康熙六十一年1722年）冬，病榻上的康熙帝，這位開創盛世的君主臨終前仍對西北軍務憂心忡忡。他望著輿圖上天山以北的廣袤土地，斷斷續續對侍立的胤禛說：“準噶爾…乃西北巨患，朕與彼周旋三十餘載，雖三敗其眾，終未除根。汝繼位後，當以固邊為要。”《清聖祖實錄》卷三百）這段遺訓，揭開了雍正、乾隆兩朝平定準噶爾部的序幕。
準噶爾部源自蒙古瓦剌，明末清初逐漸強盛，其首領噶爾丹曾率軍威逼北京，與康熙帝展開三次大規模決戰。至雍正初年，噶爾丹之侄策妄阿拉布坦繼立，雖表麵臣服，實則暗中積蓄力量，控製了天山南北及中亞部分地區，形成“北接俄羅斯，南連回部，東抵喀爾喀，西及哈薩克”《聖武記》卷四）的強大勢力。雍正七年1729年），策妄阿拉布坦之子噶爾丹策零嗣位，不僅拒絕清廷劃定牧界的要求，更藏匿因罪叛逃的青海和碩特部貴族羅卜藏丹津，雙方矛盾徹底激化。
是年三月，雍正帝下諭：“準噶爾噶爾丹策零，世濟其惡，擾害邊圉，不得不聲罪致討。”《清世宗實錄》卷八十一）遂命傅爾丹為靖邊大將軍，出北路阿爾泰；嶽鐘琪為寧遠大將軍，出西路巴裡坤，兩路大軍共十萬餘人，拉開了平定準噶爾的戰幕。這場戰爭打的很艱苦——從京師至前線萬裡迢迢，糧草轉運需“駝馬三萬，夫役十餘萬”《清史稿·食貨誌》），而準噶爾部“其眾皆善騎射，逐水草而居，來去如風”《西域圖誌》卷首），使清軍的優勢兵力難以施展。
雍正九年1731年）六月，北路軍統帥傅爾丹中了噶爾丹策零的誘敵之計。準噶爾部派來的間諜謊稱“其汗在察罕哈達，兵不滿三千，馬駝羸弱”，急於求成的傅爾丹親率一萬精銳輕裝疾進，深入阿爾泰山腹地。當清軍抵達和通泊今蒙古國科布多西南）時，突然陷入三萬準噶爾騎兵的重圍。
戰鬥持續了七晝夜。準噶爾人“乘高突入，矢如雨下”《嘯亭雜錄》卷三），清軍陣營大亂。副將軍巴賽、查弼納等十餘名高級將領戰死，士兵死傷近七千，僅剩兩千餘人突圍。傅爾丹本人“麵中槍傷，墜馬數次，賴親兵護持得脫”《清世宗實錄》卷一百七）。和通泊之敗是清軍與準噶爾作戰以來最慘重的損失，消息傳回北京，雍正帝“震怒，免冠頓足於太廟”《永憲錄》卷四），不得不調整對淮策略。
西路軍嶽鐘琪部雖取得局部勝利，卻因與朝廷權臣鄂爾泰、張廣泗的矛盾受到彈劾。雍正十二年1734年），清軍與準噶爾達成停戰協議，以阿爾泰山為界分治，這場曆時五年的戰爭暫告段落。但雍正帝深知“此非長久之計”，臨終前囑咐乾隆：“準噶爾一日不定，則西北一日不寧。”《清世宗實錄》卷一百五十九）
乾隆十年1745年），噶爾丹策零去世，準噶爾部陷入內訌。其長子喇嘛達爾紮與次子策妄多爾濟那木紮勒爭奪汗位，最終喇嘛達爾紮勝出，卻因其非嫡出遭貴族質疑。乾隆十五年1750年），貴族達瓦齊聯合輝特部台吉阿睦爾撒納發動政變，殺死喇嘛達爾紮，達瓦齊自立為汗。不久，達瓦齊與阿睦爾撒納因分贓不均反目，阿睦爾撒納戰敗後率部降清。
這為清廷提供了絕佳機會。乾隆帝在養心殿召集群臣商議，多數大臣以“西北苦寒，勞師糜餉”為由反對出兵，唯有大學士傅恒力主征伐。乾隆帝最終決定：“準噶爾自康熙以來，世為邊患，今其內亂，天亡之時也。若失此良機，日後更難圖矣。”《清高宗實錄》卷三百八十三）他采納阿睦爾撒納“宜先定準噶爾，再圖回部”的建議，製定了“分兵兩路，直搗伊犁”的戰略。
乾隆二十年1755年）春，清軍兵分北、西兩路：北路以班第為定北將軍，阿睦爾撒納為副將，出烏裡雅蘇台；西路以永常為定西將軍，薩喇勒為副將，出巴裡坤。兩路大軍各帶三個月糧草，約定於博羅塔拉河會師。清軍采取“以蒙製蒙”策略，沿途準噶爾部落“望風歸附，獻羊馬糗糧”《平定準噶爾方略》前編卷七），進展極為順利。
