桓玄逃到尋陽，郭昶之給他提供了各種器具物資和兵力支持。三月辛未，桓玄強迫皇帝往西走，劉毅率領何無忌、劉道規等各路軍隊在後麵緊追不舍。桓玄留下龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓和郭昶之駐守湓口。桓玄在逃亡路上還親自寫《起居注》，講述討伐劉裕的事兒，把自己說得好像謀劃得完美無缺，全是各路軍隊不聽指揮，才導致最後失敗逃跑。他一門心思都在寫這個，根本沒時間跟手下人商量當下的局勢。《起居注》寫完後，還到處給人看。
三月丙戌，劉裕宣稱接到皇帝的秘密詔書，讓武陵王司馬遵秉承皇帝旨意，總管百官事務，加封為侍中、大將軍，同時宣布大赦天下，但桓玄一族不在赦免範圍內。
劉敬宣、高雅之聯合青州的大姓家族以及鮮卑的豪強首領，打算謀殺南燕主慕容備德，推舉司馬休之當頭兒。慕容備德任命劉軌為司空，對他特彆寵信。高雅之想拉劉軌一起參與謀劃，劉敬宣說：“劉公年紀大了，就想在齊地安穩過日子，這事兒彆告訴他。”但高雅之最後還是跟劉軌說了，劉軌沒答應。結果這事兒不小心泄露了，劉敬宣等人往南逃跑，南燕的人抓住劉軌，把他殺了，又追上高雅之，也把他殺了。劉敬宣、司馬休之逃到淮水、泗水一帶，聽說桓玄戰敗，就又回來歸附東晉，劉裕任命劉敬宣為晉陵太守。
南燕主慕容備德聽說桓玄戰敗，就命令北地王慕容鐘等人帶兵，準備趁機拿下江南地區，結果正好慕容備德生病，這事兒就擱置了。
夏天四月己醜，武陵王司馬遵進入東宮居住，宮裡宮外的人對他都畢恭畢敬。他任免百官的時候，用的是皇帝詔書的格式，發布的命令叫令書。司馬遵任命司馬休之監理荊、益、梁、寧、秦、雍六州諸軍事，兼任荊州刺史。
四月庚寅，桓玄挾持著皇帝到了江陵，桓石康把他們接了進去。桓玄重新安排了百官職位，任命卞範之為尚書仆射。他覺得自己剛吃了敗仗，擔心威嚴和命令沒人聽，就進一步加重刑罰，這下大家心裡更不滿，都開始怨恨他。殷仲文勸他彆這樣，桓玄生氣地說：“現在因為將領們作戰失利，再加上天象對我們不利，所以才回到舊都江陵。可那些小人物還嘰嘰喳喳，亂提意見！現在就得用強硬手段整治，不能心軟姑息。”荊、江各郡聽說桓玄逃亡到這兒，有人上表問候他的起居情況，桓玄都不接受，反而讓各地為他遷都到江陵慶賀。
當初，王謐是桓玄稱帝的重要輔佐大臣，桓玄接受禪讓的時候，就是王謐親手解下皇帝的玉璽和綬帶。桓玄戰敗後，大家都覺得王謐應該被殺，隻有劉裕特彆出麵保全了他。劉毅曾經在朝會的時候，故意問王謐玉璽綬帶在哪兒。王謐心裡特彆不安，就逃到曲阿。劉裕寫信給武陵王，把王謐又迎回來恢複了職位。
桓玄哥哥的兒子桓歆帶著氐族首領楊秋進犯曆陽，魏詠之率領諸葛長民、劉敬宣、劉鐘一起迎擊，把他們打敗了，還在練固斬殺了楊秋。
桓玄派武衛將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭率領幾千人，和何澹之等人一起防守湓口。何無忌、劉道規的軍隊到了桑落洲，四月庚戌，何澹之等人帶領水軍迎戰。何澹之平常乘坐的戰船裝飾得特彆華麗，旗幟飄揚，很是威風。何無忌說：“敵軍主帥肯定不在這艘船上，這就是想迷惑咱們，得趕緊攻打它。”大家都說：“何澹之不在這船上，就算拿下也沒啥用。”何無忌說：“現在咱們人少，敵人人多，打仗很難有絕對的勝算。何澹之既然不在這艘船，那船上的守衛肯定不強，咱們派精兵攻打，一定能拿下。拿下這艘船，敵人的士氣就會受挫，咱們的士氣就會加倍，趁勢進攻，肯定能打敗敵人。”劉道規說：“好主意！”於是就帶兵去攻打，果然拿下了那艘船，然後大聲喊：“已經抓住何澹之啦！”何澹之的軍隊一下子就亂了陣腳。何無忌這邊的士兵也以為真抓住了何澹之，乘勝進攻何澹之等人，把他們打得大敗。何無忌等人攻克湓口，進而占據尋陽，還派使者把宗廟的牌位送回京城。朝廷加封劉裕為都督江州諸軍事。
桑落洲這場戰鬥中，胡籓乘坐的戰船被官軍燒毀，胡籓穿著全副鎧甲跳進水裡，潛遊了三十來步，才爬上了岸。當時去江陵的路已經被截斷，他隻好回到豫章。劉裕早就聽說胡籓為人忠誠正直，就把他招來，讓他參與領軍軍事。
桓玄在荊州收攏兵力，還不到三十天，就又聚集了兩萬人，戰船和器械也都很充足。四月甲寅，桓玄又帶著各路軍隊，挾持著皇帝向東進發，任命苻宏為梁州刺史，作為前鋒；還派散騎常侍徐放先去，勸劉裕等人說：“如果你們能收兵解散，我們可以重新開始，給你們每個人都安排職位，保證你們的待遇。”
