監修官資善大夫、太子少師姚廣孝，資政大夫、戶部尚書夏原吉，總裁官文淵閣大學士兼左春坊大學士、奉政大夫胡廣等人，奉皇帝詔令編纂此書）。
甲辰年4061年）春季正月初一丙寅日），李善長、徐達等人尊奉太祖為吳王。當時群臣因太祖功德日益隆盛，多次上表勸他登基稱帝。太祖說：“戰爭尚未平息，百姓創傷未愈，天命難測，人心未穩，若匆忙稱帝，實在無暇顧及。從前周武王攻克商紂後，收存兵器、弓箭，將戰馬放於華山之南，把牛牧於桃林之野，大規模宣告戰事結束，而後才與百姓除舊布新，何曾急於稱帝？今日此事暫且擱置，待天下安定後再辦也不晚。”群臣仍堅持請求，太祖於是登上吳王位，設立各官府機構與屬官，設置中書省：左右相國為正一品，平章政事為從一品，左右丞為正二品，參知政事為從二品；左右司郎中為正五品，員外郎為正六品，都事、檢校為正七品，照磨、管勾為從七品；參議府參議為正三品，參軍斷事官為從三品，斷事經曆為正七品，知事為正八品；都鎮撫司都鎮撫為正五品，考功所考功郎為正七品。任命李善長為右相國，徐達為左相國，常遇春、俞通海為平章政事，汪廣洋為右司郎事，張昶為左司都事。
丁卯日，下令減免官店征稅。此前設置官店征收商稅，太祖因稅額過重損害百姓，故下令減免。
戊辰日，太祖退朝後對左相國徐達等人說：“你們為百姓著想擁戴我，但建國之初應先整頓綱紀。元朝昏庸混亂，綱紀不立，君主荒淫、大臣專權，賞罰之權下移，導致法令不行、人心渙散，天下動蕩。如今你們輔佐我，應借鑒其教訓，同心治理國家以成大業，不可苟且因循、空占職位。”又說：“禮法是國家綱紀，禮法確立則人心安定、上下安寧，建國之初此事最為緊要。我當年在濠梁起兵時，見主將皆無禮法，放縱私情、肆意施暴，不懂統禦之道，最終敗亡。如今我任用的將帥，都是昔日共患難之人，自他們歸順後，我便明確名分與號令，故諸將皆聽從命令，不敢有異議。你們作為輔相，應堅守此道，不可始慎終忽。”
庚午日，太祖坐在白虎殿與孔克仁談論天下形勢，說：“自元朝國運衰敗，連年戰亂加之饑荒瘟疫，十室九空。上天厭惡、百姓困苦，中原豪傑勢均力敵、互相敵視，必將生變。想統一他們，短期內難以做到。我計劃讓兩淮、江南各郡歸附的百姓，在城附近耕種，訓練時為兵，耕種時為農，兵農兼顧，進可攻、退可守；再在兩淮運輸便利之處囤積糧食，待兵糧充足，伺機行動謀取中原。你認為如何？”孔克仁回答：“積糧練兵、伺機而動，這是長遠之策。”
二月初一乙未日），太祖因諸將久攻武昌不下，親自前往督師。
辛亥日，太祖抵達武昌，指揮攻城。此前，陳理、太尉張定邊見形勢危急，暗中派士兵從觀音閣墜城逃往嶽州，告知丞相張必先前來救援。此時張必先率軍抵達，在距城二十裡的洪山駐軍。太祖命常遇春率五千精銳趁敵軍未集結時進攻，敵軍大敗，張必先被俘。張必先驍勇善戰，人稱“潑張”，是城中的重要依仗。將他綁至城下示眾，太祖喊道：“你們所倚仗的潑張已被擒，還憑什麼不投降？”張必先也對張定邊呼喊：“我已被俘，事已不成，兄長應自謀出路，速降為好。”張定邊嚇得說不出話。武昌城東南有高冠山，可俯瞰城中，太祖問諸將：“誰能奪取此地？”傅友德請求前往，率數百人一舉攻占，城中敵軍更感沮喪。數日後，太祖派陳友諒舊臣羅複仁入城勸降陳理及張定邊等人：“陳理若來降，必保其富貴。”羅複仁請求道：“主上推行好生之德，施惠此地，讓陳氏遺孤得以保全，我若不食言，雖死無憾。”太祖說：“我兵力並非不足，久駐於此是想等他們自降，以免傷及百姓。你去吧，必不騙你。”羅複仁到城下大哭，陳理受驚召他入城，兩人相對痛哭，哭罷羅複仁轉達太祖之意，言辭懇切，陳理與張定邊於是請求投降。
