永元四年，壬辰年公元92年）
正月，朝廷派大將軍左校尉耿夔給於除鞬授予印綬，又讓中郎將任尚帶著符節，像以前對待南單於那樣，率軍駐守伊吾，保護於除鞬。
早些時候，廬江人周榮在袁安的官府裡做事。袁安向朝廷彈劾竇憲、竇景兄弟，以及爭議立北單於這些事，奏章都是周榮起草的。竇氏的門客、太尉府的屬官徐齮非常痛恨周榮，威脅他說：“你幫袁公出謀劃策，彈劾竇家。竇家的那些凶漢、刺客在城裡到處都是，你可得小心了！”周榮卻毫不畏懼，說：“我周榮出身江淮，能在官府任職已是幸運。就算被竇家害死，我也心甘情願！”他還叮囑妻子兒女：“要是我突然遭遇不測，不要給我收殮下葬，我希望用這微不足道的身軀，讓朝廷醒悟。”
三月癸醜日，司徒袁安去世。閏月丁醜日，朝廷任命太常丁鴻為司徒。
夏天四月丙辰日，竇憲返回京城。
六月戊戌初一，發生了日食。丁鴻上書給皇帝說：“以前呂氏家族把持朝政，差點讓皇位改了姓；漢哀帝、漢平帝末年，皇家宗廟都沒人祭祀了。所以說，就算和皇帝關係像周公那樣親近，但沒有相應的品德，也不能讓他掌握大權。現在大將軍竇憲雖然表麵上想約束自己，不敢有僭越的行為，但天下各地的人，都害怕他，隻聽他的命令。刺史、二千石這樣的官員剛被任命，要先去拜見他，請求通報接見，就算手裡拿著皇帝給的符璽，接到尚書台的命令，也不敢馬上赴任，有的人一等就是幾十天。大家不把朝廷當回事，都去投靠私人勢力，這說明皇上的威嚴減弱，下麵的權力太大了。人在下麵做違背常理的事，上天就會出現相應的征兆。就算陰謀藏得再深，神靈也能看透，還會通過天象發出警告，提醒皇帝。在壞事剛冒頭時製止很容易，等事情鬨大了再補救就難了。人們總是忽視小事，結果釀成大禍。因為講恩情就不忍心教導，講情義就不忍心割舍，可等事情發生後，才明白當初該怎麼做。上天必須剛健，不然日月星三光就不明朗；皇帝必須強勢，不然下麵的官員就會肆意妄為。應該趁著這次日食大變，改革政治，糾正失誤，來回應上天的警示。”
丙辰日，十三個郡國發生了地震。接著又遭遇旱災和蝗災。
竇憲父子兄弟都在朝廷擔任卿、校等重要官職，勢力遍布朝廷。穰侯鄧疊、鄧疊的弟弟步兵校尉鄧磊，還有他們的母親元，竇憲的女婿射聲校尉郭舉，郭舉的父親長樂少府郭璜，這些人相互勾結。元、郭舉經常出入皇宮，郭舉還得到太後的寵愛，他們竟然合謀要殺害皇帝。皇帝暗中知道了他們的陰謀。當時，竇憲兄弟獨攬大權，皇帝和朝廷內外的大臣都沒辦法親近交流，身邊隻有宦官陪著。皇帝覺得朝廷上下的人都依附竇憲，隻有中常侍鉤盾令鄭眾做事謹慎機敏、心思縝密，不投靠權貴，於是就和鄭眾商量要殺掉竇憲。因為竇憲當時在外地，皇帝擔心他起兵叛亂，所以一直忍著沒動手。正好竇憲和鄧疊回到京城。
清河王劉慶很受皇帝寵愛，經常能進宮在宮裡過夜。皇帝準備動手鏟除竇氏，想要看《外戚傳》，但又怕身邊的人是竇氏的眼線，不敢派人去拿，就讓劉慶私下找千乘王借來，夜裡悄悄送進宮。皇帝還讓劉慶傳話給鄭眾，讓他查找以前類似的處理辦法。
