崇禎十七年五月二十八日，北京皇宮文華殿內，氣氛比往日更為凝重。王巢端坐於攝政席位上，案前堆放著厚厚的卷宗，每一本卷宗都記錄著明朝舊臣的任職履曆與財產明細。他手指輕叩卷宗，目光掃過殿內的文武百官，沉聲道：“大明亡於流寇，更亡於吏治腐敗。若官員皆以權謀私、欺壓百姓，縱使有百萬大軍，也難擋亡國之禍。今日起，北京城內全麵整頓吏治，凡貪腐者、無能者，一律嚴懲不貸！”
話音落下，殿內鴉雀無聲。左側列陣的明朝舊臣們無不麵露緊張——他們中不少人在崇禎朝便有貪墨之舉，如今王巢要整頓吏治，生怕自己被揪出把柄。曾任順天府尹的劉良佐，手心更是冒出冷汗，他想起自己三年前曾收受商戶白銀五千兩，包庇其偷稅漏稅的罪行，此刻正暗自祈禱不要被翻出舊賬。
王巢早已看穿眾臣的心思，當即下令：“傳我命令，成立‘吏治清查司’，由曾任禦史的錢龍錫擔任司長，抽調二十名清廉正直的官員與五百名護衛隊士兵，負責清查北京城內所有在職官員的貪腐情況。清查範圍包括：官員家產與俸祿是否匹配、是否存在欺壓百姓、是否有收受賄賂等行為，凡查實有貪腐者，一律革職查辦，沒收全部財產；情節嚴重者，處以流放或死刑！”
錢龍錫當即出列領命：“臣定當儘心竭力，清查貪腐，絕不姑息！”
次日清晨，吏治清查司的官員便帶著護衛隊士兵，分頭前往各衙門調取官員的任職記錄與賬目。在順天府衙，官員們翻開庫房賬目時，發現許多收支記錄模糊不清，尤其是去年的糧稅征收賬目，竟有三萬石糧食去向不明。“劉大人，這三萬石糧食為何沒有入庫記錄？”清查司官員拿著賬目，質問順天府尹劉良佐。
劉良佐臉色發白，強裝鎮定：“去年遭遇蝗災，部分糧食在運輸途中受損，故未入庫。”
“受損的糧食可有官府出具的損耗證明？為何賬目上沒有任何標注？”清查司官員追問。劉良佐支支吾吾，無法回答。官員當即下令搜查劉良佐的府邸，結果在其書房的暗格裡，搜出白銀八萬兩、綢緞兩百匹，還有十多份百姓的地契——這些地契，都是劉良佐以低價強買百姓的耕地所得。
鐵證如山，劉良佐再也無法抵賴，隻能跪地求饒。清查司官員當即下令將其逮捕，並張貼告示，公布其貪腐罪行。百姓們得知劉良佐被抓，紛紛拍手稱快，有的還提著爛菜葉、雞蛋，來到衙門前咒罵這個欺壓百姓的貪官。
類似的場景，在北京各衙門不斷上演。僅三日時間，吏治清查司便查處貪腐官員三十餘人，其中包括兩名六部侍郎、五名知府，共沒收白銀五十餘萬兩、糧食十萬石，以及大量的房產與地契。這些被沒收的財產，一部分用於補充軍餉，一部分則發放給貧困百姓，百姓們對王巢的整頓吏治之舉，愈發擁護。
但清查貪腐隻是第一步，如何防止官員再次貪腐，才是長久之策。六月初五，王巢再次召開朝會，宣布設立“監察院”，由錢龍錫兼任監察院左都禦史，負責監督全國官員的行為。監察院的官員直接對王巢負責，可隨時彈劾貪腐、無能的官員，不受其他衙門乾涉；同時，王巢還下令在各州縣設立“百姓舉報箱”，鼓勵百姓舉報官員的不法行為，凡舉報屬實者，給予白銀五十兩至五百兩的獎勵；若舉報者遭到官員報複，監察院將嚴懲報複者。
在通州，一名叫王二的百姓，因不滿州官張某克扣賑災糧款，便寫下舉報信，投入舉報箱。監察院官員接到舉報後，立刻前往通州調查，發現張某果然將朝廷發放的兩萬石賑災糧，私自克扣一萬石，轉賣給糧商牟利。張某被革職查辦後，王二不僅獲得了五百兩白銀的獎勵，還受邀參加通州的吏治監督會議，成為百姓代表。“監國大人設立舉報箱，讓我們百姓也能監督官員，這真是為民做主啊！”王二拿著獎勵的白銀，激動地對街坊鄰居說道。
除了清查貪腐與設立監察院，王巢還推行官員考核製度，以政績作為官員升遷的主要標準。他下令，每半年對全國官員進行一次考核，考核內容包括：政務處理效率、百姓滿意度、農業生產恢複情況、稅收完成情況等。考核優秀者，優先升遷；考核不合格者，降職或罷免；連續兩次考核不合格者，永久不得為官。
