申屠建、李鬆從長安趕來迎接更始帝遷都。二月，更始帝從洛陽出發。當初，三輔地區那些借名號誅殺王莽的豪傑，人人都盼著被封侯。申屠建斬殺王憲後，又揚言說：“三輔地區的人太狡猾，竟然一起殺了自己的君主。”當地官吏和百姓聽了十分惶恐，所屬各縣紛紛聚眾屯守，申屠建等人無法平定。更始帝到達長安後，下詔大赦天下，除了王莽的子孫，其他人的罪行一律赦免，這才平定了三輔地區。當時長安隻有未央宮被焚毀，其餘的宮室、帷帳、倉庫、官府都完好如初，集市也和從前一樣。更始帝住進長樂宮，登上前殿，郎官們按次序排列在庭院中。更始帝卻滿臉羞愧，低著頭用手刮席子，不敢抬頭看人。後來到達的將領覲見時，更始帝竟然問：“搶劫到了多少財物？”他身邊的侍官都是在宮中任職很久的老官吏，聽了這話，驚愕地互相看著。
李鬆和棘陽人趙萌勸說更始帝，應該給所有功臣封王。朱鮪則堅決反對，認為漢高祖曾立下盟約，不是劉氏宗親不能封王。更始帝隻好先封劉氏宗室：劉祉為定陶王，劉慶為燕王，劉歙為元氏王，劉嘉為漢中王，劉賜為宛王，劉信為汝陰王。之後又封王匡為泚陽王，王鳳為宜城王，朱鮪為膠東王，王常為鄧王，申屠建為平氏王，陳牧為陰平王，衛尉大將軍張卬為淮陽王，執金吾、大將軍廖湛為穰王，尚書胡殷為隨王，柱天大將軍李通為西平王，五威中郎將李軼為舞陰王，水衡大將軍成丹為襄邑王，驃騎大將軍宗佻為潁陰王，尹尊為郾王。隻有朱鮪推辭不接受封王，於是更始帝任命他為左大司馬，宛王劉賜為前大司馬，派他們和李軼等人鎮守關東地區。又派李通鎮守荊州，王常代理南陽太守事務。同時任命李鬆為丞相，趙萌為右大司馬，讓他們共同處理朝廷內部事務。
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更始帝娶了趙萌的女兒為夫人，因此把政事都委托給趙萌，自己則日夜在後庭飲酒作樂。群臣有事想上奏，更始帝常常喝得大醉，無法接見，有時實在沒辦法，就隻能讓侍中坐在帷帳內代為聽奏。趙萌的女兒韓夫人尤其嗜酒，每次陪更始帝飲酒時，看到常侍前來奏事，就生氣地說：“皇上正陪我喝酒，偏要在這個時候拿事情來煩他！”說完起身，把書案都砸破了。趙萌大權獨攬，肆意決定他人的生死。有郎吏向更始帝進言，說趙萌太過放縱，更始帝竟大怒，拔劍將進言者斬殺。從此，再也沒人敢提這件事。更始帝還胡亂給各種小人物、廚子之類的人授予官爵，長安百姓為此編了順口溜：“灶下養，中郎將；爛羊胃，騎都尉；爛羊頭，關內侯。”意思是說廚房打雜的都能當中郎將，煮羊雜碎的都能做騎都尉，烤羊頭的都能封關內侯。軍師將軍李淑上書勸諫說：“陛下成就大業，雖然借助了下江兵、平林兵的力量，但那隻是臨時應急的辦法，不能在天下安定後還繼續沿用。名分和官爵，是聖人都十分看重的。如今把官爵隨意授予不恰當的人，卻指望他們能帶來哪怕萬分之一的好處，就好比緣木求魚、上山采珠，根本不可能實現。天下人看到這種情況，就會懷疑漢朝的國運！”更始帝看後勃然大怒，把李淑囚禁了起來。