癸醜日，陳理銜璧肉袒，率太尉張定邊等人出城投降。陳理到軍營門口時，伏在地上顫抖，不敢抬頭。太祖見他年幼，起身扶著他的手說：“我不怪罪你，不必害怕。”命宦官入宮安撫陳友諒的父母，讓陳理隨意取用府庫財物，令其文武官員按順序出城，家屬與財物皆可隨身帶走。明軍圍攻武昌六個月才攻克，士兵無人擅自入城，市場安定。城中百姓饑餓困窘，太祖下令發放米糧救濟，召見父老安撫慰問，以禮對待陳友諒的父母，百姓十分喜悅，於是漢、沔、荊、嶽等地郡縣相繼歸降。
陳友諒之兄陳友才即“二王”）投降。起初他按陳友諒命令與左丞王忠信鎮守潭州，聽聞太祖親征武昌，派王忠信救援，王忠信戰敗投降。太祖任命王忠信為參政，仍令其鎮守潭州。陳友才聽說王忠信投降後又來進攻，率軍在益陽高山抵抗，王忠信以溫和言辭勸降，陳友才於是投降，與兒子一同被送往建康。
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李明道被俘後押至武昌處死。李明道是豐城人，家境富裕，趁亂起兵歸附陳友諒。被胡大海俘獲後，太祖寬恕他，任命為行省參政，令其與曾萬中同守吉安。兩人不和，李明道再次叛附陳友諒。陳友諒敗亡後，李明道逃回豐城，剪掉胡須藏匿於武寧山中，後被茶客認出，綁送武昌處死。他曾養的狗被明軍帶至武昌，見他被殺，不停哀鳴徘徊，銜來他的肉用沙子掩埋。太祖讚賞此狗忠義，下令收葬李明道。
甲寅日，太祖召集諸將說：“各位跟隨我曆經勞苦，如今雖仍需辛勞，但終將換來安逸。就像農民春夏耕耘，秋日收獲，先付出才會有回報。如今我們要先吃苦，後享樂，如農民盼豐收般等待時機。至於因旱澇蟲災導致收成不足，那是天時所致，非勤勞與否造成。”
乙卯日，設立湖廣行中書省，任命樞密院判楊璟為參政。
丙辰日，太祖從武昌出發，命常遇春遣送陳理的官屬前往建康。
三月初一乙醜日），太祖抵達建康。
丙寅日，封陳理為歸德侯，下詔告知臣民：“我以微末之身，承蒙天地眾神眷顧，位居億萬臣民之上，平定天下、安定百姓，疆土日益拓展。此前陳友諒弑主僭逆，罪惡滿盈，起兵侵犯邊境，我於是興師問罪，以慰百姓期盼。賴天地神靈庇佑，軍隊所到之處無往不勝，江西各郡一舉攻克。陳友諒怙惡不悛，於癸卯年七月屯兵洪都城下，我親率水軍決戰，陳友諒敗死，其將士全部投降。進攻武昌時，其子陳理歸降，湖廣各郡隨後平定。長江、漢水得以安流，百姓得以安居樂業。現布告朝廷內外，使眾人知曉。”
丁卯日，命金大旺鎮守撫州。設置起居注給事中一職。太祖第六子朱充出生，為胡妃所生。
太祖對廷臣說：“剽悍驕暴並非人的本性，而是後天養成的習性。若以禮法規範，剽悍者可變得溫順，驕暴者可變得安分，就像烈馬經調教後會馴服。如今初創時期，若無禮法，人們便無準則可守，故必須以禮法矯正不良習性。然而製定禮法不難，遵守禮法才難。人們懂禮便不會凶暴，守法便不會蠻橫。三尺孩童雖弱小，遇強暴而不被欺，正是因有禮法。如今當務之急，便是推行禮法，不可拖延。”
戊辰日，歸德侯陳理與群臣一同朝見，太祖十分憐憫他。陳理退朝後，太祖對群臣說：“陳氏敗亡，並非因無勇將強兵，而是因上下驕橫、法令鬆弛、不能堅韌、恃眾寡謀。若他們穩重有謀、上下一心，憑荊楚的財富、江漢的險要，跨豫章、連閩越，保護百姓以等待時機，那麼進可窺伺中原，退可割據一方，我怎能輕易攻取？一步失誤便導致土崩瓦解，這實在值得借鑒。”
任命中書左丞湯和為平章政事。當時湯和鎮守常州，率元帥吳福興率水軍進攻黃楊山，遭遇張士誠水軍，將其擊敗，擒獲千戶劉文興等四十九人，繳獲戰船六艘，故有此任命。