同年五月，兩路清軍會師於伊犁城外。達瓦齊率萬餘部眾退守格登山今新疆昭蘇縣境內），此地“峭壁懸崖，易守難攻”《西域圖誌》卷二十二）。清軍夜間派翼長阿玉錫率二十餘名騎兵偵察，見準噶爾軍毫無防備，竟趁夜突襲。阿玉錫“策馬橫矛，大呼入陣”《清史稿·阿玉錫傳》），準噶爾軍以為清軍主力趕到，頓時潰散。達瓦齊僅帶數十人逃往南疆，被烏什城主霍集斯擒獲，獻給清軍。
平定達瓦齊後，乾隆帝命畫《格登鄂拉斫營圖》，並親自題詩表彰阿玉錫功績：“阿玉錫者伊何人？準噶爾屬司牧臣。其法獲罪應剉屍，憤悱降順向我軍。……二十餘人能破萬，奮戈策馬如飆馳。”《禦製詩集》卷三十九）達瓦齊被押至北京後，乾隆帝念其“雖為敵首，然本元惡，姑免死”《清高宗實錄》卷四百九十三），封為親王，賜居北京。
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平定達瓦齊隻是第一步。降清的阿睦爾撒納本想借助清軍之力成為準噶爾部新汗，見清廷推行“分而治之”政策，遂於乾隆二十年八月發動叛亂。已班師的清軍倉促應戰，定北將軍班第、參讚大臣鄂容安在伊犁被圍，力戰自儘。乾隆帝震怒之餘，意識到“準噶爾部非儘滅不能安”，遂調兵遣將，展開第二次征伐。
乾隆二十一年1756年），清軍再次兵分兩路西征。此時準噶爾部因連年戰亂和天花流行，“眾叛親離，死亡過半”《聖武記》卷四）。阿睦爾撒納雖多次擊敗清軍偏師，但在清軍主力壓迫下節節敗退，最終逃往哈薩克，後又投奔沙俄。乾隆二十二年1757年），阿睦爾撒納在沙俄境內病死，沙俄將其屍體交還清廷。
平定阿睦爾撒納後，乾隆帝采取了極為嚴厲的措施：“凡抗拒者，悉行剿滅；歸順者，編旗設佐。”《清高宗實錄》卷五百四十二）經過兩年清剿，準噶爾部“戶口減十之七八”《西域聞見錄》卷一），其原有牧地被編入蒙古八旗，由烏裡雅蘇台將軍和伊犁將軍分轄。
乾隆二十四年1759年），清軍平定大小和卓叛亂後，乾隆帝在伊犁設將軍府，統轄天山南北，又在烏魯木齊、喀什噶爾等地設參讚大臣，形成“北防俄羅斯，南撫回部，西控哈薩克”的防禦體係。他在禦製《開惑論》中宣稱：“漢、唐以來，西域為邊患，今則入我版圖，永永安定矣。”
平定準噶爾部的戰爭曆時近半個世紀，最終將新疆地區納入中央政府直接管轄。乾隆二十七年1762年），清廷編纂《平定準噶爾方略》，係統總結這場戰爭的經驗。曆史學家趙翼在《簷曝雜記》中評價：“聖祖三征準噶爾，世宗再討之，高宗始底定其地，前後七十年，而西域乃成中國之版圖，其功偉矣。”
這場戰爭不僅鞏固了西北邊防，更促進了民族融合。大批滿、漢、錫伯等族軍民遷往新疆屯墾，“兵屯、民屯、回屯、旗屯”《新疆圖誌·屯墾誌》）遍布天山南北，推動了當地經濟發展。同時，清廷在新疆推行“因俗而治”政策，尊重各民族習俗，使新疆“歲輸租賦，民漸富庶”《西域圖誌》卷三十三）。
從康熙到乾隆，三代帝王接力平定準噶爾，最終奠定了中國西北疆域的基礎。正如乾隆帝在伊犁將軍府所立碑文中所言：“天威遠播，萬裡無塵，疆宇式廓，永靖邊氛。”《大清一統誌》卷四百四十八）這段曆史，既展現了中央政府維護國家統一的決心，也印證了“新疆自古以來就是中國領土不可分割的一部分”這一曆史事實。
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