那些在外的將領也都自行決定獎懲，各自任命州牧、太守，導致州郡設置混亂，百姓都不知道該聽從誰的命令。就這樣，關中地區的人心開始離散，全國各地也都心懷怨恨，紛紛反叛。
更始帝征召隗囂和他的叔父隗崔、隗義等人入朝。隗囂準備動身，軍師方望覺得更始帝能不能成大事還不好說，勸他彆去，隗囂不聽，方望寫了封辭彆信就走了。隗囂等人到了長安，更始帝任命隗囂為右將軍，隗崔、隗義還保留原來的稱號。
上穀太守耿況派二十一歲的兒子耿弇帶著奏章去長安。走到宋子縣時，正趕上王郎稱帝。耿弇的隨從孫倉、衛包說：“劉子輿王郎）是成帝正統，不投靠他，還往哪兒去？”耿弇手按寶劍怒喝：“王郎就是個冒牌貨，早晚得做俘虜！我到長安後，向朝廷請調漁陽、上穀的兵馬，回來帶著精銳騎兵，踏平這群烏合之眾，就跟摧枯拉朽一樣容易。你們連好壞都分不清，離滅族不遠了！”孫倉、衛包聽了，扭頭就跑去投降王郎。
耿弇聽說劉秀在盧奴，快馬加鞭趕去拜見。劉秀留他任長史，一起往北到了薊城。王郎發了懸賞令，誰能抓到劉秀，賞十萬戶食邑。劉秀讓功曹令史王霸到集市上招募人去攻打王郎，結果集市上的人都哈哈大笑，對著王霸指指點點、冷嘲熱諷，王霸臊得滿臉通紅，隻好回來。
劉秀想南撤，耿弇勸道：“南邊都是王郎的人，不能往南走。漁陽太守彭寵是您老鄉，上穀太守是我父親，隻要調動這兩郡一萬多騎兵，收拾邯鄲不在話下。”可劉秀的親信們都反對：“就是死也要頭朝南，怎麼能往北進虎口？”劉秀卻指著耿弇說：“他就是咱們北上的引路人。”
這時，原廣陽王的兒子劉接在薊城起兵響應王郎，城裡亂成一團，傳說邯鄲的使者馬上就到，兩千石以下的官員都出去迎接。劉秀趕緊駕車出逃，到了南城門，門已經關了。好不容易攻出城門，劉秀一行人日夜向南狂奔，連城都不敢進，餓了就在路邊隨便吃點東西。跑到蕪蔞亭時，天氣嚴寒，馮異給大家煮了碗豆粥暖身子。到饒陽縣，眾人餓得前胸貼後背，劉秀隻好冒充邯鄲使者，進了驛站。驛站的官吏端上食物，隨從們餓急了，搶著吃起來。官吏起了疑心，故意擂鼓幾十通，大喊“邯鄲將軍到”，劉秀手下一聽臉色都變了。劉秀剛要上車逃跑，又怕跑不掉，隻好慢慢坐回去，說：“請邯鄲將軍進來吧。”磨蹭了好一會兒，才駕車離開。
一路上日夜兼程，頂著霜雪趕路，大家臉都被凍裂了。到下曲陽時，聽說王郎的追兵就在後麵，眾人嚇得不輕。到滹沱河邊，偵察兵回來說：“河水結冰又融化，沒船，過不去！”劉秀派王霸去查看，王霸怕嚇著大家，就撒謊說：“冰麵厚實，可以過河。”眾人一聽轉憂為喜。劉秀笑著說：“偵察兵果然胡說！”等走到河邊，河冰真的凍上了，劉秀讓王霸保護大家過河，剛過去幾個人，冰麵就開始解凍。
到南宮縣時，又碰上大風大雨，劉秀躲進路邊的空房子裡。馮異抱來柴火，鄧禹點著火，劉秀對著灶台烤衣服，馮異又端來麥飯給大家充饑。到下博城西，眾人迷了路，正不知所措時，一位白衣老人指著路說：“加把勁！信都郡還在為更始帝堅守，離這兒八十裡。”劉秀趕緊往信都郡趕。
