高層的決斷如同按下了一個無形的加速鍵。
在“方舟”一期工程緊鑼密鼓地推進，選址地開始平整土地、規劃基建的同時，另一項同樣關鍵的“特批”也以驚人的速度落地。
在國家生物計算平台專項領導小組的協調下，陸時羨及其核心團隊獲得了臨時性的、高優先級的權限，可以遠程訪問並調用位於梁溪國家超算中心的、現役的“神威·太湖之光”超級計算機的部分計算資源，專門用於“樞紐蛋白”項目的緊急攻關。
這無疑是在“方舟”這艘定製化航母建成下水前，先為他們調撥了一艘現役的、性能強大的核動力巡洋艦，以解燃眉之急。
當趙棟帶領的計算團隊，首次通過加密專線連入“神威”的係統時，即使他們早有心理準備，也依然被這台國之重器所展現出的磅礴算力所震撼。
巨大的監控屏幕上，代表計算節點運行狀態的燈海以令人目眩的速度閃爍，實時顯示的浮點運算能力穩定在億億次級彆。這與他們之前使用的“鴻蒙”集群相比，簡直是天壤之彆。
“院長，我們已經獲得了‘神威’上共計512個計算組的臨時獨占權限，峰值性能接近1.5exafops！”趙棟梁的聲音因激動而有些顫抖。
“這比我們之前所有的計算資源加起來，還要高出兩個數量級！”
然而，震撼之後，是更為嚴峻的挑戰。
“神威”采用的是獨特的申威眾核處理器架構，其編程模型、內存層次、編譯器環境都與國際上主流的x86+gpu架構有著顯著差異。
而陸時羨團隊之前為基於x86和部分gpu開發和優化的類如如groacs,nad的並行計算程序、分子動力學模擬軟件以及自定義的分析腳本，無法直接在“神威”上運行。
“這就像突然給了我們一架最先進的航天飛機，但我們手裡隻有開拖拉機的駕照。”計算研究組內一位年輕的計算生物博士苦笑著比喻。
麵對挑戰，陸時羨沒有絲毫猶豫。
他立即在研究院內成立了“神威平台緊急攻關小組”，由趙棟梁負責，並專程從江南計算技術研究所請來了幾位對“神威”架構有深入理解的專家進行聯合攻關。
接下來的幾周，計算中心的燈光幾乎徹夜長明。
攻關小組麵臨的首要任務，是軟件生態的移植與適配。
這並非簡單的重新編譯，而是需要對代碼進行深度的重構和優化，以充分利用“神威”處理器上大量的運算核心和特定的指令集。
“我們必須把一個大任務，分解成成千上萬個能在這260個核心上高效並行跑起來的小任務，”趙棟梁向團隊成員解釋：“這涉及到算法層麵的重新設計，而不僅僅是在代碼裡加幾條並行指令那麼簡單。”
他們選擇了幾個最核心、計算最密集的應用作為突破口：
分子動力學模擬的重構：傳統的模擬軟件在“神威”上效率極低。
團隊與計算所的專家合作，針對sfr1與gpcr、snare可能形成的複合物體係，重寫了關鍵的計算內核，特彆是用於計算範德華力和靜電相互作用力的短程和長程作用力計算部分。
他們利用“神威”的眾核優勢，將空間分解算法發揮到極致，使得模擬數百萬原子體係的速度提升了數十倍。
艾裡森留下的動態網絡模型是尋找樞紐蛋白的關鍵理論工具，但其原本的並行效率不高。
團隊對模型進行了徹底的剖析，將網絡中節點狀態的更新、相互作用的計算等任務，極其精細地劃分並映射到“神威”的數千個核心上，實現了近乎線性的加速比。
這使得他們能夠處理比之前龐大複雜十倍的蛋白質相互作用網絡，並進行更長時間尺度的演化模擬。
埃琳娜團隊積累的冷凍電鏡單顆粒數據高達數百tb，其三維重構和異質性分析是巨大的計算負擔。
團隊將基於reion等軟件的處理流程進行拆分和優化，利用“神威”的強並行能力，同時處理數萬個顆粒圖像，並運行更複雜的迭代分類算法，試圖從噪音中提取出那些含量極低、但可能至關重要的瞬態構象的信號。
這個過程充滿了挫折。
因為代碼優化稍有不慎就會導致性能反而下降，複雜的依賴關係時常引發難以調試的錯誤，內存訪問模式不合理會導致大量核心處於空閒等待狀態……
而此時，“神威·太湖之光”超算中心的內部資源調度會議室裡，氣氛有些凝滯。
空氣中彌漫著一種無聲的張力，與機器運行的低鳴形成微妙對比。
一位頭發花白、穿著樸素中山裝的老者，作為高能物理領域的泰鬥級人物，工程院院士劉振華，正眉頭緊鎖地看著手中的資源占用報告。
他的手指重重地指在在表格上“繁縷研究院”那一欄。
“我想我們需要一個解釋。”劉院士的聲音不高，卻帶著常年學術權威帶來的壓迫感。
“過去六周，我們組關於新型粒子對撞機模擬的三個關鍵項目，進度均延遲了超過30。原因很簡單，我們申請的計算時間被大幅壓縮，優先級被排到了後麵。”
他抬起頭，目光銳利地看向主持會議的超算中心負責人和列席的科技部協調員：“我理解‘樞紐蛋白’項目的重要性，國家有特批，我們服從大局。”
“但是，我收到確切消息，國家已經正式立項，為他們專門建造一台生物專用超算，也就是‘方舟’計劃。投資規模是百億級彆！”
他的語氣逐漸加重，帶著明顯的不解和一絲壓抑的怒氣：“既然已經有了專屬於他們的、更先進的‘方舟’，為什麼還要長時間、高優先級地占用我們‘神威’的資源？這難道不是一種資源浪費，甚至是一種……貪婪嗎？”
“而且，占用了這麼多資源，我聽說他們也並沒有得到什麼關鍵性的成果。”
“這是不是有點太過分了？”
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