延平元年丙午年，公元106年）
春天正月辛卯日，朝廷任命太尉張禹為太傅，司徒徐防為太尉，讓他們參與處理尚書事務。鄧太後因為皇帝還是個繈褓中的嬰兒，就想讓朝廷裡的重要大臣住在皇宮內，方便照應。於是下詔書讓張禹住在宮中，每五天可以回一次自己的家；每次上朝拜見皇帝的時候，司儀會專門高聲通報他的到來，並且給他安排單獨的座位，不和三公坐在一起。
朝廷還封了皇帝的哥哥劉勝為平原王。
癸卯日，朝廷任命光祿勳梁鮪為司徒。
到了三月甲申日，大家把孝和皇帝安葬在慎陵，還給他的宗廟定名為穆宗。
丙戌日，清河王劉慶、濟北王劉壽、河間王劉開、常山王劉章開始前往各自的封國。太後對清河王劉慶特彆優待，給他特殊的禮遇。劉慶的兒子劉祜當時十三歲，太後考慮到皇帝年幼體弱，擔心以後會有意外情況發生，就把劉祜和他的嫡母耿姬留在了清河王府。耿姬是耿況的曾孫女，劉祜的生母是犍為的左姬。
夏天四月，鮮卑族侵犯漁陽。漁陽太守張顯帶著幾百人出城追擊。兵馬掾嚴授勸他說：“前麵的道路又險又難走，敵人的實力也不清楚，咱們應該先安營紮寨，派輕騎兵去打探一下情況。”可張顯立功心切，聽了這話非常生氣，甚至想殺了嚴授，然後就帶兵繼續前進。結果敵人設下埋伏，等張顯他們一到就突然發動攻擊。士兵們嚇得轉身就跑，隻有嚴授奮力抵抗，身上受了十處傷，還親手殺了好幾個人，最後戰死沙場。主簿衛福、功曹徐鹹看到太守有危險，都衝上去保護他，結果也都死在了戰場上。
丙寅日，朝廷任命虎賁中郎將鄧騭為車騎將軍，並給予他儀同三司的待遇。鄧騭的弟弟黃門侍郎鄧悝被任命為虎賁中郎將，鄧弘、鄧閶都擔任侍中。
這時候，司空陳寵去世了。
五月辛卯日，朝廷大赦天下。
壬辰日，河東郡的垣山發生了山體崩塌。
六月丁未日，朝廷任命太常尹勤為司空。
全國有三十七個郡和國都遭遇了大雨。
己未日，太後下詔書，要求減少太官、導官、尚方、內署這些部門製作的華麗服飾、珍貴膳食以及那些製作起來又難又費錢的東西。除了供奉給宗廟的食物，大米不需要特意挑選，每天早晚隻吃一頓有肉的飯就行。以前太官、湯官每年的花費將近兩億錢，從這以後削減到幾千萬錢。各郡國進貢的東西，數量也都減少了一半多；還把上林苑裡養的鷹和狗都賣掉；各個離宮、彆館儲存的糧食、柴草，也都下令精簡。
丁卯日，太後下詔，把掖庭裡的宮女，還有因為家族犯罪而被沒入官府為奴的皇室成員，都恢複平民身份，讓他們回家。
秋天七月庚寅日，太後給司隸校尉、部刺史下命令說：“最近有些郡國發生了水災，影響了秋季莊稼的收成，朝廷一直在反思是不是哪裡做得不好，心裡非常擔憂害怕。可有些郡國為了得到豐收的虛假名聲，就隱瞞災情，虛報開墾的田地數量，也不管有多少百姓流亡在外，還競相增加戶口數字，隱藏盜賊的情況，讓壞人得不到懲罰。官員任用不按規矩來，選拔人才也不恰當，還有人貪婪殘暴，把禍害都加到了普通百姓身上。有些刺史明明看到這些情況，卻裝聾作啞，偏袒下屬，勾結作弊，一點都不害怕上天的懲罰，也不覺得對不起百姓。朝廷給你們的寬容和恩惠，不能總想著依靠，從現在開始，要是再這樣，一定會受到懲處。各地的二千石長官，你們要仔細核實受災情況，免除百姓的田租和草料稅。”
八月辛卯日，小皇帝去世了。癸醜日，他的靈柩停放在崇德前殿。太後和她的哥哥車騎將軍鄧騭、虎賁中郎將鄧悝等人在皇宮裡商量決定立誰為新皇帝。當天夜裡，就讓鄧騭拿著符節，坐著王青蓋車去接清河王的兒子劉祜，把他接到宮裡齋戒。皇太後坐在崇德殿上，百官都穿著吉服陪在旁邊，引導劉祜拜見，並封他為長安侯。接著下詔書，讓劉祜做孝和皇帝的繼承人，還寫了策命文書。官員讀完策命後，太尉把皇帝的玉璽和綬帶呈給劉祜，劉祜就這樣登上了皇位，但太後仍然掌握朝政大權。