當時大多數郡國都投降了王郎，隻有信都太守任光、和戎太守邳肜不肯屈服。任光正發愁孤城難守，聽說劉秀來了，高興得不行，官吏百姓都歡呼萬歲。邳肜也從和戎趕來會合。有人提議借著信都的兵力護送劉秀回長安，邳肜反對說：“百姓想念漢朝很久了，所以更始帝稱帝天下響應。王郎不過是個冒牌貨，靠哄騙糾集了一群烏合之眾，根本沒有根基。您隻要發動信都、和戎兩郡的兵力去討伐，還怕打不贏？現在要是回去，不光丟了河北，還會驚動三輔地區，損了您的威望，太不劃算了！您要是不想打了，就算有信都的兵，也留不住。為啥？您往西一走，王郎在邯鄲站穩腳跟，百姓誰願意拋下父母、背叛已經成氣候的主子，還千裡迢迢送您？到時候大家肯定都跑光了！”劉秀聽了，決定留下來戰鬥。
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劉秀覺得兩郡兵力太弱，想加入城頭子路、力子都的隊伍，任光不同意。於是劉秀征調周邊郡縣的兵力，湊了四千精兵，任命任光為左大將軍，李忠為右大將軍，邳肜為後大將軍仍任和戎太守），萬修為偏將軍，還都封了列侯。他留下宗廣代理信都太守，帶著任光、李忠、萬修等人出發，邳肜帶兵打前陣。任光讓人寫了很多檄文，上麵寫著：“大司馬劉公率領城頭子路、力子都的百萬大軍從東邊殺過來，要剿滅各路反賊！”還派人騎著馬在巨鹿郡到處散布消息。當地官吏百姓見了檄文，紛紛奔走相告。
傍晚時分，劉秀率軍進入堂陽縣界，讓人到處點燃火把，一時間火光映紅了整片沼澤，堂陽縣的守軍以為大軍壓境，直接投降。接著，劉秀又拿下了貰縣。城頭子路是東平人爰曾的外號，他在黃河、濟水之間聚眾劫掠，手下有二十多萬人；力子都也有六七萬人，這也是劉秀一開始想投奔他們的原因。
昌城人劉植聚集了幾千人占據昌城，主動迎接劉秀，劉秀任命他為驍騎將軍。耿純帶著宗族賓客兩千多人，連老弱病殘都拉著棺材隨行，在育縣迎接劉秀，被封為前將軍。劉秀率軍攻下下曲陽後，隊伍不斷壯大，達到幾萬人，接著又向北攻打中山。耿純怕宗族裡有人變心，派堂弟耿欣回家，一把火燒了自家房屋，斷了大家的後路。
劉秀攻下盧奴後，下令征調各地的應急部隊，還發檄文給邊境各郡，號召大家一起攻打邯鄲，各郡縣紛紛響應。當時真定王劉楊起兵投靠王郎，手下有十多萬人，劉秀派劉植去勸說，劉楊最終投降。劉秀留在真定，娶了劉楊的外甥女郭氏，通過聯姻拉攏劉楊。之後，劉秀率軍攻打元氏、防子，都順利拿下，在鄗縣斬殺王郎的將領李惲，在柏人縣又打敗李育。李育退守城池，劉秀一時沒能攻克。
南鄭人延岑起兵占據漢中，漢中王劉嘉發兵攻打，將其降服，麾下彙聚了數十萬人馬。南陽校尉賈複眼見更始帝朝政混亂，便勸劉嘉：“如今天下尚未平定，大王卻隻守著現有的地盤，您就不擔心這地盤守不住嗎？”劉嘉回答：“你說的這番事業太過宏大，我擔不起。大司馬劉秀正在河北，他一定能用得上你。”於是劉嘉寫信，把賈複和南陽長史陳俊推薦給劉秀。賈複等人在柏人見到劉秀，劉秀任命賈複為破虜將軍，陳俊為安集掾。
