當初，劉秀在宛縣跟從更始帝時，娶了新野陰氏的女兒陰麗華為妻。這一年，劉秀派使者把陰麗華和自己的姐姐湖陽公主、妹妹寧平公主都接到洛陽，封陰麗華為貴人。更始帝的西平王李通之前娶了寧平公主，劉秀征召李通擔任衛尉。
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當初，更始帝任命王閎為琅邪太守，張步占據琅邪郡抵抗王閎。王閎勸降當地勢力，拿下了贛榆等六個縣，又收攏兵力和張步交戰，但沒能取勝。張步接受了劉永封的官號後，在劇縣整頓軍隊，派將領攻打泰山、東萊、城陽、膠東、北海、濟南、齊郡，全都攻了下來。王閎勢力敵不過張步，就去見張步。張步大擺陣勢接見他，生氣地說：“我張步有什麼罪，你之前拚命攻打我！”王閎手按寶劍說：“我奉朝廷命令行事，而你擁兵抗拒。我攻打叛賊，怎麼能說過分呢！”張步趕緊起身下跪謝罪，還設宴款待王閎，把他當作貴賓，讓他分管琅邪郡的事務。
建武二年公元26年）春天正月初一，發生了日食。
劉恭知道赤眉軍肯定會失敗，就偷偷教弟弟劉盆子歸還玉璽，還讓他練習推辭的話。正月初一大會上，劉恭先開口說：“各位擁立我弟弟做皇帝，這份恩德實在深厚！但他在位快一年了，天下越來越亂，實在沒法帶領大家成事，恐怕就算死了也沒用，希望能讓他退為平民，另選賢能的人，還請各位考慮！”樊崇等人連忙道歉：“這是我們的錯。”劉恭再三請求，有人不耐煩地說：“這哪是你式侯該管的事？”劉恭嚇得趕緊起身離開。
這時劉盆子起身，解下玉璽，叩頭說：“現在雖然有了皇帝，但大家還跟從前一樣當賊，四方百姓都怨恨我們，不再信任歸附，這都是因為擁立的人不合適啊！我懇請辭去皇位，給有才能的人讓路！如果非要殺我來謝罪，我也絕不逃避！”說完痛哭流涕。樊崇和在場幾百人都覺得他可憐，紛紛離席叩頭說：“是我們不好，辜負了陛下！今後一定不再放縱！”他們一起把劉盆子扶起來，強行給他戴上玉璽。劉盆子大喊大叫，也沒辦法。
散會後，各營都閉門自守，三輔地區的人都覺得皇帝懂事，百姓爭相回到長安，街市漸漸恢複熱鬨。可二十多天後，赤眉軍又出來大肆搶掠，和以前一樣。
刁子都被部下殺死，殘部和其他賊寇在檀鄉會合，號稱檀鄉賊，侵擾魏郡、清河。魏郡大吏李熊的弟弟李陸謀反，想裡應外合迎接檀鄉賊。有人向魏郡太守銚期告發，銚期召來李熊質問，李熊叩頭認罪，說願意和老母一起死。銚期說：“如果當官吏不如當賊開心，你就帶老母去投靠李陸吧！”派人把他送出城。李熊找到李陸，帶他到鄴城西門，李陸羞愧難當，自殺謝罪。銚期歎息不已，以禮安葬了他，還讓李熊官複原職，郡裡人都很佩服他的威信。
劉秀派吳漢率王梁等九位將軍，在鄴東漳水攻打檀鄉賊，大獲全勝，十多萬敵軍投降。又讓王梁和杜茂率軍安撫魏郡、清河、東郡，平定了各地營壘，三郡從此安定，交通也恢複暢通。
庚辰日，劉秀分封所有功臣為列侯，鄧禹封梁侯、吳漢封廣平侯，都享有四個縣的食邑。博士丁恭反對說：“古代封諸侯不超過百裡，強乾弱枝才能治理好國家。現在封四縣，不合規矩。”劉秀說：“古代亡國都是因為君主無道，沒聽說過功臣封地多就會亡國的。”陰鄉侯陰識是陰貴人的哥哥，按軍功該增封，他卻叩頭推辭：“天下剛定，有功的將帥很多，我身為外戚，再增加封邑，沒法向天下人交代。這是讓親戚受賞，讓功臣寒心啊！”劉秀同意了。
