚未起複，朱載坖特旨命令起複劉綎，任命他擔任提督兩廣水陸軍務事，主持廣西的軍務，而薊遼總督淩雲翼也向朝廷上疏，認為可以動員廣西的狼兵為朝廷作戰，淩雲翼是有相關經驗的，淩雲翼在奏疏中說道：“高州府所屬州縣，山猺住棲山箐，有聽招，有背招，有險惡，每山有總有甲，領其兵目。聽招者有相信、撫猺領之。聽招者，調之攻守、納糧當差，與民為一，謂之良猺。背招者，勢窮則降，稍利則攫。險惡者，賊不可與化。”
淩雲翼認為狼兵可以為朝廷所用，利用狼兵征討瑤人是可用之策，朱載坖采納了淩雲翼的建議，同時朱載坖還下達了命令，免去後軍都督府的京操，將後軍都督府本該京操的士卒全部都調到廣西，協助官軍清剿這些作亂的瑤人。
朱載坖明確指示官軍要從嚴征繳，對於這些作亂的瑤人，要嚴厲予以鎮壓，絕不手軟，朱載坖上疏稱：“彼輩非如岐黎，負固世濟，未易馴擾；亦非有深謀異計，敢與我角。特以幽崕邃窟，政法難周，含憤苦苛，逋逃叢集。所產礦冶，悍鷙烏合，號召土著，役使牟利。失利則鼓煽嘯聚，出肆流劫。上人厭聞而莫之省問，彼得日益恣。不得內揣虛匱，仍襲招安。以致賊亦以聽撫啖我，陽順陰逆，喜則人，怒則獸，日以憸械伺上。苟不及時悉儘芟除，則臃腫潰裂，不仆不止。”
朱載坖嚴旨直達軍前道：“諸軍鼓勇上前，精察脈理，深達本標，痛此決裂極敝，不複踵姑息，必彰撻伐，一鼓而剪羽翼，再鼓而執渠魁，三鼓而搗巢穴，數紀妖氛，一時銷息。泄神人之宿憤，伸邦家之明威，朕有所深望也！”
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