庚申日，皇帝來到北宮，下令讓執金吾和五校尉帶兵駐守南、北宮，關閉城門，逮捕了郭璜、郭舉、鄧疊、鄧磊，把他們關進監獄處死。又派謁者仆射收回竇憲的大將軍印綬，將他改封為冠軍侯，讓他和竇篤、竇景、竇瑰都回各自的封國。皇帝因為太後的緣故，不想公開處死竇憲，特意挑選嚴厲能乾的封國丞相去監督他們。竇憲、竇篤、竇景回到封國後，都被逼自殺了。
之前，河南尹張酺多次依法懲治竇景。竇氏倒台後，張酺上書說：“竇憲他們得寵的時候，大臣們爭著阿諛奉承，都說竇憲受了皇帝臨終托付，有伊尹、薑子牙那樣的忠心，甚至把竇太後比作周文王的母親太姒。現在竇憲失勢，大家又都說他該死，完全不管前後說法矛盾。我覺得夏陽侯竇瑰一直忠心善良，之前和我聊天，經常說要為國儘忠。他還約束自己的門客，沒犯過法。我聽說聖王處理親屬犯罪，有‘三宥’的原則，懲罰寧可輕一點，也彆太重。現在有人想給竇瑰選個嚴厲的封國丞相，我擔心這樣會把他逼得走投無路，他恐怕難以保命。應該對他寬大處理，彰顯皇上的厚德。”皇帝被他的話打動，竇瑰因此得以保全性命。竇氏家族和門客中，因為竇憲的關係做官的，都被免官，打發回原籍。
班固的奴仆曾經喝醉後辱罵洛陽令種兢，種兢借著逮捕審訊竇氏門客的機會，把班固抓進監獄，班固死在了獄中。班固生前寫《漢書》，還沒寫完，皇帝下詔讓班固的妹妹、曹壽的妻子班昭接著把書寫完。
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華嶠評論說：班固寫史書敘事，既不過分渲染，也不刻意壓抑，內容豐富又不雜亂，詳細又有條理，讓人讀起來愛不釋手，確實配得上他的名聲！不過班固批評司馬遷的觀點和聖人不符，可他自己寫的評論，卻常常貶低為氣節而死的人，否定正直的行為，也不宣揚殺身成仁的美好品德，可見他輕視仁義、不看重守節到了什麼程度！
當初竇憲娶妻，全國各地的郡國都派人送禮慶賀。漢中郡也打算派官員去。戶曹李合勸太守說：“竇將軍是皇後的親戚，不注重品德修養，還獨斷專行、驕橫放肆，他的滅亡很快就會到來。希望您一心忠於朝廷，彆和他來往。”太守非要派人去，李合攔不住，就請求自己去，太守答應了。李合一路上故意走走停停，觀察形勢變化，走到扶風的時候，竇憲就被打發回封國了。凡是和竇憲有來往的官員都被免了職，隻有漢中太守沒有受到牽連。
皇帝封袁安的兒子袁賞為郎官，任隗的兒子任屯為步兵校尉，鄭眾升任大長秋。皇帝論功行賞時，鄭眾每次都推辭，隻接受很少的賞賜，皇帝因此覺得他很賢能，經常和他討論國家大事。從此，宦官開始參與朝政。
秋天七月己醜日，太尉宋由因為和竇氏是同黨，被皇帝下詔書免職，宋由自殺。八月辛亥日，司空任隗去世。癸醜日，朝廷任命大司農尹睦為太尉。太傅鄧彪因為年老多病，交還了掌管朝廷機要的職權，皇帝下詔同意，讓尹睦代替鄧彪兼管尚書事務。冬天十月己亥日，朝廷任命宗正劉方為司空。