劉秀身邊的人犯了法，軍市令祭遵毫不留情，將其斬殺。劉秀得知後大怒，下令逮捕祭遵。主簿陳副勸阻道：“您一直希望軍隊紀律嚴明，如今祭遵執法不避親疏，這正是您的命令得以執行的體現啊。”劉秀這才赦免祭遵，還任命他為刺奸將軍，並告誡眾將：“你們都要小心祭遵！我身邊的人犯法他都敢殺，肯定不會偏袒你們任何人。”
當初，王莽殺害鮑宣後，上黨都尉路平還想殺鮑宣的兒子鮑永，好在太守苟諫全力保護，鮑永才得以活命。更始帝征召鮑永擔任尚書仆射，代理大將軍事務，讓他帶兵平定河東、並州，還允許他自行任命副將。鮑永到河東後，攻打青犢軍，大獲全勝。他任命馮衍為立漢將軍，屯兵太原，與上黨太守田邑等人整修武器、招募士兵，保衛並州土地。
有人勸劉秀，與其守著柏人，不如去攻打巨鹿。劉秀便率軍向東北進發，一舉攻克廣阿。劉秀展開地圖，指著上麵的郡國對鄧禹說：“天下有這麼多郡國，如今我們才拿下一個。你之前說我平定天下不在話下，為什麼這麼肯定？”鄧禹回答：“如今天下大亂，百姓渴望明君，就像嬰兒思念慈母。自古以來，成就大業靠的是德行高低，而不是地盤大小。”
薊城發生動亂時，耿弇與劉秀失散，他向北逃到昌平，投奔父親耿況，並勸說耿況攻打邯鄲。當時王郎派將領到漁陽、上穀，催著兩地發兵支援。北方各州郡人心惶惶，很多人都想歸附王郎。上穀功曹寇恂和門下掾閔業勸耿況：“邯鄲王郎突然興起，難以信任。大司馬劉秀是劉伯升劉演）的親弟弟，禮賢下士，我們應該歸附他。”耿況說：“王郎勢力正盛，我們單靠自己的力量抵擋不住，這可怎麼辦？”寇恂回答：“如今上穀城防完好，還有上萬精銳騎兵，完全可以慎重選擇歸附對象。我請求向東聯合漁陽，兩郡齊心協力，拿下邯鄲不在話下！”耿況覺得有理，派寇恂去聯絡漁陽太守彭寵，打算各自派出兩千精銳騎兵、一千步兵，支援大司馬劉秀。
安樂縣令吳漢、護軍蓋延、狐奴縣令王梁也勸說彭寵歸附劉秀，彭寵雖然心動，但手下官員大多想投靠王郎，彭寵一時拿不定主意。吳漢離開官府，在城外驛站遇到一位儒生，請他吃飯，並詢問外麵的消息。儒生說：“大司馬劉公每到一處郡縣，都深受百姓稱讚。而在邯鄲稱帝的人，根本不是劉氏宗親。”吳漢大喜，立即偽造劉秀的書信，發布檄文到漁陽，讓儒生帶著書信去見彭寵，並把聽到的消息詳細告知。恰好寇恂也到了，彭寵這才下定決心，征發三千步兵騎兵，任命吳漢代理長史，與蓋延、王梁一同率領，向南攻打薊城，斬殺了王郎的大將趙閎。
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寇恂返回上穀後，與長史景丹、耿弇一同率軍南下，和漁陽的軍隊會合。一路上，他們斬殺王郎的大將、九卿、校尉及以下官員，累計斬獲三萬首級，接連平定涿郡、中山、巨鹿、清河、河間等二十二個縣。等趕到廣阿時，他們看到城中兵馬眾多，景丹等人握緊兵器喝問：“這是誰的軍隊？”對方回答：“是大司馬劉公的軍隊！”眾將大喜，立即趕到城下。一開始，城下傳言漁陽、上穀的軍隊是為王郎而來，劉秀這邊的人都十分恐慌。劉秀親自登上西城樓，整兵詢問情況；耿弇在城下拜見，劉秀馬上將他召入城中，耿弇詳細稟報了發兵經過。
