對於朝廷來說，比較重要的是活佛索南加措死後的承襲問題，格魯派一向是采取轉世靈童的製度，如索南加措就是上一代活佛根敦嘉措的轉世靈童，嘉靖二十五年，哲蚌寺正式迎請了他的轉世靈童，此即出生於堆龍德慶地方一貴族家的三世達賴喇嘛索南嘉措。
現在索南加措去世，按照之前朱載坖所頒布的詔書，新活佛的產生是要經過大明朝廷的承認才行的，同時新活佛還可以繼承索南加措的朵兒隻唱稱號，活佛關係到朝廷對於蒙古、青藏的控製，乾係甚大，所以太子是不好決定的，這種事情，必須要朱載坖親自拍板才行。
三邊總製鄭洛詳細上疏說明了此事，按照藏傳佛教的說法，佛有法身、報身和應身三身，活佛就是佛在人世間的化身，又叫做應身。他們認為，佛之所以以活佛這種化身在人世間活動，為的就是更好的傳播佛法，教化世人，用佛法來化解人世間的痛苦與災難，用這種無差彆的辦法來幫助世人棄惡從善，並最終達到佛教的終極目標即超脫於輪回之苦。
所以這副皮囊隻是一個軀殼罷了，上一代活佛去世之後，會轉世成為新一代的活佛，即所謂的轉世靈童，之前活佛的繼承都是采取的尋找轉世靈童的方式，選出下一任的活佛，其實在坐的都是玩政治的老手，當然明白所謂的轉世靈童是個什麼東西，雖然說子不語怪力亂神，但是要大明的這些重臣們相信這些活佛真有這麼大的本事能轉世，他們可沒有這麼好糊弄。
張四維當即就指出，所謂的轉世靈童，根本就是子虛烏有的事情，鄭洛考察了各活佛轉世靈童的來源，一般都是活佛轄區的大土司家中，這就奇了怪了，這活佛投胎是給閻王拿了錢還是怎麼的？就能夠穩穩的投胎到這些大土司家中，這種花活大家都看得很清楚，隻不過是宗教權力和世俗權力的更易罷了，當地的土司和活佛本就是一體兩麵的東西，活佛是宗教領袖，而土司則是世俗權力，通過所謂轉世靈童的把戲，牢牢地將宗教權力也控製在這些土司們手中。
這點不管是朱載坖還是太子朱翊釴和在坐的重臣們都是很清楚的，所以為什麼之前朱載坖在冊封索南加措的時候特地在詔書中強調朵兒隻唱和活佛都必須大明朝廷承認方能履行活佛職能，就是為了今天，現在索南加措去世，他們肯定是要選擇所謂的轉世靈童，同時請求朝廷將之前的種種稱號和權力賜予新活佛，但是朝廷現在就有主動權了。
朱載坖要求內閣和禮部、理藩院等相關的衙門落實有關朵兒隻唱和活佛繼承的這個問題，朱載坖認為，朝廷要在活佛的繼承上要更加積極的參與進來，不能夠放任他們在朝廷麵前肆意的玩弄的政治手腕。
朱載坖直接批複三邊總製鄭洛，認為現行的所謂轉世靈童製度並不可靠，事實上方逢時、王崇古等熟悉情況的重臣們之前就曾經上疏討論過此事，認為所謂的轉世靈童根本就是這些土司們糊弄朝廷的手段的，在之前的活佛圓寂後，尋找轉世靈童的重任往往落入那些自稱享有宗教權威的專門為轉世繼承服務的靈媒手中，那些靈媒被稱為吹忠。
這些所謂的吹忠，自稱可以通過降神祈禱做法，來尋找轉世靈童的所在。一些藏蒙的上層土司或大喇嘛往往采取行賄的辦法，收買吹忠，吹忠在受賄之後，往往采取各種非法手段暗中操作，以期達到土司們的的指示，以便於能夠將活佛的轉世靈童指定為自己信賴或者可以控製的人。
一直以來，活佛的繼承都是依靠這些所謂的吹忠通過降神的方式來指示。吹忠完成所謂靈魂附體的儀式之後，就能夠指出轉世靈童的所在方位。然後人們按照他們的指示會找到不止一個符合條件的孩童，然後再將那些符合條件的孩童記錄起來。最後吹忠將會再次做法，最終來決定真正的轉世靈童。
朱載坖當即禦批道：“所奏甚為荒謬，彼何以能通神乎？既能通神，何必徑行指定，呼名直指乎？”
朱載坖當然知道這種所謂的轉世靈童，實際上不過是一種變相世襲罷了，這點其實大家都清楚，之前朝廷不管，你們可以隨意這麼糊弄，現在活佛既然是要接受朝廷的封號，你們再這麼糊弄朝廷，自導自演就有些說不過去了，而且大明之前是管不了這些活佛，現在大明能夠管了，自然就不能放任了。
朱載坖命令鄭洛詳細查探相關的情況，將尋找和確定轉世靈童的權力收歸朝廷所有，而不是由這些土司們決定，朱載坖首先是命令陝西三邊和宣大等鎮加強戒備，然後曉諭三邊總製和宣大總督，要求他們召集各活佛和頭人、酋長等，和朝廷一道商量應該怎麼確定轉世靈童的問題。
至於所謂的吹忠，他們自稱有所謂的神力，這些吹忠在降神的時候，為了糊弄百姓，常常會用一些類似江湖把戲的東西來博取大家的信任，比如用刀紮自己而亳發無損等等，朱載坖認為這也很簡單，要用科學的辦法反迷信，朱載坖一方麵請龍虎山、武當山的道士們前往青藏，當麵揭穿他們，因為大家都是從事一個行當的，彼此非常之熟悉，這些道士們也很擅長這個，甚至比這些所謂的吹忠更加擅長，將他們揭穿之後，再按照朝廷所製定的規矩來。
不過朱載坖也很清楚，官軍必須保持強大的壓力，才能夠使得這些土司、酋長們聽話，同時朱載坖還下旨給順義王，要求土默特部配合大明，作為現在蒙古諸部中實力最強的，隻要順義王能夠聽大明的，蒙古就能夠安定下來，大明就可以專心對付青藏了。
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