洪武三年4067年）十二月初一丙辰）。
戊午日，寬赦鬆江盜匪錢鶴皋的餘黨。當初，錢鶴皋發動叛亂被誅殺，他的黨羽受牽連不斷，到這時又逮捕到一百五十四人，按照法律都應當判處死刑。皇上說：“賊寇的首領既然已經被誅殺，這些被脅迫跟從賊寇的人都饒恕他們的死罪，把他們貶謫發配到蘭州戍邊。”
中書省大臣進言：西北各少數民族中前來歸附的人，不適合安置在邊境地區。大概蠻夷的性情反複無常，當他們勢竭力窮，不得已前來歸附時，等到他們生活安定悠閒時，就會在其中有所觀望有不軌的企圖），恐怕一旦他們反叛，邊境的軍鎮不能控製他們。應該把他們遷徙到內地，這樣才不會留下後患。皇帝說：“凡是治理胡人，應當順從他們的習性。胡人居住的地方，習慣了寒冷，現在把他們遷徙到內地，必然會驅使他們向南遷移，離開寒冷的地方而前往炎熱的地方，失去他們的本性，反而容易引發動亂。不如順應他們的天性安撫他們，讓他們回到邊境，選擇水草茂盛的地方繁衍放牧，他們能夠按照自己的天性生活，自然就會安定了。”
皇帝聽說有指揮使笞打虐待軍士，於是召見羽林衛指揮使葉升等人，對他們說：“你們擔任指揮使一職，是五千人的長官，檢閱士兵時，應當對他們施恩示信，撫慰教導他們，不能仗著威勢，就隨意欺淩虐待他們。況且在京城統領軍隊，與在京城以外行軍作戰的方法不同。如果他們的號令不夠嚴明，就會錯失時機，耽誤大事；在京城隻要勤加操練，好好安撫士兵就可以了。最近聽說指揮常常因為小的事情殘暴地對待軍士，你們難道不想想，你們所得到的名譽和爵位，都是軍士的力量換來的啊。如今天下太平，你們已經各自享受富貴，士兵沒有份兒，你們卻不加以體恤安撫，反而欺侮虐待他們，這會大失人心的。你們一定要引以為戒啊。如果再這樣，就會被治罪，一定不會被寬恕。”
己未日，皇上對各位武臣說：“天下安定，大功告成，朕論功行賞，賜予爵位和俸祿，你們享有富貴，應當與賢人君子講學，以明白事理，以增廣見聞，通曉古今的事務，從而成為有遠大抱負的人，怎麼能夠隻圖眼前，自我滿足，隻做個武夫就罷了呢？地位尊貴卻不學習，隻能助長驕傲之心；生活在現在卻不了解古代，怎麼能知道成功和失敗的事跡呢？古代優秀的將領，都是文才與武略相互輔助的，你們不可以把文和武當作是兩條不同的道路。有見識的人一定會認同我的話，其次是介於認同與反對之間，最次的是反對的人。如果你們沒有聽到我懇切的教誨，一定要努力記住這些話。”
庚申日，元宗王也先帖木等人從大同前來歸降，皇帝下詔書授予他們管軍百戶的官職，並且給予賞賜來慰勞他們。
戶部進言說：‘陝西察罕腦兒這個地方有大小鹽池，請求設置鹽課提舉司，安排撈鹽的民夫一百多人，免除他們的各種雜役，專門從事煎鹽等事務。實行食鹽專賣的地區，東邊到慶陽，南邊到鳳翔、漢中，西邊到平涼，北邊到靈州，招募商人交糧換取鹽引，如果糧食不夠，就用金銀、布帛、馬驢、牛羊之類的東西，按照價值來抵算。這樣一來軍隊的儲備就不會缺乏，百姓也能從中獲利。’皇帝聽從了戶部的建議。
辛酉日，《大明誌書》修成。此前，朝廷命令儒士魏俊民、黃箎、劉儼、丁鳳、鄭思先、鄭權六個人編纂天下州郡的地理形勢、投降歸附的始末等為書。全國共有行省十二個，府一百二十個，州一百零八個，縣八百八十七個，安撫司三個，長官司一個，東邊到達大海，南邊到達瓊崖，西邊到達臨洮，北邊到達北平。到這時書撰寫完成，皇上下令送到秘書監刻板印刷頒布發行。俊民等人都被授予官職。
