洪武三十一年1398年）的冬天，北平今北京）燕王府，朱棣卻仍在書房查看地圖。地圖上應天府今南京）的位置，被朱砂筆圈了個刺眼的紅圈。
這年夏天，七十一歲的朱元璋在南京皇宮駕崩，遺詔裡寫著\"皇太孫允炆仁明孝友，天下歸心，宜登大位\"。朱允炆登基時剛滿二十二歲，臉上還帶著未脫的稚氣，朱棣記得四月朝覲時，這位新皇帝在文華殿召見諸王，特意讓侍臣朗讀《治安策》裡\"削藩以安天下\"的段落。
建文元年1399年）正月，朱允炆的詔書送到北平，要將燕王府的護軍精銳調往廣西。朱棣拖著病體據說當時正患風痹bi，即風濕）登上城樓，看著那些曾隨他北伐蒙古的老兵背著行囊走過，有人抬頭望見他，偷偷抹了把臉。當晚，王府長史葛誠被密詔召回南京，臨行前朱棣握著他的手說：\"我與你同飲北平水二十載，莫負初心。\"可三個月後，從南京逃回的舊部帶來消息：葛誠在禦前揭發燕王\"陰養死士，圖謀不軌\"。
北平城裡開始流傳奇怪的傳聞。有賣菜的老漢說，半夜經過燕王府後牆，聽見院裡有鐵石相擊之聲，還夾雜著馬嘶；藥鋪掌櫃則說，近來王府采購的當歸、紅花是往常的十倍，像是在囤積治刀傷的藥材。這些話傳到應天，朱允炆立刻派工部侍郎張昺bing）、北平都指揮使謝貴前來\"輔佐\"燕王，實則監視。兩人到任後，把燕王府周圍的客棧都換成了自己的親信，連賣豆腐腦的攤點都安插了眼線。
朱棣決定演場戲。七月的一天，北平布政司衙門的官吏們正在議事，忽然聽說燕王瘋了。眾人趕到王府，隻見朱棣穿著件破爛龍袍，在庭院裡搶奪下人手裡的西瓜，啃得滿臉汁水，還對著太陽大喊：\"天熱！我要冰塊！\"張昺讓人把他扶到書房，剛說要彙報政務，朱棣突然倒在地上抽搐，嘴裡吐出白沫。《明史紀事本末》裡記載這幕時寫：\"王盛夏圍爐，呼寒甚，宮中亦杖而行。\"燕王在盛夏圍著火爐，大喊寒冷，在宮裡也要拄著拐杖走路）。
可這場戲沒能演太久。謝貴在燕王府侍衛裡安插的眼線密報，說王爺每天深夜都在密室裡與道衍和尚議事。道衍就是姚廣孝，這位披著袈裟的謀士據說曾對朱棣說：\"臣奉白帽著王\"\"王\"字加\"白\"為\"皇\"），此刻正拿著一幅星象圖勸他：\"紫微星犯北鬥，此乃易主之象。\"八月，朱允炆密令張昺逮捕燕王府官屬，謝貴則率衛隊包圍王府。
八月癸酉日，張昺和謝貴帶著三千士兵來到燕王府，說是\"奉旨查驗府庫\"。朱棣在端禮門設宴招待，席間忽然拍案：\"如今奸臣當道，構陷親王，你們難道也要助紂為虐？\"話音剛落，埋伏在屏風後的朱能、張玉等人衝了出來，將兩人按在地上。朱棣親自拔劍，劍鋒卻在張昺頸前停住——這人曾是他麾下的百戶，跟著他在漠北砍過蒙古人的腦袋。可想起葛誠的背叛，他還是咬著牙揮了下去。
鮮血濺在\"靖難\"的大旗上，這麵旗是道衍連夜讓人縫製的，青緞為底，金線繡著\"奉天靖難\"四個大字。朱棣站在王府台階上，對著聚集的將士們高喊：\"太祖皇帝有訓，"朝有奸佞，親王可以舉兵清君側"！如今齊泰、黃子澄蠱惑皇上，削我手足指周、湘、代、岷諸王已被廢黜），我今日起兵，非為奪權，隻為清君側，複祖製！\"
消息傳到南京，朱允炆正在文華殿和方孝孺討論《周禮》，聽到北平失守，手裡的玉圭掉在地上摔出個缺口。黃子澄上前道：\"陛下勿憂，臣舉薦李景隆為帥，定能平定叛亂。\"這位李景隆是開國功臣李文忠的兒子，長得儀表堂堂，卻從沒打過仗。朱棣聽說朝廷派他來，笑著對諸將說：\"李景隆膏粱子弟，隻會紙上談兵，咱們這下可以睡個安穩覺了。\"
建文元年冬天，李景隆帶著五十萬大軍包圍北平，架起雲梯攻打張掖門。當時朱棣正在永平今盧龍）作戰，守城主將是他的長子朱高熾。這位後來的洪熙帝身有殘疾，走路一瘸一拐，卻極有韌性。他讓人在城牆上潑水，寒冬臘月裡，城牆瞬間凍成冰殼，敵軍爬上去就打滑。有天夜裡，朱高熾選了三百勇士縋zhui，用繩子拴住人或物從上往下送）城而下，摸到南軍大營放了把火，李景隆嚇得從床上跳起來，光著腳跑出中軍帳，連靴子都跑丟了一隻。
