對於朱載坖來說，既要利用這些行商為朝廷發揮在征收賦稅等方麵的作用，從另一方麵來說，也要對於他們進行限製，朱載坖很清楚這些行商們並不是什麼好鳥，朝廷要是不及早動手的話，這些行商做大，朝廷就不太好收拾了。
這點朱載坖是很清楚的，於是朱載坖命令對於現行進出口關稅予以重新修訂，主要是對於一些高價值和奢侈品要增加賦稅，對於大眾貨物要采取降低賦稅以促進出口的政策，除了這些問題之外，朱載坖認為現有的行商人數太少，容易形成壟斷。
所以要增加行商數量，同時對於貨物的估價，也不能夠由行商一手操辦，朱載坖認為應該在海關所在地方，由各行各業公推經驗豐富的商人，然後組成專家團隊，隨機抽取之後對這些貨物進行公允的評估，同時對於進口貨物的存放和發賣，也要予以改進。
現在的製度是將進口貨物的存放、估價、稅款的繳納交給行商，這樣必然存在夾帶的可能性，尤其是珠寶等貴重和高價值的貨物，在這種情況下走私的概率是極大的，所以朱載坖命令在上海港建設海關監管倉庫，進口、出口貨物都要先存放於此，經過海關的查驗並且征繳關稅之後，才能夠驗放通關。
對於估價和征繳賦稅的辦法，也要予以改進，除了之前的洋商直接將貨物打包賣給行商之外，洋商也可以自行聘請翻譯，向海關分司申請核定價格，繳納賦稅之後，然後自行發賣，對於兩種辦法，海關分司都可以準允。
同時對於行商，也要加大賦稅的征繳力度，現在實行的是包商製度，即行商們向朝廷繳納一筆銀子作為壟斷外貿的費用，然後就可以壟斷對外貿易，看似每家行商向朝廷繳納三十或者五十萬元的費用，為朝廷貢獻了一大筆財富，但是其實他們通過壟斷外貿，賺取的利潤不可勝數，這點不光是朱載坖，海關的官員們也是很清楚的，尤其是在出口中，這些掌握了定價權的行商們所賺取的利潤是非常豐厚的。
朱載坖召集臣子們，商量應該采取什麼辦法對於這些行商們加以征稅，行商們掌握了專賣權，朝廷要想從他們手中榨取銀子，還是要從專賣權談起，朱載坖和龐尚鵬等精於財賦的臣子們商量之後，決定實施拍賣製度，也就是拍賣行商名額，按照每個港口的吞吐量和關稅，設定相應的行商數量，在戶部、地方督撫和海關分司、錦衣親軍官校等人的監督之下，對於這些行商資格予以拍賣，三年一期，價高者得，這樣的話能夠保證朝廷的賦稅收入，也使得行商團體不能夠做大，保證行商的勢力始終在朝廷的約束之下。
同時少府監作為為朝廷、皇室經營商業的部門，自然也是要參與海上貿易的，不過朱載坖規定即便是少府監參加行商資格拍賣也要交錢，朱載坖的意圖是很明顯的，就是即便是少府監都要交錢，這些商賈，就是有天大的關係，還能夠大過少府監嗎？
除此之外，對於工商業和礦業的賦稅也提上了日程，之前開放礦禁的聲音就一直存在，朱載坖和內閣輔臣們認為開放礦禁弊大於利，所以一直沒有在此事上動搖，仍舊繼續維持了礦禁政策，但是隨著大明的人口滋生和工業發展，對於燃料的需求是日益擴大，缺乏燃料這個問題就一直困擾著大明，這個時候再維持礦禁政策似乎已經是不合理了。
從各地官府的奏報來看，不管是紡織、陶瓷還是冶鐵等行業，現在對於燃料的需求都是極為高的，傳統的木柴已經根本不能滿足大明的需求了。
以絲織業為例，在養蠶絲織的全過程中，都要消耗大量的燃料，養蠶就需要消耗燃料：“蠶之性子，在連則宜極寒，成蟻則宜極暖，停眠起宜溫，大眠後宜涼，臨老宜漸暖，入簇則宜極暖。”
桑蠶的產量和和溫度的控製是有很大關係的，按照農桑官員的說法：“蠶成於一室之功，全賴此火出入，加減涼暖。用得其法，自然絲纊倍收。不論風雨清明、寒熱晝夜，總要室中加減，一樣溫和。倘火候失調，則絲便減少，可不慎與。”
不僅是是養蠶的過程中要消耗燃料，在繅絲等環節中也要消耗大量的燃料，首先就是要煮繭，通過煮繭，蠶繭舒解，絲膠被適當膨潤和溶解，繭絲相互間的膠著力減弱，有利於繅絲。繅車之下也需要放置炭火盆以烘乾蠶絲，這樣可以保證蠶絲色澤純白。
不僅如此，絲織行業所用的燃料還有很高的要求，據朱載坖考察東南的絲織行業發現：“凡供治絲薪，取極燥無煙濕者，則寶色不損。”在絲織行業中要儘可能的使用乾柴或木炭以減少煙氣，因為絲一旦遭煙熏，顏色就會受到影響，極大的影響絲綢的價值。
除此之外，練漂與染色這兩個環節也要使用大量的燃料，因為要用到草木灰等原料，對於木柴的消耗是極大的。這點朱載坖是很清楚的，而現在絲綢是大明的重要出口物資，絲織行業的發展必然就會導致燃料消耗的大量提升，而陶瓷、茶葉、冶鐵等工業的發展，就更加離不開燃料的供應了，現在大明對於燃料的需求與日俱增，還是僅僅依靠木柴的話，是遠遠不足以滿足大明的需求。
由於燃料不足，價格飛漲，導致這些行業的發展都或多或少的受到了影響，所以之前就有很多官員上疏，請求取消礦禁政策，解決大明現在的燃料問題，對於這些問題，朱載坖並沒有立即作出決定，而是在實際考察了解情況之後再作出決定，作為大明現在最發達的地區，蘇鬆對於燃料的需求是巨大的，而且蘇鬆缺乏煤礦，這些使得木柴價格飛漲，不要說生產，連百姓的生活都要受到影響。
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