下令每月月初給軍人發放月糧，並將這條命令寫進法令。
命令中書省追贈鞏昌衛指揮僉事陳德成官職。當時德成在征討西部的戰鬥中犧牲，所以有了這個命令，在他戰死的地方建立廟宇，每年按時祭祀，仍然讓他的兒子繼承職位。
這天夜裡，大河衛、長淮衛兩個衛所的軍營起火。
壬戌日，命令製造騎兵穿的文綺戰衣五萬件，步兵穿的開襠戰衣三十萬件，先製成標準樣式，再頒發給各郡縣統一製作。
癸亥日，原元朝皇帝的兒子失篤兒、國舅阿裡麻思、海牙、駙馬忙哥剌失等人前來投降，皇帝下詔分彆賜予他們宅第。
派遣使者送信給元太子，並招撫告諭和林各個部落。
甲子日，皇帝退朝後，與諸位將領從容地談論起兵以來征伐的事情，對中山侯湯和等人說：‘我依靠諸位將領輔佐，成就了大業，現在天下已經安定，停止了征戰，你們都被封為公侯，享受著榮華富貴，應當保住這份福祿和地位，將它們傳給子孫後代，與國家共存。然而必須安守本分、遵守法紀，心中存著謹慎敬畏的態度，這樣自然就不會有錯誤的行為。朝廷的賞罰，都要秉持最公正的態度，朕不能徇私。過去尉遲敬德看到唐太宗處境危險緊迫，單人匹馬衝入王世充的軍陣當中，和單雄信奮力戰鬥，護衛唐太宗得以突圍，他的功勞很大啊。等到唐太宗宴請群臣時，尉遲敬德和任城王李道宗爭座次，尉遲敬德毆打李道宗，幾乎打瞎了他的眼睛，唐太宗很生氣，想把尉遲敬德交給執法部門處置，如果不是群臣極力勸阻，唐太宗會顧惜他的功勞而寬免他的罪行嗎？又如長孫無忌，是文德皇後的親弟弟，曾經佩帶著刀進入皇宮的門，守門的人沒有發覺，文德皇後請求依法處治守門人，唐太宗特彆下令釋放了守門人。皇帝的親戚，犯了罪都不能被赦免，何況其他人呢？你們如果能謹慎地堅守自己的操守，那麼終身就不會有過失了。
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派遣官員祭祀南海。
中書省的大臣進言說：“有販賣私鹽的百姓，按照法律應當判處死刑，請按照法律規定執行。”皇帝說：“他們都是普通百姓，可能是衣食不足而輕易觸犯法律，暫且杖責他們，發配到蘭州戍守。”不久又有潭州百姓艾立五等人因為私自鑄錢，也被判處死刑，皇上也下令免去他們的死刑，處以杖刑，發配到寶源局充當工匠。
製定武臣世襲的製度：凡是被授予誥敕得以世襲的武官，身死之後，子孫中應該繼承襲任官職的人，主管部門要核實情況，仍然要上報到都督府，測試他們騎馬射箭是否熟練，才允許襲任官職。如果他的年齡還小，就要報告朝廷，記錄他的姓名，發給一半的俸祿。等到長大以後，還要讓他們參加考試，然後才能承襲職位。
任命翰林侍讀學士魏觀擔任國子祭酒，編修宋濂擔任國子司業。
鳳台門軍營發生火災，火勢蔓延，燒毀了民房以及武德衛軍器局的盔甲和兵器。
