為了迅速安定安南，朱載坖向交趾布政使司派出了大量的官員，這些官員都是經過吏部和都察院嚴格考核的，對於交趾布政使司各州縣，吏部也采取了和內地不一樣的考核辦法，對於安南的州縣官員們來說，賦稅在現階段不是主要的考成指標，地方的安定才是主要的考成指標，一旦出現民變、叛亂等，對於地方州縣的官員們來說，他們的考成就會受到極大的影響，但是地方能夠將這些叛亂予以鎮壓的話，朝廷也會予以嘉獎，總之就是將安定地方作為對於地方官府的主要考成。
要求地方官府要迅速的將地方安定下來，同時朱載坖命令翰林醫官院選派醫術精湛的醫生，前往交趾布政使司各州縣，一來是為診治疾病，防止瘟疫的發生，二來是指導地方官府將有可能產生瘴氣的地方予以處理，朱載坖很清楚，瘴氣最主要的就是瘧疾、痢疾等疾病，要嚴厲執行有關衛生的相關條例，對於容易滋生蚊蟲的地方予以處理，要防範出現瘴癘，尤其是水源和食物，要注重消毒。
安南植被茂盛，並不缺乏樹木，所以朱載坖特地下旨，嚴禁士卒們飲用生水，除此之外，對於官軍的進攻路徑也要予以規劃，朱載坖命令沐昌祚、劉綎等官軍大將們要注意天氣的變化，一旦氣候轉暖，官軍就必須做好防範瘴氣的相關準備，除了兩廣、緬甸、雲南等適應當地氣候的官軍可以留在本地之外，其餘各部官軍先返回駐地，安南已經是大明案板上的肉了，不必付出不必要的傷亡。
朱載坖在了解的前線的信息之後向沐昌祚下達命令，官軍打到賢良江並且駐守就可以了，主要控製安南北部，等到官軍適應了當地的氣候，同時朝廷在安南北部站穩腳跟之後，再渡過賢良江南北夾擊，將阮氏消滅就行了，大明第一階段的任務就是消滅鄭氏和黎朝政權，鄭氏現在已經是苟延殘喘了，朱載坖命令沐昌祚督促諸將，在天氣轉暖之前將鄭氏消滅，打到賢良江。
同時對於阮氏，朱載坖命令交趾布政使司嚴令阮潢將黎朝偽帝交出來，否則官軍就要渡過賢良江，消滅阮氏，同時朱載坖將鄭、莫之戰的相關詳情昭告天下，尤其是安南，當年莫氏篡位的時候，在莫登庸的授意下，朝廷派人前往莫登庸的祖籍地宜陽古齋社，給莫登庸加九錫，封安興王。不久又炮製了一首頌揚周公輔佐周成王的詩。莫登庸從古齋前往升龍，在他的授意下，群臣建議黎恭帝禪位。武睿等忠於後黎朝的大臣不服，辱罵莫登庸，皆被殺。
嘉靖六年，莫登庸接受了黎恭帝的禪位，成立莫朝，改元明德，恭帝被廢為泰王。不久脅迫恭帝與太後鄭鸞一起自殺。嘉靖九年，清化人黎意自稱後黎朝宗室的外孫，在椰州起兵，宣布恢複黎昭宗的光紹年號。後黎朝遺臣紛紛投奔其麾下，短短旬月之間各郡縣紛紛響應，兵至數萬人，屯兵馬漆江。
黎意的勢力越來越大，攻入了西都城。莫登瀛得知此事，率軍親征，與莫國楨合兵擊之，被黎意大敗。此時黎意聲名大振，退往椰州享樂。莫國楨得知黎意無備，率師偷襲，將其擒獲，車裂於升龍。黎意的殘部逃往哀牢投奔阮淦，使阮淦勢力得到壯大；同時阮淦找到了一位名叫黎維寧的人，自稱是黎昭宗之子，將其立為皇帝是為後黎莊宗），試圖讓其歸國複位。
不管是黎意還是黎維寧，都不是黎朝嫡係，所以後黎朝本身就沒有所謂的法統，朱載坖之所以用兵安南就是因為安南的這些亂臣賊子，弑君悖逆，所以說大明才出兵安南的，朱載坖明確給阮潢下旨，要麼交出偽黎朝偽帝，大明可以放過阮氏，否則的話，大明官軍就要覆滅阮氏，孰輕孰重，阮潢自己來掂量吧！
朱載坖還詔令官軍要儘快抵達賢良江一帶，給阮氏施加壓力，在安南的劉綎此時正在圍攻臨安府，官軍將鄭鬆堵在了臨安府中，等到官軍的火炮運來之後，劉綎才發起總攻，同時沐昌祚也奉朱載坖的上諭，調遣官軍，進抵賢良江，威懾阮氏，阮氏也在賢良江布置重兵防備官軍渡河。
而大明朝廷也向阮氏遣使，傳達了朱載坖的命令，對於大明的這個條件，阮潢其實是有些猶豫的，他費儘心機才從鄭鬆手裡將黎維潭弄到自己的手上，就是也想過一把曹操的癮，但是沒想到大明現在要阮氏將黎維潭交出來，阮潢召集麾下的幕僚們商量此事。
大部分的阮氏宗親和幕僚們都認為應該交出黎維潭，原因很簡單，現在黎維潭對於阮氏來說用處不大，首先是大明所公布的事情，使得黎維潭的正統性無限趨近於零，對於阮氏來說已經沒有多大的意義了，即便是黎維潭的正統性不被大明所否定，以現在官軍在安南北部勢如破竹的情況來說，阮氏要想是怎麼保全自己，而不是做什麼當安南皇帝的美夢，這點阮潢還是很清楚的，官軍現在陳兵賢良江，同時鄧子龍在安南南部，也對阮氏構成了巨大的威脅。
阮潢也很清楚，大明這些隻不過是休整找的借口罷了，安南的旱季已經要過去了，一旦天氣轉暖，瘴氣橫生，對於官軍來說絕對是不利的，所以官軍隻不過是要為休戰找一個借口，也許明年的旱季，就是官軍再次進攻的時候，阮氏和官軍都需要時間休整，要是阮氏不答應大明的條件，官軍雖然會承受極大的損失，但是阮氏說不定就是滅頂之災。
這點阮潢還是很清楚的，曆來隻要中原皇帝願意付出代價，安南是很難抵抗來自中原的進攻的，官軍真要不惜傷亡的進攻阮氏的話，順化必不可保，這點阮潢還是很有數的。
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