遠古時代，神農氏的勢力逐漸衰落，各地部落互相攻伐，殘害百姓，而神農氏已經沒辦法征討這些部落。當時，天下九州之內，洪水災害還沒平息，茂密的叢林遍布大地，部落零散分布，各自占據山川之地，互相掠奪。
有熊國的首領少典，娶了有蟜氏的女子附寶做王妃。一天，附寶在郊外行走，突然遇到北鬥七星中的樞星發出感應，一道流光從天上墜落，繞著她的身體轉了三圈。當天夜裡，附寶夢見一條蒼龍鑽進自己懷裡，醒來後就懷有身孕，經過二十四個月，最終在壽丘生下一個兒子。這個孩子天生就有神靈之氣，還在繈褓中就會說話，幼年時思維敏捷、聰慧過人，長大後忠厚勤勉，成年後更是明辨事理、極具智慧，少典便給他取名“軒轅”——他就是後來被尊為華夏共同祖先的黃帝。
軒轅長大成人後，繼承了有熊國的基業。當時天下共同的首領神農氏炎帝）的後代，管理鬆弛，部落聯盟也慢慢瓦解。軒轅於是修養德行、整頓軍隊，研究五行之氣的變化規律，教導民眾種植五穀，安撫百姓，丈量四方土地，還教人們砍伐樹木建造房屋、開墾土地耕種莊稼，用粟米作為糧食，用麻紡線製作衣物，百姓都對他心悅誠服。但炎帝的後裔榆罔，還想維持共同首領的地位，於是和軒轅在阪泉的原野上交戰。第一次交戰時，軒轅的部眾用石頭當作武器，榆罔的部落憑借神農氏的餘威，驅趕野獸組成軍陣，軒轅的軍隊稍稍後退。軒轅這時領悟到“德行才是用兵的根本”，於是在夜裡焚香祭拜上天，希望用仁德感化對方，而不是靠武力征服。第二天，上天降下甘霖，洗去了陣前的暴戾之氣，軒轅親自率領族人拿著農具站在陣前，向對方展示耕種帶來的好處；又命令伶倫用蘆葦製成樂器吹奏，演奏《承雲》這首樂曲，樂聲和諧舒緩，榆罔部落的人聽到後，都扔下武器痛哭起來。榆罔被軒轅的仁德感動，於是率領部落歸附，兩個部落合並為一，華夏部落聯盟從此初步形成。軒轅也尊稱榆罔為“炎帝”，共同繼承神農氏的祭祀禮儀。
但混亂的時代還沒結束，南方九黎部落的首領蚩尤，有八十一個兄弟，個個都是野獸的身體、人的麵孔，銅做的頭顱、鐵鑄的額頭，能吃沙子和石頭，還能呼喚風雨。蚩尤看到軒轅和炎帝聯合，便率領九黎的部眾向西入侵中原，所到之處，燒毀農田和房屋，掠奪人口和牲畜，百姓都四處逃亡。軒轅想用品德感化他，先後三次派遣使者去溝通，可蚩尤每次都殺掉使者，還撕裂使者的屍體來羞辱軒轅。軒轅歎息道：“不是我喜歡打仗，而是這個殘暴的惡賊不被上天容忍啊！”於是在涿鹿召集諸侯，誓師討伐蚩尤。
涿鹿的原野上，陰冷的狂風呼嘯不止，黑色的霧氣四處彌漫。蚩尤命令風伯飛廉掀起大風，雨師屏翳降下大雨，片刻之間，狂風席卷大地，暴雨傾盆而下，地上的積水達到一丈多深，軒轅的軍隊陣腳大亂。軒轅登上高台眺望，看到蚩尤軍隊中彌漫的黑色霧氣像毒蛇一樣纏繞，知道這是妖術，於是取出昆侖山的玉石製成玉璧，焚香向天地禱告。不久，天空中閃現金色光芒，一條黃龍從雲層中躍出，鱗片像太陽的光芒一樣流淌閃爍，這正是軒轅召喚來的應龍。應龍張嘴把地上的積水引向東海，地麵漸漸顯露出來。蚩尤見狀大怒，又召來誇父族的巨人，這些巨人手持巨大的木頭，想要撞毀軒轅的營壘。軒轅急忙命令應龍叼著燃燒的石頭投過去，石頭落到地上就燃起大火，烈焰衝天，誇父族的人忍受不了火烤，紛紛後退。