武陵、零陵、澧中一帶的蠻人發動叛亂。護羌校尉鄧訓去世，官員、百姓，還有羌人、胡人，每天幾千人從早到晚來吊唁。有的羌人、胡人甚至用刀割自己的身體，還殺掉自家的狗、馬、牛、羊，說：“鄧使君死了，我們也不想活了！”以前歸附的烏桓官兵都跑到路上痛哭，城裡都空了。官吏想攔住他們，他們不聽。官吏把這事報告給校尉徐傿，徐傿感歎說：“這是為了情義啊！”就把他們放了。大家還家家戶戶給鄧訓立祠廟，以後誰要是生病了，就去鄧訓的祠廟祈禱求福。
蜀郡太守聶尚接替鄧訓擔任護羌校尉，他想用恩惠感化羌人，就派翻譯去勸說迷唐，讓他回到大、小榆穀居住。迷唐回來後，派祖母卑缺去拜見聶尚，聶尚親自把卑缺送到邊塞，還舉辦送彆儀式，又讓翻譯田汜等五人護送卑缺回部落。沒想到迷唐馬上就反叛了，聯合其他部落把田汜等人殺了，還把屍體分割，用他們的血盟誓，再次侵犯金城塞。聶尚因此被免職。
永元五年，癸巳年公元93年）
春天正月乙亥日，皇帝在明堂祭祀祖宗，登上靈台觀察天象，隨後大赦天下。
戊子日，千乘貞王劉伉去世。
辛卯日，皇帝封自己的弟弟劉萬歲為廣宗王。
甲寅日，太傅鄧彪離世。
戊午日，隴西發生地震。
夏天四月壬子日，朝廷重新冊封阜陵殤王的哥哥劉魴為阜陵王。
九月辛酉日，廣宗王劉萬歲去世，因為他沒有兒子，所以封國被取消。
之前竇憲立了於除鞬為北單於，還想幫他回到北匈奴的舊地，可竇憲被殺後，這件事就擱置了。於除鞬自己反叛，又向北逃走，皇帝下詔派將兵長史王輔帶領一千多騎兵，和任尚一起去追擊討伐，最終殺了於除鞬，消滅了他的部眾。耿夔打敗北匈奴後，鮮卑族趁機遷移，占據了北匈奴原來的地盤。當時，留在原地的匈奴人還有十多萬部落，他們都自稱鮮卑，從此，鮮卑族逐漸強大起來。
冬天十月辛未日，太尉尹睦去世。
十一月乙醜日，太仆張酺被任命為太尉。張酺和尚書張敏等人上奏說：“射聲校尉曹褒，擅自製定漢朝的禮儀製度，破壞了正統的學術，應該處以刑罰。”他們一共上了五次奏章。皇帝知道張酺隻死守舊學問，不懂變通，雖然沒有批準他們的奏請，但曹褒製定的漢禮也沒能推行下去。
這一年，武陵郡的軍隊打敗了反叛的蠻人，讓他們歸降。梁王劉暢和隨從官員卞忌通過祭祀祈求福氣，卞忌等人討好劉暢說：“神靈說大王您將來會成為天子。”劉暢還回應了他們。這件事被有關部門知道後上奏給皇帝，建議把劉暢抓到詔獄審訊。皇帝沒有同意，隻是削去了劉暢封國中的成武、單父兩個縣。劉暢又慚愧又害怕，上書狠狠地責備自己說：“我生性狂妄愚蠢，不懂規矩，犯了死罪，本應被公開處死。陛下您聖德浩蕩，法外施恩赦免了我。我知道這樣的寬大不會再有第二次，以後一定嚴格約束自己和家人，不再有越軌行為，也不會隨意浪費錢財。封國的租稅收入有剩餘，我請求隻保留睢陽、穰熟、虞、蒙、寧陵五個縣的食邑，退還其他四個縣。我有三十七位小妾，沒有孩子的，願意讓她們回娘家。我會挑選二百個謹慎老實的奴婢留下，其他的虎賁衛士、騎官，還有各種工匠、樂師、奴仆、兵器、馬匹等，都歸還給官府。我作為皇室近親，擾亂了國家教化，玷汙了清正風氣，如今能保住性命，實在沒臉再住在大宮殿裡，享受大國的食邑，擁有眾多官員，存放各種財物，希望陛下開恩答應我的請求。”皇帝下詔書好言安慰，沒有同意他的請求。