確定大都督府等衙門官製：大都督為從一品，左右都督為正二品，同知都督為從二品，副都督為正三品，僉都督為從三品，經曆為從五品，都事為從七品；各行省平章政事為從一品，左右丞為正二品，參知政事為從二品，郎中為從五品，員外郎為從六品，都事、檢校為從七品，照磨、管勾為從八品；理問所正理問為正四品，副理問為正五品，知事為從八品；都鎮撫司都鎮撫為從四品，副鎮撫為從五品，知事為從八品；金吾侍衛親軍都護府都護為從二品，經曆為正六品，知事為從七品，照磨為從八品；統軍元帥府元帥為正三品，同知元帥為從三品，副使為正四品，經曆為正七品，知事為從八品，照磨為正九品；各衛親軍指揮使司指揮使為正三品，同知指揮為從三品，副使為正四品，經曆為正七品，知事為從八品，照磨為正九品；千戶所正千戶為正五品，副千戶為從五品，鎮撫、百戶為正六品；各萬戶府正萬戶為正四品，副萬戶為從四品，知事為從八品，照磨為正九品。
當日，太祖駕臨戟門，中書省大臣獻上所定官製班次圖。太祖看完後，談及選拔諫議官員時說：“論道治國是輔弼大臣之責，禦敵安邊是將帥之責，建言獻策是侍從之責，激濁揚清是監察官員之責，這些都是朝廷要職。至於糾正過錯、補救失誤的諫諍之臣，尤其難以選到合適的人。剛直者有時過於偏激，懦弱者又毫無建樹，必須是為國忘家、忠誠忘身之人方可勝任，否則，那些患得患失之輩，怎能依靠？”
己巳日，句容儒士戎簡拜見太祖，談及陳氏之事時說：“主上此前在九江擊敗陳友諒，其軍潰散，為何不乘勝直取武昌，反而退兵？如今雖攻克，卻多費不少力氣。”太祖說：“你身為儒士，難道沒聽過‘覆巢之下無完卵’嗎？況且事情有緩急，用兵貴在靈活。陳友諒兵敗時，我怎會不知乘勝追擊？兵法說‘窮寇勿迫’，若急追，他們必拚死反抗，我方傷亡必多。我故意放他們走，派偏師牽製，以防其逃脫。料想他們受重創後，人人隻求自保，無暇再戰，我以大軍壓境，故全城歸降。這樣一來，我軍無傷、百姓保全、智勇彰顯，所得難道不多嗎？”戎簡十分信服。
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某日，太祖與諸將討論用兵策略，對他們說：“你們並非不善戰，但臨事決斷時，智謀或許不足，應親近儒士，研讀古書，聽取他們的見解以增智慧。前日戎簡所言，我雖不認同，但當時將校中也有人勸我在下遊攔截，以全軍逼近武昌，可全殲敵軍，軍中都認為這是奇謀，沒想到戎簡也能說出類似的話，不過這都不合我意。你們要深思，勿因我不用戎簡之言便輕視儒士。”
庚午日，設置武德、龍驤、豹韜、飛熊、威武、廣武、興武、英武、鷹揚、驍騎、神武、雄武、鳳翔、天策、振武、宣武、羽林十七衛親軍指揮使司。此前攻占長江左岸州郡後，設置了各翼統軍元帥府，至此全部撤銷各翼，改設衛所。
太祖詔令中書省大臣：“自古以來，聖明的君主建立國家、設置都城，必定要吸納賢能的士大夫共同治理，才能實現天下大治。如今國土日益廣闊，需文武並用，世間難道會沒有傑出人才嗎？有些人隱居山林，有些人藏身軍中，若沒有上位者引導提拔，下位者便無法展露才能。
從今往後，有能上書進言、闡述治國之道或武藝謀略出眾者，參軍及都督府需將其姓名上報。若此人雖不擅文辭但見識可取，允許到京城當麵陳述，我會考察他。
郡縣中年齡超過五十的官員，雖熟悉政務但精力已衰，應讓有關部門選拔民間優秀人才——年齡二十五歲以上、資質聰慧、有學識才乾者，征召到中書省，與年老官員搭配任用。十年後，老者退休，年輕者已熟悉政務，如此人才便不會匱乏，官職也能得人。中書省需將此令下達各部門，讓所有人知曉。”
江西行省進獻陳友諒的鏤金床，太祖看後對侍臣說：“這與孟昶的七寶溺器有何區彆？一張床都如此精巧，其他物品便可想而知。陳氏父子窮奢極欲，怎能不亡？”當即下令銷毀。