朱載坖看了王世貞的奏疏，不由得有些無奈，這個王世貞，又胡亂上疏，賣弄才學了！王世貞的本意是好的，他是想向朱載坖說明鈔關在稅收的種種弊端，但是這廝為炫耀自己博學，將鈔關的發展都予以梳理，認為國家設立關津，最初的本意並非是征收賦稅，關征肇始於戰國兵爭亂世，至兩漢君主驕奢，農入不敷，便從商稅中取足。然征收商稅要在張弛有度，折中執平，若有司變壞成法，失於偏頗，則終會造成國與商俱病的結果。
本來王世貞的這個奏疏其實是中規中矩的，但是立馬有人加以附會，說王大司寇說了，關津之設，原本是為了盤詰奸細，初無抽分之設，是朝廷因為用度不足，才征收商稅的，這點一些彆有用心的人就開始散布各種假消息了，一個朝廷官員也開始公開表達自己的反對意見了。
他們的主要觀點是，朝廷設立鈔關，其初衷本在緝奸通貨，裁抑壟斷，即使緣而榷商，亦為濟乏惠民，利權歸官加之稅網繁密，以致農商俱受病累，而課商抑末之說雖為寬解農勞，卻難稱善策，同時以前宋王安石為例，影射朱載坖。
他們在奏疏中說道：“古者聖王重本抑末，自漢武用弘羊計，置均輸官，籠天下之貨。又令賈人不得衣絲乘車，仕宦為吏，重賦稅以困辱之。自後作業劇而財匱，複弛商賈之律，令佐國家之急。唐初製租庸調外無征，法網疏闊，複以宦者為宮市使，命白望數百，抑賈人物，名為市之，實奪之也。宋懲唐弊，置雜買務，迨安石秉政，專以富國為心。富商巨賈，皆疑畏駭愕，目視不敢動，而貿易之意窮矣。”
他們認為，古來聖王明君，都不用大肆征收商稅，依靠田賦等就可以滿足朝廷的用度了，隻有像漢武帝、王安石那樣的人，還會汲汲於財貨，為什麼現在大明的用度不足呢？是因為你朱載坖和漢武帝一樣，輕舉妄動，耀兵異域，這些都是大量消耗錢糧的行為，還有和王安石一樣推行所謂的改革，才導致國用不足，所以根本原因，不是朝廷的過於不足，而是朱載坖的政策出現了偏差，他們要求朱載坖反思。
朱載坖看了這些奏疏之後，置之一笑，將這些奏疏直接留中不發，朱載坖當了二十多年皇帝了，什麼陣仗沒有見過，這隻不過是個開胃菜罷了，這點朱載坖還是清楚的，所以朱載坖對於這些奏疏根本不予理睬，看看他們要搞出什麼事情。
朱載坖正式遷居西苑，西苑相對環境比較好，同時朱載坖還將原來嘉靖用於煉丹、齋醮的場所撥給了文思院，用於文思院直接向朱載坖展示最新的成果，最近文思院化學研究所還是有一些成果的，首先就是用純堿製取燒堿，文思院發現以純堿溶液和石灰為原料，通過反應生成燒堿和石灰石，這也是三酸兩堿的一個重要物品。
燒堿現在最大的用途就是給棉花脫脂，脫脂之後的棉花比普通棉花容易吸收液體，而脫脂棉花是製造硝化棉的重要原料，對於軍事工業來說有很大的用途。
除此之外就是製得了鹽酸，其實這個很簡單，就是用濃硫酸和食鹽加熱，就可以製取鹽酸和芒硝，而芒硝的重要用途是在製造玻璃中替代純堿，因為大明是很缺乏高純度的純堿的，而芒硝可以替代純堿，在玻璃製作過程中起到了澄清劑的作用，可以幫助去除原料中的雜質和氣泡。同時，芒硝還可以作為助熔劑，幫助降低熔融溫度，使原料更容易熔化。
對於朱載坖來說，比較重要的是怎麼製取硝酸的問題，因為硝酸才是製取各種大威力火藥的來源，而且對於基礎的化學工業來說，三酸兩堿是不可或缺，同時就是對於煤焦油的研究，煤焦油其實是大明在煉焦過程中的副產品，大明現在大力發展鋼鐵工業，而煉焦就是最基礎的東西，在從煤炭煉製焦炭的過程中，會產生煤焦油，是一種具有刺激性臭味的黑色或黑褐色粘稠狀液體。
對於煤炭和鋼鐵工業來說，這種東西毫無用處，一錢不值，文思院的人認為總歸是有用處的，否則的話，這麼多的煤焦油如何處理，朱載坖也很支持文思院的這些研究，看似是無用之舉，但是這些都是有可能有用的，現在文思院發現的煤焦油的一個重要作用就是製作防腐木材，煤焦油對於各種蛀蟲有很好的殺滅作用，用煤焦油浸泡木材，可以防止被蛀，甚至在水師戰船上也可以使用，這就是一個用途了。
朱載坖專門要求文思院研究煤焦油和煤炭煉化過程中的產物的作用，不過現在朱載坖關心還是蒸汽機的研製，在朱載堉的親自指揮下，蒸汽機的研製還是有所進展的，現在的蒸汽機已經能夠為煤礦等抽水用了，現在的蒸汽機還比較簡單原始，首先蒸氣進入一個蒸氣儲罐中，然後關閉蒸氣進口，隨後用水將蒸氣儲罐內的蒸氣冷卻，變為冷凝水。蒸氣冷卻後形成的真空可以用於將水從水井中抽吸上來。吸上的水充滿蒸氣儲罐，隨後通過排水閥排出。隨後蒸氣再次通入儲罐，重新開始下一個循環。
主要問題是壓力不好控製，一旦壓力過大，就容易爆炸，文思院已經出了幾次事故了，科道對此也有很大的意見，但是都被朱載坖壓下去了。朱載坖繼續支持朱載堉的研究，不惜工本，也不惜官爵，朱載坖能夠做的就是這些了，在視察文思院的時候，朱載坖都將皇長孫朱常瀛待在一起，還命令文思院的官員們為他講解相關的知識和原理，對於小孩來說，這些東西遠比之乎者也要有趣多了。
雖然講官們多次抗議，但是朱載坖根本不為所動，爺的孫子爺做主，指手畫腳就入土。
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