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護羌校尉貫友派翻譯去離間各個羌人部落，用財物誘惑他們，羌人部落因此瓦解。接著，貫友派兵出塞，在大、小榆穀攻打迷唐，斬殺、俘虜八百多人，收獲幾萬斛麥子。然後在逢留大河兩岸修築城堡，建造大船和河橋，打算渡河攻打迷唐。迷唐隻好率領部落遠遠地遷徙，到賜支河曲一帶居住。
匈奴單於頓屠何去世，單於宣的弟弟安國被立為單於。安國以前做左賢王的時候，沒什麼好名聲。等他做了單於，前單於適的兒子左穀蠡王師子按順序升為左賢王。師子向來勇敢機智，有謀略，前單於宣和屯屠何都欣賞他的果敢，多次派他帶兵出塞攻打北匈奴，回來後給他豐厚賞賜，皇帝對他也特彆優待。所以匈奴國內的人都敬重師子，不擁護安國，安國就想殺掉師子。那些新投降的胡人，之前在塞外多次被師子驅趕掠奪，大多怨恨他。安國就和這些投降的胡人合謀，想除掉師子。師子察覺到了他們的陰謀，就搬到五原郡界內單獨居住，每次匈奴王庭開會，師子就稱病不去。度遼將軍皇甫棱知道這件事後，也保護師子，不讓他去，單於安國因此更加憤怒。
永元六年公元94年）
春天正月，皇甫棱被免職，朝廷讓執金吾朱徽代理度遼將軍。當時，單於安國和中郎將杜崇關係不好，安國就上書控告杜崇。杜崇卻暗示西河太守扣下了安國的奏章，讓安國沒辦法把自己的想法告訴皇帝。於是，杜崇和朱徽一起上書說：“南單於安國疏遠舊部胡人，親近新投降的人，還想殺掉左賢王師子和左台且渠劉利等人；而且，右部投降的人，謀劃一起脅迫安國起兵反叛，請西河、上郡、安定等地做好防備。”皇帝把這件事交給公卿大臣們討論，大家都認為：“蠻夷之人反複無常，雖然難以預測他們的想法，但我們大軍集結，他們應該不敢輕易行動。現在應該派有謀略的使者去單於王庭，和杜崇、朱徽以及西河太守一起，觀察匈奴的動靜。如果沒有變故，可以讓杜崇等人在王庭會見安國和他的大臣，追究那些橫行霸道、危害邊疆的人，共同懲處罪犯。要是他們不聽從命令，就見機行事，等事情結束後，再進行適當賞賜，這樣也足以威懾各個蠻夷部落。”皇帝采納了這個建議，朱徽和杜崇就發兵到匈奴王庭。安國夜裡聽說漢軍來了，十分驚恐，扔下營帳逃跑了。隨後他起兵想殺師子，師子提前得知消息，帶著全部人馬進入曼柏城。安國追到城下，城門緊閉，進不去。朱徽派官員去勸說他們和解，安國不聽。攻城不成，安國就帶兵駐紮在五原。杜崇、朱徽又征調各郡騎兵緊急追擊，匈奴眾人非常恐慌。安國的舅舅骨都侯喜為等人擔心自己會被牽連誅殺，就殺了安國，擁立師子為亭獨屍逐侯鞮單於。
己卯日，司徒丁鴻去世。
二月丁未日，司空劉方被任命為司徒，太常張奮被任命為司空。
夏天五月，城陽懷王劉淑去世，因為沒有兒子，他的封國被取消。