劉秀把景丹等人都召進來，笑著說：“邯鄲的將帥好幾次說我會征調漁陽、上穀的軍隊，我隻是隨口回應‘我也正打算這麼做’，沒想到兩郡的軍隊真的來幫我了！以後我就和諸位一起成就功名！”於是，劉秀任命景丹、寇恂、耿弇、蓋延、吳漢、王梁為偏將軍，讓他們繼續統領各自的軍隊；加封耿況、彭寵為大將軍，還封耿況、彭寵、景丹、蓋延為列侯。吳漢為人質樸敦厚，不善言辭，著急時連話都說不利索，但他沉著勇猛、足智多謀，鄧禹多次向劉秀舉薦，劉秀也逐漸親近、重用他。
更始帝派尚書令謝躬率領六位將軍討伐王郎，卻久攻不下。劉秀趕到後，與謝躬合兵一處，向東包圍巨鹿，打了一個多月還是沒能攻克。王郎派將領攻打信都，當地大戶馬寵打開城門，放敵軍入城。更始帝派兵收複信都，劉秀讓李忠回去代理太守事務。王郎又派倪宏、劉奉率領幾萬人救援巨鹿，劉秀在南?迎戰，出師不利。關鍵時刻，景丹等人率領精銳突騎發起衝擊，倪宏等人慘敗而逃。劉秀感歎：“我早聽說突騎是天下精銳，今天親眼看到他們作戰，真是太痛快了！”
耿純向劉秀建議：“長時間圍攻巨鹿，士兵們疲憊不堪，不如趁著大軍士氣正盛，直接進攻邯鄲。要是王郎被滅，巨鹿不戰自降。”劉秀采納了這個建議。這年夏天四月，他留下將軍鄧滿駐守巨鹿，自己率軍進攻邯鄲。經過多次激戰，漢軍屢屢獲勝。王郎見狀，派諫大夫杜威請求投降。杜威極力聲稱王郎確實是漢成帝的親生兒子，劉秀反駁道：“就算漢成帝複活，天下也不可能再歸他所有，何況這個冒牌的劉子輿！”杜威又請求封王郎為萬戶侯，劉秀說：“能保住性命就不錯了！”杜威惱羞成怒，憤然離去。劉秀加緊攻城，二十多天後，五月甲辰日，王郎的少傅李立打開城門，漢軍順利占領邯鄲。王郎趁夜逃跑，被王霸追上斬殺。
劉秀收繳了王郎的文書，發現其中有幾千份官吏百姓與王郎往來勾結、誹謗自己的信件。劉秀看都沒看，把眾將召集起來，當著大家的麵將信件全部燒毀，說：“讓那些心懷不安的人安心吧！”劉秀重新分配士兵，讓他們分彆隸屬於各軍，將士們紛紛表示願意歸屬大樹將軍。大樹將軍，指的就是偏將軍馮異。他為人謙遜，從不誇耀自己的功勞，還告誡手下士兵，除非交戰或遇到敵人，行軍時一定要走在各營後麵。每次部隊停下來休息，眾將都圍坐在一起爭論功勞大小，馮異卻總是獨自躲在樹下，因此軍中稱他為“大樹將軍”。
護軍朱祜趁閒聊時對劉秀說：“長安朝政混亂，而您有帝王之相，這是天命所歸！”劉秀開玩笑道：“快叫刺奸將軍來抓護軍！”朱祜嚇得不敢再提。不久，更始帝派使者封劉秀為蕭王，命令他解散軍隊，並讓立下戰功的將領一同前往更始帝駐地。同時，更始帝派苗曾擔任幽州牧，韋順為上穀太守，蔡充為漁陽太守，讓他們前往北方赴任。
