翌日兵部衙門的牌匾便被摘掉，改為大明帝國皇家武裝力量最高統帥部和大明帝國皇家武裝力量總參謀部的牌子。
除去召開最高統帥部會議時以外，其餘時間隻有總參謀部和各部聯絡官在此辦公，
前軍都督府被改為了大明帝國皇家武裝力量總政治部，
中軍都督府被改為了大明帝國皇家武裝力量總後勤部，
後軍都督府被改為了大明帝國皇家武裝力量總裝備部，
左軍都督府被改為大明帝國皇家武裝力量國防部，
右軍都督府改為陸軍部，
將府右街的原西廠衙門改為海軍部，
錦衣衛都指揮使司衙門改為帝**事情報部，
東廠衙門被改為帝國內政部。
趁著各部改組的時候，朱天明和崇禎商議了進一步的軍製改革及下一步對江南士紳商賈攤牌的準備工作。
按照朱天明的提議，崇禎下旨以皇家禁衛軍衛戍京城的名義，派遣皇家禁衛軍第三師師長張虎臣率領全師接管南京防務，
並派遣朱嘉赫前往南京坐鎮，為可能發生的意外情況做好準備。
各部衙門改組整頓和搬遷工作全部結束後，朱天明在總參謀部召開了一次會議，
會議上著重討論了全**隊軍改問題，和海軍建設問題。最終經過反複商討，確定了具體方案：
北直隸已完成軍改，原轄區內所有軍隊被整編成了兩個軍，暨隸屬於帝國國防軍體係的皇家陸軍第一軍和第二軍，共計作戰兵力20萬。
朱天明任命李炬為第一軍軍長，朱元錫為第二軍軍長，並從皇家軍事學院畢業的軍官中挑選了一批，隨同李、朱二人一起前往接管兩個軍。
之後，朱天明讓李炬及朱元錫從北直隸軍隊中選拔軍事技能、政治思想全麵過硬的標兵組成一個教導團，
並由皇家軍事學院的學員及教師中選拔出一個軍官營，統一交由李洋指揮，前往南直隸進行軍隊整編。
將南直隸所有兵馬進行篩檢，最終整編為皇家陸軍第三軍。
此次會上還確定了海軍建設計劃，共設立七大艦隊及一個海軍陸戰隊司令部。
其中四大本土艦隊設置如下：
大明帝國皇家海軍本土第一艦隊司令部設於山東萊州府，將青島口以及周邊鼇山衛、靈山衛等區域合並設立青島縣，並於青島縣開始建設第一艦隊司令部及艦隊基地。
本土第一艦隊防衛區域北至歸明省，南至南直隸。
大明帝國皇家海軍本土第二艦隊司令部設於浙江明州。
其防區北至南直隸，南至閩浙交界。
大明帝國皇家海軍本土第三艦隊司令部設於福建泉州。