沐英與李文忠遂相商，決意向朱元璋請旨以整頓福建。
二人精心備妥奏章，陳明福建當下倭患之嚴峻，及官員、士紳與倭寇勾結致軍民合作艱難之情形，懇請陛下恩準其整治福建吏治民生、肅清倭患諸事。
奏章呈上，二人於營中翹首以盼。
未幾，旨意下達，朱元璋準其所奏，令二人全權負責福建整頓事宜，賜其便宜行事之權。
沐英與李文忠接旨後，當即調兵遣將，規劃整頓之策。
沐英與李文忠既奉旨整頓福建，一眾心懷叵測之士紳豪族及官員，自知其貪腐勾結倭寇之行將遭清算，遂暗中串聯，密謀抵抗。
這些人暗中遣心腹與倭寇相通，以重金相誘，策動倭寇趁亂侵襲。
倭寇聞之，覺有機可乘，遂糾集大隊賊寇，駕船直逼福建沿海。
與此同時，士紳豪族與官員在城中散布謠言，蠱惑民心，擾亂治安，致使百姓人心惶惶，城中亂象叢生。
他們又暗中掣肘沐英與李文忠之部署，使整頓諸事進展維艱。
沐英與李文忠麵對內憂外患之局，並未慌亂。
一麵急調軍隊，嚴守海防，抵禦倭寇來襲；一麵派人徹查謠言源頭，嚴懲造謠生事者，以穩民心。
並著手深挖內奸，誓要將這些勾結外敵、禍亂地方之徒一網打儘。
沐英與李文忠見此亂象，知姑息不得，遂在福建大開殺戒。
對於那些公然勾結倭寇、煽動禍亂的士紳豪族，一經查實，絕不留情。
軍中士卒依令行事，將為首的幾家豪族府邸團團圍住，但凡參與謀逆者，不論男女老幼，一概誅殺。
一時間，血濺當場，屍首橫陳，府邸內外一片肅殺。
對那些與倭寇不清不楚的官員，二人亦毫不手軟。
在公堂之上，羅列其罪證，當堂宣判，重者立斬於市，以儆效尤。
其人頭高懸於城門，鮮血滴下，警示著眾人。
而對於那些被裹挾、受蠱惑參與擾亂治安的民眾，沐英與李文忠則是區彆對待。
若認罪態度良好，主動揭發士紳豪族與官員的惡行，便從輕發落；但若是執迷不悟，繼續為亂，同樣難逃一死。
如此雷霆手段之下，福建之地人人自危，往日裡那些妄圖抵抗的勢力，此刻已被震懾得噤若寒蟬。
然而，這場大開殺戒雖血腥，卻也迅速穩定了局勢，為後續徹底肅清倭患、整頓福建奠定了基礎。
時日稍過，沐英與李文忠已將福建通敵之輩大體肅清。
然與之相應，朝堂之上，彈劾二人之奏亦漸次增多。
究其緣由，乃利益糾葛所致，此不必贅述。
對於此類彈劾，朱元璋置若罔聞。朝臣見狀，竟以忠奸之論相脅，妄圖迫使朱元璋有所行動。
朱元璋聞朝臣以忠奸之辨相脅，龍顏大怒。
在他看來，此等行徑分明是以下犯上，竟敢以言辭試探君威，實乃不知天高地厚。
當即，朱元璋下旨，將那些帶頭威脅他的官員儘數緝拿。