劉秀讓將領們自己挑選封地，大家都選富饒的縣，隻有河南太守丁綿請求封在本鄉。有人問為什麼，他說：“我能力功勞都小，能封個鄉亭就很不錯了！”劉秀答應了，封他為新安鄉侯。劉秀讓郎中馮勤負責分封事宜，馮勤根據功勞大小、封地遠近和土地肥瘦來分配，大家都心服口服。劉秀覺得他有本事，讓他總管尚書事務。按舊規矩，尚書郎要由有經驗的令史升任，劉秀開始提拔孝廉擔任。
劉秀在洛陽建高廟，四季合祭漢高祖、漢文帝、漢武帝；在宗廟右邊建社稷壇；在城南設立祭天的郊兆。
長安城裡沒糧了，赤眉軍搶了珍寶，放火燒了宮殿和街市，肆意殺掠，城裡沒人敢出門。他們向西進軍，號稱百萬大軍，從南山一路搶掠，進入安定、北地。鄧禹率軍南下到長安，駐紮在昆明池，拜祭高廟，收集了十一位皇帝的神主牌位，送到洛陽；還巡視皇家園陵，安排士兵守護。
真定王劉楊編造讖語：“赤九之後，癭楊為主。”他脖子上長了瘤子，想借此迷惑眾人，還和綿曼賊勾結。劉秀派陳副、鄧隆去征召他，劉楊緊閉城門不讓進。劉秀又派耿純持節巡視幽、冀，秘密命令他逮捕劉楊。耿純到真定後住在驛站，邀請劉楊見麵。耿純是真定宗室出身，劉楊沒懷疑，加上自恃人多勢眾，而耿純態度溫和，就帶了隨從去見他。劉楊兄弟帶著衛兵在門外等候，劉楊進去後，耿純以禮相待，又邀請他的兄弟們一起進來，然後關門，把他們全殺了，隨後帶兵離開。真定人都嚇壞了，沒人敢反抗。劉秀念劉楊謀反還沒行動就被殺，又封他兒子為真定王。
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二月己酉日，劉秀到修武巡視。
鮑永、馮衍確認更始帝已死，就為他發喪，放出儲大伯等人，上交印綬，解散軍隊，頭戴布巾到河內見劉秀。劉秀問鮑永：“你的軍隊呢？”鮑永離開座位叩頭說：“我侍奉更始帝，沒能保全他，實在沒臉帶著他的軍隊來邀功請賞，所以都解散了。”劉秀說：“你說得很對。”但心裡不太高興。後來鮑永因立功被任用，馮衍卻被冷落。鮑永對馮衍說：“當年高祖赦免季布的罪，殺了丁固，如今有明主在上，你還擔心什麼？”馮衍說：“有人調戲鄰居的妻子，年紀大的罵他，年紀小的回應他。後來丈夫死了，這人娶了年紀大的。有人問他：‘她不是罵過你嗎？’他說：‘當彆人妻子時，我希望她回應我；當我妻子時，我希望她罵彆人！’天命難測，人道卻能堅守，堅守道義的臣子，不怕死亡！”
大司空王梁多次違抗詔令，劉秀大怒，派宗廣持節到軍中殺他，宗廣用囚車把他押回洛陽。到京後，劉秀赦免了他，讓他做中郎將，去北方守箕關。
壬子日，劉秀任命太中大夫宋弘為大司空。宋弘推薦桓譚做議郎、給事中。劉秀讓桓譚彈琴，喜歡他彈的華麗曲調。宋弘知道後很不高興，等桓譚從宮裡出來，他穿著朝服坐在府中，派人把桓譚叫來。桓譚到後，宋弘不給他座位，責備說：“你是能自己改正，還是要我依法檢舉你？”桓譚叩頭謝罪，過了很久才被放走。後來劉秀大會群臣，讓桓譚彈琴，桓譚看到宋弘，緊張得彈走了調。劉秀奇怪地問，宋弘離席脫帽謝罪說：“我推薦桓譚，是希望他用忠正引導陛下，如今他讓朝廷沉迷靡靡之音，是我的錯。”劉秀聽了也嚴肅地向他道歉。
湖陽公主守寡，劉秀和她一起談論朝臣，暗中觀察她的心意。公主說：“宋公威嚴莊重，品德高尚，群臣沒人比得上。”劉秀說：“我來想想辦法。”後來宋弘被召見，劉秀讓公主坐在屏風後，對宋弘說：“俗話說‘顯貴了就換朋友，富有了就換妻子’，這是人之常情嗎？”宋弘說：“我隻聽說貧賤時的朋友不能忘，共患難的妻子不能拋棄。”劉秀回頭對公主說：“這事辦不成了！”
