三好長慶已經下令發起進攻。靈山城本就不是堅固的要塞，守軍僅有足利義藤的三百奉公眾與細川晴元的數千武士，麵對兩萬五千三好軍的猛攻，根本不堪一擊。三好長逸親自率軍突破，踩著雲梯爬上城牆，與幕府奉公眾展開白刃戰。
奉公眾雖奮勇抵抗，卻因人數懸殊，很快便倒在血泊中。足利義藤站在本陣高台上，看著城下密密麻麻的三好軍，心中湧起一股絕望。“將軍殿下，快撤吧！靈山城守不住了！”身邊的近侍拉著他的衣袖，催促道。
足利義藤回頭望了一眼燃燒的城樓，那是他試圖重振幕府的象征，如今卻成了三好軍的戰利品。他咬了咬牙，在近侍的保護下，從小路突圍向船岡山方向逃去。身後，靈山城的火光衝天，喊殺聲漸漸平息，隻剩下三好軍慶祝勝利的歡呼。
三好長慶率軍進入靈山城，看著被燒毀的幕府旗幟，臉上沒有絲毫笑意。“久秀，派人去船岡山，告知足利義藤。若他肯投降，一切如舊；若執意抵抗，後果自負，也許我會讓幕府徹底覆滅，也說不定。”他的語氣平淡，卻帶著不容置疑的威嚴。
足利義藤逃至船岡山，這座位於京都西北的小山，因地勢陡峭易守難攻，被他視為最後一搏的希望。他收攏了逃亡而來的百餘名奉公眾，又派人催促細川晴元率軍前來會合，準備在此與三好長慶展開決戰。
細川晴元雖如約而至，卻始終與足利義藤保持距離。當他站在船岡山的山頂，遠遠望見三好軍的旗幟如潮水般向山下湧來時，心中的最後一絲猶豫也消失了。他想起了父親細川澄元當年出賣細川政賢的往事，在自保與忠誠之間，毫不猶豫的選擇了前者。
“大人，三好軍勢大，還是撤吧！”細川晴元的家老在一旁勸道。
細川晴元點了點頭，沒有絲毫留戀，當即下令：“全軍調轉方向，向近江國撤退！”他甚至沒有派人告知足利義藤，便帶著自己的數千武士，頭也不回的奔逃而去。
足利義藤此時正在陣前發表動員講話，他手持太刀，聲嘶力竭的喊道：“諸位，船岡山是我們最後的陣地！身後是幕府的榮耀，身前是叛逆的賊寇，今日我們拚死一戰，定能……”
話音未落，便有近侍慌張地跑來：“將軍殿下！不好了！細川大人逃遁了！”
足利義藤猛地回頭，順著近侍手指的方向望去，隻見遠處的煙塵中，細川軍的旗幟正快速向東移動，那是近江國的方向。他如遭雷擊，手中太刀哐當一聲掉在地上，臉上血色儘失。“細川晴元……竟然又背叛了我！”他想起了伊勢貞孝此前的勸告，想起了自己一次次的搖擺不定，心中充滿了無儘的悔恨。
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“將軍殿下，細川軍逃了，我們也快撤吧！”近侍們紛紛勸道。
足利義藤看著身邊僅剩的兩百餘名奉公眾，他們的臉上滿是恐懼迷茫。他知道，沒有細川軍的支援，僅憑這兩百人，根本無法抵擋三好軍的進攻。“撤……我們也向近江逃！”他艱難的吐出這幾個字，轉身登上戰馬，向近江國的方向逃去。
幕府臣屬們得知將軍逃遁的消息也陷入了混亂，此前跟隨足利義藤反三好的臣屬，大多是抱著賭一把的心態。如今見大勢已去，又摸不準三好長慶的態度，便紛紛跟在足利義藤身後向近江逃去。他們既怕被三好長慶清算，又怕失去將軍追隨者的身份。
然而，三好長慶早已料到了這一幕。他沒有率軍追擊足利義藤，而是在京都發布了一道公告：“凡跟隨將軍逃遁之幕府臣屬，無論家名高低，限期內不返回京都者，即沒收所有知行領地，且永世不得錄用。”
這道公告精準擊中了幕府臣屬的軟肋，知行領地是武士生存的根本，失去領地便意味著失去一切。因此，當公告傳到逃遁的臣屬耳中時，他們瞬間陷入了恐慌。“不行，我不能失去知行！我要回京都向三好大人請罪！”原本跟隨足利義藤的奉行，率先調轉馬頭向京都奔去。
有了第一個，便有第二個。
短短一日之內，跟隨足利義藤逃遁的幕府臣屬，大部返回京都，跪在三好長慶的麵前，祈求寬恕。當足利義藤逃至近江國時，身邊隻剩四十餘名忠心耿耿的奉公眾。他看著空蕩蕩的身後心中一片冰涼，在絕對的實力麵前，將軍的名義是如此蒼白無力。
所謂的幕府臣屬，終究是一群趨利避害的現實主義者。
京都氣氛逐漸恢複平靜，三好長慶坐在議事廳裡，看著下方密密麻麻的幕府臣屬。他們都是此前跟隨足利義藤逃遁，如今又返回請罪的人。鬆永久秀站在一旁，低聲問道：“大人，這些人反複無常，不如儘數處置，以儆效尤。”
三好長慶卻搖了搖頭，目光掃過下方的臣屬，緩緩說道：“你們此前跟隨將軍逃遁，本是不忠之舉，但念在你們及時悔悟，我便不再追究。即日起，恢複你們的官職，仍各司其職，切記不得再犯。”
幕府臣屬們聞言紛紛磕頭謝恩，心中對三好長慶的敬畏又深了幾分。三好長慶之所以如此寬容，並非心慈手軟，而是深知幕府雖無用卻仍是正統象征。保留他們，便能繼續借幕府名義統治近畿，避免落得篡權者的罵名。
不過，在處理足利義藤的問題上，三好長慶心中曾有過另一個打算。此前，他已派人去阿波國，聯絡流亡在此的足利義維，計劃將其迎回京都，取代足利義藤成為新的幕府將軍。畢竟，一個更聽話的傀儡，更符合三好家當前的利益。
但當三好長慶看到幕府臣屬紛紛倒戈，足利義藤身邊僅剩四十餘人時，便改變了主意。“將軍既已失卻人心，即便留著他，想來也成不了氣候。”三好長慶對鬆永久秀如此說道，“若將他迎回京都，繼續做傀儡，既能彰顯我的‘寬容’，又能避免因更換將軍引發新動蕩。畢竟，足利義維在近畿毫無根基，未必比足利義藤好用。”
於是，三好長慶派使者前往近江國，向足利義藤傳達了自己的條件：“若將軍殿下願返回京都，繼續主持幕府事務，此前所有不當之舉，皆可一筆勾銷；幕府的日常事務，仍由伊勢貞孝等處理，將軍殿下隻需安養，享受尊榮即可。”
此時的足利義藤，依舊躲在近江國六角義賢處，過著顛沛流離的生活。他看著三好長慶的使者心中五味雜陳，返回京都意味著繼續做傀儡，忍受三好家的專權；留在近江，便意味著暫時失去將軍身份，成為一名流亡者。
何去何從？足利義藤經曆了這許多，心中已然有了定數。
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