對於朱載坖讓皇長孫中斷學業，跟隨自己視察文思院的進展，甚至讓文思院的這些人給皇長孫上課，這在臣子們中引起了極大的風波，在他們看來，皇長孫作為大明未來的儲君，自然是應該接受完善的教育，而教育哪有他們這些飽讀經史的讀書人更擅長呢？
朱載坖不讓皇長孫接受講官們的教育，而是讓這些所謂文思院的官員教授皇長孫格物之道，這還得了，這些人不過是些道士、工匠，怎麼能夠為皇長孫授課，這下連內閣輔臣等都紛紛上疏，請求朱載坖重視皇長孫的學業，皇長孫現在的年紀，正是接受教育的時候，要講官積極進講，朱載坖作為皇帝，也應該教導皇長孫。
於此同時，不少臣子還對朱載坖進行了批評，認為朱載坖怠惰政務，要求朱載坖勤禦朝講，不要輕舉妄動，一時之間整個朝廷都雞飛狗跳起來，但是朱載坖絲毫不為所動，一麵繼續請戚繼光等老將為皇長孫教授兵法，講解與軍事有關的事項，一麵命令教授皇長孫武藝，朱載坖則是親自帶著皇長孫在西苑裡麵學習使用燧發火銃，一時之間西苑裡麵倒是槍聲不斷。
朱載坖也並沒有讓皇長孫完全不接受經史教育，隻不過是將經史教育在整個皇長孫教育中的比例大幅度下降了，原本皇室子弟基本上都是以經史教育為主，但是現在經史教育不再是主要的內容，在皇長孫的整個教育時間內，經史教育的比例下降到不足一半，而且主要是曆代通史為主，這就使得很多臣子們不滿。
對於這些奏疏，朱載坖也並沒有予以理會，朱載坖現在將庶務交給了太子處理，自己才能夠有充分的時間親自教育皇長孫，哪裡輪得到這幫臣子們來多說什麼，朱載坖對於這些奏疏一概留中不發，同時在文華殿召集內閣輔臣、吏部尚書王國光、戶部尚書梁夢龍、總理鹽政龐尚鵬、總督倉場楊俊民、左都禦史楊繼盛、兵部尚書徐渭、兵部尚書署部事王崇古等重臣們一道討論有關商稅的事情。
朱載坖首先點名讓首輔張四維發言，張四維其實已經通過密疏表達了自己的意見，因為張四維自己就是出身於商賈之家的，所以在很多時候是相對傾向於商賈的，所以張四維在給朱載坖的密疏中就明確說道：“三代後之言財用者，皆移之耳，或奪之耳，未有能生之者。移之者何？除中飽是也；奪之者何？加賦稅是也。”
所以張四維在密疏中認為，要重視商業，征收賦稅自然是必然的，但是對於工商的賦稅要有節製，既要保證朝廷的用度，也要使得工商業能夠發展，所以張四維在密疏中說道：“商之本在農，農事興則百物蕃，而利源可竣也；商之源在礦，礦務開則五金胚，而財用可豐也；商之體在工，工藝盛則萬貨殷聞，而轉運流通可周行四海也。”
張四維是支持征收商稅的，但是張四維同時認為要加以節製，同時朝廷對於商人也不能歧視，商人畢竟對國家貢獻了大量的賦稅，這點是值得讚揚的，朱載坖對於張四維的這個看法是同意的，次輔申時行也是認為征收商稅是不可避免的事情，隻不過朝廷要製定合理的條例，同時也要保障商人的權力。
不過申時行則是提出商不重征，認為朝廷應當節製對於商稅的征收，以保護商業的發展，還有就是商稅的征繳辦法，對於這些貨物征稅的辦法，主要是兩個，有按物抽稅者，有估價抽稅者。按物抽稅，其稅則一經厘定，不得與物價相低昂，故難操其輕重之權。而化價抽稅，致有關胥與商賈爭辯，互不相服，及請中估，而貨物己形塞滯。所以朝廷在製定商稅的征收辦法的時候，要考慮這個問題。
對於兩位輔臣的看法，朱載坖也表示了認同，朱載坖不是要橫征暴斂，而是要製定合理的工商稅征收體係，而朱載坖下一個問的就是吏部尚書王國光，他是大明現在公認的善於理財的臣子，王國光說道：“陛下，臣以為賦在有餘。國之所取，必以養民為先，取民之所餘，方可恤民而昌國。國中富民少而食力者多，必其一歲之入，有以資口體、供事畜而有餘，而後有應國課。使勞力者之所得，果然僅足以贍生，則雖桑、孔之也計，秦、隋之刑威，適足啟亂而已矣。”
王國光的看法很簡單，就是要明確賦稅征收的對象，對於大明現在來說，工商稅征收的對象主要是針對豪商和工場主，他們擁有豐富的資產，獲取了巨額的利潤，自然是朝廷征收工商稅的對象，而不是針對普通的百姓，這點是必須要清楚的，朱載坖也認為應當如此。
同時王國光還提出稅無厚薄惟其宜，對於工商稅的征收和稅率的確定，要以實際情況確定，王國光說道：“陛下，就令不征一錢，而徒任國事之廢馳，庶績之墮頑，民亦安用此儉國乎？且民非畏重賦也，薄而力所不勝，雖薄猶重也。”對於一些官員提出的朝廷征收工商稅是掠奪民財，王國光認為不妥，朝廷要開展各項行政工作，都需要錢糧，賦稅對於朝廷來說是必須的，這點大家都很清楚。
朱載坖聽了之後當然知道王國光是意有所指，現在朝廷裡對於朝廷準備征收工商稅有不少的非議，因為這是之前沒有過的稅種，很多官員們認為這是搜刮民財，上疏反對，朱載坖很清楚他們為什麼反對，因為他們家裡麵是可能真的在經商，有工場的，所以當然不願意朝廷征稅了。
對於這些奏疏，朱載坖一直沒有搭理，但是並不意味著朱載坖沒有關注此事，朱載坖早就在命令廠衛密查此事，對於這些上疏的官員，查他們的底，同時也要讓申時行、王錫爵等東南官員的代表出來表態。
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