朱載坖還在調取當年的戰報，派遣錦衣親軍詳細搜集有關安南軍隊的情況，同時吸取之前官軍在安南損失過大的原因，爭取這次能夠將安南一句安定下來。
朱載坖還和戚繼光等隨行重臣們商量此事，這次朝廷主要是要調用南方官軍去征討安南，是對大明南方各鎮、各都司衛所戰鬥力的一次全麵檢驗，對於朝廷的準備，戚繼光提出了一個很重要的觀點就是銳士不可久於瘴鄉，強調安南當地的氣候和朝廷的衛生準備問題。
上次大明征討安南，受當地氣候等的影響，所產生的非戰鬥減員確實是大明最後選擇撤兵的重要原因之一，朱載坖命令戚繼光詳細檢討上次朝廷不能鎮壓安南，損失過重的原因，戚繼光詳細研究戰報、資料之後向朱載坖上疏認為：安南自然環境、文化風俗與中原地區迥異，天高皇帝遠，中央難以管控，離心力強。這是安南抵抗激烈的重要原因。
其次就是疫病對於官軍的影響，曆代征討安南，對軍隊造成損失最大的，並非安南軍隊，而是在軍中所流行的疫病，東漢建武年間馬援平定交趾的征側、征貳反叛時：“二十年秋，振旅還京師，軍吏經瘴疫死者十四五。”兩宋征討安南的時候，交趾炎熱瘴癘，士卒未戰死者十二三。可見大量的非戰鬥減員對於任何一支征討安南的軍隊來說都是極為嚴峻的考驗。
兩宋曾經多次征討安南，損失頗大，後來兩宋的臣子們總結此事的時候就認為：“交州謂之瘴海，得之如獲石田。願陛下念征戍之勞，思用度之廣，愛人惜力，無屯兵以費財，修德服荒，無略內以勤遠，亟詔執事，寬其誅鋤，又何必蕞爾蠻陬，勞於震怒，此大體之一也。竊聞嶺外嵐瘴，八月、九月尤甚，謂之黃茅瘴，草黃時，瘴氣方盛，十月以後氣候始肅。今興師十萬，日費千金，銳士不可久於瘴鄉。”
對於安南的瘴癘情況，兩宋其實就已經有所了解的，所以成祖在征討安南的時候特地下旨道：“爾等宜立誌自強，取法前人，乘來冬月瘴厲肅清，同心協謀，殄除逆賊，建萬世勳名，以副朕之委任。”
對於安南的情況，成祖這樣的百戰名將自然是很清楚的，所以要求官軍趁冬季瘴癘不那麼嚴重的時候，迅速進剿，殲滅安南逆賊，然後迅速撤退，但是戰事的發展顯然不可能向成祖所預料的那樣順利，官軍在永樂四年冬季大破安南，但是安南各地的抵抗並沒有立即被官軍所鎮壓下去。
故而在永樂五年正月初九日，成祖就給在安南的張輔下詔：“今天氣向暖，軍士不宜多留，宜晝夜用心，嚴督諸將，火速火速，急忙急忙，平定地方，剿滅賊寇，及早班師，恐瘴癘雨潦，不便，故勅！”
成祖對此是極為擔憂的，在詔書中用了急忙急忙，可見其中的關切，但是這個時候官軍正是連戰連捷的時候，張輔帶正領官軍乘勝追擊，清遠伯王友“悉破籌江、困枚、萬劫、普賴諸寨，斬首三萬七千餘級”。進而拿下東潮、諒江諸府州，與黎季犁戰於木丸江，“斬首萬級，擒其將校百餘人，溺死者無算”。黎季犁逃至富良江乘船逃亡，張輔與黔國公沐晟夾岸迎戰，安遠侯柳升等人以戰船橫擊“大破之，馘斬數萬，江水為赤，乘勝窮追”。此時的官軍有如天助，本來天旱江水淺，敵軍不得不棄船逃跑，突然下大雨，水漲船高，“遂畢渡”。
這個時候天氣已經開始轉暖了，但是安南境內的反抗還沒有被官軍徹底擊敗，所以張輔、沐晟等人上疏成祖，請求十月班師，對於張輔的這個請求，成祖雖然同意了，但是是非常擔心的，用成祖給張輔的上諭中就可以看到，成祖在給張輔的上諭中說道：“前者勅爾於二月中班師。今曾日彰來奏賊之殘黨尚未儘滅，欲大軍鎮守，且言交趾無瘴癘，丘、溫、龍州數處，此時瘴癘雨潦正作，爾等宜詳審會議，度事相機，可班師即班師，如未可班師，果無瘴癘，則擇高亢向陽之地，屯營駐兵，則百疾不作，尤須嚴固守備，俟十月班師，交人為黎賊困虐已久，撫治之道，必先寬恤，故勅！”
雖然前線的將領向成祖皇帝奏報安南沒有瘴癘，但是成祖皇帝顯然是不想相信的，在給張輔等人的上諭中要求及早班師，不要停留，事實證明成祖百戰名將的戰場嗅覺是極為敏銳的，果然不出成祖皇帝所料，永樂五年四月，安南瘴癘大起，成祖皇帝趕緊給張輔等人下旨：“見今擺堡，但有瘴癘去處，止令土軍在彼守堡，土軍蓋練習風土，其餘守堡官軍移散於無瘴地麵，或出或入，權蹔屯駐，侯瘴癘清時，仍令各還原堡，其來降大頭目，仍以好屋宇居其家小，令其子侄親人看家，遣之來朝。”
同時命令轉運藥物給軍前，但是瘴癘已經在軍中流行起來了，軍中瘴癘大作，據英國公張輔的奏報：“今瘴癘大發，軍士病且甚，一旗有一二十名者有之，有二三十名者有之。”當時官軍一旗，滿編不過五十人，可見這個時候瘴癘的厲害程度，已經嚴重影響了官軍的戰鬥力。
成祖為此極為揪心，嚴厲斥責張輔、沐晟等人，成祖皇帝在上諭說道：“朕聞有瘴，則促使班師，及奏無瘴，則唯令留鎮，朕之此心，無非欲為軍士之便。今瘴癘如此，爾等乃坐視不顧，惟事飲酒，忿爭私氣，又不預為奏聞，兼往來之人，相傳不一，不知爾等用心何為？從征將士，遠離父母妻子，跋涉山川，勞動筋骨，勤苦至甚，方今夏熟，即揀高爽之地，以休息之，養威畜銳。今天氣炎暑，雞翎、坡壘等處皆有瘴癘，爾等不用心計較，又不奏來，往往差人至中途，間多染瘴癘成疾，一二十人之中止有一二人得達者，然亦因病不支。凡有所問，皆昏憒不能荅，應致人如此，爾等何不仁之甚，今後果係緊要事務，不可緩者，則差人來，如非緊急重事，可以緩者，姑俟秋涼，途中瘴癘稍清，卻一一奏來！”
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