劉裕任命諸葛長民都督淮北諸軍事，鎮守山陽；任命劉敬宣為江州刺史。
柔然可汗社侖的堂弟悅代大那謀劃殺掉社侖，沒成功，就逃到北魏去了。
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後燕的慕容熙在龍騰苑修建逍遙宮，房子連著有好幾百間，還開鑿了曲光海。大熱天的，士兵們都不能休息，累死熱死的超過一半。
西涼的世子李譚去世了。
劉毅、何無忌、劉道規、下邳太守平昌人孟懷玉率領軍隊從尋陽往西進發，五月癸酉，在崢嶸洲和桓玄的軍隊碰上了。劉毅他們的兵力不到一萬人，而桓玄有好幾萬士兵，大家心裡都有點害怕，想退回尋陽。劉道規說：“不行！敵眾我寡，形勢對我們不利。現在要是因為害怕不敢前進，肯定會被敵人抓住機會，就算退回尋陽，就能守得住嗎？桓玄雖然頂著個英雄豪傑的名聲，但實際上內心膽小怯懦。再加上他之前已經吃了敗仗，手下人都沒了堅定的信心。在戰場上決定勝負，關鍵在於將領勇猛，而不是人數多少。”說完就指揮士兵帶頭前進。劉毅等人也跟著他一起衝。桓玄提前在戰船旁邊準備了輕便小船，就想著萬一戰敗好逃跑，所以他的士兵們都沒心思好好打仗。劉毅等人借著風勢放火，全軍奮勇向前，桓玄的軍隊大敗，隻能燒毀輜重，趁夜逃跑。郭銓向劉毅投降。桓玄原來的將領劉統、馮稚等人聚集了四百多人，偷襲並占領了尋陽城。劉毅派建威將軍劉懷肅去討伐，平定了叛亂。劉懷肅是劉懷敬的弟弟。
桓玄帶著皇帝坐著一艘小船往西逃跑，把永安何皇後和王皇後留在巴陵。殷仲文當時在桓玄的船上，請求換一艘船去收攏逃散的士兵，趁機背叛了桓玄，帶著兩位皇後逃到夏口，然後回到建康。
五月己卯，桓玄和皇帝進入江陵。馮該勸桓玄再出兵打一仗，桓玄不聽，打算逃到漢中去找桓希。但這時候人心已經散了，他的命令根本沒人聽。五月庚辰，半夜裡，桓玄正安排著準備出發，結果城裡已經亂成一團，他隻好帶著一百多個親信騎馬從城西逃跑。到城門的時候，有人在黑暗中拿刀砍桓玄，沒砍中，他的手下人還互相殘殺，橫七豎八地倒了一地。桓玄好不容易才跑到船上，身邊的人都跑光了，隻有卞範之還在旁邊。
五月辛巳，荊州彆駕王康產護送皇帝進入南郡府衙，太守王騰之帶領文武官員擔任侍衛。
【內核解讀】
這段史事生動展現了桓玄之亂中各方勢力的博弈與興衰，充滿戲劇性轉折，也折射出亂世中權力更迭的殘酷邏輯：
桓玄的敗亡軌跡極具警示性：他西逃途中仍醉心撰寫《起居注》粉飾自己，將戰敗歸咎於下屬“違節度”，這種脫離現實的自我美化，暴露了權臣的傲慢與短視。到江陵後，非但不反思人心離散的根源，反而用“峻刑罰”壓製異議，更是加速了眾叛親離。而在崢嶸洲之戰前，他提前準備逃生船隻的舉動，徹底瓦解了部下的鬥誌——主帥先懷怯戰之心，再龐大的兵力也不過是烏合之眾。
劉裕集團的崛起充滿決斷力：劉裕抓住桓玄西逃的時機，借“帝密詔”擁立武陵王，迅速完成權力過渡，體現其政治敏感度。麵對桓玄殘部，劉毅、劉道規等將領展現出精準的戰術判斷如桑落洲專攻何澹之虛舫）和破釜沉舟的勇氣崢嶸洲以少擊多），尤其是劉道規“將雄者克，不在眾也”的論斷，點出亂世中“軍心”與“決斷力”比兵力更關鍵。
各方勢力的搖擺與選擇：殷仲文從依附桓玄到叛奉二後，劉統、馮稚先叛後襲，郭銓臨陣倒戈，這些反複背後，是亂世中個體對“勢”的投機——當桓玄失去掌控力，昔日追隨者便迅速轉向新的權力中心。而王謐因曾為桓玄獻璽綬險遭誅殺，卻被劉裕保全，既顯劉裕籠絡人心的手腕，也暗示東晉門閥政治殘餘的複雜影響。
亂世中的小人物命運：胡籓落水潛行求生、楊秋戰死練固、燕王熙修宮役使士卒“渴死者大半”，這些細節勾勒出大動蕩下個體的掙紮——有人憑忠勇被賞識胡籓），有人淪為權力博弈的犧牲品，更有無數底層民眾在暴政與戰亂中無聲消亡。
整體來看，這段曆史的核心是“人心向背定成敗”：桓玄的剛愎自用與怯懦，讓他在占據優勢時錯失人心；劉裕集團則憑借決斷、勇毅與對局勢的精準把握，不斷收攏力量，最終成為亂世的新主導者。而各方勢力的離合，本質上都是對“誰能終結混亂、提供穩定”的現實選擇。
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