西域都護班超展現出非凡的軍事才能和領導力。他征調龜茲、鄯善等八個國家的軍隊，一共七萬多人，去討伐焉耆。大軍抵達焉耆城下後，班超把焉耆王廣、尉犁王泛等人引誘到陳睦故城，將他們斬殺，並把首級送到京城。接著，班超的軍隊在當地進行清掃，斬殺了五千多人，俘虜一萬五千人，還重新立焉耆左侯元孟為焉耆王。班超在焉耆停留了半年，安撫當地百姓。經過這次行動，西域五十多個國家都送質子到漢朝，表示臣服，就連遠在四萬裡外、要經過多重翻譯才能溝通的國家，也來進貢，西域地區在班超的努力下，與漢朝的聯係更加緊密。
南單於師子即位後，五六百個投降的胡人在夜裡襲擊師子，安集掾王恬帶領衛士迎戰，打敗了叛軍。但這一襲擊引發了連鎖反應，十五個部落的二十多萬人都起來反叛，他們脅迫前單於屯屠何的兒子薁鞬日逐王逢侯為單於。叛軍燒殺搶掠，焚燒郵亭和營帳，帶著輜重前往朔方，打算越過沙漠向北逃竄。九月癸醜日，朝廷任命光祿勳鄧鴻代理車騎將軍，和越騎校尉馮柱、代理度遼將軍朱徽一起，率領左右羽林軍、北軍五校士兵，以及各郡國善於射箭的士卒和邊疆守軍，同時烏桓校尉任尚率領烏桓、鮮卑的軍隊，總共四萬人去討伐叛軍。當時，南單於師子和中郎將杜崇駐紮在牧師城，逢侯率領一萬多騎兵包圍了他們。冬天十一月，鄧鴻等人到達美稷，逢侯才撤圍離開，前往滿夷穀。南單於派兒子率領一萬騎兵，和杜崇的四千騎兵，與鄧鴻等人在大城塞追擊逢侯，斬殺四千多人。任尚率領鮮卑、烏桓的軍隊在滿夷穀截擊逢侯，又大敗叛軍，前後一共斬殺一萬七千多人。最後，逢侯率領部眾逃出塞外，漢軍無法繼續追擊，隻能撤回。
朝廷任命大司農陳寵為廷尉。陳寵生性仁慈，經常審議疑難案件，每次都依據經典，力求寬大處理，當時嚴苛的司法風氣因此有所改善。
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皇帝想讓尚書令江夏人黃香擔任東郡太守，黃香推辭說：“我治理郡縣的能力不足，不適合擔任這個職務。懇請陛下讓我留在京城做個閒職，或者給我一個小差事，讓我處理朝廷中的繁雜事務。”皇帝於是把黃香繼續留在尚書令的職位上，還給他增加俸祿，讓他享受二千石的待遇，對他十分親近和重用。黃香也勤懇地處理各種事務，為公事操心就像為家事操心一樣。
永元七年公元95年）
春天正月，鄧鴻等人率領的軍隊返回朝廷，馮柱則帶領虎牙營留在五原駐守。鄧鴻因為作戰時停留不前、戰事失利，被關進監獄，最終處死。後來皇帝了解到，朱徽和杜崇沒能與胡人保持友好關係，還禁止胡人上書申訴，這才導致胡人反叛，於是將朱徽和杜崇召回，打入大牢，二人也被處死。
到了夏天四月辛亥初一，出現了日食現象。秋天七月乙巳日，易陽發生地裂。九月癸卯日，京城發生地震。樂成王劉黨因為犯了殺人罪，他的封國被削去東光、鄡兩個縣。
永元八年公元96年）
春天二月，貴人陰氏被立為皇後。陰皇後是陰識的曾孫女。