第二年春天，朱棣回師北平，在白溝河與李景隆展開決戰。南軍的火器營很厲害，火箭像蝗蟲一樣飛來，燕軍的戰馬嚇得連連後退。朱棣親率精騎衝擊，坐騎卻被流矢射中，換了三次馬，頭盔都被砍掉了一角。危急關頭，他次子朱高煦帶著數千騎兵殺到，這人勇猛得像頭豹子，揮著槊shuo，古代兵器，長矛的一種）大喊：\"父王莫怕，兒來了！\"據說他殺得興起，連鎧甲都脫了，光著膀子在陣中橫衝直撞。
這場仗打了三天三夜，白溝河的水都被染紅了。南軍大敗，李景隆騎著快馬往南逃，沿途丟棄的糧草器械堆成了山。有個叫馬三保的燕軍小校，在清理戰場時撿到一麵南軍的帥旗，旗角繡著\"平燕將軍\"四個字，他偷偷把旗角撕下來塞進懷裡——多年後，他會以鄭和的名字名揚四海。而在南京，黃子澄捶著柱子哭：\"臣薦人不當，罪該萬死！\"朱允炆卻隻是呆呆地看著地圖，上麵燕軍的箭頭正一點點向南推進。
戰爭打了兩年，燕軍雖然勝多負少，卻始終沒能突破山東防線。濟南守將鐵鉉xuan）是個硬骨頭，不僅多次擊退燕軍，還在城頭掛出朱元璋的畫像，讓朱棣投鼠忌器。有次朱棣差點被鐵鉉的伏兵活捉，隻帶著三個護衛逃出重圍，沿途靠吃野果充饑。道衍和尚在北平為他占卜，說\"直取南京，不必戀戰\"，這句話成了戰局的轉折點。
建文四年1402年）正月，朱棣繞過濟南，率軍直撲徐州。四月在靈璧大敗南軍主力，俘虜了平安等三十七員將領。這些將領大多是朱元璋的舊部，見了朱棣紛紛下跪，有人哭道：\"王爺，咱們都是跟著太祖爺打天下的，何苦自相殘殺！\"朱棣扶起他們，解下自己的披風給平安披上：\"弟兄們，我不是要反朝廷，是要清君側啊！\"
六月初三，燕軍抵達浦口，與南軍最後的精銳隔江對峙。朱棣望著滔滔江水，想起四年前從北平出發時的情景，那時身邊隻有八千人，如今已是數十萬大軍。可他心裡清楚，隻要過了這江，就再無回頭路。當晚，江麵上刮起南風，燕軍的戰船借著風勢直衝南岸，南軍的水師一觸即潰。有個叫王景的小官，本來是奉命來勸降朱棣的，見燕軍勢大，當場脫下官服換上燕軍的鎧甲。
六月十三日，燕軍兵臨南京城下。金川門守將是穀王朱橞hui）和李景隆，這兩人一個是朱棣的弟弟，一個是前南軍統帥。李景隆站在城樓上，看著燕軍陣列裡飄揚的\"靖難\"大旗，忽然讓人打開城門。朱棣拍著他的肩膀說：\"李將軍識時務，將來必有大用。\"
燕軍入城時，百姓們躲在門後偷看，隻見這些士兵雖然衣衫破舊，卻紀律嚴明，沒人敢搶東西。
皇宮裡早已亂作一團。朱允炆在奉天殿來回踱步，齊泰、黃子澄勸他逃往浙江，徐達的兒子徐輝祖則跪在地上請戰：\"陛下，臣願死守宮門！\"片刻後，宮裡燒起了大火。火是從坤寧宮燒起來的，據說朱允炆帶著皇後和太子，在火海裡自焚了。也有人說，他從地道逃了出去，換上僧衣，往雲南方向去了。朱棣進城後在灰燼裡找到一具燒焦的屍體，分不清男女，隻能對著屍體哭道：\"侄兒啊，你怎麼就這麼想不開！\"
三天後，朱棣在群臣的\"勸進\"下登基，改元永樂。
許多年後，南京城裡還流傳著關於這場變故的傳說。有人說，朱棣進城那天，看見一個穿龍袍的少年從皇宮裡跑出來，轉眼間就消失在秦淮河的霧氣裡。還有人說，每年六月十三日，金川門的門軸會自己轉動，像是在迎接什麼人。
而在山東濟南的大明湖畔，鐵鉉的雕像矗立了數百年。雕像裡的將軍怒目圓睜，仿佛還在守衛著這座他曾用生命扞衛的城市。當地百姓說，每逢陰雨天，就能聽見雕像裡傳出歎息聲，像是在感慨世事無常。
這場持續四年的\"靖難之役\"，讓明朝的皇位從朱元璋的長孫傳到了四子手裡，也讓這個王朝的命運拐了個彎。朱棣或許沒想到，他當年為了證明自己繼位的合法性所做的種種努力——編修《永樂大典》、派遣鄭和下西洋、遷都北京——會成為後世銘記的功績。而那個在大火中消失的朱允炆，則成了明史裡一個永遠解不開的謎。