明太祖下令修建奉先殿。皇帝對禮部尚書陶凱說：“侍奉死者要像侍奉生者一樣，朕的祖父去世很久了，不能對他們表達侍奉他們的誠意，但在追念他們的道路上，朕怎麼敢懈怠疏忽呢？又感歎說：‘贍養親人的快樂，在親人活著的時候沒有享受到，思念親人的痛苦，隻是在親人去世之後才深切地感受到。如今每年按時祭祀進獻祭品，就在太廟進行。至於早晚向父母請安，時節祭奠，古代一定是有固定的禮節的。考察論證後奏報上來。”於是陶凱上奏：‘宋朝太廟每年祭祀五次，宮中自有奉先、天章閣、欽先孝思殿，供奉先帝的畫像，天子每天焚香，每月初一、十五，皇帝、皇後的生辰都遍祭，使用家常的食物，行家人的禮節。古時候宗廟的規製，是前麵有殿堂後麵有寢室。《爾雅》說：‘房屋有東西廂的叫做廟，沒有東西廂但有室的叫做寢。’宗廟是神靈棲息的地方，所以位於前麵；寢廟是收藏先君衣冠的地方，所以位於後麵。自從漢朝以來，太廟在皇宮城牆之外，已經不是一天兩天了。所以宋真宗在宮中崇政殿的東邊修建了欽先孝思殿，用來供奉先皇的遺像。如今太廟祭祀，已經有了固定的製度，請在乾清宮左邊另外建造奉先殿，用來供奉先帝遺像，每天焚香，初一、十五進獻時鮮食品，節日和先帝生辰都在這裡祭祀，使用平常的食物，施行家人的禮儀。”皇上聽從了他的建議。
乙醜日，任命吏部尚書商暠為侍禦史，邵武府知府周時中為吏部尚書，磨勘司令郭曾為治書侍禦史，禮部郎中王宗為磨勘司令。征召延平府知府唐鐸入京擔任殿中侍禦史。任命原元朝集賢院學士張脫歡為溫州衛鎮撫。
原元朝的降將左丞哈裡沙等人從大同前來，進獻二十匹馬。
原元朝平章汪祥慶的弟弟左丞汪桑哥、趙敏、安答兒等人前來投降，獻上了馬匹。
廣西陽山縣十萬山寨的群盜發動叛亂，南寧衛派遣軍隊討伐並平定了他們。
雷州衛指揮同知張秉彝進言四件有利且易行之事：其一，預先建造戰船來防禦海路上的賊寇；其二，增加在雷州屯駐的兵力，作為欽州、廉州等州遇到緊急情況時的援助力量。其三，雷州這個地方，處在廣東沿海的關鍵、險要之處，城池與水寨的防禦力量不能不加強，然而現在的軍隊力量單薄，應當增加鎮守的兵力，來加強防禦力量。第四，本州的糧食儲備不足以供給士兵食用，請求用每年辦理鹽務的賦稅收益給予民間來買糧，從而供給軍隊。皇上聽從了他的建議。
丙寅日，皇帝告訴禮官：‘凡是百官奏對以及站班的行列中，有失禮的人，就要彈劾他，希望朝儀整齊嚴肅，有需要變更的禮儀，大家可以商議後上奏。’各部門上奏事情時，官員進出都要按照順序，不得插隊超越。
丁卯日，皇帝賞賜征討廣西的官軍三千六百六十二人不同數量的文綺和鹽。
戊辰日，朝廷重新任命中書省參政李謙為廣東行省參政。
封右丞相薛顯為永城侯，賜給他文綺和六十匹帛，讓他去海南居住。當時薛顯犯了專殺之罪，皇帝召集各位將領和大臣告誡他們說：“自古以來，帝王擁有天下，一定會用爵位和賞賜來酬勞功勞，用刑罰來懲罰罪惡，所以才能使上下相安，從而實現天下大治。朕仿照古代帝王的製度來封爵、封官，你們要聽清楚我的話。從前漢高祖規定沒有功勞的人不能封侯，以此來重視封爵，然而功臣卻免不了被誅殺。侯君集對唐朝有功勞，他犯法後應當被誅殺，唐太宗想寬恕他，但執法的官員不允許，最後侯君集被誅殺。並不是高祖、太宗忘記了功臣的功勞，而是因為他們依仗功勞驕橫放縱，自己觸犯法律罷了。現在右丞相薛顯，當初從盱眙前來歸附，我優厚地安撫他，極其周到地對待他，推心置腹地任用他。等到他跟隨我出征討伐的時候，都建立了非凡的功績。在此之後攻打慶陽，追擊王保保，與賀宗哲作戰，他的勇敢謀略與意氣，遠遠超出眾人之中，可以稱得上是奇男子了。