新皇帝下詔書給司隸校尉、河南尹、南陽太守說：“我每次看以前的曆史，發現外戚和他們的門客常常擾亂朝廷公正，給百姓帶來很多痛苦。這都是因為執法的人偷懶懈怠，不及時懲罰這些人造成的。現在車騎將軍鄧騭他們雖然有恭敬順從的心意，可是他們家族人多，親戚也不少，這些人裡有些門客奸詐狡猾，經常違反法律。你們要嚴格檢查監督，不能包庇他們。”從這以後，太後家族的人要是犯了罪，再也不會得到寬容。
九月，六個州都發生了大水災。
丙寅日，朝廷把孝殤皇帝安葬在康陵。因為接連遭遇皇帝去世這樣的大事，百姓已經被勞役折騰得很苦了，所以修建陵墓以及相關工程的費用，都減少到原來的十分之一。
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乙亥日，陳留這個地方有隕石墜落。
朝廷下詔書任命北地的梁慬為西域副校尉。梁慬走到河西的時候，正好碰上西域各國造反，在疏勒圍攻都護任尚。任尚趕緊上書向朝廷求救，朝廷就命令梁慬帶著河西四郡的五千羌、胡騎兵火速趕去救援。梁慬還沒趕到，任尚就已經解圍了。朝廷又下詔書把任尚召回，任命騎都尉段禧為都護，西域長史趙博為騎都尉。段禧和趙博駐守在它乾城，但這座城太小了，梁慬覺得守不住，就想辦法勸說龜茲王白霸，想進入龜茲城和他們一起防守，白霸同意了。不過龜茲的官吏和百姓都極力反對，可白霸沒聽他們的。梁慬進城後，馬上派將領去接段禧和趙博，把大家的軍隊合在一起，大概有八九千人。這時候，龜茲的官吏和百姓反而背叛了自己的國王，還聯合溫宿、姑墨的幾萬兵馬造反，一起包圍了龜茲城。梁慬他們出城迎戰，把敵人打得大敗。雙方打了好幾個月，這些反叛的胡人最後失敗逃走，梁慬他們乘勝追擊，一共斬殺了一萬多人，俘虜了幾千人，終於平定了龜茲。
冬天十月，四個州發生大水災，還下了冰雹。
清河孝王劉慶病重，他給朝廷上書，希望死後能葬在樊濯的宋貴人墳墓旁邊。十二月甲子日，劉慶去世。
乙酉日，朝廷下令取消了魚龍曼延這種大型表演。
尚書郎南陽人樊準看到儒家風氣越來越衰落，就給朝廷上書說：“我聽說當皇帝的不能不學習。光武皇帝承受天命，讓漢朝重新興盛起來，那時候四處征戰，忙得連好好休息的時間都沒有，但他還是放下武器，學習經典，停下戰馬，討論治國之道。孝明皇帝處理各種政務，每件事都很用心，同時還特彆喜愛古代典籍，沉迷於研究儒家經典。每次舉行饗射禮結束後，他都會端正地坐著給大家講解，很多儒生都來聽講，全國各地的人知道了都很高興。他還征召了很多有名的儒者，讓他們在朝廷做官。每次宴會的時候，大家就一起討論問題，氣氛融洽，共同探討如何治理國家。就連期門、羽林這些帶甲的武士，也都通曉《孝經》。這種好學的風氣從皇帝開始，一直傳到了邊遠地區。所以人們一說起漢朝的盛世，都會提到永平年間。可現在學習的人越來越少了，偏遠地區更是嚴重。博士們都不認真講學了，儒生們也都在爭論一些華而不實的東西，忘記了忠誠正直的品質，隻學會了一些巧言令色的話。我覺得朝廷應該下一道明確的詔書，廣泛尋找那些隱居的賢才和大儒，給予他們尊榮，提拔他們做官，等著皇帝來和他們一起學習討論。”太後覺得他說得很有道理，就下詔書說：“三公、九卿、中二千石的官員，你們各自舉薦一些隱士和大儒，一定要挑選那些品德高尚的人，用來激勵後輩。還要精心選拔博士，一定要找到真正有學問的人。”
