但是阮氏才收留了黎維潭，現在又要將黎維潭交給大明，多少有些說不過去，而且當年擁立黎維潭的先祖，就是阮潢之父阮淦，當年正是阮淦找到了黎維寧，自稱是黎昭宗之子，被阮氏和鄭氏擁立為皇帝，所以對於黎維潭的底，阮潢其實是很清楚的，但是阮潢很清楚，現在還是有不少後黎朝的忠臣的，要是阮潢將黎維潭交給了大明，那阮氏恐怕會遭到他們的攻擊，這點阮潢是很清楚的。
但是要是不把黎維潭交出來，大明官軍這裡恐怕是不好交代的，劉綎僅僅用了兩日就攻破臨安府，剿除了鄭氏，將鄭鬆俘獲押赴南京了，大量的官軍正在向賢良江一帶運動，給阮氏造成了極大的壓力，而且鄧子龍在安南南部也在積極的調動兵力，準備北上，占城和暹羅是十分希望大明把他們和安南隔開的，這點他們是極為開心。
阮潢在思索再三之後決定，同意大明的要求，將黎維潭交給大明，阮潢是坐起立行的人，既然已經決定，阮潢立即采取行動，將黎維潭抓了連帶親信和妻兒老小一道送交沐昌祚了，沐昌祚在收到了之後，立馬將黎維潭等押解南京朱載坖處。
同時按照朱載坖的上諭，官軍進抵賢良江，控製賢良江以北的安南北部地區，將湖南等不適應煙瘴地區的官軍趁旱季還未結束撤回本地，隻留下嶺南官軍在此駐守，同時按照朱載坖的命令，除了交趾都指揮使司之外，還要設立交趾鎮官軍，保證交趾的安定，同時為了加強朝廷對於交趾的控製，交趾都巡檢使司也得以成立，統管交趾布政使司轄區內個巡檢司，負責地方的安定。
同時官軍要選擇地勢高的駐地，將附近的死水塘都予以清理，嚴格按照衛生條例執行，做好應對瘴氣和瘧疾、痢疾等準備，朱載坖命令從國內調運大量的生石灰、硫磺還有各種驅蚊的草藥，提前準備，各處安南駐軍的營寨和安南的城市務必做好排水設施的修建，留守安南的主要是兩廣、福建和緬甸等處的官軍，他們長期在嶺南駐防，還是對於瘴氣有一定程度的防範的，朱載坖也嚴令交趾布政使司的官員們，要做好城市的防疫工作，隆慶二十三年是朝廷穩定交趾的關鍵一年。
朝廷要是能夠在交趾站穩腳跟，下一步就是對阮氏用兵，同時對於鄧子龍部，也要通過水師加以支援，運輸相應的物資，鞏固朝廷在安南南部的統治，同時一樣也要派遣官員對這些地方予以治理，糖業公司也開始在紅河三角洲播種甘蔗，籌建製糖工場，朱載坖同時命令在交趾布政使司勘察礦產資源。
在交趾布政使司和廣西布政使司接壤的靖安州，發現了露天煤礦，品質十分之好，而且和港口很近，既便於開采，也便於運輸，靖安州的煤炭的儲量豐富且品質多、質量好，擁有大片的無煙煤露天煤礦，對於朝廷來說，不僅僅是可以發展製糖業，同時可以用於在交趾布政使司發展各種礦冶，交趾有豐富的銅礦，對於大明來說也是十分重要的物資。
所以朱載坖命令將靖安州的煤礦進行開發，不僅僅是供應糖業公司，還要作為發展交趾布政使司經濟的重要基礎來經營，糖業公司向交趾投入巨資，向交趾移民，並且開始種植甘蔗，興建各種相應的廠房，運輸機器，為製糖做相應的準備，而對於安南來說，除了陸地的交通之外，重要的就是港口建設了，官軍所抓獲的大量俘虜，就是良好的勞動力，要在交趾各州縣修建港口，以方便朝廷物資和援兵的調動。
征南的第一階段告一段落，朱載坖賞賜了有功將士之後，決定對於交趾和安南的兵防體係做一調整，征南大將軍、黔國公沐昌祚上繳將印，仍充提督雲貴軍務事，俞谘皋也回歸本鎮，仍任提督南洋水師，而劉綎加後軍都督府都督同知，提督安南、交趾水陸軍務事，佩征南將軍印，鄧子龍升任提督中南水陸軍務事，佩鎮南將軍印，一南一北，負責安南的軍務。
至於沐昌祚等押解來到的鄭鬆、黎維潭等人，押送京師，等朱載坖回鑾之後挑個好日子給他們放放血，祭祀成祖、仁宗、宣宗三位皇帝，除此之外，朱載坖還下達了一個特彆的詔令，就是將安南偽黎朝的所有偽皇帝陵寢予以搗毀，將所有的碑刻等有文字記錄的都予以毀去，同時將黎利等人開棺戮屍，首級送宣宗皇帝景陵祭祀。
在處理完這些事情之後，朱載坖於隆慶二十三年三月回鑾京師，主要是現在京師有很多事情需要朱載坖的毀去處理，回到京師之後，朱載坖首先是召見了首輔張居正，張居正已經多次向朱載坖提出請辭了，朱載坖一直沒有準允，現在張居正確實病重，朱載坖召見的時候，形容枯槁，兩鬢蒼蒼，朱載坖說道：“張先生何以如此啊！”
張居正對朱載坖說道：“陛下，臣自去年，肝火旺盛、腸胃出血，痔瘡甚矣，雖經調治，不能痊愈，伏祈陛下賜臣致仕，使臣得生歸故裡也！”
朱載坖同意了張居正的致仕申請，加張居正特進光祿大夫、左柱國、少師兼太子太師、顧問谘詢大臣、賜麒麟服，馳驛，遣錦衣親軍護送回鄉，同時令翰林醫官院派遣醫生隨侍，之前朱載坖也詢問過翰林醫官院，張居正確實是身染重疾，而且張居正此人性格倔強，很多時候不願聽從醫生建議，導致病勢加重。
在張居正去位之後，張四維接任首輔，申時行進位次輔，分彆加建極殿大學士和武英殿大學士，張四維和申時行都是比較小心謹慎的，基本上都是按照朱載坖的意思處理政務，內閣現在還是能夠保持安定，朱載坖命令將之前積壓的一些要務都予以處理了。
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