在房山縣，縣令周文斌便是考核優秀的典型。自均田政策推行以來，周文斌親自深入田間地頭，幫助百姓解決耕種難題，還組織工匠修建水渠，解決了當地的灌溉問題。在六月的考核中，房山縣的百姓滿意度高達九成，農業生產恢複速度也位居北京周邊州縣之首。王巢當即下令，將周文斌升任順天府丞，並在朝會上公開表彰，號召其他官員向他學習。
周文斌的升遷，讓許多官員看到了希望。原本敷衍了事的官員，如今也開始認真處理政務，主動走訪百姓，北京的官場風氣逐漸煥然一新。在戶部，官員們不再拖延糧草調配，原本需要十日才能完成的糧草調撥，如今三日便可完成；在工部，官員們加快了房屋修繕進度，北京城內受損的百姓房屋，不到一個月便修繕完畢；在刑部，官員們嚴格按照律法審理案件，杜絕了冤假錯案的發生。
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吏治整頓的成效，很快便體現在政務處理效率上。六月中旬，北京周邊遭遇暴雨，部分州縣的農田被淹，百姓們紛紛向官府求助。接到消息後，王巢下令戶部調撥糧食、工部組織救災，監察院監督救災進度。各衙門官員迅速行動，戶部在一日內便調撥三萬石糧食運往災區，工部組織五千名工匠與士兵，前往災區搶修堤壩、排水救災，監察院官員則駐守災區，確保救災物資全部發放到百姓手中。
在通州災區，百姓們看著官兵們冒雨搶修堤壩，感動得熱淚盈眶。一名老農拉著工部官員的手說道：“以前遇到災害，官員們隻會催繳賦稅，哪會像現在這樣，冒著大雨幫我們救災？監國大人整頓吏治，真是救了我們百姓啊！”
到六月底，北京的吏治整頓已初見成效。據監察院統計，北京城內的官員貪腐案件較之前減少了九成，百姓對官員的滿意度從不足三成提升至八成，政務處理效率提升了兩倍。許多明朝舊臣也徹底改變了對王巢的看法，曾任內閣大學士的周道登說道：“監國大人整頓吏治，清除腐弊，實乃大明之幸。有如此賢明的攝政，何愁大明不能複興？”
王巢深知，吏治整頓並非一蹴而就，還需長期堅持。七月初一，他下令將北京的吏治整頓經驗推廣至山東、河北等地，並頒布《官員行為準則》，明確規定官員不得收受賄賂、不得欺壓百姓、不得濫用職權等十條禁令，凡違反禁令者，一律從嚴查處。
在推廣吏治整頓的同時，王巢還注重選拔年輕有為的官員。他下令在全國範圍內舉行科舉考試，選拔有才能、有品德的讀書人入朝為官，同時鼓勵北伐軍將領中的優秀人才轉任地方官員，充實官員隊伍。這些新選拔的官員，大多清廉正直、積極有為，為官場注入了新的活力。
七月初五，王巢在文華殿召見了新選拔的五十名官員。他看著這些年輕的麵孔，語重心長地說道：“你們是大明的未來，也是百姓的希望。為官者，當以百姓為重，以社稷為重，不可有絲毫貪腐之心。若你們能堅守初心，好好為官，日後定能成為大明的棟梁之材。”
新官員們齊聲應道：“臣等定當謹記監國大人教誨，清廉為官，為民做主！”
夕陽下，王巢站在文華殿的窗前，望著窗外逐漸恢複繁華的北京。吏治整頓雖已取得成效，但他知道，這隻是複興大明的第一步。接下來，他還要麵對山海關外的清軍、西逃的李自成，還有全國範圍內的民生恢複與經濟發展。但隻要官場清明、官員勤政，百姓安居樂業，他便有信心帶領大明走出困境，走向複興。
此時，親衛統領前來稟報：“監國大人，山海關方向傳來急報，清軍已與吳三桂合兵一處，共十五萬人，正向山海關進發，似乎有入關之意。”
王巢的目光瞬間變得銳利：“傳我命令，令吳甡與張勇加強山海關防務，備好糧草與武器；令李虎加快追擊李自成的進度，若無法短期內剿滅，便暫時回師，增援山海關。清軍若敢入關，定要讓他們有來無回！”
“遵監國大人令！”親衛統領躬身應道，轉身離去。
王巢走到案前，翻開山海關的軍事輿圖。他知道，一場決定大明命運的大戰即將打響，而清明的吏治、高效的政務，便是他打贏這場大戰的底氣。隻要上下一心，官民同心，縱使清軍來勢洶洶，他也有信心將其擋在關外，為大明的複興贏得更多時間。
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