永初元年丁未年，公元107年）
春天正月癸酉初一，朝廷大赦天下。
蜀郡邊境之外的羌人前來歸附漢朝。
二月丁卯日，朝廷把清河國分出一部分，封皇帝的弟弟劉常保為廣川王。
庚午日，司徒梁鮪去世。
三月癸酉日，發生了日食。
己卯日，永昌郡邊境之外，僬僥種族的夷人首領陸類，帶著整個部落前來歸附漢朝。
甲申日，朝廷把清河孝王安葬在廣丘，派司空和宗正負責操辦喪事，葬禮規格和當年東海恭王的一樣。
自從和帝去世後，鄧騭兄弟就一直住在皇宮裡。但鄧騭不想長期待在宮中，多次請求回家，太後最終同意了。這年夏天四月，朝廷封太傅張禹、太尉徐防、司空尹勤、車騎將軍鄧騭，以及城門校尉鄧悝、虎賁中郎將鄧弘、黃門郎鄧閶都為列侯，每人封邑一萬戶，又因為鄧騭有確定皇位繼承人的功勞，額外增加三千戶食邑。鄧騭和他的弟弟們堅決推辭，為了躲開前來封賜的使者，他們輾轉奔波到皇宮，連續上了五六次奏章，陳述自己不想接受的心意，太後這才答應他們的辭讓。
五月甲戌日，朝廷任命長樂衛尉魯恭為司徒。魯恭向朝廷建議說：“按照老規矩，立秋之後才開始審理輕罪案件。但從永元十五年開始，改成了初夏就處理。現在刺史、太守們借著這個由頭，在盛夏農忙時把農民抓來審訊，案子一拖再拖。這樣做上違天時，下誤農時。《月令》裡說‘孟夏斷薄刑’，本意是那些罪行輕、已經定罪的人，不想讓他們長時間關押，所以及時判決。我認為初夏處理輕罪的製度可以保留，但其他案件的審理判決，都應該等到立秋之後再進行。”他還上奏說：“孝章皇帝為了順應天地運行規律，製定法律規定，所有案件都要在冬至前判決。但有些和朝廷不是一條心的小官吏，隻要在十一月抓到犯死罪的人，也不管事情真相如何，馬上就處死，就算有可疑的地方，也不再重新審理。應該規定，死刑案件都要在冬月結束前判決。”朝廷采納了他的建議。
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丁醜日，皇帝下詔，封北海王劉睦的孫子、壽光侯劉普為北海王。
九真郡邊境之外的地區，還有夜郎的少數民族，也都帶著土地前來歸附漢朝。
西域都護段禧等人雖然守住了龜茲，但通往內地的道路被阻斷，文書都送不出去。朝廷大臣們商議後覺得：“西域又遠又難管，經常有人反叛，派官吏士兵去屯田，花費實在太大。”六月壬戌日，朝廷決定撤銷西域都護府，派騎都尉王弘征調關中的軍隊，去接段禧、梁慬、趙博，以及在伊吾盧、柳中屯田的官吏和士兵回來。
當初，燒當羌的首領東號的兒子麻奴跟著父親投降漢朝，住在安定郡。那時候，投降的羌人分散在各個郡縣，被官吏、百姓和豪強當作苦力使喚，心裡積攢了很多怨恨。等到王弘向西去接段禧，征調金城、隴西、漢陽等地的幾千羌人騎兵一起出發，郡縣的官員催著他們趕緊上路。這些羌人害怕被派到遠方屯守回不來，走到酒泉的時候，很多人就逃散反叛了。各郡縣又派兵攔截，有的還搗毀了他們的村落。這下勒姐、當煎等部落的大首領東岸等人更加驚慌，帶著族人一起逃走。麻奴兄弟也跟著部落向西逃出邊塞。先零羌的分支滇零，還有鍾羌等部落趁機大肆搶劫，還切斷了隴道。這些羌人歸附漢朝很久了，手裡沒有武器，有的拿竹竿、樹枝當長矛，有的背著木板當盾牌，有的舉著銅鏡假裝兵器。郡縣的官員膽小怕事，根本管不住他們。丁卯日，朝廷赦免了所有參與謀反的羌人的罪行。
秋天九月壬午日，太尉徐防因為出現災異現象和盜賊橫行，被皇帝下詔書免職。從徐防開始，有了三公因為災異被免職的先例。辛未日，司空尹勤也因為連續降雨引發水災，被皇帝下詔書免職。
