明末清初思想家王夫之在《讀通鑒論》中對司馬睿南渡後的行跡多有評述：
1湣帝之立，賈疋等扳之以立而遂自立，則琅邪之在江東，南陽之在秦、隴，雖不與爭，而坐視其亡而不救。匪直二王也，劉琨、慕容廆之在北，張寔之在西，陶侃之在南，皆坐視其亡而不恤。長安破，湣帝俘，司馬子孫幾於儘矣，琅邪擁眾而居江左，削平內寇，安靖東土，未有舍琅邪而可彆為君者。然而聞長安之變，官屬上尊號而不許，固請而不從，流涕而權即晉王之位。已而劉琨屢表陳痛哭之辭，慕容廆、段匹磾且合辭以勸進，豫州苟組、冀州邵續、青州曹嶷、寧州王遜，合南北以協請，江東人望紀瞻之流皆敦迫焉，然後踐阼而改元，於是而元帝之位定矣。無求於天下，而天下求之，則人不容有異誌而允安。東晉之基，成乎一年之需待，此人情天理之極致。其讓也，即國之所以立也。66
2元帝之立也，王氏逼王室而與亢尊，非但王敦之凶悍也，王導之誌亦僭矣。帝乃樹刁協、劉隗於左右，以分其權而自固。然而卒以取禍者，非帝之不宜樹人以自輔，隗、協之不宜離黨以翼主也；其所以尊主而抑強宗者，非其道也。66
3王敦之橫，元帝惴惴而崩。67
清代詩人陳文述在《晉元帝廟》中感歎道：“夕陽回首舊金墉，雙闕天開作九重。一帝此間曾渡馬，諸臣當日定從龍。江山形勝思京洛，將相功名誓鼎鐘。同是偏安更衰弱，臨安誰祀宋高宗。”101
近代小說家、曆史學家蔡東藩在《兩晉演義》中對司馬睿進行激烈的抨擊，他說：“元帝實一庸主，毫無遠略，始則縱容王敦，使據長江上下遊，繼則信任刁協、劉隗，疑忌王敦，激之使叛，而外無可恃之將，內無可倚之相，孤注一擲，坐致神京失守，受製賊臣，刁協死，劉隗遁，周顗、戴淵又複被戮，其不為敦所篡弑者，亦幾希矣。”68
中國現代曆史學家黎虎等在《中國通史》“晉元帝”條目中認為：“司馬睿是中國封建皇朝中最少權威的一位開國之君。他之所以能夠稱帝於江南一隅，不是憑借他本人的權威或者實力，而是因為他出身的西晉皇室在當時已成為漢族政權的象征。隻有在這一旗號之下，北方的大族才能在江南立足，南方的大族才能抗拒來自北方的各種勢力。在擁立司馬睿的大族中，琅邪王氏的勢力最強，影響最大，在司馬睿建立東晉朝的過程中，他的所有政治活動和各項政策都與王氏家族的關係極大。後來司馬睿試圖擺脫扶植者對他的控製，但是由於雙方力量對比懸殊，這種努力不但沒有成功，還終於引發了王敦之亂，導致他的受辱身亡。”7
軼事典故
牛繼馬後
主詞條：牛繼馬後
關於司馬睿的出身，有所謂“牛繼馬後”的著名傳言。據說曹魏時期，有一本流傳很廣的讖書，叫《玄石圖》，上麵記有“牛繼馬後”的預言。曹魏權臣司馬懿也曾聽過這一預言。司馬懿手下有名大將叫牛金，為他立下殊勳。司馬懿晚年位高權重時，忽然想起“牛繼馬後”的預言，認為牛金觸犯此忌，將對子孫不利，於是設宴毒害牛金。司馬懿的長子司馬師不解，問道：“牛金可堪大用，奈何殺之？”司馬懿訓道：“你忘了石瑞中說‘馬後有牛’嗎？”司馬懿原以為自此司馬氏子孫便可高枕無憂，殊不知他的孫子司馬覲襲封琅邪王後，其妻夏侯氏竟與王府中一位名叫牛金的小吏勾搭成奸。二人生下一子，在司馬覲死後承襲了琅邪王位。此人便是司馬睿。6971
這一故事雖屬小說家之言，不能得到更多佐證，被人認為“不免於附會”101
，但卻有諸多文獻記錄。後人因此有所譏諷，如明人李贄直稱東晉為“南朝晉牛氏”72
，而不稱司馬氏。
生平異象
五馬渡江
晉惠帝太安年間（302年－303年），曾出現一種童謠說：“五馬浮渡江，一馬化為龍。”到永嘉之亂爆發後，西晉宗室大多淪亡，隨時為琅邪王的司馬睿南渡者隻有西陽王司馬羕、南頓王司馬宗、汝南王司馬佑、彭城王司馬紘，正好印證“五馬”之說。最終司馬睿成功登上帝位，延續晉祚。73
據說五王渡江處在幕府山（位於今江蘇南京）前宣化津，後人為此地取名為“五馬渡”。74
踐祚之象
據《太平廣記》引《洞林記》記載，司馬睿還是丞相的時候，有一隻麻雀飛落在了小雞的背上，將它趕走又回來了。這樣來回了好幾次。當時有個知曉占卜的人說：“雞屬酉，酉屬金。所以麻雀前來，是帝王登基的象征。”又有一種說法稱，司馬睿任安東將軍時，曾有三隻麻雀踩在一隻雄雞的背上，三次走進他的將軍府。占卜的人由此斷言司馬睿要連升三級做天子。98
調侃殷羨
皇子司馬昱降生時，司馬睿很是高興，遍賞群臣。大臣殷羨謝賞時說：“皇子誕生，普天同慶。臣下沒有功勞，卻辱蒙重賞。”司馬睿笑著說：“這事難道能讓你有功勞嗎！”75
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