劉秀住在邯鄲宮中，白天在溫明殿休息，耿弇進入殿內，來到床邊請求單獨談話，然後勸說道：“很多將士死傷，我請求回上穀補充兵力。”劉秀說：“王郎已滅，河北基本平定，還用兵做什麼？”耿弇回答：“王郎雖死，但天下的戰亂才剛剛開始。如今更始帝的使者從西邊來，讓我們罷兵，這可不能聽。銅馬、赤眉等數十支起義軍，每支都有幾十上百萬人，他們勢不可擋，更始帝根本對付不了，失敗是遲早的事。”劉秀坐起來，假裝生氣：“你胡說八道，信不信我殺了你！”耿弇說：“大王像父親一樣厚待我，所以我才敢說真心話。”劉秀笑道：“我跟你開玩笑呢，你為什麼這麼說？”耿弇解釋道：“百姓受夠了王莽的統治，盼著劉氏複興，聽說漢軍起義，無不歡欣鼓舞。可如今更始帝雖然稱帝，但手下將領在崤山以東擅自作威作福，皇親國戚在都城內橫行霸道，燒殺搶掠無惡不作，百姓痛心疾首，反而懷念王莽在位的時候，所以我知道更始帝必敗。您如今功名遠揚，憑借正義之師征伐天下，隻要發布一道檄文，就能平定四海。天下是無比重要的基業，您應該自己爭取，彆讓外人搶了去。”
蕭王劉秀以河北尚未平定為由，拒絕應召前往更始帝處，從此開始與更始帝離心。
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當時，銅馬、大彤、高湖等各路賊寇，各自帶領著隊伍，加起來總共有數百萬人，在各地燒殺搶掠。劉秀打算攻打他們，便任命吳漢、耿弇為大將軍，讓他們持節到北方征調幽州十郡的精銳突騎。幽州牧苗曾得知消息後，暗中命令各郡不要聽從調遣。吳漢帶著二十名騎兵先行趕到無終，苗曾在路上迎接，吳漢當場將他逮捕並斬殺。耿弇到上穀後，也把太守韋順、蔡充抓起來殺了。北方各州郡大為震驚，此後便乖乖交出全部兵力。
這年秋天，劉秀在鄡縣攻打銅馬軍，吳漢率領突騎在清陽與他會合。吳漢帶來的兵馬又多又精良，他把全部兵馬的名冊都交給劉秀的幕府，沒有絲毫私藏，劉秀因此更加看重他。劉秀任命偏將軍、沛國人朱浮為大將軍、幽州牧，讓他在薊城處理政務。銅馬軍糧草耗儘，趁夜逃跑，劉秀追到館陶，將其打得大敗。受降還沒結束，高湖、重連兩部從東南趕來，與銅馬殘部會合。劉秀又在蒲陽與他們大戰一場，將敵軍全部擊敗，還封這些敵軍首領為列侯。但劉秀的將領們不信任這些投降的人，投降的人自己心裡也不踏實。劉秀明白大家的顧慮，便下令讓降兵各自回營整頓，自己則隻帶少數騎兵，到降兵營中巡視。降兵們相互感慨：“蕭王對咱們推心置腹，咱們怎能不拚死效力！”從此，眾人徹底心服口服。劉秀把降兵全部分配給各位將領，軍隊一下子擴充到幾十萬人。
赤眉軍的一支分軍，與青犢、上江等十多萬敵軍駐紮在射犬。劉秀帶兵發起進攻，將他們打得大敗。接著，劉秀向南攻打河內，河內太守韓歆投降。
之前，謝躬和劉秀一起滅掉王郎，但兩人常常意見不合，謝躬還總想襲擊劉秀，隻是忌憚劉秀兵力強大才沒動手。雖然都在邯鄲，兩人卻分城而居，不過劉秀每次都會想辦法安撫謝躬。謝躬處理政務十分勤勉，劉秀還時常稱讚他：“謝尚書，真是個稱職的官吏！”謝躬因此對劉秀不再有戒心。可他妻子卻看透了局勢，常告誡他：“你和劉秀向來合不來，卻輕信他的好話，早晚會被他算計。”謝躬卻聽不進去。後來，謝躬率領幾萬兵馬回師，駐紮在鄴城。劉秀向南攻打青犢軍時，讓謝躬到隆慮山截擊尤來軍，結果謝躬大敗。劉秀趁謝躬外出，派吳漢和刺奸大將軍岑彭偷襲並占領鄴城。謝躬毫不知情，單人匹馬返回鄴城，被吳漢等人抓獲斬殺，他的部下也全部投降。