劉秀討伐王郎時，彭寵派精銳騎兵助戰，運送糧食從沒斷過。劉秀追擊銅馬軍到薊城時，彭寵自恃有功，期望值很高，但劉秀對他的禮遇沒達到他的預期，他心裡不滿。劉秀即位後，彭寵派去的吳漢、王梁都做了三公，唯獨他沒得到加封，越發失意，抱怨說：“我本該封王的，現在這樣，陛下是忘了我嗎？”當時北方各州殘破，隻有漁陽還算完好，又有舊鐵官，彭寵靠貿易糧食，積累了大量珍寶，越來越富。
幽州牧朱浮年輕有才，想整頓風氣、收買人心，征召州中名人和王莽時期的二千石舊吏，安置在幕府，還調用各郡糧倉的糧食供養他們的家屬。彭寵認為天下未定，戰事正緊，不該多設官屬浪費物資，不聽他的命令。朱浮傲慢急躁，彭寵又固執強硬，兩人的矛盾越來越深。朱浮多次誣陷彭寵，密奏說他囤積兵糧，野心不小。劉秀卻故意把這話泄露給彭寵，想嚇唬他。
這時劉秀下詔征召彭寵，彭寵上疏請求和朱浮一起進京，劉秀不同意，彭寵更加懷疑。他妻子性格剛強，受不了委屈，堅決勸他不要接受征召，說：“天下未定，各地都有豪強稱雄。漁陽是大郡，兵馬最強，為什麼要因為被人告發就放棄這裡？”彭寵和親信們商量，大家都怨恨朱浮，沒人勸他進京。劉秀派彭寵的侄子子後蘭卿去勸說，彭寵卻把子後蘭卿扣下，起兵反叛，任命將帥，親自率兩萬多人攻打朱浮所在的薊城。他又覺得自己和耿況都立過大功，卻都沒得到厚賞，多次派使者拉攏耿況，耿況不答應，還殺了使者。
延岑再次反叛，率軍包圍南鄭。漢中王劉嘉被打得大敗，隻好逃走。延岑趁機占據漢中，又向武都進軍，卻被更始帝的柱功侯李寶擊敗，無奈逃到天水。公孫述派部將侯丹奪取南鄭。劉嘉收攏逃散的士兵，又聚集起幾萬人，任命李寶為丞相，從武都向南攻打侯丹，結果出師不利，隻好退到河池、下辨，之後又與延岑多次交戰。延岑戰敗向北撤退，進入散關，抵達陳倉；劉嘉緊追不舍，終於將其擊敗。公孫述又派將軍任滿從閬中出兵，直取江州，向東占據扞關，至此，公孫述完全占據了益州全境。
辛卯日，劉秀返回洛陽。
三月乙未日，劉秀宣布大赦天下。
當時，更始帝手下還有許多大將在南方尚未歸降。劉秀召集眾將領商議軍事，他用檄文敲擊地麵說：“郾城的敵人最為強大，宛城次之，誰願意去攻打？”賈複毫不猶豫地回答：“我請求去攻打郾城。”劉秀笑著說：“有執金吾去攻打郾城，我還有什麼可擔憂的！大司馬吳漢就去攻打宛城吧。”於是，劉秀派賈複進攻郾城，成功將其攻破，守將尹尊投降。接著，賈複又向東攻打更始帝的淮陽太守暴汜，暴汜也歸降了。
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這年夏天四月，虎牙大將軍蓋延率領駙馬都尉馬武等四位將軍，向劉永發起進攻並大獲全勝，隨後將劉永圍困在睢陽。原更始帝的將領蘇茂反叛，殺掉淮陽太守潘蹇，占據廣樂後，向劉永稱臣。劉永任命蘇茂為大司馬、淮陽王。
吳漢攻打宛城，宛王劉賜帶著更始帝的妻子兒女前往洛陽投降，劉秀封劉賜為慎侯。劉秀的叔父劉良、族父劉歙、族兄劉祉也都從長安趕來。甲午日，劉秀封劉良為廣陽王，劉祉為城陽王；又封哥哥劉演的兒子劉章為太原王，劉興為魯王；更始帝的三個兒子劉求、劉歆、劉鯉都被封為列侯。
鄧王王常前來歸降，劉秀見到他十分高興，說：“我見到王廷尉，就不用擔心南方的局勢了！”於是任命王常為左曹，封山桑侯。
五月庚辰日，劉秀封族父劉歙為泗水王。