可蚩尤的神通還沒用儘，又製造出大霧，大霧連續三天都沒散開，軒轅軍隊的將士全都迷失了方向，甚至互相驚擾。軒轅於是在夜裡觀察天象，發現北鬥星的鬥柄始終指向南方，便命令風後按照北鬥星的形狀，製造出“指南車”。指南車中間立著一個木人，木人的手永遠指向南方，就算在大霧中，軍隊也不會迷失方向。與此同時，軒轅聽說西方有位名叫女魃的女神，住在赤水的北邊，身上帶著像烈日一樣的火焰，能止住風雨。於是派遣使者拿著玄圭黑色的玉圭）前去邀請，女魃被軒轅拯救百姓的心意感動，便跟著使者來到前線。剛到陣前，女魃展開衣袖一揮，身體周圍騰起灼熱的紅色霧氣，大霧立刻消散，暴雨也停了下來，太陽重新高懸天空。蚩尤軍隊中的水汽快速蒸發，士兵們都口乾舌燥，再也沒有力氣作戰。
軒轅見時機成熟，手持軒轅劍率領軍隊衝鋒——這把劍是采用昆吾山的赤銅，經過三百六十天冶煉鑄造而成的，劍鑄成那天，有一條青龍繞著熔爐鳴叫。蚩尤帶領八十一個兄弟拚死抵抗，用銅頭鐵額迎著劍鋒撞擊，火星四處飛濺，可軒轅劍鋒利無比，竟然能斬斷他們的鐵額。應龍也在陣中盤旋，用爪子抓、用嘴啄，九黎部落的人傷亡慘重。蚩尤見形勢危急，想化作一陣風逃跑，女魃拋出一團紅色火焰，把他的身形定住。軒轅追上前，一劍砍下蚩尤的頭顱。蚩尤的頭顱落到地上，化作一片紅色的楓樹林，直到現在，涿鹿還有“蚩尤血”這個地名，傳說就是當時蚩尤鮮血浸染而成。
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戰爭結束後，軒轅收納了九黎部落的百姓，合並炎帝、有熊、九黎等各個部落。為了讓各個部落同心同德，他提取各個部落圖騰的精華，把有熊部落的蛇身、東夷部落的魚鱗、炎帝部落的鹿角、北狄部落的鷹爪、南蠻部落的虎掌融合在一起，創造出“龍”的圖騰，向天下宣告：“從今天起，華夏一族，都是龍的後裔。”各個部落看到龍圖騰既威嚴又包容，都真心信服，華夏民族共同體從此有了精神象征。
平定蚩尤後，軒轅取代神農氏成為天下共同的首領，號稱“黃帝”。他知道天下剛剛安定，百姓需要教化引導，於是廣泛招攬有才能的人，推行教化政策，創下了無數神奇的功績。
首先是創造文字。黃帝看到先民們用結繩的方式記錄事情，事情繁多的時候繩子就會混亂，常常出現差錯，於是任命倉頡擔任左史，讓他創造文字。倉頡獨自居住在陽虛山上，觀察奎星彎曲的形狀，留意鳥獸腳印的痕跡，看見山川起伏的輪廓像圖畫一樣，草木生長枯萎的狀態各有形態，於是領悟到“按照事物的類彆描繪形狀”的道理。最初創造“日、月、山、水”這些字，都模仿事物的真實形態；又創造“上、下”這兩個字，用一條長橫線作為界限，短橫線在上麵就是“上”，在下麵就是“下”。文字創造完成的那天，天上降下粟米，鬼神在夜裡哭泣——上天用降粟米的方式祝賀人間有了文明，鬼神用夜裡哭泣的方式哀歎自己從此無法隱藏蹤跡。黃帝得到文字後，命令手下人把文字刻在龜甲、獸骨上，傳給各個諸侯，百姓都學習使用文字，從此華夏告彆了野蠻落後的時代，開啟了文字文明的開端。
