滿桂所部攻滅葉爾羌汗國，捷報於天啟十九年1639年）年中傳入京城，隨之而來的是一份多爾袞三兄弟的聯名上書，以及滿桂上表的請罪奏章。
捷報就不多做贅述了，而三兄弟的聯名上書就有意思了。
奏章的內容很簡單，作為後金皇族餘孽，三兄弟在軍中愈發位高權重，這代表著什麼，作為熟讀史書的三兄弟非常清楚。於是兄弟三人請求以本次滅葉爾羌汗國的所有功績，換皇帝朱由校為三人賜名。
做戲也好，真心也罷。總之，三兄弟誠意滿滿。
滿桂的自請彈劾奏章，主要內容便是作為本次滅之戰的最高指揮官。在征戰過程中，明軍犯下了燒殺辱掠，甚至還有殺俘的罪狀，嚴重影響了大明的光輝形象以及造成的惡劣影響。因此，他不光如實彙報了此事，還將責任全部攬入了自己身上。
滿桂的奏章引起了軒然大波，一些道德派紛紛上書請求皇帝將多鐸以謀反罪誅殺，而更多的人選擇了沉默。
因為，多鐸的身份太過於特殊了。
朱由校同樣陷入了沉思，換個角度，多鐸絕對算得上滿清第一功臣，其創下的功績絕對是遠超其兄多爾袞的。但其生性殘暴，誰也不服，這也是他身上最大的毛病。
如今，其殘暴的一麵終究還是暴露出來，不管終究不算是個事。如何管便成了一個非常講究的事情了。
最終苦思冥想之後，朱由校下旨封賞了此戰中獲得戰功的將領們。
首先滿桂作為主帥，底下將領犯下大罪。所以，朝廷沒有給予任何獎勵，屬於功過相抵。
作為此次攻滅葉爾羌汗國的大功臣，濟爾哈朗被冊封為長春伯，軍銜也由少將師長升為中將，同時還兼任南疆留守大臣。
而對另一位大功臣多鐸的獎罰就有些讓人捉摸不透了。仿佛被當做了小透明，整個聖旨中僅在最後留下一段話。大意是將多鐸召回京師，113師師長職位暫由底下副師長統領，入軍官學校就任副院長，騎戰講師。
上校軍銜被保留，但是卻被調離了第一線，就任軍官學校副院長，沒有其他任何的處罰。
二十六歲的院長，也算是一種莫大的殊榮了。
......
在成功占據南疆之後，吐魯番自治領的實際情況已經與它的名稱不太相符了。於是，經過深思熟慮和廣泛討論，吐魯番自治領正式更名為西域自治領。這個決定並非偶然，而是基於多方麵的考慮。
首先，自治領的控製麵積得到了極大的擴張。原本隻有十萬多平方公裡的土地，如今已經擴大到了百萬平方公裡，整整增加了十倍！這意味著更多的資源和發展空間，為自治領的未來奠定了堅實的基礎。
其次，人口數量也有了顯著的增長。從原有的四十餘萬增加到九十萬多萬將近百萬，這不僅代表著勞動力的增加，更意味著市場的擴大和經濟的繁榮。大量的人口為自治領帶來了更多的活力和創造力，也為各種產業的發展提供了充足的人力資源。
除了人口和土地的變化，自治領的經濟結構也發生了重要的轉變。在統治區域內，牛羊的數量多得難以計數，這不僅為當地居民提供了豐富的食物來源，更為吐魯番駐軍的軍糧采購提供了可靠的保障。同時，農業、畜牧業等傳統產業的發展也為經濟增長注入了強大動力。
然而，最關鍵的變化還在於葉爾羌的戰略地位。這片區域扼守著通往中亞的絲綢之路，其重要性不言而喻。在唐代，葉爾羌被稱為莎車國，是中亞絲綢之路的重要中轉點，商業活動異常繁忙。如今，來自各地的商隊絡繹不絕，包括來往於葉爾羌和吉爾吉斯人的奧什城之間的商隊，以及從阿克蘇、伊犁到哈薩克汗國的阿拉木圖等城市的商隊。
占據葉爾羌之後，中亞地區對大明敞開了懷抱。這個一直以來沒有一個統一國家的地區，如今不光成為了大明的潛在市場和合作夥伴。也即將成為明國鐵騎的下一個目標，展現出大明帝國在中亞地區的雄心壯誌和影響力。
雖然明國攻滅了葉爾羌汗國，但是當地的局勢並沒有馬上平穩下來。反而因為多鐸被解職，回京述職之後反而顯得更加混亂不堪。
原來，他在占領噶爾喀什時，白山派領袖穆罕默德?玉素甫與其子穆罕默德?阿帕克第一時間投靠了多鐸，並通過其在當地的宗教影響力，迅速的幫助多鐸拉攏了幾十個部落。不光如此，在隨後的平穩噶爾喀什局勢以及對葉爾羌城的攻城戰，父子二人都為明軍出了老大的力氣。
父子二人如此儘心儘力地為大明效勞，自然得到了滿桂的讚賞和認可。然而，城破之後，這對父子卻帶領著從喀什而來的信徒對葉爾羌城內的黑山派發動了一場慘絕人寰的大屠殺。這場血腥的殺戮引起了當地牧民的不滿，以及明軍主將滿桂的不高興，他對這對父子的行為深感震驚和憤怒。
緊接著，多鐸被解職，這一事件使得滿桂意識到需要采取更為果斷的措施來維護南疆地區的穩定和控製。為了平息宗教之間的矛盾，滿桂決定出手乾預。
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首先，他果斷地解除了各部落番兵的武裝，以防止他們再次引發暴力衝突。這一舉措顯示了滿桂的決心和果斷，他不允許任何可能破壞和平的因素存在。
然後，滿桂將穆罕默德·玉素甫父子送回了噶爾喀什城，並任命他們為白山宗宗主。這一舉動既顯示了滿桂對這對父子的一定程度的寬容，也體現了他在處理宗教事務時的靈活性和策略性。
最後，滿桂在葉爾羌城擁立了伊斯哈克·瓦裡為黑山宗宗主。這樣一來，他成功地在兩宗之間建立了一種平衡，避免了一方過於強大而引發更多的衝突。
同時，滿桂還對兩宗的行為準則做出了明確的約定。他強調明國對於宗教的態度是，隻要宗教活動有利於明國的統治，那麼明國將會全力支持並維護宗教自由。然而，如果宗教行為威脅到了國家的安全和穩定，那麼明人手中的屠刀絕對不會留情，必將高高舉起。
通過這一係列的舉措，滿桂展現了他在處理複雜的宗教和政治問題上的智慧和決斷力。他既維護了明國的統治權威，又在一定程度上平衡了不同宗教勢力之間的關係，為南疆地區的長期穩定奠定了基礎。
在滿桂一係列的動作之下，白山派與黑山派之間的矛盾暫時被壓製了下來，但是兩派之間無論如何也不可能最終走上和解的道路，這也導致了未來南疆的不穩定留下了一定的伏筆。
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