夏天四月癸亥日，樂成靖王劉黨去世。他的兒子哀王劉崇繼位，但很快也離世了，而且沒有子嗣，於是樂成國被撤銷。
五月，河內和陳留地區鬨起了蝗災。南匈奴右溫禺犢王烏居戰反叛，逃出邊塞。秋天七月，度遼將軍龐奮、越騎校尉馮柱帶兵追擊，打敗了叛軍，將剩餘的部眾以及其他投降的胡人兩萬多人，遷移到安定和北地安置。
西域這邊也不太平，東師後部王涿鞮反叛，攻打前部王尉畢大，還抓走了尉畢大的妻子兒女。九月，京城也遭遇了蝗災。
冬天十月乙醜日，北海王劉威，因為被查出不是齊敬王的親生兒子，還犯了誹謗罪，最終自殺。十二月辛亥日，陳敬王劉羨去世。丁巳日，南宮的宣室殿發生火災。
護羌校尉貫友去世後，漢陽太守史充接替他的職位。史充到任後，就征調湟中的羌人和胡人，出兵塞外攻打迷唐。沒想到迷唐迎戰，打敗了史充的軍隊，斬殺數百人。史充因此被召回治罪，代郡太守吳祉又接替了護羌校尉一職。
永元九年公元97年）
春天三月庚辰日，隴西發生地震。癸巳日，濟南安王劉康去世。西域長史王林攻打車師後王，並將其斬殺。
夏天四月丁卯日，朝廷封樂成王劉黨的兒子劉巡為樂成王。五月，皇後的父親、屯騎校尉陰綱被封為吳防侯，以特進的身份回家休養。
六月，出現了乾旱和蝗災。
秋天八月，鮮卑侵犯肥如，遼東太守祭參因為作戰失利，被關進監獄處死。
閏月辛巳日，皇太後竇氏去世。當初梁貴人死後，宮廷裡的事情一直保密，沒人知道皇帝是梁貴人所生。舞陰公主的兒子梁扈，派堂兄梁襃給太尉、司徒、司空三府上奏，說按照漢朝舊例，應該尊崇皇帝生母，可梁貴人親自養育了皇帝，卻沒得到尊號，希望能重新商議這件事。太尉張酺向皇帝彙報後，皇帝感動哀傷了很久，問張酺該怎麼辦。張酺建議追封尊號，並重用梁貴人的兄弟們。皇帝采納了這個建議。這時，梁貴人的姐姐、南陽樊調的妻子梁嫕也上書為自己鳴冤，說父親梁竦冤死獄中，屍骨未葬，母親年過七十，弟弟梁棠等人遠在他鄉，生死未卜，希望能讓父親屍骨還鄉，讓母親和弟弟回到家鄉。皇帝召見梁嫕後，才知道梁貴人含冤而死的詳情。三公上奏，建議按照光武帝廢除呂太後尊號的舊例，貶去竇太後的尊號，而且不應讓她與先帝合葬，很多官員也紛紛上書支持。但皇帝親自下詔說：“竇氏雖然不遵守法度，但太後生前常常自我約束。我侍奉太後十年，深思大義，按照禮法，臣子不能有貶低尊長的行為，從恩情上我不忍心與太後分離，從道義上也不忍心損害她的名譽。參考前朝，上官太後也沒有被降黜，這件事就不要再討論了。”丙申日，竇太後被安葬，諡號為章德皇後。
燒當羌的迷唐率領八千部眾侵犯隴西，脅迫塞內各個羌人部落，集結了三萬步兵和騎兵，打敗了隴西的漢軍，還殺了大夏縣長。皇帝下詔，派代理征西將軍劉尚、越騎校尉趙世為副將，帶領漢軍、羌人、胡人共三萬人前去討伐。劉尚駐紮在狄道，趙世駐紮在枹罕，劉尚派司馬寇盱監督各郡軍隊，從四麵會合。迷唐害怕了，帶著老弱病殘逃到臨洮南。劉尚等人追到高山，大破迷唐軍隊，斬殺俘虜一千多人，但漢軍死傷也不少，無法繼續追擊，隻能撤回。