其次是製定音律。黃帝聽到天下的聲音，有的悲傷、有的喜悅，有的剛勁、有的柔和，想要用音律調和百姓的心境，於是任命伶倫擔任樂官。伶倫接受命令後，向西走到昆侖山的北麵，采摘懈穀的竹子，把竹子截成竹筒，每根竹筒長三寸九分，吹起來的時候，聲音像鳳凰鳴叫一樣動聽，這就是“黃鐘”律。他又選取十二根竹管，按照鳳凰的鳴叫聲，確定出十二律呂：雄鳳鳴叫六聲，對應六陽律黃鐘、太簇、姑洗、蕤賓、夷則、無射）；雌凰鳴叫六聲，對應六陰呂大呂、夾鐘、仲呂、林鐘、南呂、應鐘）。黃帝又命令榮將鑄造十二口鐘，用來配合十二律呂，演奏《鹹池》這首樂曲。每當舉行祭天儀式時，鐘鼓一起奏響，音律和諧美妙，連各種野獸都跟著節奏起舞，諸侯們都讚歎道：“這真是上天的樂曲啊！”
再就是開創醫藥。黃帝看到百姓遭受疾病折磨，有的死於瘟疫，有的死於傷痛，於是召集岐伯、雷公等醫生，在明堂裡討論醫學道理。黃帝問：“人為什麼會生病呢？”岐伯回答說：“天地間有金、木、水、火、土五種元素，人體內有肝、心、脾、肺、腎五個臟器，五行之間相互滋生又相互製約，五臟之間相互輔助又相互影響，人生病的原因，都是因為五行失衡、五臟功能失調。”黃帝又問：“用什麼方法治療疾病呢？”雷公回答說：“草木有不同的藥性和味道，金屬、石頭也有不同的特性，可以借助它們的特性來調節人體的失衡狀態；還有針灸、艾灸的方法，可以疏通經絡、引導氣血運行。”黃帝於是和岐伯走遍山川，親自品嘗各種草木，辨彆它們寒熱溫涼四種藥性，酸苦甘辛鹹五種味道，記錄下哪種草木能治療哪種病症——比如麻黃可以驅散風寒，甘草能調和各種藥物的藥性，丹參可以促進血液流通。兩人把討論的醫學道理、藥方，一一記錄下來，編成《黃帝內經》十八卷，傳給後代，拯救無數百姓脫離疾苦。直到現在，中醫又叫做岐黃之術，源頭就來自這裡。
除此之外，黃帝還命令共鼓、貨狄製造船隻和船槳，方便人們渡過江河湖海；命令邑夷製造車子，方便交通運輸，“軒轅”這個名字，也因為他造車的功績而來；命令胡曹製作衣服，上身穿的叫衣，下身穿的叫裳，讓百姓懂得禮儀規範；命令隸首創造算術方法，製定長度、容量、重量的標準，方便人們進行交易；命令寧封子擔任管理製陶的官員，燒製陶器，讓百姓拋棄簡陋的土器改用陶器，飲食更加潔淨。黃帝又劃分田野、設置州郡，安排左右大監，監督天下各個部落，各個部落和睦相處，祭祀天地鬼神、名山大川的活動也越來越多——隻要是天下的名山，黃帝都會親自前往舉行封禪儀式，祭拜天地，祈求天下太平、百姓安康、物產豐富。
黃帝治理天下一百年，天下安定太平，百姓安居樂業，晚上不用關門防盜，路上丟失東西也不會有人私自拿走。但黃帝清楚，人的壽命是有限的，而天道是無窮無儘的，他想尋求長生的方法，以便永遠保護華夏百姓。後來聽說崆峒山上有位叫廣成子的上古仙人，住在石頭屋子裡，懂得天道的關鍵道理。黃帝於是放棄帝王的尊貴身份，穿著粗布衣服，踩著草鞋，前往崆峒山拜見廣成子。
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到達崆峒山後，黃帝看到山勢高達萬仞，雲霧繚繞，沒有可以攀登的道路。於是他齋戒三天，摘掉帽子、光著腳，步行上山。走到半山腰時，一位叫赤鬆子的仙人出現，問道：“你是天下的君主，為什麼要這樣辛苦自己呢？”黃帝回答說：“我聽說廣成子懂得天道，我想向他請教長生的方法，不是為了我自己，而是為了保護百姓。”赤鬆仙子被他的誠心感動，於是帶領黃帝來到石頭屋子前。廣成子正躺在床上不起來，黃帝在台階下跪拜，說：“聽說先生明白最根本的道，希望先生能告訴我，怎樣修養身心，才能活得長久？”廣成子沒有回應。黃帝再次跪拜，說：“我希望聽您講講天道的關鍵、陰陽變化的規律。”
