“吳又可！《瘟疫論》！蒼天有眼，竟讓朕在此危難之際，遇到了你！”崇禎皇帝隻覺得渾身的血液都在沸騰，連日來因鼠疫而產生的絕望和無力感，仿佛被這意外的重逢驅散了大半！他立刻意識到，吳又可的理論和經驗，或許正是拯救京師、拯救大明的關鍵！
他當機立斷，立刻傳召方正化：“方伴伴！速速派人，去查訪吳先生的《瘟疫論》手稿！無論是在其家中，還是流傳於坊間，用最快的速度給朕找到！找到後，立刻交由司禮監經廠，選取最好的工匠，用最快的速度雕版、印刷！給朕印……先印一萬冊！不！十萬冊！用內帑的銀子！將此書火速分發至京師及九邊各地的惠民藥局、軍中軍醫營！務必讓所有大夫、軍醫，都能看到此書！”他知道，改變觀念，傳播正確的防疫知識，是控製疫情的第一步！
安排完印書之事，崇禎才將目光重新投向吳又可，眼中充滿了期盼：“吳先生，既然你對這時疫古人對瘟疫的稱呼）有如此精深的研究，請務必告知朕，當如何應對？京師疫情洶洶，朕……實在是束手無策啊！”
吳又可躬身道：“陛下謬讚，草民不敢當。依草民多年觀察與診治經驗，此次京師所發之疫，並非傷寒、亦非溫病，而是一種特殊的‘癘氣’所致。此氣無形無質，然毒力甚猛，可隨口鼻吸入，亦可由疫者衣物、用具沾染而傳播。欲製此疫，非一方一藥可解，需多管齊下。”
他條理清晰地提出了自己的方案：“其一，需立刻昭告全城百姓，明示此疫傳染之途徑，教導百姓勤洗手、戴布巾、勿食生冷、避免聚集；其二，凡有發病之家，必須立刻上報，將病患嚴格隔離於單獨處所，嚴禁探視，阻斷傳播；其三，疫死者之屍身，絕不可按常例安葬，必須儘快集中火化，徹底焚毀，以絕癘氣之根；其四，草民亦有幾副針對此時疫不同階段症狀的方劑如達原飲等），配合隔離、消毒等法，或可有效救治病患。”
“若依先生之法，多久可見成效？”崇禎急切地問道。
吳又可沉吟道：“陛下，雷厲風行之下，三五日內，新增病例或可稍有遏製。但要徹底撲滅這已然蔓延全城的疫情，恐怕……至少需要一個月以上的時間，且需官民上下，齊心協力，嚴格遵行，方有可能。”
崇禎聽完，心中已有計較。“吳先生，你身負濟世之才，值此國難，朕欲請你出山，委以重任！朕想請你入太醫院供職，專司此次抗疫事宜，你看如何？”
沒想到，吳又可聞言卻搖了搖頭，拱手道：“多謝陛下抬愛。然草民閒雲野鶴慣了，且……太醫院規矩森嚴，門戶之見甚重，草民恐難適應，更怕因俗務纏身，反而耽誤了抗疫大事。草民曾在太醫院短暫供職，深知其中……難處。”他言語間，顯然是對太醫院的官僚作風和排擠傾軋心有餘悸。
崇禎立刻明白了。這位吳先生，是個有真才實學、卻不屑於官場俗套的耿直之士。強行將其納入太醫院，恐怕反而不美。“好！朕尊重先生的選擇！”崇禎當機立斷，“官職不過虛名，朕要給你的，是實權！”
他朗聲道：“傳朕旨意！封吳又可為‘太子太保’榮銜！賜其妻為‘從一品誥命夫人’！最重要的是，自今日起，京師內外一切抗疫防疫事宜，皆由吳又可全權總攬！西廠提督曹化淳、京營提督張世澤，皆需聽從吳先生調遣，全力配合！凡吳先生所需之人、所需之物、所需之權，一律優先供給！有敢陽奉陰違、掣肘阻撓者，先斬後奏！朕要讓全京城都知道，吳先生之命，便是朕之命！”
這番任命，不可謂不石破天驚！一個沒有任何功名的“草民”醫者，竟被授予太子太保的虛銜、其妻被封為一品誥命，更被賦予了節製廠衛、京營的滔天權力！這簡直是聞所未聞！
吳又可自己也驚呆了！他本以為能得到皇帝的認可，允許他放手施為已是萬幸，卻萬萬沒想到，皇帝竟會給予他如此之高的榮譽和如此之大的權力！巨大的激動湧上心頭，他幾乎要熱淚盈眶，連忙跪倒在地：“草民……草民何德何能，敢受陛下如此厚恩！草民定當……定當粉身碎骨，竭儘所能，撲滅瘟疫，以報陛下知遇之恩！”
但激動過後，隨之而來的是沉甸甸的壓力。整個京師的命運，無數人的生死，似乎都壓在了他一個人的肩上。萬一……萬一自己的方法無效，或是推行過程中出了紕漏，那後果……他簡直不敢想象！
在他領旨謝恩，準備告退去安排具體事宜時，一直侍立在旁的方正化悄悄跟了上來，低聲提醒道：“吳太保，恭喜了。陛下對您信任有加，乃是萬民之福。隻是……您如今身負皇命，手握大權，行事務必謹慎，言語更需小心。宮廷內外，人心複雜，切記防人之心不可無啊。”方正化見識過太多的起落浮沉，善意地提醒著這位驟登高位的“新人”。吳又可感激地點了點頭，將這份提醒記在了心裡。
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吳又可知道，抗疫的第一步，必須摸清底細，而人口最密集、流動性最大、也最容易爆發大規模疫情的地方，莫過於軍營！他立刻帶著皇帝的手諭和幾名隨從，馬不停蹄地趕往了京營所在的校場。
英國公張世澤和甲子營提督董琦早已接到旨意，在此等候。張世澤雖然表麵上對這位皇帝新任命的“吳太保”畢恭畢敬，但眼神中卻難掩一絲疑慮和審視。在他看來，將如此重要的抗疫大權，交給一個名不見經傳的“江湖遊醫”，實在有些兒戲。但他還是按照吳又可的要求，如實彙報了各營的疫情狀況。
情況比吳又可預想的還要嚴峻！雖然張世澤整頓後的老京營和周經武帶來的神武軍，因為紀律相對嚴明、且有獨立營區，疫情尚算輕微。但董琦負責的、由大量流民和囚犯組成的甲子營，以及剛剛成立的幼軍營，因為人員混雜、居住擁擠、衛生條件差，已經成了瘟疫爆發的重災區！“什麼？！甲子營和幼軍營加起來，已經死了近百人了？！”吳又可聞報大驚失色！
“情況萬分緊急！”吳又可當機立斷，對著張世澤和董琦下達了命令，語氣不容置疑，“必須立刻對甲子營和幼軍營進行最嚴格的隔離！所有病患立刻轉移到臨時設立的隔離營區！所有死亡士卒的屍體，立刻拉到城外集中焚燒！所有營區，每日必須用石灰、艾草進行消毒！此事關乎京師安危，更關乎皇宮安危！絕不容許疫情從軍營蔓延開來！英國公，董提督，本官需要你們立刻調集人手，全力配合！”
張世澤看著眼前這個貌不驚人、卻語氣堅決、條理清晰的“江湖遊醫”，雖然心中仍有疑慮，但對方手持尚方寶劍般的皇權，又言之鑿鑿，他也隻能拱手領命：“下官……遵命！”
一場由吳又可主導，以雷霆手段推行的抗疫之戰，首先在京師的軍營中，艱難地打響了。
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