更始帝派柱功侯李寶、益州刺史張忠，率領一萬多人去攻打蜀地和漢中。公孫述派弟弟公孫恢在綿竹迎戰，把李寶、張忠打得大敗而逃。公孫述於是自立為蜀王，把成都作為都城，當地百姓和少數民族紛紛歸附。
這年冬天，更始帝派中郎將歸德侯劉颯、大司馬護軍陳遵出使匈奴，給匈奴單於送去漢朝舊製的璽綬，還護送雲、當的親屬、貴族和隨從返回匈奴。單於輿態度傲慢，對陳遵、劉颯說：“匈奴原本和漢朝是兄弟，匈奴內亂時，孝宣皇帝輔佐呼韓邪單於，他才向漢朝稱臣。如今漢朝大亂，被王莽篡權，我們匈奴出兵攻打王莽，讓邊境動蕩，搞得天下人都思念漢朝。最後王莽失敗，漢朝複興，這裡麵也有我們的功勞，漢朝應該再次尊我們為上！”陳遵據理力爭，但單於始終堅持這種說法。
赤眉軍的樊崇等人帶兵進入潁川，把隊伍分成兩部分，樊崇和逢安率領一部，徐宣、謝祿、楊音率領另一部。赤眉軍雖然多次獲勝，但將士們疲憊不堪，厭倦了打仗，整日愁眉苦臉、暗自哭泣，一心想東歸家鄉。樊崇等人商量後擔心，一旦隊伍東行肯定會散夥，不如向西攻打長安。於是，樊崇、逢安從武關進軍，徐宣等人從陸渾關進軍，分兩路向長安進發。更始帝派王匡、成丹和抗威將軍劉均等，分彆駐守河東、弘農，抵禦赤眉軍。
劉秀打算向北攻打燕、趙地區，他預料赤眉軍必定會攻破長安，又想趁機占據關中，但一時找不到合適的人選。於是，他任命鄧禹為前將軍，把自己麾下的兩萬精兵分給鄧禹，派他向西進入關中，還讓鄧禹自行挑選副將及以下官員隨行。當時，朱鮪、李軼等人率領號稱三十萬的大軍，與河南太守武勃一同駐守洛陽；鮑永、田邑則在並州。劉秀認為河內地勢險要、物產豐富，想選一位將領駐守，但一直找不到合適的人，便向鄧禹請教。鄧禹說：“寇恂文武雙全，既有治理百姓的才能，又有統領軍隊的本事，除了他，沒有更合適的人選！”於是，劉秀任命寇恂為河內太守，代理大將軍事務。劉秀對寇恂說：“當年高祖把蕭何留在關中，如今我把河內托付給你。你要保證軍糧充足，訓練好兵馬，抵禦其他軍隊，彆讓他們北渡黃河就行！”劉秀又任命馮異為孟津將軍，讓他統領魏郡、河內的軍隊，在黃河邊抵禦洛陽的敵軍。劉秀親自把鄧禹送到野王，鄧禹西行後，劉秀才帶兵向北進發。寇恂在後方調撥糧草、製造器械，保障前線供應。劉秀的軍隊雖然遠征在外，卻從未缺過物資。
隗崔、隗義密謀反叛，想逃回天水。隗囂擔心自己受到牽連，便向更始帝告發了他們。更始帝殺了隗崔、隗義，任命隗囂為禦史大夫。
梁王劉永在自己的封國起兵，招攬各郡豪傑，沛國人周建等人都被任命為將帥。他們接連攻下濟陰、山陽等二十八座城池，勢力不斷壯大。劉永還派使者授予西防賊帥佼強為橫行將軍，東海賊帥董憲為翼漢大將軍，琅邪賊帥張步為輔漢大將軍，讓張步督管青、徐二州，與他們聯合兵力，從此獨霸東方。
邔縣人秦豐在黎丘起兵，攻占邔縣、宜城等十多個縣，聚集了上萬人馬，自稱楚黎王。
汝南人田戎攻陷夷陵，自稱掃地大將軍，他四處攻打郡縣，隊伍發展到幾萬人。
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