劉秀認為陰貴人向來性情寬厚仁慈，想立她為皇後。但陰貴人覺得郭貴人已經有了兒子，始終不肯接受。六月戊戌日，劉秀立郭貴人為皇後，立她的兒子劉強為皇太子，同時大赦天下。
丙午日，劉秀封泗水王劉歙的兒子劉終為淄川王。
秋天，賈複向南攻打召陵、新息，將這兩地平定。賈複的部將在潁川殺了人，潁川太守寇恂將其逮捕入獄。當時國家剛剛建立，對於軍營中犯法的行為，大多予以寬容，但寇恂卻將這個部將當眾斬首。賈複覺得這是奇恥大辱，回軍途中經過潁川，對手下說：“我和寇恂同為將帥，卻被他羞辱，今天要是見到他，我一定要親手殺了他！”寇恂得知賈複的想法後，不想與他見麵。寇恂姐姐的兒子穀崇說：“我是武將，可以帶劍陪在您身邊，萬一有變故，我足以抵擋。”寇恂說：“不行，從前藺相如不畏懼秦王，卻對廉頗退讓，那是為了國家。”於是，寇恂下令所屬各縣準備豐盛的食物和美酒，等賈複的軍隊進入潁川境內，每個士兵都能得到兩人的口糧。寇恂出城在路邊迎接賈複，然後稱病返回。賈複想率軍追擊，可手下將士都喝醉了，隻好過境而去。寇恂派穀崇將事情經過報告給劉秀，劉秀便征召寇恂入朝。寇恂到洛陽後，劉秀召見他，當時賈複已在座，看到寇恂想起身避開。劉秀說：“天下還未平定，兩隻老虎怎能私下爭鬥！今天我來給你們調解。”於是，兩人並肩而坐，相談甚歡，最後同乘一輛車出城，結為好友後離去。
八月，劉秀親自率領眾將領征討五校軍。丙辰日，劉秀到達內黃，在羛陽大破五校軍，五萬敵軍投降。
劉秀派遊擊將軍鄧隆協助朱浮討伐彭寵。鄧隆駐軍潞南，朱浮駐軍雍奴，二人派官吏向劉秀奏報軍情。劉秀看完奏章後十分生氣，對來奏報的官吏說：“兩軍營地相距百裡，這種陣勢怎麼能相互照應！等你回去，鄧隆的軍隊必定戰敗。”果然，彭寵派輕裝部隊攻打鄧隆，將其打得大敗，而朱浮因距離太遠，無法救援。
蓋延圍攻睢陽數月，終於將其攻克。劉永逃到虞縣，虞縣人反叛，殺掉了他的母親和妻子。劉永隻帶著幾十名部下逃到譙縣。蘇茂、佼強、周建集結三萬多人馬援救劉永，蓋延在沛西迎戰，將他們打得大敗。劉永、佼強、周建逃到湖陵堅守，蘇茂則逃回廣樂，蓋延趁機平定了沛、楚、臨淮等地。
劉秀派太中大夫伏隆持符節出使青州、徐州，招降各郡國。青、徐兩地的盜賊聽說劉永戰敗，都驚慌失措，紛紛請求投降。張步派屬官孫昱跟隨伏隆到洛陽上書，並獻上鰒魚。伏隆是伏湛的兒子。
堵鄉人董欣在宛城反叛，逮捕了南陽太守劉驎。揚化將軍堅鐔攻打宛城，成功將其收複，董欣逃回堵鄉。
吳漢在南陽各縣攻城略地，所到之處多有侵擾暴虐之舉。破虜將軍鄧奉請假回新野，看到吳漢的軍隊劫掠自己的家鄉，憤怒不已，於是起兵反叛，擊敗了吳漢的軍隊，駐紮在淯陽，與各路賊寇聯合起來。
九月壬戌日，劉秀從內黃返回洛陽。
陝縣賊寇蘇況攻破弘農，劉秀派景丹前去征討。不料景丹病逝，征虜將軍祭遵又去攻打弘農、柏華、蠻中的賊寇，將這些地方全部平定。
赤眉軍打算向西前往隴地，隗囂派將軍楊廣迎擊，將其擊敗，又在烏氏、涇陽之間再次將赤眉軍打敗。赤眉軍逃到陽城、番須一帶時，遭遇大雪，山穀都被積雪填滿，很多士兵被凍死。無奈之下，赤眉軍隻好折返，還挖掘西漢皇陵，盜取陪葬的珍寶。凡是穿著金縷玉衣下葬的屍體，看起來都栩栩如生，赤眉軍甚至侮辱了呂後的屍體。鄧禹派兵在鬱夷攻打赤眉軍，卻反被打敗，隻好退到雲陽。赤眉軍再次進入長安。延岑駐軍杜陵，赤眉軍將領逢安前去攻打。鄧禹見逢安率精兵在外，便趁機率軍襲擊長安，沒想到謝祿趕來救援，鄧禹兵敗逃走。延岑則趁機攻打逢安，大破赤眉軍，逢安的軍隊死傷十多萬人。廖湛率領十八萬赤眉軍攻打漢中王劉嘉，劉嘉在穀口迎戰，將其打得大敗，劉嘉還親手斬殺了廖湛，隨後率軍到雲陽籌集糧草。劉嘉妻子的兄長是新野的來歙，他是劉秀姑姑的兒子。劉秀讓鄧禹招降劉嘉，劉嘉便由來歙引領，向鄧禹投降。但劉嘉的丞相李寶態度傲慢無禮，被鄧禹斬殺。
