相較於其他幾個崗位隻是簡單地對權限進行重新劃分，並明確各自的職責。由都指揮使司更名為提督軍務總兵官的各省提督這一變化，則可謂天翻地覆。想當初，都指揮使司身負整個省份軍事管理的千鈞重擔，不僅要處理省內繁雜的軍事事務，還需同時接受來自中央兵部以及五軍都督府的雙重領導與嚴密監管，其職能地位頗似現今社會中的省級軍區。
然而，當這一機構改稱為提督軍務總兵官衙門後，卻意味著朝廷將要大刀闊斧地改革沿襲已久的衛所製度。
遙想大明初立之際，全國範圍內設立了多達四百餘個衛所，衛所之兵士更是接近兩百萬人之眾。可曆經悠悠兩百載歲月流逝至今，那份長長的名單之上究竟尚存幾何人數？而實際上又真正有多少兵員呢？這些問題已然難以確切統計清楚。
值此國事艱危、急需用兵之際，如此眾多無法確定的因素極有可能引發國家局勢的動蕩不安。正因如此，內閣經過深思熟慮提出相關建議，幸而得到皇帝頷首應允，決定將原有的衛所統統改名為屯田衛。
所謂“撤銷衛所抽調兵員打仗的職能”，意思就是要徹底改變衛所一直以來承擔的軍事作戰任務，讓其僅僅專注於屯田這一事務。然而，朝廷在此方麵並沒有采取簡單粗暴的一刀切政策，而是給予了各級武將和兵丁一定程度的自主選擇權。他們麵臨著兩個截然不同的抉擇：其一，脫下世代相傳的軍裝，全心全意投入農業生產；其二，放下手中的鋤頭，接受各省提督衙門嚴格的選拔程序，從此專心從事軍事活動。
經過一番精心的拆撤與精簡操作，並充分考量了各省的實際需求後，最終會組建起數量各異的新軍隊伍，以充當地方的守備力量。當然啦，在這整個改革過程當中，屯田畝數無疑成為一個極為敏感且備受關注的核心議題。畢竟，這直接關係到眾多相關人員的切身利益以及地方經濟的穩定發展。
不過話說回來，既然連皇族和勳貴這樣強大的勢力都能被朱由校順利擺平，那麼對於區區一些地方上的小勢力又何足為懼呢？更何況，在完成對各省官員職能的重新調整之後，如果連這麼點事情都無法妥善處理好，那可真是令人大失所望啊！如此一來，原本多餘出來的那些官員恰好能夠順理成章地回歸原位，接替現任者繼續履行職責。這樣不僅解決了地方管理的問題，同時也省去了中央政府絞儘腦汁去思考如何合理安置這些過剩官員的煩惱。
此次變革所引發的影響可謂深遠，其中最為顯著的一點便是使得中央能夠對眾多總兵官實施更為精細化的管理舉措。一直以來，總兵官這一職位雖然地位頗高，但他們所能指揮調度的兵員數目卻全然取決於所處地區的具體狀況。兵員數量多的時候可達三五千人，而少的時候甚至僅有一兩千人而已，這種差異巨大且極不穩定的兵力配置顯然與實際作戰需求嚴重脫節。毫不誇張地說，總兵官一職在某種程度上已然名不副實，同時也給兵部和五軍都督府的日常管理工作造成諸多不便。
新設立的情報調查使這一職位同樣引人矚目。該職位源自於東緝私廠，也就是人們口中常言的東廠。起初，當這一職務即將設立的消息傳出時，朝中百官紛紛表示堅決反對。畢竟，有誰會樂意自己的頭頂之上憑空多出一個以太監身份行事的管事呢？然而，令人意想不到的是，沒過多久，百官們便被朱由校成功說服了。
其緣由其實並不複雜，原來自英宗一朝起始，為了鞏固自身皇權，皇帝曾向兩京一十三道派遣過那些聲名狼藉的鎮守太監。這些可惡的死太監不僅完全不受地方政府的管束節製，而且手中還掌握著極為龐大的權力。由於權力過度膨脹且缺乏有效的監督製衡機製，其所帶來的破壞性後果自然是不堪設想。
朱由校提議的設立情報調查使司，職責中監督地方官員這條是無需置疑的，誰也不敢反對，畢竟暗地裡的錦衣衛校尉多如牛毛，誰知道你的丫鬟、小廝是不是廠衛安插到身邊的？這些幾乎都是公開化的東西，官員們隻能是捏著鼻子認了。
而情報調查使司就是朱由校將東廠公開化的安排，也就是明著告訴你，這個機構就是皇帝將特務衙門明白的放在你身邊。他的主要職責是偵查地方民臣的言行、逮捕和拷掠疑犯等。當然，這個逮捕和拷掠疑犯，隻針對白蓮教聚眾起義，農民起義等特殊情況的出現，它才能施行這個權力。監察地方官員，隻是其捎帶的職責。
情報調查使是由東緝私廠直接委派的大太監，隻接受東緝私廠管理，任何地方、中央機構都無權管理。包括其人員名單、數量都由東廠決定。其俸祿由內帑直接撥付，可以說在地方屬於超然的地位。但是，這個機構無權乾涉地方官員的施政，伸手就要被剁手。
這條也是朱由校嚴厲禁止的，他可不想出現東廠廠督被稱為九千歲的情況發生。
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那麼此事由誰監管呢？自然是由未來朱由校秘密成立的內廠來進行監管。包括錦衣衛和後來成立的西緝事廠，都歸於內廠監督。
朱由校將東廠的職能限製於對內，也是經過一番深思熟慮的。如今的錦衣衛幾乎被朱由校拆分為了兩塊，一塊負責遼東軍事情報的收集，未來對於情報收集的範圍還會繼續擴大，包括蒙古草原、朝鮮、日本、東南亞乃至更遠的歐羅巴、美洲、非洲等等。一塊負責抓捕、審理朱由校不願意讓三司插手的案件，比如說這次的江南抗稅案，這塊是錦衣衛傳統職能。而這部分傳統職能，會被朱由校納入到東廠，加強東廠的實力，和增加他的職能。
而未來新成立的西廠，將會從東廠、錦衣衛中抽調一些精乾人員，加以培訓，未來會被派遣到世界各地，主要的職責是滲透，調查世界各國的經濟、民生、人口等情報工作。
也就是說，朱由校將東廠定位為國內調查局；將錦衣衛定位為軍事情報局；將西廠定位為經濟情報局。
而最後成立的內廠則是直接掌握在朱由校手中，不對任何人公開的一個特務機構。所以，他的所有情況都是嚴格保密的。
不過，這道新政是從天啟二年開始執行，所以朝廷還是給了各地方五個月時間進行調度，時間雖然緊迫了一些，但對於加強中央集權這件事，內閣的熱情顯然是比皇帝更加急切的。
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