順治四年1647年）二月，桂林，瞿式耜站在文昌門城樓上，手裡捧著一份墨跡未乾的《臨難表》。表文裡寫著：“臣死不足惜，唯願陛下親賢遠佞，勉圖中興，勿負臣與桂林百姓之望。”《瞿忠宣公集》）永曆帝朱由榔在清軍逼近時，又一次發揮了“特長”——跑。他從桂林逃到全州，再從全州逃到武岡，把爛攤子全丟給了瞿式耜。這位年過六旬的文臣，本是萬曆年間的進士，一輩子沒帶過兵，此刻卻成了桂林城的主將。
瞿式耜接手的桂林城：城裡守軍不足三千，大半是臨時湊數的民壯；糧倉裡的糧食隻夠吃十天，更要命的是，人心惶惶，官員們天天打包行李，就等清軍一來好跑路。有個叫王化澄的戶部侍郎，半夜偷偷摸摸想溜出城，被瞿式耜抓個正著，當場斬了示眾，才算把人心稍稍穩住。
“瞿大人，清軍快到象鼻山了！”副將馬之驥氣喘籲籲地跑來報告。來的是清軍總兵李成棟的部隊，此人剛打下廣州，正意氣風發，覺得拿下桂林不過是順手的事。他派人給瞿式耜送了封信，說：“瞿公若降，兩廣總督之位非您莫屬；若不降，城破之日，雞犬不留。”
瞿式耜把信撕了個粉碎，對來使說：“回去告訴李成棟，我瞿式耜生是大明人，死是大明鬼！”
二月初七，清軍開始攻城。李成棟仗著人多，把紅衣大炮架在象鼻山上，對著城牆猛轟。文昌門的城樓被轟塌了一角，碎石砸在瞿式耜腳邊，他連眼皮都沒眨一下，隻是指著城下喊：“開炮還擊！”可城裡的幾門舊炮早就鏽得不成樣，打了三發就炸了膛，反倒傷了自己人。
清軍趁機架起雲梯攻城，第一個爬上城頭的是個滿臉橫肉的旗兵，剛想喊“城破了”，就被一個白發老頭一扁擔砸倒——那是府學的老教授，手裡還攥著本《論語》。老頭殺了人，自己也嚇得發抖，瞿式耜走過去拍拍他的肩膀：“先生好樣的！這才是孔孟的門生！”
激戰到中午，桂林東門被炸開個缺口，清軍像潮水般湧進來。瞿式耜抽出腰間的短刀，就要衝上去，被馬之驥死死抱住：“大人！您是全城的主心骨，不能死！”正在這時，突然聽到清軍陣腳大亂，有人喊：“明軍從後麵殺過來了！”
原來是瞿式耜早就埋下的伏兵。他派總兵焦璉ian）帶了五百精兵，埋伏在城外的蘆葦蕩裡，就等清軍攻城時偷襲。焦璉是條漢子，揮舞著大刀帶頭衝鋒，把攻城的清軍截成兩段。城裡的守軍見援兵來了，頓時士氣大振，跟著往外衝，居然把清軍趕了回去。
李成棟氣得哇哇叫，第二天加派了一倍兵力攻城。這一次，清軍學乖了，先派奸細混進城，半夜在西門放了把火。火光衝天時，瞿式耜正在巡城，他一邊指揮士兵滅火，一邊喊：“莫慌！火滅了，咱們還能守！”他的官袍被火星燒了好幾個洞，手上燙起了水泡，卻渾然不覺。
最危急的時候，連城裡的婦女都上了陣。有個叫沈氏的寡婦，丈夫是守城的士兵，戰死了，她就帶著三個兒子搬石頭堵缺口，小兒子才十歲，被流箭射中，她抱著兒子哭了兩聲，又接著搬石頭。瞿式耜看到這一幕，對著全城百姓跪下：“瞿某無能，讓父老鄉親受苦了！”百姓們齊聲喊：“願與大人共生死！”
就這樣，桂林城奇跡般地守住了。李成棟攻了四十多天，損兵折將，最後隻能灰溜溜地撤退。捷報傳到武岡，永曆帝正在忙著給新納的妃子建宮殿，聽說桂林守住了，愣了半天，才含糊地說：“瞿愛卿……有功，賞點銀子吧。”《永曆實錄》）
可瞿式耜知道，這隻是暫時的喘息。他一邊修複城牆，一邊派人去各地聯絡抗清義軍，甚至寫信給大順軍餘部郝搖旗、李過，說：“昔日雖為敵，今日當為友，共抗外侮，方是正道。”《瞿忠宣公集》）那些曾經的“流寇”，竟真的響應了他的號召，陸續向桂林靠攏。
順治五年1648年），形勢一度好轉。李成棟因為跟清廷分贓不均，居然反水歸明，廣東又回到南明手裡。永曆帝這才大搖大擺地回了桂林，可他沒帶來一兵一卒，隻帶來了幾百個太監宮女，天天在宮裡吃喝玩樂。瞿式耜勸他整頓軍備，他卻說：“先生多慮了，如今李成棟歸降，天下太平指日可待。”
好景不長，順治六年1649年），清軍再次大舉進攻廣西。這一次來的是定南王孔有德，他帶來了三萬精銳，還帶著更厲害的火炮。而南明這邊，李成棟已經戰死，各地援軍遲遲不到，桂林成了真正的孤城。
十一月初五，清軍攻破北門。瞿式耜坐在總督府裡，正在寫最後一封奏疏，字跡依舊工整：“桂林城破，臣力竭，死矣。願陛下勿再逃亡，速召各路兵馬，複我大明……”寫完，他把筆一擱，對仆人說：“去告訴孔有德，我在這裡等他。”
孔有德進來時，帶著一股勝利者的傲慢：“瞿公，早知今日，何必當初？降了吧，我保你榮華富貴。”瞿式耜冷笑：“你本是明將，卻屈膝事清，還有臉勸我投降？”他站起來，整理了一下官服：“要殺便殺，不必多言！”
順治六年十一月十七日，瞿式耜與弟子張同敞張居正曾孫）在桂林疊彩山遇害。臨刑前，他望著桂林城，吟誦道：“從容待死與城亡，千古忠臣自主張。三百年來恩澤久，頭絲猶帶滿天香。”《絕命詩》）意思是我從容地等待與城池一同滅亡，這是千古忠臣自己的選擇；大明三百年的恩澤深厚，就算死了，頭發裡也帶著滿天香氣。
百姓們偷偷把他的遺體埋在仙鶴峰下，每年清明都有人去祭拜。後來，有人在他殉國的地方建了座“仰止堂”，取“高山仰止”之意。而那位跑慣了的永曆帝，在桂林陷落後又開始了逃亡，一路跑到了雲南，最後逃進了緬甸——他大概永遠也不會明白，為什麼瞿式耜寧願死，也不肯像他那樣跑。
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