仲長統在《昌言》裡說：光武皇帝不滿前朝幾代皇帝大權旁落，憤恨權臣篡奪皇位，所以矯枉過正，不信任下麵的官員。雖然設置了三公，但實權都在尚書台。從那以後，三公的職位就隻是個擺設了。可一旦國家治理不好，還要受到責備。結果權力落到外戚手裡，寵信的又是身邊的宦官。他們親近同黨，任用私人，京城內外都是他們的人。這些人顛倒賢愚，買賣官職，讓無能的人守邊境，讓貪婪殘暴的人管理百姓，搞得百姓不得安寧，還激怒周邊少數民族，引發叛亂。各種災禍、怨氣一起來，陰陽失調，日月星三光黯淡，怪異現象不斷，害蟲吃莊稼，水災旱災頻發。這些其實都是外戚和宦官造成的，可朝廷卻怪罪三公，甚至讓他們死的死、免官的免官，真是讓人喊天天不應，悲痛欲絕！而且，後來選拔三公，就看重人老實謹慎、墨守成規，這樣的人不過是謹小慎微的普通人，哪配得上三公的職位呢？權力分配成那樣，選拔標準又這樣，還指望三公為國家立功、為百姓謀福，這不是差得太遠了嗎！當年漢文帝那麼寵愛鄧通，可申徒嘉照樣能施展自己的誌向，讓鄧通不敢放肆。要是皇帝能這樣信任大臣，還怕什麼身邊的小臣作亂呢！可到了近代，外戚和宦官隻要請托的事沒辦成，或者心裡不痛快，就能立刻讓人陷入大禍，誰還敢彈劾他們呢！以前是給三公的權力大、責任輕，現在是權力小、責任重。光武帝削弱三公權力，到現在變本加厲；不把權力給太後家族，幾代下來一直如此，這就是親疏不同導致的啊！現在皇帝要是真能把大權交給三公，讓他們各司其職、承擔責任。要是有官員禍害百姓，選拔的人不賢能，百姓生活不安定，爭端不斷，天地出現異常現象，再追究三公的責任也不遲！
壬午日，皇帝下詔：太仆、少府要裁減黃門鼓吹的人數，把裁下來的人補充到羽林軍；不是皇帝常用的馬匹，飼料減半；除了供奉宗廟和皇陵要用的東西，其他正在建造的項目都先停工。
庚寅日，朝廷任命太傅張禹為太尉，太常周章為司空。
大長秋鄭眾、中常侍蔡倫等人都手握大權，參與朝政。周章多次向太後進諫，說些實在的話，但太後都不聽。當初，太後因為平原王劉勝身患頑疾，又貪圖殤帝還是個嬰兒好控製，就把殤帝養在身邊並立他為皇帝。殤帝去世後，大臣們覺得劉勝的病沒那麼嚴重，都希望立他為帝。太後擔心之前沒立劉勝，以後會遭他怨恨，就迎立了現在的皇帝。周章見大家都不心服，就密謀關閉宮門，殺掉鄧騭兄弟和鄭眾、蔡倫，劫持尚書台官員，把太後軟禁在南宮，再把現在的皇帝封為偏遠地區的王，改立平原王為帝。事情敗露後，這年冬天十一月丁亥日，周章自殺。
戊子日，皇帝下令給司隸校尉和冀州、並州的刺史：“現在有些百姓聽信謠言，嚇得離開家鄉，老老少少相互攙扶，在路途中挨餓受困。你們要督促下屬官員親自去勸說百姓：如果想回原籍，當地官府就給他們開具證明；不想回去，也彆強迫。”
十二月乙卯日，朝廷任命潁川太守張敏為司空。
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皇帝下詔，讓車騎將軍鄧騭、征西校尉任尚率領五營和各郡的五萬大軍，駐紮在漢陽，防備羌人作亂。
這一年，全國有十八個郡國發生地震，四十一個郡國發大水，二十八個郡國遭遇大風、冰雹天氣。
鮮卑的首領燕荔陽到京城朝賀。太後賜給他王的印綬，還有紅色的車子和三匹馬的車駕，讓他在烏桓校尉駐紮的寧城下安頓下來，允許他和中原進行貿易，還修建了南北兩座質子館。鮮卑的一百二十個部落，每個都派人質到這裡。
永初二年戊申年，公元108年）
