登基之後的頭兩天，主要是處理天啟皇帝的後事。
郭可陽做為天啟的“治喪委員會主任”忙的不可開交，一應事宜都要向他請示，自己不懂得還要請教黃立極等內閣學士。
天啟皇帝駕崩突然，駕崩時又年輕，才二十三歲，所以彆說營建帝陵了，連墓地位置都還沒來得及選。內閣討論後，奏請皇帝批準由大學士施鳳來、欽天監監正葉震春、欽天監官員楊邦慶卜選帝陵，郭可陽照準。
天啟的靈柩剛開始停放在乾清宮。現在新皇即位乾清宮是皇帝的寢宮，繼續停放在那裡肯定不合適，便移到仁智殿裡停放。
八月二十七日，天啟帝靈柩移至仁智殿。仁智殿俗稱白虎殿，位於武英殿以北，明代皇帝死後，下葬之前梓宮靈位都在此停供。
新皇帝搬到乾清宮東暖閣居住。郭可陽召徐應元、方正化入乾清宮侍奉。因為張皇後還住在坤寧宮，搬走安置需要時間，所以王府家眷還住在原信王府。
登基之後並沒有多少喜悅，郭可陽卻陷入了巨大的危機感中，有時望著空蕩蕩的大殿內心極度缺乏安全感。
他知道現在自己雖然名義上做了皇帝，但是並沒有坐穩。魏忠賢一黨在朝中經營了七年，現在內宮外朝都是閹黨。不清除閹黨自己就不可能完全掌握權力，不完全掌握權力，那麼自己所設想的所有改革，成功的可能性都是零。
而崇禎年間正是明末各種矛盾大爆發的時期。自己馬上就要麵對後金在崇禎二年的入侵，也就是著名的“己巳之變”。後金將把京畿地區攪得殘破不堪。
陝西的災害和流民潮也即將爆發，並逐漸成燎原之勢，攪得大明狼煙四起，最終逼得崇禎吊上了煤山上的歪脖子樹。
想到煤山上的歪脖子樹，不由的引發了郭可陽的好奇心。於是第二天一早，郭可陽便帶著王承恩去爬煤山。
煤山在紫禁城正後方，並不高，隻有約四十米，是挖掘紫禁城護城河和太液池、南海的泥土堆積而成。煤山隻是俗稱，正名叫做萬歲山。據說，明初朝廷在景山堆煤，以防元朝殘部圍困北京引起燃料短缺，因此該山又稱“煤山”。
不多時爬到山頂，郭可陽有些氣喘，看來這個身體確實需要鍛煉了，轉頭看看王承恩倒是沒什麼反應。在山頂上轉了一圈，看到好幾棵歪脖子槐樹，也不知道最後崇禎上吊的是哪一棵。王承恩有些疑惑的跟在後麵，搞不清楚皇帝在搞什麼名堂。
找不到便不找了，郭可陽索性在山頂選了個視野開闊的地方看風景。
煤山是全城的製高點，這個時代沒有什麼高層建築，站在煤山頂上可以俯瞰全城。
望著北京城如棋盤般方正的布局，眼下金碧輝煌的紫禁城，還有遠處高大延綿的北京城牆。一陣晚秋的涼風吹來，吹去了登山時身上的燥熱，不僅讓郭可陽心情舒暢，大腦也豁然開朗。
站在山頂，郭可陽逐漸理清了這些天自己腦海中繁雜的思緒。
自己現在麵臨著三個大的威脅一是魏忠賢一黨；二是後金以及原崇禎二年、現神武二年即將到來“己巳之變”；三是以李自成張獻忠為代表的農民軍。
先說魏閹一黨，這個是當下就杵在自己麵前的最現實、最緊迫的威脅。魏忠賢必須殺掉，其黨羽也必須除去。這不僅僅因為魏忠賢在天啟朝權勢滔天，做了許多惡事。而是因為魏忠賢現在是他神武皇帝的權力之敵，不清除掉魏閹一黨，自己就不可能大權在握。
魏忠賢是天啟的心腹不是他神武的心腹，是天啟給了魏忠賢及其黨羽權力，他們也隻會對天啟帝死心塌地。至於自己這個新皇帝無論自己怎樣加以籠絡，魏閹一黨都絕不可能像對待天啟那樣忠順的。
如果說天啟帝在位時魏忠賢是天啟的一條好狗，那麼現在的魏忠賢就是他神武帝臥榻之側的一條彆人家的惡犬，這場景想想都恐怖。
除掉魏閹一黨，大權在握，這樣才能夠形成接下來一切改變的基礎。否則自己就隻是個空架子皇帝，甚至哪天不小心“被落水”都有可能。
至於除掉的辦法，郭可陽深思熟慮後，還是決定采用曆史上崇禎的策略。畢竟那條路經過實踐檢驗走得通，而且整個過程很平順，沒有波瀾。那就是先穩住魏忠賢，麻痹他，等到時機成熟再徐徐圖之。
其次是後金的威脅，以及神武二年即將到來“己巳之變”，該如何應對。
己巳之變極大的打擊了明王朝的威信，讓後金看到了明王朝的虛弱與無能。
曆史上皇太極帶著滿蒙騎兵在京畿之地縱橫馳騁、蹂躪長達半年時間，明朝居然無可奈何，勤王的軍隊悉數被擊敗。
而己巳之變中勤王的明軍邊軍精銳，或是被後金擊敗而潰散、或因缺糧缺餉自行潰散。這些潰散的邊軍精銳不敢回營，大多為匪為盜，後來又加入農民軍，實際成為之後明末農民起義軍的核心力量。
尤其是李自成、張獻忠等流寇的老營，大多都是由潰散或者逃亡的邊軍精銳組成。據有些史料記載，李自成就在這一時期進京勤王的甘肅邊軍中，在勤王途中部隊缺餉，主將克扣不發，於是引發兵變，李自成從此走上了埋葬大明朝的道路。