剝奪了親王就藩後的贍養田、鹽引，以及對封地湖泊的所有權後。朱由校還將萬曆朝宗祿永額製和宗藩妾室數量進行了更加嚴格的規定。
《宗藩條例》規定親王妾室的最大數量是十人，郡王是四人，將軍是三人，中尉是兩人。沒有爵位的庶人，在年過四十後，仍然沒有子嗣，才準許納妾一人。
新規中明確規定了，親王隻允許三妻四妾，郡王隻允許一妻三妾，鎮國將軍隻允許一妻兩妾，餘下隻允許一妻一妾。隻有年過四十後，仍然沒有子嗣的，才準許多納妾一人。整妻無子亡故的，可從平妻中晉升一位，但不許新娶。
萬曆朝宗祿永額製規定：“宗室之子皆得受封，但限其祿數，郡王除長子外，給五子之祿，將軍四子，中尉庶人三子，此固均祿之良法。臣今再乞天恩，於所擬之外，合量添一子之祿。中尉庶人祿薄，合與將軍同例。”
新規中規定，郡王除長子外，給四子之祿，將軍三子，中尉庶人無。
也就是說，朱元璋製定下來的宗藩八級製度：親王、郡王、鎮國將軍、輔國將軍、奉國將軍、鎮國中尉、輔國中尉、奉國中尉。在天啟朝開始，隻承認五世而襲。
首先，在妻妾數量方麵采取了極為嚴格的控製措施，使得宗藩們無法像以往那樣肆意納妾，從而有效地遏製了人口的過度增長。與此同時，原本複雜的八級宗藩製度被大刀闊斧地改革為簡潔明了的五級製度。且不提未來會產生怎樣深遠的影響，但就在這項新規開始施行之際，明朝的宗藩數量便要急劇減少整整五萬人之多！
當然，朱由校和朝廷深知這五萬餘名宗藩突然間失去生活來源將引發諸多問題，因此並不會即刻逼迫這些毫無謀生技能的宗藩們馬上自行尋找出路。
在對其數量加以限製之後，新規還明確設定了各等級宗藩每年所應領取的固定俸祿額度：親王每年可獲得兩千兩白銀以及三百萬枚嶄新的元龍幣；郡王則為一千兩白銀加上二百萬枚元龍幣；鎮國將軍能領到五百兩白銀與五十萬元龍幣；輔國將軍可得三百兩白銀及同樣五十萬元龍幣；而奉國將軍則有兩百兩白銀和三十萬元龍幣入賬。至於公主、郡主以及縣主等女性宗室成員，她們的俸祿標準參照親王、郡王以及鎮國將軍來執行。
如此這般安排下來，宗藩們每年所領取的俸祿當中，將會有超過半數是以朱由校大力推行的新型貨幣——元龍幣的形式發放。這一舉措無疑極大地促進了元龍幣的廣泛使用和流通，畢竟大明皇家銀行背後擁有著規模極其龐大的黃金和白銀作為堅實的儲備金，足以支撐起這種貨幣體係的穩定運行。
隨著時間的推移，元龍幣有望逐漸取代傳統的金銀貨幣，成為明朝經濟領域中的主流交易媒介，進而推動整個國家商業活動的蓬勃發展。有了金銀作為儲備金，龍幣的市場購買力相比起寶鈔，龍幣會顯得更加的堅挺。
與此同時，新規還明令禁止了，郡王入繼親王後，以世子承襲親王，次嫡、庶子以下，隻能按照原封世次獲得本等官職，不允許為他們請封郡爵；追封的親、郡王，其嫡、庶諸子也隻授予本等官職，不允許為他們奏請加封。
也就是說，當親王沒有後代而由郡王繼承親王之位後，除去該郡王的嫡長子之外，其他所有子嗣仍然保留他們原本所擁有的爵位，不會享受到親王子嗣應有的待遇。
不可避免地會出現堂兄弟的子嗣繼承親王爵位，但即便如此，也隻能對已經去世的直係長輩進行追封為親王或郡王。而且，除了繼承親王的嫡長子會被封為親王世子外，其餘兒子都將繼續保持原來的爵位，不會得到額外的加封晉升。這一係列措施不僅有效地防止了人為地創造出過多的郡王、鎮國將軍等爵位，還大大減輕了朝廷的經濟負擔。
要知道，上述各種各樣的規定，其目的就是要抑製住宗藩人口無限製地增長，從而緩解朝廷在財政方麵麵臨的巨大壓力。然而，那一下子就被排除在宗藩隊伍之外的整整五萬多人及其家屬們，朝廷卻絕對不能置之不理。不然的話，如果這些人和他們背後的上萬戶家庭聯合起來鬨事造反，對於整個國家而言無疑將會成為一個極其嚴重的安全隱患。
為了解決這一問題，朱由校毅然決然地采取了一項重大舉措——廢除了長期以來宗藩不得從事四民之業包括士、農、工、商等行業）的嚴苛規定。他不僅以明文形式明確許可所有宗藩子弟能夠自主謀求生存之道，更為那五萬失去宗祿的子弟開辟出一條活路。同時，這一決策對於那些仍然享有爵位的宗藩子弟而言，無疑也是一個利好消息，他們因此獲得了一份額外的收入來源。此外，通過這種正規途徑，這些宗藩子弟們還有望進入大明朝龐大而複雜的官員體係之中。
不得不說，朱由校在這件事情上可謂是費儘心思、絞儘腦汁。因為在此之前的十幾位皇帝，即便心中有意對這條陳舊的條款加以修正和改進，但卻始終沒有足夠的勇氣去觸碰皇明祖訓中的核心條款。然而，朱由校這位未來廟號極有可能帶有“祖”字之人，仿佛天生就是為了打破封建時代眾多常規而生。在他眼中，無論多麼古老且根深蒂固的祖製，在殘酷的現實麵前都必須做出讓步與妥協。哪怕是明太祖朱元璋死而複生，恐怕也無法阻擋朱由校改變大明王朝命運的堅定決心！
最後，朱由校還對宗人府進行了一係列的改革。首先，他任命英國公張維賢為宗正令，定國公徐希皋與已經搬入北京的原南京勳貴之首魏國公徐弘基分彆擔任左、右宗正；尚未就藩的瑞王朱常浩和惠王朱常潤分彆擔任左、右宗人。三個位置的品級為正一品、從一品和正二品。
此外新設正三品的府丞一名，掌宗藩文冊典籍，管諸多事宜；改經曆司經曆一職為經曆司郎中一名，正五品，新設從五品員外郎一名，從五品；在經曆司以下設正六品主事三名，一人掌管發收公文；兩人掌管勳貴、宗室譜牒，序錄子女嫡庶、生卒、婚嫁，官爵、名諡；並核承襲次序，秩俸等差，及養給優恤諸事。其下補充了令史十人，書令史二十人。
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