春天正月，鄧騭率軍到達漢陽。可各郡的軍隊還沒到齊，幾千名鐘羌人就在冀西把鄧騭的軍隊打敗了，漢軍一千多人被殺。梁慬從西域返回，走到敦煌時，接到詔書讓他留下來作為各路軍隊的後援。梁慬又趕到張掖，在這裡打敗了一萬多羌人，隻有十分之二三的羌人逃脫；他繼續進軍到姑臧，羌人的三百多個大首領向他投降。梁慬好言安撫，又把他們送回原來的居住地。
禦史中丞樊準看到各郡國連年遭受水旱災害，百姓大多饑寒交迫，就向朝廷上書：“請下令讓太官、尚方、考功、上林苑等部門，切實削減不必要的開支；讓太傅、太尉、司徒、司空、大將軍這五府精簡京城的官吏和服役的人。受災的郡縣，百姓生活困苦，隻靠救濟恐怕解決不了問題，有時候名義上是在救濟，實際上百姓根本得不到實惠。可以按照征和元年的做法，派使者拿著符節去安撫百姓，把特彆貧困的人遷到荊州、揚州那些收成好的郡縣。現在雖然有西部屯守的戰事，但應該先解決東部地區百姓的燃眉之急。”太後采納了他的建議，把公有土地都分給貧民，還提拔樊準和議郎呂倉為守光祿大夫。二月乙醜日，派樊準去冀州、呂倉去兗州，負責開倉放糧、救濟百姓，流亡的百姓這才得以休養生息。
這年夏天發生旱災。五月丙寅日，皇太後親自到洛陽官署和若盧監獄，審查囚犯的案卷。洛陽有個囚犯，其實沒殺人，卻在嚴刑拷打下被迫認罪。他瘦弱疲憊，被人抬著來見太後，因為害怕官吏，不敢說出真相。太後準備離開時，他抬頭好像想說什麼。太後察覺有異，就把他叫回來詢問，終於了解到他被冤枉的實情，當場就把洛陽縣令抓起來治罪。太後回宮的路上，大雨傾盆而下。
六月，京城及四十個郡國遭遇大水、大風和冰雹災害。秋天七月，太白星金星）運行至北鬥星座區域。閏月辛醜日，廣川王劉常保去世，因無子嗣，封國被廢除。
癸未日，蜀郡邊境外族羌人獻地歸附漢朝。
冬季，鄧騭派任尚與從事中郎司馬鈞率各郡軍隊，在平襄與滇零等數萬羌人交戰，漢軍大敗，八千餘人戰死。羌人勢力自此強盛，朝廷無法遏製。湟中地區糧價暴漲至每石萬錢，百姓死亡無數，而糧草轉運困難加劇。原左校令龐參因犯法在若盧服役，派兒子龐俊上書建議：“長途運糧損耗巨大，不如讓鄧騭暫時撤軍，留任尚督率涼州軍民遷居三輔，恢複生產積蓄力量，待羌人疲憊時再出奇製勝。”奏書呈上時，恰逢樊準舉薦龐參，太後立即將龐參從囚徒中提拔為謁者，派他西去督導三輔各軍屯駐。十一月辛酉日，朝廷命鄧騭回師，留任尚屯駐漢陽指揮各軍，同時派使者迎接鄧騭並拜為大將軍。鄧騭抵達京城時，大鴻臚親自迎接，中常侍到郊外慰勞，王侯公主以下官員沿途等候，恩寵顯赫震動朝野。
滇零自稱天子，在北地招集武都參狼羌、上郡與西河各羌族部落，切斷隴道，劫掠三輔地區，又南下益州殺死漢中太守董炳。梁慬接詔本應屯駐金城，聽聞羌人進攻三輔，立即率兵馳援，在武功、美陽一帶連戰連捷，羌人逐漸退散。十二月，廣漢塞外參狼羌投降。這一年，十二個郡國發生地震。
永初三年公元109年）
正月庚子日，安帝行成年加冠禮，大赦天下。朝廷派騎都尉任仁督率各郡屯兵救援三輔，但多次戰敗。當煎、勒姐羌攻占破羌縣，鐘羌攻占臨洮縣，生擒隴西南部都尉。
三月，京城發生嚴重饑荒，出現人相食慘劇。壬辰日，公卿大臣到皇宮請罪，安帝下詔要求“務必想辦法恢複陰陽調和，彌補朕的不足”。
壬寅日，司徒魯恭被罷免。他兩度擔任三公，選拔的高才之士中有數十人官至列卿、郡守，但門下老臣有的未被舉薦，甚至心生怨恨。魯恭聽聞後說：“學問不精是我擔憂的，學生們不是可以通過鄉裡舉薦入仕嗎！”始終不解釋，也不借助議論平息爭議。他教導學生時必深究疑難，學業有成後才讓其離去，學生們都說：“魯公親自指導論辯，求學不可虛度。”