廣成子這才猛地坐起身，說：“你問的這個問題，正好問到了道的精髓！我告訴你：最根本的道的精華，深邃幽暗；最根本的道的極致，昏沉靜默。不看不聽，保持精神的寧靜，身體自然會保持健康。一定要保持安靜、保持清淨，不要讓身體勞累，不要讓精神動搖，這樣才能長生。眼睛不要亂看，耳朵不要亂聽，心裡不要胡思亂想，你的精神就會守護身體，身體就能長生不老。”說完，廣成子傳授給黃帝《自然經》一卷，又指向昆侖山的方向，說：“昆侖山是天帝在人間的都城，有西王母住在那裡，你可以去拜見她，獲得象征土德的憑證。”
黃帝感謝廣成子後，就前往昆侖山。昆侖山方圓八百裡，高達萬仞，山上長著一種叫木禾的植物，高達五尋一尋約八尺），樹乾粗達五圍一圍指兩臂合抱的長度）；東邊有青鳥棲息，西邊有三足烏站立，北邊有九尾狐遊走。黃帝走到昆侖山上，看到西王母乘坐著雲車，由白虎駕車，左右兩邊有仙女手持旗幟，仙樂繚繞。西王母對黃帝說：“你治理天下有功，德行和土的特性相契合，天下的中央屬於土，土是萬物生長的根本，你應當承接土德，成為中央天帝。”於是授予黃帝玄圭象征土德的祥瑞之物），又賞賜他長生不老藥，說：“這藥可以幫助你飛升成仙，但你需要先回到人間，了結塵世的緣分。”
黃帝帶著玄圭和長生藥返回部落，知道自己即將離開人間，於是召集大臣們，立昌意為太子，叮囑他們說：“我離開後，你們要輔佐昌意，遵守我的治國之法，不要丟失華夏的精神根基。”又把《黃帝內經》、音律知識、文字方法，一一托付給大臣，百姓們聽說後，都痛哭流涕地挽留他。
黃帝在鼎湖岸邊，修築祭壇煉製丹藥。丹藥煉成那天，天空中出現吉祥的雲彩，一條黃龍從天上降落，鱗片反射著太陽的光芒，胡須像懸掛在天空的雲彩一樣長。黃龍低下頭，對黃帝說：“天帝召喚你，可以乘坐我上天。”黃帝登上龍背，大臣和百姓們爭相抓住龍的身體，想跟著黃帝一起上天，黃龍抖動鱗片，人們都掉落在地上，隻有黃帝和七個人飛升上天。百姓於是取出黃帝留下的衣服和帽子，埋葬在橋山，這就是黃帝陵。
黃帝飛升上天後，天帝任命他為“中央土德帝”，居住在紫微宮，統管四方天帝東方青帝太昊、南方赤帝炎帝、西方白帝少昊、北方黑帝顓頊），主管五行中的土元素，負責孕育萬物。他雖然在天界，卻依然牽掛著華夏百姓：看到人間發生瘟疫，就托夢給岐伯，讓《黃帝內經》完整地流傳下來；看到諸侯之間發生紛爭，就派遣神龍下凡，顯示“龍的後裔同出一源”的征兆，讓諸侯停止戰爭；看到百姓遭遇災荒，就命令風雨按時到來，讓五穀豐收。
後來道教興起，尊奉黃帝為“修仙始祖”，說他得到廣成子傳授的道法，丹藥煉成後飛升成仙，成為道教“三清”之下的重要神靈。而華夏子孫，無論身處哪個地方，都自稱“黃帝子孫”“龍的傳人”——黃帝討伐蚩尤時的勇猛，創造文字時的智慧，開創醫藥時的仁心，飛升後對人間的庇佑，早已變成華夏民族的精神基因，跨越千年時光，永遠不會磨滅。
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