我非常讚賞他。然而他生性剛強殘忍，朕多次告誡約束，他始終不悔改。至於胡亂殺害胥吏、獸醫、夥夫和馬軍，這些罪過難以饒恕。並且又殺害了天長衛千戶吳富，這尤其不能饒恕。吳富自幼就跟隨我，有功勞沒有過錯，薛顯卻因為他征收的牲畜稅太多，就將他殺害，奪走了他的牲畜。軍隊返回的時候，胡富的妻子兒女穿著喪服，在路上等候，拉著他的衣服哭罵，並且向我訴說冤屈。朕想對他處以死刑，又擔心有人說天下剛剛安定，就誅殺將帥；想赦免他，那麼吳富又有什麼罪呢？現在仍然評定功勞，封他為侯爵，貶謫他到海南居住，把他的俸祿分成三份，一份用來贍養吳富的家人，一份用來贍養被他殺死的馬軍的家人，一份用來供養他的老母親、妻子兒女，這樣或許能使功勞和過失不互相掩蓋，而且國家的法律也不被廢棄。像薛顯的所作所為，你們這些人應該引以為戒。”各位將領和大臣都叩頭謝罪。
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開始下令祭祀無主的鬼神。在此之前，皇上因為戰爭過後，那些戰死而沒有後代的人，他們的靈魂沒有歸依之處，於是下令商議舉行祭祀的禮儀。到這時，禮官上奏說：“按照祭祀法，天子祭祀泰厲，諸侯祭祀公厲，大夫祭祀族厲。泰厲，是指古代沒有後嗣的帝王；公厲，是指古代沒有後嗣的諸侯；族厲，是指古代沒有後嗣的大夫。另外《士喪禮》中說：‘生病時要向厲鬼祈禱。’鄭氏說漢代民間都在秋天祭祀厲鬼，可見這種祭祀又延伸到了民間。《春秋傳》說：‘鬼魂有所歸屬，就不會變成惡鬼。’既然這樣，那麼鬼魂缺乏祭祀供奉而沒有歸宿，就一定會製造禍害。古代有七種祭祀，對於前代帝王、諸侯、卿大夫中沒有後人祭祀的，都要舉行祭祀，難道是沒有原因就這樣做的嗎？後代的人認為這涉及到過度諂媚，不符合禮儀的正統規範，於是不再采用這種做法。是行得通的，而這些沒有依靠的鬼魂，就有的依附在土木偶像之上，給百姓降禍或賜福，來求取祭祀，這大概是不值得奇怪的。現在要舉行祭祀，應該在京都、王國、各府、州、縣以及裡社都舉行祭祀，而天下的淫祀，都要一律廢除，讓那些沒有歸宿的鬼魂都能得到祭祀，那麼災害就不會發生，這也是為百姓消除災害的一種辦法。”皇帝認為他說得很對，於是命令在京都玄武湖中築壇，天下各府州縣都在城北設壇。各個裡內又設立了祭壇，每年三月清明、七月十五日、十月初一，地方長官率領下屬官吏等到申時進行祭祀。祭祀用的牲畜是羊、豬各三頭，用三石米煮成飯。正壇上設置城隍神位，供奉一頭羊、一頭豬。壇下東西兩邊各自鋪席，焚香、點燭，各設一隻羊和一頭豬，還準備了飯羹來祭祀。在祭壇的南麵立有石刻的祭文，京都稱這些厲鬼為泰厲，各王國稱它們為國厲，府州稱它們為郡厲，縣稱它們為邑厲，民間稱它們為鄉厲，這些稱呼被寫定為固定的製度。
延安衛指揮李恪、綏德衛指揮朱明等人在燕山隻斤追擊並打敗了元朝的殘兵，擒獲五百多人。又攻打阿不剌思寨，繳獲了三百多匹馬。
詔令：軍官若有犯法之事，必須上奏請示，然後才能逮捕審問。
己巳日，大都督府的大臣奏報陣亡士兵家屬的數量，皇上命令優厚地供給他們。如果陣亡士兵的妻子願意守節，朝廷就供給她們柴米，並且比平時加倍。那些願意返回故鄉的人，每人發給二石米，官府提供人力送他們回去。