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這年冬天十一月，劉秀任命廷尉岑彭為征南大將軍。在一次朝會中，劉秀指著王常對群臣說：“這個人率領下江諸位將領輔佐漢室，心如金石般堅定，真是忠臣啊！”當天，劉秀就任命王常為漢忠將軍，讓他與岑彭率領建義大將軍朱祜等七位將軍，前去征討鄧奉和董欣。岑彭等人先攻打堵鄉，鄧奉出兵救援。朱祜戰敗，被鄧奉俘虜。
銅馬、青犢、尤來等殘餘賊寇共同擁立孫登為天子。但孫登的部將樂玄將他殺掉，帶著五萬多人向劉秀投降。
自從馮愔反叛後，鄧禹的威望逐漸受損，軍中又缺乏糧草，多次作戰失利，前來歸附的人也日益離散。赤眉軍和延岑在三輔地區肆意作亂，各郡縣的世家大族也紛紛擁兵自重，鄧禹無力平定局勢。於是，劉秀派偏將軍馮異代替鄧禹前去征討，還親自將馮異送到河南，告誡他說：“三輔地區曆經王莽、更始帝的戰亂，又遭受赤眉軍和延岑的殘酷劫掠，百姓生活在水深火熱之中，無處訴苦。將軍如今奉命討伐不法之徒，對於歸降的營壘，要將其首領送到京師；遣散普通百姓，讓他們回家務農；毀掉營壘，防止他們再次聚集。征戰並非一定要占領土地、屠殺城池，關鍵在於平定局勢，讓百姓安居樂業。其他將領並非不善於作戰，但他們喜好搶掠。你一向善於管理士兵，要時刻自我約束，不要讓郡縣百姓受苦！”馮異磕頭領命，率軍向西進發，所到之處，廣施威信，許多盜賊紛紛歸降。
司馬光評論說：從前周朝人歌頌周武王的德行時說：“宣揚威武之德，深思用兵之道，我軍出征隻為安定天下。”這說的是帝王用兵的目的，在於宣揚威望德行，讓百姓安居樂業。看看光武帝劉秀謀取關中的做法，用的就是這個道理，這難道不是很好的做法嗎！
劉秀又下詔召鄧禹回朝，說：“千萬不要和陷入絕境的敵人硬拚！赤眉軍沒有糧食，自然會向東撤退。我們以飽食之師等待饑餓之敵，以安逸之軍對付疲勞之師，就像用短棍抽打敵人一樣容易取勝，這不是各位將領需要擔憂的事。不要再隨意進兵了！”
劉秀任命伏隆為光祿大夫，再次派他出使張步處，任命張步為東萊太守，同時讓他與新任命的青州牧、郡守、都尉一同東行。劉秀還下詔讓伏隆自行任命縣令、縣長以下的官員。
十二月戊午日，劉秀下詔，凡是因王莽篡權而被斷絕封國的劉姓宗室列侯，都恢複他們原來的封國。
此時三輔地區發生嚴重饑荒，出現人吃人的慘狀，城市和村落都變得空蕩蕩的，野外白骨遍地。僥幸存活下來的百姓，常常聚集在一起，修築營壘自保，各自堅守壁壘，清理四野，不讓赤眉軍獲得糧草。赤眉軍四處搶掠卻一無所獲，隻好向東撤退，此時他們還有二十多萬人，但一路上不斷有人逃散。劉秀派破奸將軍侯進等人駐紮在新安，建威大將軍耿弇等人駐紮在宜陽，截斷赤眉軍的退路，並告誡眾將：“如果賊軍向東逃跑，宜陽的軍隊就到新安會合；如果賊軍向南逃跑，新安的軍隊就到宜陽會合。”馮異的軍隊在華陰與赤眉軍相遇，雙方對峙了六十多天，交戰數十次，赤眉軍有五千多人投降。
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